# TARGET T0218 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0218.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.682 0.208 0.071 0.029 0.009 0.002 0.001 2 Q 0.617 0.224 0.095 0.045 0.016 0.003 0.001 3 V 0.274 0.272 0.232 0.154 0.055 0.012 0.001 4 R 0.268 0.351 0.212 0.117 0.043 0.009 0.001 5 I 0.079 0.096 0.201 0.318 0.243 0.061 0.004 6 E 0.407 0.328 0.165 0.069 0.024 0.006 0.001 7 R 0.183 0.306 0.293 0.166 0.043 0.007 0.001 8 A 0.084 0.077 0.114 0.254 0.322 0.143 0.007 9 E 0.072 0.164 0.268 0.301 0.162 0.031 0.001 10 R 0.364 0.421 0.155 0.047 0.011 0.002 0.001 11 I 0.074 0.134 0.240 0.338 0.178 0.036 0.001 12 E 0.398 0.299 0.175 0.090 0.032 0.006 0.001 13 S 0.534 0.305 0.115 0.037 0.008 0.001 0.001 14 E 0.589 0.256 0.098 0.043 0.012 0.002 0.001 15 L 0.206 0.236 0.256 0.208 0.081 0.012 0.001 16 E 0.418 0.315 0.174 0.072 0.019 0.003 0.001 17 E 0.570 0.257 0.109 0.047 0.014 0.003 0.001 18 H 0.462 0.267 0.145 0.087 0.032 0.007 0.001 19 V 0.305 0.234 0.184 0.164 0.087 0.024 0.001 20 G 0.325 0.245 0.202 0.148 0.065 0.014 0.001 21 D 0.496 0.291 0.133 0.056 0.018 0.004 0.001 22 Q 0.427 0.277 0.174 0.089 0.029 0.005 0.001 23 T 0.357 0.342 0.184 0.087 0.025 0.005 0.001 24 F 0.098 0.175 0.272 0.294 0.137 0.024 0.001 25 V 0.193 0.312 0.265 0.164 0.057 0.009 0.001 26 E 0.502 0.306 0.125 0.051 0.014 0.002 0.001 27 E 0.355 0.265 0.210 0.124 0.040 0.007 0.001 28 S 0.503 0.283 0.138 0.057 0.016 0.003 0.001 29 R 0.395 0.322 0.180 0.079 0.021 0.003 0.001 30 F 0.155 0.221 0.264 0.235 0.105 0.020 0.001 31 L 0.119 0.165 0.253 0.290 0.147 0.024 0.001 32 E 0.556 0.296 0.105 0.034 0.008 0.001 0.001 33 E 0.611 0.242 0.101 0.037 0.008 0.001 0.001 34 D 0.749 0.172 0.052 0.021 0.006 0.001 0.001 35 E 0.693 0.219 0.066 0.019 0.003 0.001 0.001 36 Q 0.669 0.209 0.081 0.033 0.008 0.001 0.001 37 R 0.683 0.220 0.069 0.023 0.004 0.001 0.001 38 E 0.648 0.236 0.083 0.028 0.005 0.001 0.001 39 G 0.672 0.215 0.076 0.030 0.007 0.001 0.001 40 E 0.592 0.271 0.090 0.036 0.009 0.001 0.001 41 I 0.169 0.232 0.262 0.240 0.085 0.011 0.001 42 L 0.093 0.161 0.230 0.294 0.178 0.043 0.002 43 D 0.195 0.367 0.258 0.134 0.039 0.007 0.001 44 Q 0.102 0.254 0.299 0.223 0.092 0.026 0.003 45 I 0.006 0.014 0.038 0.126 0.336 0.421 0.058 46 I 0.003 0.009 0.030 0.101 0.251 0.462 0.145 47 F 0.005 0.010 0.015 0.031 0.088 0.391 0.460 48 V 0.004 0.015 0.027 0.073 0.172 0.347 0.362 49 D 0.007 0.024 0.055 0.125 0.207 0.336 0.245 50 G 0.038 0.094 0.147 0.231 0.258 0.167 0.064 51 K 0.247 0.319 0.209 0.124 0.060 0.030 0.010 52 R 0.110 0.236 0.260 0.208 0.119 0.055 0.012 53 R 0.030 0.090 0.162 0.246 0.269 0.173 0.031 54 S 0.034 0.108 0.173 0.235 0.238 0.170 0.041 55 F 0.018 0.089 0.180 0.255 0.222 0.183 0.053 56 V 0.005 0.014 0.033 0.109 0.288 0.450 0.101 57 R 0.021 0.114 0.225 0.299 0.222 0.105 0.015 58 I 0.021 0.045 0.095 0.232 0.363 0.221 0.022 59 T 0.148 0.302 0.287 0.185 0.064 0.013 0.001 60 T 0.414 0.318 0.170 0.076 0.019 0.003 0.001 61 D 0.534 0.283 0.126 0.046 0.010 0.001 0.001 62 E 0.563 0.295 0.102 0.032 0.007 0.001 0.001 63 G 0.252 0.297 0.224 0.147 0.061 0.017 0.001 64 I 0.038 0.089 0.167 0.268 0.279 0.141 0.016 65 T 0.030 0.143 0.264 0.271 0.179 0.090 0.022 66 G 0.013 0.038 0.077 0.169 0.294 0.325 0.084 67 I 0.010 0.023 0.045 0.114 0.278 0.367 0.164 68 F 0.008 0.024 0.054 0.096 0.149 0.318 0.351 69 A 0.006 0.010 0.020 0.053 0.107 0.300 0.503 70 E 0.004 0.009 0.023 0.065 0.144 0.284 0.472 71 L 0.003 0.005 0.010 0.029 0.070 0.260 0.623 72 C 0.005 0.009 0.013 0.029 0.054 0.246 0.643 73 V 0.009 0.015 0.023 0.048 0.092 0.277 0.535 74 G 0.006 0.016 0.038 0.083 0.151 0.349 0.358 75 A 0.005 0.014 0.034 0.093 0.201 0.413 0.239 76 V 0.007 0.031 0.059 0.144 0.271 0.375 0.114 77 I 0.017 0.049 0.098 0.192 0.310 0.289 0.045 78 W 0.027 0.077 0.151 0.247 0.297 0.186 0.016 79 D 0.126 0.249 0.275 0.225 0.098 0.025 0.002 80 R 0.353 0.310 0.191 0.100 0.036 0.009 0.001 81 E 0.566 0.252 0.105 0.053 0.018 0.005 0.001 82 G 0.448 0.211 0.142 0.114 0.062 0.022 0.002 83 G 0.399 0.295 0.167 0.091 0.036 0.010 0.001 84 T 0.107 0.179 0.262 0.259 0.148 0.041 0.004 85 K 0.308 0.316 0.198 0.108 0.049 0.019 0.003 86 T 0.097 0.206 0.268 0.227 0.140 0.055 0.006 87 L 0.027 0.040 0.089 0.246 0.363 0.216 0.020 88 F 0.059 0.150 0.248 0.289 0.182 0.066 0.007 89 S 0.145 0.268 0.256 0.190 0.100 0.037 0.004 90 P 0.202 0.205 0.190 0.198 0.142 0.056 0.008 91 D 0.248 0.233 0.204 0.171 0.097 0.042 0.005 92 K 0.145 0.229 0.252 0.226 0.109 0.036 0.003 93 P 0.406 0.322 0.151 0.081 0.030 0.009 0.001 94 P 0.259 0.314 0.203 0.129 0.066 0.025 0.003 95 V 0.022 0.046 0.126 0.308 0.335 0.153 0.010 96 K 0.167 0.335 0.288 0.154 0.046 0.010 0.001 97 E 0.265 0.392 0.223 0.084 0.027 0.008 0.001 98 R 0.018 0.051 0.126 0.277 0.325 0.191 0.012 99 V 0.010 0.030 0.079 0.170 0.309 0.346 0.057 100 L 0.022 0.051 0.091 0.177 0.273 0.301 0.084 101 G 0.063 0.161 0.184 0.212 0.183 0.157 0.040 102 F 0.018 0.033 0.082 0.233 0.370 0.242 0.022 103 S 0.134 0.240 0.279 0.214 0.104 0.028 0.002 104 Q 0.353 0.398 0.171 0.059 0.016 0.003 0.001 105 S 0.341 0.339 0.195 0.091 0.028 0.006 0.001 106 F 0.064 0.120 0.230 0.351 0.193 0.041 0.001 107 Q 0.455 0.326 0.143 0.059 0.014 0.003 0.001 108 E 0.652 0.237 0.077 0.026 0.007 0.001 0.001 109 E 0.463 0.295 0.149 0.068 0.021 0.005 0.001 110 G 0.331 0.324 0.190 0.105 0.038 0.010 0.001 111 Y 0.125 0.138 0.212 0.277 0.188 0.056 0.004 112 E 0.261 0.314 0.221 0.135 0.052 0.015 0.002 113 E 0.215 0.287 0.226 0.163 0.078 0.027 0.004 114 V 0.102 0.122 0.156 0.226 0.235 0.135 0.024 115 G 0.072 0.142 0.215 0.235 0.186 0.119 0.031 116 G 0.058 0.156 0.225 0.244 0.178 0.111 0.028 117 I 0.017 0.031 0.061 0.161 0.322 0.339 0.068 118 L 0.034 0.117 0.216 0.255 0.218 0.133 0.027 119 F 0.014 0.025 0.058 0.152 0.324 0.360 0.067 120 K 0.035 0.156 0.248 0.282 0.190 0.078 0.010 121 V 0.017 0.060 0.153 0.302 0.319 0.139 0.010 122 V 0.093 0.226 0.298 0.245 0.112 0.025 0.001 123 K 0.554 0.313 0.098 0.028 0.006 0.001 0.001 124 E 0.590 0.237 0.105 0.051 0.014 0.002 0.001 125 G 0.480 0.300 0.138 0.061 0.018 0.003 0.001 126 K 0.495 0.286 0.144 0.058 0.015 0.002 0.001 127 D 0.532 0.322 0.104 0.033 0.008 0.001 0.001 128 A 0.101 0.168 0.260 0.291 0.152 0.027 0.001 129 M 0.140 0.258 0.276 0.215 0.088 0.021 0.001 130 Q 0.411 0.311 0.160 0.079 0.030 0.008 0.001 131 S 0.294 0.346 0.215 0.103 0.033 0.008 0.001 132 I 0.061 0.060 0.123 0.299 0.322 0.126 0.009 133 D 0.186 0.318 0.269 0.149 0.055 0.020 0.003 134 L 0.349 0.329 0.179 0.095 0.037 0.010 0.001 135 Y 0.120 0.159 0.205 0.260 0.187 0.065 0.005 136 M 0.101 0.113 0.179 0.277 0.232 0.089 0.008 137 R 0.268 0.340 0.230 0.113 0.038 0.010 0.001 138 S 0.454 0.336 0.136 0.055 0.015 0.003 0.001 139 L 0.067 0.142 0.237 0.287 0.194 0.068 0.005 140 E 0.146 0.248 0.228 0.196 0.130 0.049 0.004 141 I 0.050 0.128 0.249 0.313 0.208 0.050 0.003 142 E 0.456 0.375 0.122 0.035 0.009 0.003 0.001 143 E 0.386 0.382 0.154 0.060 0.015 0.003 0.001 144 V 0.034 0.048 0.116 0.353 0.361 0.085 0.002 145 R 0.050 0.183 0.309 0.309 0.128 0.020 0.001 146 K 0.439 0.441 0.097 0.019 0.003 0.001 0.001 147 H 0.189 0.352 0.278 0.139 0.036 0.006 0.001 148 M 0.019 0.047 0.148 0.368 0.345 0.071 0.001 149 D 0.189 0.306 0.275 0.164 0.055 0.010 0.001 150 K 0.334 0.431 0.175 0.049 0.009 0.002 0.001 151 N 0.078 0.218 0.300 0.243 0.125 0.035 0.001 152 I 0.012 0.028 0.075 0.198 0.373 0.292 0.022 153 L 0.014 0.041 0.081 0.170 0.320 0.328 0.047 154 I 0.028 0.069 0.118 0.244 0.303 0.208 0.030 155 V 0.047 0.121 0.203 0.290 0.239 0.090 0.011 156 K 0.261 0.349 0.215 0.114 0.045 0.014 0.003 157 D 0.529 0.260 0.114 0.062 0.025 0.009 0.002 158 G 0.272 0.262 0.221 0.151 0.071 0.022 0.002 159 P 0.295 0.307 0.193 0.120 0.060 0.023 0.003 160 A 0.039 0.073 0.135 0.251 0.295 0.186 0.021 161 A 0.028 0.078 0.168 0.276 0.268 0.158 0.023 162 R 0.043 0.192 0.276 0.272 0.150 0.061 0.006 163 E 0.022 0.116 0.258 0.295 0.218 0.084 0.008 164 L 0.005 0.012 0.041 0.159 0.408 0.342 0.033 165 P 0.084 0.236 0.273 0.246 0.124 0.034 0.003 166 F 0.153 0.313 0.290 0.180 0.055 0.008 0.001 167 E 0.349 0.368 0.179 0.077 0.022 0.004 0.001 168 E 0.363 0.331 0.189 0.087 0.024 0.004 0.001 169 N 0.256 0.340 0.219 0.128 0.046 0.011 0.001 170 V 0.017 0.048 0.130 0.309 0.349 0.139 0.010 171 G 0.041 0.117 0.203 0.278 0.232 0.112 0.017 172 P 0.017 0.036 0.070 0.141 0.249 0.366 0.121 173 I 0.004 0.010 0.019 0.047 0.149 0.437 0.335 174 G 0.003 0.012 0.040 0.109 0.209 0.325 0.302 175 L 0.001 0.004 0.012 0.038 0.118 0.382 0.445 176 V 0.001 0.004 0.005 0.019 0.082 0.426 0.463 177 K 0.002 0.008 0.022 0.079 0.196 0.403 0.291 178 N 0.011 0.062 0.134 0.225 0.247 0.248 0.072 179 I 0.013 0.050 0.113 0.220 0.278 0.263 0.065 180 G 0.053 0.130 0.172 0.233 0.218 0.167 0.027 181 V 0.069 0.170 0.256 0.258 0.178 0.063 0.007 182 T 0.354 0.267 0.186 0.115 0.056 0.020 0.002 183 E 0.076 0.246 0.313 0.228 0.104 0.031 0.002 184 L 0.021 0.034 0.100 0.305 0.411 0.126 0.004 185 S 0.210 0.378 0.273 0.105 0.028 0.005 0.001 186 K 0.603 0.291 0.079 0.022 0.004 0.001 0.001 187 E 0.555 0.279 0.107 0.045 0.012 0.002 0.001 188 D 0.329 0.253 0.200 0.150 0.059 0.008 0.001 189 F 0.064 0.150 0.315 0.333 0.123 0.016 0.001 190 K 0.492 0.406 0.087 0.014 0.002 0.001 0.001 191 K 0.091 0.204 0.327 0.271 0.093 0.014 0.001 192 L 0.029 0.028 0.057 0.223 0.435 0.224 0.005 193 R 0.113 0.323 0.325 0.186 0.047 0.006 0.001 194 F 0.158 0.312 0.289 0.182 0.049 0.009 0.001 195 L 0.030 0.067 0.136 0.232 0.335 0.187 0.014 196 K 0.193 0.243 0.212 0.169 0.115 0.059 0.010 197 K 0.329 0.304 0.180 0.114 0.050 0.020 0.004 198 G 0.150 0.156 0.182 0.221 0.204 0.081 0.007 199 K 0.206 0.244 0.199 0.173 0.108 0.058 0.013 200 R 0.052 0.142 0.208 0.228 0.178 0.142 0.051 201 S 0.034 0.062 0.107 0.211 0.296 0.234 0.057 202 K 0.071 0.147 0.205 0.265 0.186 0.098 0.028 203 M 0.077 0.121 0.117 0.147 0.190 0.264 0.084 204 F 0.029 0.083 0.144 0.232 0.263 0.201 0.049 205 V 0.026 0.053 0.111 0.257 0.341 0.185 0.027 206 S 0.157 0.273 0.255 0.192 0.095 0.026 0.003 207 S 0.345 0.347 0.200 0.085 0.021 0.002 0.001 208 R 0.446 0.325 0.167 0.052 0.008 0.001 0.001 209 E 0.707 0.207 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 210 T 0.543 0.253 0.133 0.056 0.013 0.002 0.001 211 P 0.719 0.209 0.049 0.018 0.004 0.001 0.001 212 L 0.163 0.193 0.263 0.252 0.108 0.020 0.001 213 K 0.376 0.413 0.149 0.049 0.011 0.002 0.001 214 K 0.163 0.310 0.267 0.174 0.071 0.013 0.001 215 V 0.018 0.058 0.149 0.294 0.326 0.143 0.013 216 G 0.033 0.194 0.318 0.270 0.129 0.048 0.008 217 A 0.007 0.027 0.066 0.160 0.309 0.373 0.059 218 Y 0.002 0.021 0.081 0.212 0.332 0.291 0.061 219 V 0.001 0.004 0.013 0.060 0.225 0.536 0.162 220 K 0.006 0.088 0.233 0.336 0.214 0.106 0.016 221 L 0.006 0.027 0.078 0.242 0.397 0.235 0.015 222 I 0.057 0.198 0.315 0.274 0.128 0.027 0.002 223 D 0.484 0.354 0.122 0.034 0.006 0.001 0.001 224 G 0.597 0.269 0.097 0.030 0.006 0.001 0.001 225 E 0.274 0.321 0.232 0.128 0.039 0.006 0.001 226 G 0.139 0.266 0.270 0.202 0.094 0.027 0.002 227 I 0.019 0.041 0.095 0.242 0.370 0.210 0.024 228 R 0.052 0.173 0.241 0.252 0.181 0.083 0.019 229 G 0.024 0.051 0.089 0.178 0.256 0.309 0.092 230 L 0.013 0.024 0.042 0.089 0.195 0.397 0.240 231 V 0.004 0.014 0.039 0.102 0.194 0.363 0.283 232 R 0.004 0.018 0.054 0.141 0.233 0.309 0.241 233 L 0.002 0.006 0.011 0.034 0.131 0.486 0.330 234 E 0.003 0.014 0.039 0.120 0.270 0.393 0.161 235 T 0.004 0.016 0.039 0.097 0.248 0.438 0.158 236 Y 0.012 0.087 0.211 0.320 0.237 0.116 0.017 237 V 0.029 0.127 0.227 0.300 0.229 0.081 0.007 238 K 0.218 0.337 0.248 0.137 0.048 0.011 0.001 239 D 0.623 0.254 0.080 0.032 0.010 0.002 0.001 240 D 0.531 0.239 0.147 0.062 0.018 0.003 0.001 241 N 0.498 0.337 0.116 0.038 0.010 0.002 0.001 242 Q 0.188 0.382 0.261 0.124 0.038 0.006 0.001 243 I 0.020 0.086 0.234 0.406 0.218 0.036 0.001 244 P 0.257 0.487 0.187 0.052 0.013 0.003 0.001 245 Y 0.012 0.086 0.261 0.366 0.216 0.055 0.004 246 I 0.002 0.004 0.011 0.088 0.365 0.477 0.052 247 R 0.007 0.115 0.339 0.363 0.141 0.032 0.003 248 K 0.045 0.270 0.320 0.234 0.095 0.032 0.004 249 V 0.005 0.017 0.045 0.125 0.314 0.429 0.065 250 F 0.004 0.011 0.046 0.184 0.393 0.314 0.049 251 D 0.054 0.264 0.327 0.224 0.091 0.036 0.005 252 D 0.076 0.190 0.254 0.273 0.156 0.046 0.005 253 L 0.021 0.046 0.071 0.129 0.252 0.386 0.094 254 A 0.038 0.053 0.105 0.237 0.313 0.222 0.032 255 K 0.146 0.345 0.279 0.155 0.056 0.016 0.003 256 T 0.121 0.186 0.218 0.255 0.161 0.054 0.006 257 L 0.040 0.059 0.104 0.208 0.328 0.230 0.030 258 P 0.202 0.275 0.249 0.166 0.078 0.025 0.004 259 H 0.394 0.352 0.156 0.068 0.022 0.006 0.001 260 L 0.093 0.121 0.167 0.282 0.242 0.087 0.007 261 T 0.341 0.296 0.191 0.111 0.044 0.015 0.002 262 A 0.261 0.234 0.198 0.173 0.098 0.032 0.004 263 D 0.544 0.304 0.109 0.033 0.009 0.002 0.001 264 L 0.190 0.196 0.231 0.234 0.117 0.030 0.002 265 P 0.411 0.335 0.146 0.069 0.027 0.011 0.001 266 I 0.169 0.169 0.210 0.236 0.158 0.051 0.006 267 P 0.452 0.293 0.139 0.071 0.030 0.012 0.003 268 R 0.156 0.208 0.208 0.209 0.138 0.068 0.013 269 L 0.122 0.121 0.176 0.247 0.215 0.105 0.016 270 P 0.189 0.210 0.212 0.202 0.129 0.051 0.006 271 E 0.317 0.357 0.201 0.088 0.027 0.009 0.002 272 N 0.127 0.149 0.184 0.229 0.195 0.103 0.014 273 I 0.062 0.061 0.090 0.153 0.263 0.298 0.073 274 L 0.087 0.124 0.163 0.224 0.201 0.160 0.041 275 P 0.058 0.123 0.178 0.219 0.217 0.169 0.035 276 I 0.029 0.040 0.062 0.157 0.306 0.327 0.080 277 Q 0.138 0.264 0.256 0.205 0.094 0.038 0.005 278 F 0.102 0.209 0.256 0.232 0.146 0.049 0.007 279 L 0.035 0.035 0.049 0.136 0.281 0.376 0.089 280 E 0.026 0.069 0.146 0.306 0.286 0.150 0.017 281 E 0.188 0.414 0.241 0.110 0.035 0.010 0.002 282 N 0.044 0.157 0.286 0.322 0.144 0.043 0.003 283 L 0.019 0.020 0.047 0.175 0.414 0.302 0.023 284 S 0.108 0.326 0.326 0.170 0.055 0.013 0.001 285 Y 0.211 0.331 0.211 0.143 0.076 0.026 0.002 286 Y 0.063 0.187 0.298 0.265 0.140 0.043 0.004 287 L 0.081 0.095 0.155 0.288 0.267 0.106 0.009 288 T 0.321 0.337 0.182 0.099 0.042 0.016 0.003 289 D 0.311 0.274 0.193 0.142 0.062 0.016 0.002 290 K 0.308 0.338 0.217 0.100 0.029 0.007 0.001 291 N 0.362 0.380 0.168 0.065 0.019 0.005 0.001 292 Y 0.067 0.102 0.174 0.270 0.259 0.118 0.011 293 M 0.071 0.073 0.108 0.243 0.309 0.176 0.020 294 N 0.165 0.305 0.274 0.174 0.058 0.019 0.003 295 T 0.185 0.230 0.204 0.190 0.118 0.063 0.010 296 R 0.064 0.076 0.117 0.202 0.261 0.227 0.052 297 L 0.139 0.127 0.152 0.189 0.186 0.164 0.042 298 F 0.143 0.115 0.125 0.177 0.201 0.189 0.049 299 A 0.147 0.175 0.177 0.194 0.167 0.115 0.025 300 Y 0.162 0.159 0.170 0.193 0.174 0.120 0.023 301 I 0.195 0.184 0.186 0.193 0.153 0.075 0.014 302 G 0.397 0.248 0.163 0.110 0.057 0.021 0.004 303 R 0.444 0.255 0.152 0.092 0.040 0.014 0.003