PFRMAT RR
TARGET T0218
AUTHOR 4204-4258-2837
REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of
REMARK Kevin Karplus.
REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus
REMARK The value given is an approximation of the probability
REMARK as provided by the neural network.
REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length.
REMARK
METHOD The predictor is an artificial neural network
METHOD using 134 inputs.
METHOD Input includes separation and sequence length, corrected
METHOD mutual information between columns (M. Cline) and 
METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) 
METHOD Other inputs are from alignments and
METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of 
METHOD University of California, Santa Cruz
METHOD This version uses a new error function designed to improve
METHOD the top scores per protein.
MODEL 1
MQVRIERAERIESELEEHVGDQTFVEESRFLEEDEQREGEILDQIIFVDG
KRRSFVRITTDEGITGIFAELCVGAVIWDREGGTKTLFSPDKPPVKERVL
GFSQSFQEEGYEEVGGILFKVVKEGKDAMQSIDLYMRSLEIEEVRKHMDK
NILIVKDGPAARELPFEENVGPIGLVKNIGVTELSKEDFKKLRFLKKGKR
SKMFVSSRETPLKKVGAYVKLIDGEGIRGLVRLETYVKDDNQIPYIRKVF
DDLAKTLPHLTADLPIPRLPENILPIQFLEENLSYYLTDKNYMNTRLFAY
IGR
67 132 0 8 0.305
67 203 0 8 0.295
67 189 0 8 0.285
70 211 0 8 0.28
2 70 0 8 0.273
132 203 0 8 0.268
132 189 0 8 0.266
189 203 0 8 0.248
52 237 0 8 0.243
27 67 0 8 0.241
21 67 0 8 0.237
116 145 0 8 0.232
126 237 0 8 0.23
27 189 0 8 0.23
71 236 0 8 0.22
54 180 0 8 0.22
116 224 0 8 0.216
145 224 0 8 0.214
96 179 0 8 0.214
59 180 0 8 0.214
54 133 0 8 0.214
27 203 0 8 0.214
6 116 0 8 0.214
2 211 0 8 0.214
105 172 0 8 0.212
25 129 0 8 0.212
133 180 0 8 0.21
127 179 0 8 0.21
72 197 0 8 0.21
60 203 0 8 0.21
60 189 0 8 0.21
59 133 0 8 0.208
54 150 0 8 0.208
21 203 0 8 0.208
113 145 0 8 0.206
133 150 0 8 0.204
60 132 0 8 0.204
29 154 0 8 0.204
22 154 0 8 0.204
162 228 0 8 0.202
46 249 0 8 0.202
96 127 0 8 0.2
72 118 0 8 0.2
52 126 0 8 0.2
27 132 0 8 0.2
21 132 0 8 0.2
178 249 0 8 0.198
113 224 0 8 0.198
83 105 0 8 0.198
72 109 0 8 0.198
21 189 0 8 0.198
6 224 0 8 0.198
59 150 0 8 0.196
150 180 0 8 0.194
70 301 0 8 0.194
63 163 0 8 0.194
6 145 0 8 0.194
66 119 0 8 0.192
27 60 0 8 0.191
138 241 0 8 0.189
71 294 0 8 0.189
21 60 0 8 0.187
6 113 0 8 0.187
62 241 0 8 0.185
62 138 0 8 0.185
71 165 0 8 0.183
181 249 0 8 0.178
118 197 0 8 0.178
70 263 0 8 0.178
67 89 0 8 0.178
213 231 0 8 0.176
83 172 0 8 0.176
178 293 0 8 0.174
46 293 0 8 0.174
23 231 0 8 0.174
52 248 0 8 0.173
43 70 0 8 0.173
38 52 0 8 0.173
119 287 0 8 0.171
119 225 0 8 0.171
109 197 0 8 0.171
116 253 0 8 0.169
72 289 0 8 0.169
46 284 0 8 0.169
13 66 0 8 0.169
52 119 0 8 0.168
168 249 0 8 0.166
107 214 0 8 0.166
67 288 0 8 0.166
66 169 0 8 0.166
62 72 0 8 0.166
54 118 0 8 0.166
253 265 0 8 0.164
224 265 0 8 0.163
119 248 0 8 0.163
65 116 0 8 0.163
52 287 0 8 0.163
119 237 0 8 0.161
78 89 0 8 0.161
70 156 0 8 0.161
38 214 0 8 0.161
224 253 0 8 0.159
118 180 0 8 0.159
67 285 0 8 0.159
64 165 0 8 0.159
59 118 0 8 0.159
43 214 0 8 0.159
10 151 0 8 0.159
249 293 0 8 0.158
249 284 0 8 0.158
210 225 0 8 0.158
178 284 0 8 0.158
113 253 0 8 0.158
66 248 0 8 0.158
62 197 0 8 0.158
46 255 0 8 0.158
119 169 0 8 0.156
66 210 0 8 0.156
59 163 0 8 0.156
52 210 0 8 0.156
39 116 0 8 0.155
25 249 0 8 0.155
13 119 0 8 0.155
197 289 0 8 0.153
172 236 0 8 0.153
125 160 0 8 0.153
84 243 0 8 0.153
60 89 0 8 0.153
25 151 0 8 0.153
6 253 0 8 0.153
2 214 0 8 0.153
202 288 0 8 0.152
159 225 0 8 0.152
151 206 0 8 0.152
65 253 0 8 0.152
34 119 0 8 0.152
25 293 0 8 0.152
24 212 0 8 0.152
237 287 0 8 0.15
206 255 0 8 0.15
156 211 0 8 0.15
142 151 0 8 0.15
130 165 0 8 0.15
129 249 0 8 0.15
126 287 0 8 0.15
124 301 0 8 0.15
124 155 0 8 0.15
109 241 0 8 0.15
83 236 0 8 0.15
66 287 0 8 0.15
54 289 0 8 0.15
END