# TARGET T0217 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0217.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 111 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.005 0.002 0.003 0.194 0.759 2 V 0.292 0.052 0.004 0.009 0.107 0.537 3 Y 0.495 0.021 0.004 0.009 0.078 0.392 4 V 0.651 0.013 0.009 0.011 0.085 0.231 5 G 0.697 0.026 0.006 0.009 0.093 0.169 6 T 0.584 0.024 0.010 0.007 0.134 0.241 7 S 0.331 0.009 0.013 0.007 0.191 0.449 8 G 0.353 0.017 0.027 0.007 0.240 0.356 9 F 0.300 0.026 0.051 0.012 0.275 0.336 10 S 0.229 0.068 0.029 0.013 0.192 0.469 11 F 0.050 0.023 0.034 0.037 0.343 0.512 12 E 0.006 0.002 0.171 0.356 0.350 0.116 13 D 0.006 0.003 0.208 0.387 0.338 0.058 14 W 0.009 0.003 0.242 0.441 0.279 0.026 15 K 0.023 0.002 0.154 0.462 0.237 0.121 16 G 0.064 0.010 0.197 0.340 0.245 0.143 17 V 0.151 0.016 0.065 0.175 0.314 0.278 18 V 0.260 0.108 0.015 0.044 0.172 0.401 19 Y 0.157 0.151 0.016 0.027 0.259 0.390 20 P 0.026 0.022 0.088 0.026 0.759 0.080 21 E 0.004 0.001 0.094 0.016 0.818 0.068 22 H 0.002 0.002 0.044 0.011 0.855 0.085 23 L 0.006 0.021 0.039 0.034 0.738 0.163 24 K 0.007 0.022 0.019 0.074 0.340 0.538 25 P 0.006 0.014 0.105 0.423 0.312 0.139 26 S 0.003 0.002 0.092 0.612 0.199 0.092 27 Q 0.003 0.003 0.074 0.762 0.105 0.053 28 F 0.004 0.007 0.055 0.869 0.039 0.026 29 L 0.003 0.003 0.032 0.924 0.022 0.015 30 K 0.006 0.001 0.040 0.915 0.027 0.011 31 Y 0.006 0.001 0.043 0.910 0.025 0.016 32 Y 0.008 0.005 0.046 0.869 0.053 0.019 33 W 0.014 0.004 0.052 0.787 0.102 0.039 34 A 0.020 0.009 0.058 0.573 0.229 0.112 35 V 0.019 0.008 0.067 0.170 0.599 0.137 36 L 0.012 0.004 0.036 0.076 0.622 0.250 37 G 0.018 0.014 0.036 0.019 0.634 0.279 38 F 0.047 0.035 0.007 0.008 0.543 0.360 39 R 0.040 0.001 0.005 0.003 0.179 0.772 40 I 0.791 0.010 0.003 0.003 0.045 0.148 41 V 0.968 0.004 0.001 0.001 0.008 0.018 42 E 0.983 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 43 L 0.946 0.002 0.001 0.002 0.016 0.033 44 N 0.590 0.006 0.014 0.016 0.177 0.197 45 F 0.158 0.002 0.072 0.070 0.470 0.228 46 T 0.303 0.021 0.052 0.054 0.405 0.165 47 Y 0.340 0.051 0.062 0.068 0.344 0.135 48 Y 0.284 0.025 0.040 0.057 0.340 0.255 49 T 0.188 0.014 0.053 0.062 0.427 0.256 50 Q 0.061 0.009 0.017 0.020 0.407 0.486 51 P 0.025 0.016 0.006 0.010 0.315 0.627 52 S 0.012 0.008 0.005 0.021 0.189 0.766 53 W 0.003 0.001 0.083 0.689 0.145 0.079 54 R 0.002 0.001 0.065 0.809 0.090 0.033 55 S 0.002 0.001 0.045 0.900 0.033 0.019 56 F 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 57 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 58 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 59 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 61 R 0.001 0.001 0.007 0.985 0.006 0.001 62 K 0.001 0.001 0.009 0.956 0.022 0.013 63 T 0.003 0.012 0.013 0.407 0.201 0.364 64 P 0.004 0.004 0.017 0.018 0.650 0.308 65 P 0.008 0.003 0.060 0.010 0.733 0.186 66 D 0.106 0.004 0.053 0.002 0.714 0.122 67 F 0.784 0.008 0.006 0.001 0.139 0.063 68 Y 0.938 0.002 0.001 0.001 0.014 0.046 69 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 70 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 71 V 0.932 0.004 0.001 0.001 0.007 0.056 72 K 0.758 0.007 0.001 0.001 0.030 0.205 73 T 0.361 0.006 0.006 0.002 0.154 0.470 74 P 0.222 0.009 0.056 0.014 0.342 0.357 75 G 0.112 0.012 0.286 0.036 0.387 0.167 76 S 0.165 0.035 0.263 0.062 0.347 0.128 77 V 0.171 0.050 0.137 0.111 0.335 0.197 78 T 0.083 0.022 0.050 0.153 0.223 0.470 79 H 0.011 0.013 0.039 0.104 0.246 0.587 80 V 0.007 0.009 0.147 0.320 0.237 0.281 81 L 0.004 0.003 0.190 0.395 0.254 0.154 82 W 0.002 0.005 0.159 0.461 0.268 0.105 83 K 0.001 0.001 0.095 0.575 0.225 0.102 84 E 0.001 0.002 0.072 0.614 0.211 0.101 85 G 0.001 0.006 0.067 0.612 0.239 0.076 86 K 0.001 0.005 0.048 0.633 0.201 0.113 87 D 0.002 0.003 0.040 0.496 0.172 0.287 88 P 0.001 0.001 0.011 0.862 0.047 0.077 89 K 0.001 0.001 0.004 0.933 0.024 0.039 90 E 0.001 0.001 0.004 0.970 0.013 0.013 91 D 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.003 92 M 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.003 93 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 94 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 95 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 96 T 0.001 0.001 0.009 0.970 0.013 0.008 97 R 0.001 0.001 0.015 0.949 0.021 0.014 98 Q 0.001 0.001 0.015 0.920 0.029 0.035 99 I 0.001 0.001 0.014 0.854 0.037 0.092 100 E 0.002 0.002 0.076 0.659 0.106 0.155 101 P 0.001 0.001 0.244 0.636 0.082 0.037 102 L 0.001 0.001 0.325 0.454 0.186 0.032 103 I 0.003 0.002 0.197 0.470 0.280 0.048 104 E 0.004 0.003 0.075 0.375 0.396 0.147 105 E 0.003 0.002 0.067 0.102 0.660 0.166 106 Q 0.008 0.007 0.067 0.039 0.689 0.191 107 R 0.024 0.015 0.059 0.018 0.594 0.289 108 L 0.097 0.019 0.013 0.016 0.413 0.441 109 K 0.086 0.003 0.004 0.003 0.109 0.795 110 M 0.706 0.007 0.004 0.005 0.047 0.230 111 T 0.946 0.002 0.002 0.003 0.012 0.035 112 L 0.958 0.006 0.002 0.004 0.006 0.024 113 A 0.931 0.001 0.004 0.005 0.015 0.044 114 Q 0.860 0.007 0.003 0.004 0.029 0.097 115 F 0.355 0.020 0.005 0.006 0.120 0.492 116 P 0.168 0.018 0.018 0.007 0.511 0.278 117 F 0.037 0.007 0.074 0.011 0.682 0.189 118 S 0.039 0.014 0.210 0.017 0.624 0.095 119 F 0.101 0.020 0.113 0.020 0.638 0.107 120 K 0.099 0.024 0.062 0.019 0.476 0.320 121 F 0.061 0.059 0.036 0.018 0.413 0.413 122 S 0.015 0.010 0.016 0.023 0.411 0.525 123 R 0.002 0.001 0.327 0.344 0.279 0.047 124 K 0.002 0.001 0.287 0.464 0.213 0.034 125 N 0.002 0.002 0.179 0.703 0.084 0.030 126 V 0.001 0.001 0.018 0.956 0.012 0.013 127 E 0.001 0.001 0.007 0.977 0.008 0.007 128 Y 0.001 0.001 0.010 0.984 0.004 0.002 129 L 0.001 0.001 0.009 0.982 0.005 0.002 130 E 0.001 0.001 0.024 0.962 0.010 0.002 131 K 0.002 0.001 0.022 0.948 0.020 0.008 132 L 0.002 0.001 0.032 0.852 0.058 0.054 133 R 0.005 0.006 0.112 0.706 0.113 0.059 134 E 0.008 0.004 0.206 0.526 0.185 0.071 135 S 0.017 0.003 0.168 0.281 0.331 0.200 136 Y 0.021 0.010 0.048 0.048 0.462 0.410 137 P 0.024 0.003 0.012 0.007 0.249 0.706 138 Y 0.159 0.004 0.007 0.005 0.227 0.598 139 E 0.412 0.008 0.008 0.004 0.125 0.443 140 L 0.908 0.011 0.001 0.001 0.015 0.063 141 A 0.950 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 142 V 0.938 0.004 0.001 0.001 0.006 0.050 143 E 0.867 0.003 0.001 0.001 0.017 0.110 144 F 0.623 0.009 0.002 0.003 0.065 0.298 145 R 0.232 0.015 0.006 0.006 0.160 0.580 146 H 0.095 0.023 0.028 0.008 0.487 0.358 147 Y 0.023 0.008 0.306 0.053 0.505 0.105 148 S 0.011 0.004 0.346 0.056 0.516 0.066 149 W 0.012 0.015 0.323 0.083 0.496 0.070 150 D 0.008 0.019 0.050 0.075 0.408 0.440 151 R 0.003 0.005 0.009 0.105 0.246 0.633 152 E 0.001 0.001 0.015 0.861 0.074 0.049 153 E 0.001 0.001 0.010 0.937 0.034 0.017 154 T 0.001 0.001 0.006 0.977 0.011 0.004 155 Y 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 156 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.001 157 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 158 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.001 159 R 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.003 160 N 0.001 0.001 0.012 0.950 0.022 0.015 161 H 0.004 0.001 0.012 0.749 0.066 0.168 162 G 0.008 0.001 0.001 0.005 0.073 0.912 163 I 0.178 0.003 0.001 0.001 0.086 0.731 164 T 0.799 0.003 0.001 0.001 0.033 0.164 165 F 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 166 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 167 V 0.959 0.003 0.001 0.001 0.008 0.029 168 V 0.750 0.008 0.002 0.002 0.058 0.180 169 D 0.216 0.010 0.005 0.003 0.260 0.506 170 E 0.060 0.010 0.046 0.013 0.504 0.366 171 P 0.037 0.015 0.128 0.020 0.542 0.258 172 K 0.041 0.014 0.165 0.028 0.514 0.238 173 L 0.039 0.019 0.152 0.033 0.470 0.286 174 P 0.045 0.019 0.123 0.042 0.431 0.340 175 G 0.059 0.016 0.110 0.052 0.374 0.389 176 L 0.093 0.021 0.073 0.050 0.351 0.412 177 F 0.122 0.017 0.032 0.039 0.290 0.500 178 P 0.148 0.010 0.029 0.042 0.215 0.556 179 Y 0.188 0.021 0.040 0.052 0.233 0.467 180 R 0.208 0.022 0.049 0.053 0.247 0.421 181 P 0.185 0.018 0.063 0.067 0.250 0.417 182 I 0.182 0.024 0.053 0.065 0.273 0.402 183 T 0.185 0.030 0.040 0.042 0.293 0.409 184 T 0.144 0.019 0.033 0.017 0.476 0.311 185 T 0.086 0.006 0.039 0.013 0.607 0.250 186 D 0.147 0.007 0.030 0.006 0.481 0.329 187 Y 0.488 0.009 0.008 0.004 0.249 0.241 188 A 0.727 0.004 0.003 0.004 0.062 0.200 189 Y 0.964 0.003 0.001 0.001 0.006 0.025 190 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 191 R 0.963 0.002 0.001 0.002 0.007 0.025 192 F 0.862 0.007 0.002 0.005 0.034 0.090 193 H 0.371 0.006 0.006 0.009 0.175 0.433 194 G 0.070 0.007 0.010 0.007 0.363 0.542 195 R 0.029 0.017 0.011 0.009 0.351 0.583 196 N 0.011 0.012 0.020 0.032 0.190 0.736 197 E 0.005 0.003 0.056 0.153 0.220 0.563 198 R 0.002 0.002 0.237 0.470 0.194 0.095 199 W 0.004 0.002 0.191 0.468 0.266 0.068 200 F 0.006 0.002 0.149 0.484 0.297 0.061 201 E 0.010 0.002 0.119 0.487 0.297 0.085 202 A 0.014 0.006 0.082 0.412 0.346 0.139 203 E 0.020 0.020 0.085 0.369 0.298 0.208 204 G 0.030 0.009 0.074 0.153 0.381 0.352 205 E 0.047 0.005 0.142 0.221 0.321 0.264 206 E 0.100 0.010 0.077 0.273 0.262 0.277 207 R 0.143 0.010 0.038 0.233 0.194 0.382 208 Y 0.289 0.031 0.037 0.138 0.185 0.319 209 D 0.214 0.015 0.046 0.095 0.246 0.383 210 Y 0.195 0.016 0.041 0.072 0.312 0.364 211 L 0.097 0.018 0.021 0.032 0.283 0.550 212 Y 0.037 0.045 0.008 0.021 0.252 0.637 213 S 0.006 0.004 0.002 0.021 0.098 0.869 214 E 0.001 0.001 0.016 0.940 0.028 0.015 215 E 0.001 0.001 0.014 0.966 0.017 0.003 216 E 0.001 0.001 0.022 0.963 0.013 0.002 217 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 218 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 219 T 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 220 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 221 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 222 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 223 D 0.001 0.001 0.002 0.979 0.006 0.012 224 V 0.001 0.001 0.001 0.976 0.008 0.013 225 V 0.001 0.001 0.002 0.975 0.013 0.009 226 E 0.001 0.001 0.002 0.961 0.023 0.013 227 L 0.001 0.001 0.004 0.931 0.041 0.024 228 S 0.001 0.001 0.009 0.915 0.048 0.026 229 R 0.001 0.001 0.026 0.762 0.137 0.072 230 R 0.002 0.001 0.035 0.313 0.309 0.341 231 V 0.003 0.002 0.012 0.017 0.312 0.653 232 K 0.015 0.003 0.006 0.003 0.285 0.689 233 E 0.147 0.004 0.004 0.003 0.222 0.621 234 T 0.785 0.003 0.002 0.002 0.054 0.154 235 Y 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 236 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 237 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 238 F 0.921 0.005 0.001 0.002 0.016 0.055 239 N 0.433 0.008 0.005 0.004 0.189 0.361 240 N 0.077 0.018 0.013 0.006 0.391 0.496 241 C 0.008 0.011 0.044 0.012 0.698 0.227 242 Y 0.002 0.004 0.268 0.074 0.595 0.057 243 K 0.002 0.002 0.265 0.121 0.536 0.074 244 G 0.005 0.008 0.219 0.203 0.468 0.097 245 Q 0.006 0.007 0.066 0.169 0.346 0.406 246 A 0.013 0.021 0.051 0.202 0.274 0.439 247 A 0.005 0.005 0.112 0.664 0.153 0.060 248 I 0.003 0.004 0.082 0.763 0.101 0.048 249 N 0.002 0.002 0.038 0.888 0.030 0.040 250 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 251 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 252 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 253 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 254 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 255 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.002 256 M 0.001 0.001 0.001 0.977 0.011 0.010 257 L 0.001 0.002 0.002 0.933 0.017 0.045 258 E 0.004 0.002 0.004 0.148 0.115 0.727 259 E 0.031 0.006 0.009 0.109 0.156 0.689 260 R 0.090 0.020 0.007 0.066 0.102 0.715 261 V 0.006 0.003 0.002 0.017 0.032 0.940