# TARGET T0217 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0217.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 111 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 V 0.568 0.018 0.002 0.004 0.016 0.011 0.380 3 Y 0.780 0.026 0.001 0.003 0.023 0.006 0.161 4 V 0.805 0.004 0.002 0.003 0.016 0.009 0.161 5 G 0.816 0.008 0.002 0.003 0.038 0.014 0.118 6 T 0.621 0.019 0.009 0.007 0.064 0.025 0.254 7 S 0.283 0.011 0.015 0.008 0.169 0.070 0.445 8 G 0.154 0.012 0.055 0.030 0.232 0.252 0.266 9 F 0.121 0.052 0.085 0.037 0.221 0.181 0.302 10 S 0.105 0.054 0.046 0.045 0.231 0.093 0.427 11 F 0.078 0.039 0.130 0.163 0.214 0.134 0.241 12 E 0.055 0.017 0.180 0.176 0.152 0.234 0.186 13 D 0.044 0.011 0.233 0.155 0.096 0.361 0.101 14 W 0.066 0.015 0.208 0.180 0.101 0.290 0.140 15 K 0.095 0.016 0.159 0.139 0.115 0.332 0.144 16 G 0.183 0.010 0.089 0.082 0.126 0.309 0.201 17 V 0.288 0.021 0.035 0.030 0.160 0.067 0.400 18 V 0.453 0.098 0.013 0.022 0.078 0.025 0.312 19 Y 0.353 0.107 0.009 0.013 0.063 0.023 0.432 20 P 0.112 0.035 0.038 0.011 0.097 0.106 0.602 21 E 0.006 0.004 0.036 0.005 0.126 0.759 0.063 22 H 0.003 0.003 0.034 0.004 0.170 0.700 0.085 23 L 0.006 0.018 0.014 0.009 0.241 0.044 0.668 24 K 0.010 0.037 0.021 0.033 0.162 0.066 0.671 25 P 0.006 0.007 0.196 0.285 0.082 0.217 0.207 26 S 0.009 0.004 0.195 0.380 0.054 0.213 0.145 27 Q 0.021 0.006 0.141 0.594 0.054 0.098 0.086 28 F 0.038 0.025 0.033 0.729 0.029 0.034 0.112 29 L 0.010 0.004 0.015 0.927 0.008 0.014 0.022 30 K 0.007 0.001 0.007 0.963 0.004 0.010 0.009 31 Y 0.004 0.001 0.005 0.966 0.004 0.015 0.005 32 Y 0.003 0.001 0.005 0.963 0.004 0.019 0.005 33 W 0.005 0.001 0.004 0.928 0.013 0.035 0.014 34 A 0.006 0.002 0.011 0.856 0.018 0.087 0.020 35 V 0.009 0.003 0.007 0.649 0.111 0.136 0.086 36 L 0.008 0.011 0.006 0.250 0.089 0.517 0.119 37 G 0.004 0.004 0.001 0.003 0.006 0.207 0.775 38 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 39 R 0.225 0.009 0.001 0.011 0.035 0.008 0.711 40 I 0.679 0.023 0.002 0.008 0.023 0.006 0.260 41 V 0.914 0.003 0.001 0.007 0.010 0.005 0.061 42 E 0.947 0.003 0.001 0.004 0.009 0.002 0.034 43 L 0.824 0.002 0.004 0.008 0.022 0.016 0.125 44 N 0.559 0.006 0.020 0.021 0.134 0.052 0.208 45 F 0.395 0.007 0.058 0.044 0.157 0.064 0.276 46 T 0.302 0.033 0.090 0.054 0.113 0.089 0.319 47 Y 0.383 0.067 0.082 0.067 0.106 0.085 0.209 48 Y 0.323 0.047 0.062 0.041 0.137 0.097 0.294 49 T 0.189 0.019 0.031 0.030 0.215 0.126 0.389 50 Q 0.068 0.014 0.011 0.016 0.285 0.073 0.532 51 P 0.014 0.023 0.009 0.015 0.317 0.038 0.583 52 S 0.012 0.011 0.005 0.033 0.163 0.022 0.754 53 W 0.001 0.001 0.055 0.846 0.018 0.061 0.020 54 R 0.001 0.001 0.037 0.907 0.011 0.032 0.011 55 S 0.001 0.001 0.031 0.923 0.007 0.021 0.016 56 F 0.001 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.004 57 V 0.001 0.001 0.005 0.980 0.002 0.008 0.004 58 Q 0.001 0.001 0.006 0.972 0.002 0.017 0.002 59 M 0.001 0.001 0.009 0.968 0.003 0.015 0.004 60 L 0.001 0.001 0.031 0.935 0.003 0.024 0.005 61 R 0.003 0.001 0.043 0.707 0.008 0.230 0.010 62 K 0.006 0.002 0.031 0.433 0.038 0.448 0.042 63 T 0.025 0.023 0.008 0.043 0.331 0.059 0.511 64 P 0.027 0.009 0.030 0.006 0.175 0.091 0.661 65 P 0.008 0.002 0.041 0.003 0.224 0.678 0.043 66 D 0.097 0.002 0.043 0.002 0.158 0.613 0.086 67 F 0.810 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.176 68 Y 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 69 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 T 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 71 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 72 K 0.908 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.076 73 T 0.637 0.015 0.004 0.001 0.042 0.007 0.293 74 P 0.312 0.013 0.023 0.005 0.273 0.072 0.302 75 G 0.162 0.014 0.065 0.018 0.278 0.145 0.318 76 S 0.239 0.043 0.062 0.024 0.161 0.286 0.185 77 V 0.357 0.087 0.032 0.038 0.123 0.107 0.256 78 T 0.310 0.032 0.017 0.027 0.158 0.056 0.399 79 H 0.114 0.023 0.051 0.162 0.186 0.165 0.299 80 V 0.079 0.027 0.083 0.138 0.179 0.222 0.272 81 L 0.043 0.010 0.085 0.166 0.125 0.385 0.186 82 W 0.037 0.012 0.079 0.128 0.216 0.238 0.290 83 K 0.023 0.011 0.083 0.183 0.107 0.086 0.508 84 E 0.014 0.010 0.108 0.354 0.042 0.157 0.314 85 G 0.008 0.007 0.091 0.424 0.116 0.111 0.243 86 K 0.008 0.007 0.077 0.501 0.110 0.168 0.130 87 D 0.004 0.004 0.052 0.561 0.067 0.170 0.141 88 P 0.003 0.002 0.026 0.675 0.044 0.067 0.184 89 K 0.003 0.002 0.013 0.822 0.032 0.045 0.084 90 E 0.004 0.001 0.008 0.909 0.017 0.025 0.035 91 D 0.001 0.001 0.006 0.942 0.009 0.018 0.022 92 M 0.001 0.001 0.002 0.977 0.005 0.008 0.006 93 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 94 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 95 F 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 96 T 0.001 0.001 0.004 0.980 0.002 0.012 0.002 97 R 0.001 0.001 0.008 0.910 0.002 0.077 0.002 98 Q 0.001 0.001 0.012 0.802 0.007 0.170 0.010 99 I 0.002 0.009 0.025 0.707 0.067 0.087 0.103 100 E 0.007 0.004 0.086 0.646 0.047 0.116 0.093 101 P 0.016 0.004 0.119 0.565 0.061 0.127 0.108 102 L 0.015 0.006 0.169 0.525 0.055 0.116 0.114 103 I 0.027 0.006 0.091 0.506 0.083 0.167 0.120 104 E 0.018 0.004 0.105 0.324 0.110 0.255 0.184 105 E 0.011 0.002 0.125 0.132 0.131 0.516 0.083 106 Q 0.021 0.003 0.100 0.049 0.173 0.492 0.162 107 R 0.081 0.030 0.077 0.044 0.212 0.183 0.373 108 L 0.251 0.037 0.016 0.015 0.128 0.060 0.491 109 K 0.335 0.010 0.016 0.007 0.153 0.035 0.445 110 M 0.717 0.016 0.018 0.006 0.047 0.016 0.180 111 T 0.878 0.006 0.009 0.005 0.013 0.010 0.079 112 L 0.936 0.004 0.006 0.004 0.007 0.005 0.038 113 A 0.911 0.005 0.003 0.002 0.008 0.004 0.068 114 Q 0.631 0.014 0.006 0.003 0.064 0.013 0.269 115 F 0.316 0.045 0.004 0.004 0.230 0.009 0.392 116 P 0.088 0.021 0.010 0.003 0.104 0.027 0.746 117 F 0.037 0.022 0.070 0.011 0.125 0.332 0.404 118 S 0.024 0.037 0.099 0.014 0.199 0.344 0.284 119 F 0.018 0.023 0.077 0.028 0.436 0.121 0.297 120 K 0.021 0.025 0.044 0.041 0.255 0.154 0.460 121 F 0.009 0.038 0.028 0.029 0.315 0.102 0.478 122 S 0.005 0.008 0.009 0.032 0.151 0.027 0.768 123 R 0.001 0.001 0.148 0.674 0.024 0.132 0.020 124 K 0.001 0.001 0.124 0.711 0.024 0.122 0.016 125 N 0.001 0.002 0.080 0.803 0.017 0.059 0.040 126 V 0.001 0.001 0.008 0.955 0.006 0.014 0.015 127 E 0.001 0.001 0.009 0.964 0.004 0.016 0.006 128 Y 0.001 0.001 0.013 0.962 0.003 0.016 0.005 129 L 0.001 0.001 0.008 0.977 0.002 0.009 0.002 130 E 0.001 0.001 0.009 0.969 0.002 0.017 0.003 131 K 0.001 0.001 0.010 0.914 0.003 0.070 0.004 132 L 0.001 0.001 0.011 0.871 0.014 0.083 0.021 133 R 0.002 0.003 0.049 0.782 0.030 0.077 0.058 134 E 0.002 0.001 0.116 0.606 0.036 0.208 0.031 135 S 0.002 0.002 0.144 0.397 0.066 0.346 0.043 136 Y 0.005 0.004 0.063 0.195 0.181 0.429 0.123 137 P 0.023 0.009 0.015 0.030 0.158 0.452 0.313 138 Y 0.099 0.010 0.015 0.015 0.196 0.047 0.619 139 E 0.377 0.022 0.014 0.007 0.098 0.022 0.460 140 L 0.659 0.011 0.015 0.006 0.039 0.012 0.258 141 A 0.856 0.008 0.010 0.006 0.022 0.011 0.086 142 V 0.863 0.010 0.007 0.005 0.017 0.007 0.092 143 E 0.707 0.009 0.007 0.008 0.049 0.011 0.208 144 F 0.345 0.029 0.010 0.012 0.081 0.024 0.499 145 R 0.147 0.036 0.013 0.013 0.205 0.047 0.540 146 H 0.031 0.010 0.040 0.024 0.192 0.093 0.610 147 Y 0.008 0.006 0.229 0.096 0.223 0.253 0.185 148 S 0.006 0.005 0.318 0.112 0.158 0.271 0.130 149 W 0.008 0.009 0.333 0.098 0.166 0.231 0.156 150 D 0.008 0.011 0.120 0.158 0.220 0.147 0.336 151 R 0.008 0.007 0.019 0.182 0.123 0.032 0.629 152 E 0.001 0.001 0.028 0.917 0.008 0.035 0.011 153 E 0.001 0.001 0.014 0.955 0.003 0.020 0.007 154 T 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.004 0.003 155 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 156 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 157 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 159 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.013 0.002 160 N 0.001 0.001 0.009 0.869 0.006 0.111 0.004 161 H 0.001 0.001 0.006 0.138 0.017 0.833 0.005 162 G 0.004 0.001 0.002 0.004 0.049 0.882 0.058 163 I 0.171 0.003 0.001 0.001 0.042 0.004 0.779 164 T 0.891 0.003 0.001 0.001 0.034 0.001 0.070 165 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 166 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 167 V 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 168 V 0.666 0.004 0.002 0.002 0.057 0.008 0.261 169 D 0.122 0.008 0.006 0.006 0.203 0.027 0.627 170 E 0.030 0.011 0.032 0.012 0.223 0.096 0.597 171 P 0.012 0.007 0.116 0.027 0.245 0.372 0.221 172 K 0.012 0.013 0.148 0.032 0.261 0.271 0.264 173 L 0.013 0.030 0.066 0.027 0.381 0.059 0.424 174 P 0.022 0.016 0.066 0.044 0.167 0.154 0.530 175 G 0.035 0.017 0.077 0.042 0.141 0.246 0.442 176 L 0.058 0.038 0.099 0.046 0.251 0.123 0.385 177 F 0.097 0.024 0.057 0.046 0.155 0.078 0.543 178 P 0.107 0.015 0.069 0.068 0.097 0.100 0.544 179 Y 0.239 0.042 0.080 0.078 0.084 0.104 0.373 180 R 0.302 0.041 0.069 0.071 0.091 0.061 0.365 181 P 0.315 0.030 0.066 0.089 0.077 0.076 0.346 182 I 0.278 0.031 0.062 0.087 0.110 0.123 0.309 183 T 0.203 0.034 0.055 0.068 0.130 0.170 0.339 184 T 0.119 0.028 0.049 0.040 0.204 0.145 0.415 185 T 0.071 0.010 0.054 0.026 0.324 0.310 0.205 186 D 0.106 0.010 0.033 0.008 0.266 0.335 0.242 187 Y 0.389 0.012 0.006 0.002 0.103 0.015 0.472 188 A 0.719 0.004 0.001 0.001 0.046 0.002 0.227 189 Y 0.971 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.015 190 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 191 R 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 192 F 0.948 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.040 193 H 0.505 0.004 0.002 0.004 0.072 0.015 0.398 194 G 0.107 0.007 0.006 0.008 0.383 0.048 0.441 195 R 0.034 0.019 0.030 0.031 0.313 0.099 0.474 196 N 0.019 0.015 0.088 0.093 0.218 0.175 0.390 197 E 0.013 0.007 0.137 0.273 0.167 0.224 0.179 198 R 0.011 0.004 0.131 0.341 0.130 0.259 0.123 199 W 0.017 0.009 0.095 0.451 0.107 0.173 0.149 200 F 0.022 0.013 0.073 0.537 0.100 0.088 0.168 201 E 0.034 0.008 0.062 0.606 0.069 0.102 0.120 202 A 0.032 0.007 0.055 0.595 0.062 0.137 0.112 203 E 0.034 0.010 0.049 0.499 0.091 0.146 0.172 204 G 0.043 0.008 0.063 0.419 0.080 0.177 0.210 205 E 0.060 0.008 0.098 0.358 0.096 0.177 0.204 206 E 0.116 0.020 0.098 0.328 0.132 0.096 0.211 207 R 0.173 0.018 0.085 0.271 0.091 0.089 0.273 208 Y 0.168 0.022 0.108 0.250 0.082 0.108 0.261 209 D 0.106 0.021 0.099 0.148 0.135 0.141 0.350 210 Y 0.083 0.009 0.072 0.084 0.209 0.194 0.349 211 L 0.077 0.017 0.028 0.032 0.189 0.155 0.501 212 Y 0.015 0.018 0.004 0.008 0.152 0.014 0.787 213 S 0.004 0.004 0.001 0.005 0.041 0.002 0.943 214 E 0.001 0.001 0.040 0.861 0.022 0.055 0.021 215 E 0.001 0.001 0.043 0.872 0.016 0.055 0.013 216 E 0.001 0.001 0.048 0.885 0.010 0.035 0.022 217 L 0.001 0.001 0.006 0.969 0.007 0.010 0.007 218 K 0.001 0.001 0.004 0.965 0.008 0.015 0.008 219 T 0.001 0.001 0.004 0.965 0.003 0.021 0.006 220 L 0.001 0.001 0.002 0.970 0.005 0.013 0.009 221 F 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.011 0.004 222 E 0.001 0.001 0.001 0.961 0.003 0.031 0.003 223 D 0.001 0.001 0.001 0.954 0.003 0.034 0.007 224 V 0.001 0.002 0.001 0.957 0.009 0.015 0.016 225 V 0.001 0.001 0.003 0.962 0.008 0.017 0.009 226 E 0.001 0.001 0.005 0.947 0.008 0.027 0.012 227 L 0.001 0.001 0.009 0.942 0.006 0.029 0.013 228 S 0.002 0.002 0.018 0.887 0.010 0.066 0.016 229 R 0.002 0.001 0.038 0.558 0.028 0.343 0.031 230 R 0.002 0.002 0.036 0.224 0.059 0.626 0.052 231 V 0.008 0.005 0.025 0.050 0.189 0.298 0.425 232 K 0.054 0.006 0.011 0.010 0.239 0.064 0.616 233 E 0.261 0.009 0.005 0.002 0.357 0.021 0.345 234 T 0.693 0.008 0.001 0.001 0.023 0.002 0.272 235 Y 0.962 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.029 236 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 237 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 238 F 0.958 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 239 N 0.560 0.008 0.001 0.001 0.044 0.006 0.379 240 N 0.059 0.006 0.012 0.004 0.284 0.145 0.490 241 C 0.011 0.006 0.033 0.011 0.356 0.292 0.291 242 Y 0.005 0.006 0.142 0.030 0.233 0.464 0.120 243 K 0.004 0.005 0.164 0.043 0.194 0.424 0.167 244 G 0.008 0.014 0.078 0.069 0.406 0.172 0.253 245 Q 0.005 0.035 0.040 0.102 0.224 0.142 0.452 246 A 0.007 0.015 0.007 0.278 0.282 0.045 0.365 247 A 0.001 0.002 0.008 0.849 0.022 0.030 0.089 248 I 0.001 0.001 0.005 0.978 0.004 0.011 0.003 249 N 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.012 0.002 250 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 251 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 252 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 253 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 254 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 255 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.018 0.001 256 M 0.001 0.001 0.006 0.918 0.003 0.070 0.004 257 L 0.001 0.002 0.019 0.576 0.027 0.348 0.027 258 E 0.008 0.004 0.017 0.117 0.109 0.624 0.121 259 E 0.032 0.014 0.018 0.059 0.286 0.077 0.513 260 R 0.071 0.032 0.014 0.041 0.008 0.041 0.794 261 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998