# TARGET T0217 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0217.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 111 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.224 0.272 0.222 0.170 0.084 0.026 0.003 2 V 0.031 0.068 0.117 0.250 0.305 0.199 0.031 3 Y 0.007 0.022 0.044 0.120 0.291 0.375 0.140 4 V 0.002 0.003 0.009 0.030 0.095 0.329 0.532 5 G 0.002 0.005 0.008 0.020 0.057 0.237 0.670 6 T 0.002 0.002 0.004 0.011 0.027 0.171 0.784 7 S 0.003 0.004 0.007 0.021 0.057 0.274 0.633 8 G 0.006 0.013 0.025 0.052 0.132 0.369 0.403 9 F 0.005 0.011 0.020 0.056 0.150 0.412 0.346 10 S 0.015 0.062 0.116 0.218 0.314 0.219 0.056 11 F 0.049 0.153 0.235 0.290 0.181 0.078 0.014 12 E 0.220 0.304 0.189 0.151 0.094 0.036 0.006 13 D 0.145 0.235 0.292 0.216 0.083 0.025 0.004 14 W 0.060 0.082 0.137 0.236 0.286 0.180 0.018 15 K 0.101 0.218 0.246 0.226 0.142 0.059 0.008 16 G 0.152 0.208 0.218 0.190 0.141 0.082 0.010 17 V 0.069 0.150 0.215 0.266 0.202 0.090 0.008 18 V 0.035 0.066 0.140 0.225 0.294 0.225 0.015 19 Y 0.032 0.064 0.157 0.314 0.315 0.113 0.005 20 P 0.183 0.224 0.239 0.206 0.117 0.029 0.001 21 E 0.557 0.258 0.116 0.050 0.015 0.003 0.001 22 H 0.565 0.257 0.098 0.059 0.017 0.003 0.001 23 L 0.278 0.248 0.213 0.178 0.071 0.011 0.001 24 K 0.656 0.234 0.079 0.025 0.005 0.001 0.001 25 P 0.647 0.228 0.075 0.037 0.010 0.002 0.001 26 S 0.527 0.303 0.107 0.045 0.015 0.003 0.001 27 Q 0.237 0.411 0.231 0.095 0.023 0.003 0.001 28 F 0.039 0.209 0.300 0.304 0.121 0.025 0.002 29 L 0.024 0.047 0.082 0.203 0.413 0.219 0.011 30 K 0.036 0.187 0.337 0.322 0.102 0.016 0.001 31 Y 0.040 0.119 0.204 0.331 0.235 0.069 0.002 32 Y 0.009 0.017 0.034 0.111 0.319 0.446 0.066 33 W 0.009 0.020 0.056 0.185 0.315 0.334 0.080 34 A 0.091 0.257 0.229 0.191 0.129 0.080 0.022 35 V 0.088 0.152 0.221 0.235 0.180 0.093 0.030 36 L 0.248 0.264 0.162 0.123 0.083 0.076 0.043 37 G 0.121 0.104 0.134 0.193 0.249 0.174 0.025 38 F 0.110 0.133 0.165 0.229 0.215 0.125 0.023 39 R 0.253 0.224 0.154 0.159 0.117 0.075 0.018 40 I 0.080 0.114 0.128 0.192 0.225 0.183 0.078 41 V 0.088 0.077 0.090 0.146 0.203 0.241 0.154 42 E 0.100 0.132 0.155 0.197 0.169 0.145 0.103 43 L 0.081 0.070 0.088 0.134 0.187 0.276 0.165 44 N 0.086 0.083 0.114 0.169 0.209 0.231 0.107 45 F 0.181 0.137 0.125 0.134 0.162 0.185 0.075 46 T 0.089 0.098 0.126 0.199 0.194 0.203 0.091 47 Y 0.079 0.070 0.080 0.142 0.225 0.299 0.104 48 Y 0.145 0.145 0.175 0.217 0.183 0.109 0.026 49 T 0.244 0.251 0.185 0.159 0.111 0.045 0.005 50 Q 0.165 0.182 0.207 0.226 0.151 0.063 0.006 51 P 0.205 0.220 0.195 0.220 0.122 0.036 0.003 52 S 0.323 0.379 0.182 0.084 0.026 0.005 0.001 53 W 0.381 0.319 0.198 0.078 0.019 0.004 0.001 54 R 0.697 0.237 0.051 0.012 0.003 0.001 0.001 55 S 0.150 0.318 0.290 0.174 0.059 0.009 0.001 56 F 0.047 0.086 0.177 0.332 0.288 0.068 0.003 57 V 0.190 0.483 0.251 0.065 0.010 0.001 0.001 58 Q 0.180 0.484 0.259 0.066 0.010 0.001 0.001 59 M 0.010 0.027 0.074 0.263 0.470 0.151 0.005 60 L 0.014 0.057 0.177 0.371 0.282 0.093 0.005 61 R 0.278 0.547 0.139 0.030 0.004 0.001 0.001 62 K 0.094 0.336 0.353 0.169 0.040 0.006 0.001 63 T 0.012 0.042 0.101 0.288 0.428 0.125 0.004 64 P 0.134 0.307 0.301 0.200 0.053 0.004 0.001 65 P 0.550 0.394 0.048 0.007 0.001 0.001 0.001 66 D 0.100 0.347 0.353 0.167 0.030 0.003 0.001 67 F 0.003 0.017 0.048 0.196 0.503 0.224 0.009 68 Y 0.007 0.058 0.159 0.308 0.315 0.137 0.015 69 F 0.003 0.009 0.017 0.057 0.143 0.440 0.331 70 T 0.001 0.011 0.031 0.095 0.177 0.377 0.308 71 V 0.001 0.003 0.009 0.033 0.106 0.387 0.461 72 K 0.003 0.011 0.025 0.080 0.208 0.360 0.313 73 T 0.005 0.010 0.020 0.044 0.120 0.403 0.399 74 P 0.005 0.013 0.036 0.099 0.202 0.431 0.215 75 G 0.012 0.046 0.108 0.231 0.282 0.255 0.066 76 S 0.020 0.049 0.098 0.190 0.285 0.284 0.075 77 V 0.007 0.016 0.038 0.116 0.266 0.434 0.124 78 T 0.057 0.161 0.222 0.264 0.198 0.088 0.010 79 H 0.116 0.171 0.187 0.225 0.200 0.087 0.014 80 V 0.363 0.281 0.185 0.112 0.043 0.014 0.002 81 L 0.395 0.245 0.158 0.117 0.064 0.020 0.002 82 W 0.415 0.268 0.169 0.098 0.037 0.011 0.001 83 K 0.539 0.242 0.123 0.064 0.025 0.007 0.001 84 E 0.433 0.274 0.162 0.089 0.033 0.009 0.001 85 G 0.254 0.211 0.180 0.196 0.119 0.037 0.003 86 K 0.392 0.299 0.172 0.094 0.034 0.009 0.001 87 D 0.309 0.348 0.184 0.110 0.038 0.009 0.001 88 P 0.057 0.159 0.225 0.290 0.200 0.065 0.005 89 K 0.185 0.320 0.283 0.153 0.048 0.009 0.001 90 E 0.217 0.421 0.243 0.090 0.024 0.005 0.001 91 D 0.011 0.045 0.114 0.278 0.372 0.168 0.012 92 M 0.002 0.016 0.057 0.194 0.430 0.279 0.021 93 E 0.048 0.365 0.366 0.169 0.042 0.009 0.001 94 N 0.021 0.149 0.355 0.326 0.128 0.021 0.001 95 F 0.002 0.004 0.008 0.048 0.290 0.585 0.064 96 T 0.004 0.035 0.170 0.410 0.300 0.078 0.004 97 R 0.079 0.441 0.323 0.121 0.029 0.006 0.001 98 Q 0.033 0.097 0.163 0.257 0.270 0.159 0.021 99 I 0.006 0.014 0.039 0.150 0.376 0.381 0.033 100 E 0.083 0.284 0.307 0.210 0.087 0.027 0.003 101 P 0.130 0.234 0.220 0.235 0.132 0.045 0.004 102 L 0.029 0.070 0.130 0.254 0.335 0.167 0.014 103 I 0.179 0.270 0.246 0.203 0.086 0.015 0.001 104 E 0.407 0.353 0.153 0.070 0.015 0.002 0.001 105 E 0.505 0.316 0.120 0.046 0.011 0.002 0.001 106 Q 0.364 0.330 0.183 0.086 0.029 0.007 0.001 107 R 0.102 0.167 0.196 0.241 0.206 0.080 0.008 108 L 0.032 0.059 0.106 0.199 0.299 0.248 0.056 109 K 0.033 0.091 0.145 0.222 0.240 0.205 0.064 110 M 0.009 0.021 0.039 0.099 0.196 0.370 0.266 111 T 0.004 0.007 0.016 0.047 0.117 0.345 0.465 112 L 0.003 0.005 0.012 0.033 0.082 0.313 0.552 113 A 0.001 0.002 0.006 0.019 0.064 0.333 0.575 114 Q 0.003 0.013 0.040 0.110 0.225 0.369 0.240 115 F 0.005 0.020 0.059 0.134 0.270 0.398 0.114 116 P 0.014 0.067 0.196 0.357 0.258 0.093 0.015 117 F 0.047 0.110 0.156 0.258 0.272 0.138 0.019 118 S 0.263 0.338 0.223 0.113 0.049 0.013 0.001 119 F 0.058 0.095 0.158 0.364 0.250 0.073 0.003 120 K 0.358 0.375 0.178 0.061 0.023 0.006 0.001 121 F 0.072 0.130 0.244 0.356 0.173 0.024 0.001 122 S 0.572 0.312 0.085 0.025 0.005 0.001 0.001 123 R 0.559 0.289 0.113 0.032 0.007 0.001 0.001 124 K 0.694 0.241 0.049 0.012 0.003 0.001 0.001 125 N 0.051 0.182 0.269 0.283 0.173 0.038 0.003 126 V 0.010 0.066 0.243 0.373 0.263 0.044 0.002 127 E 0.104 0.521 0.286 0.075 0.012 0.002 0.001 128 Y 0.014 0.097 0.268 0.357 0.210 0.051 0.003 129 L 0.003 0.005 0.011 0.066 0.355 0.517 0.043 130 E 0.005 0.058 0.259 0.435 0.200 0.040 0.002 131 K 0.081 0.359 0.337 0.165 0.047 0.009 0.001 132 L 0.013 0.050 0.081 0.202 0.380 0.257 0.017 133 R 0.007 0.020 0.086 0.301 0.389 0.187 0.010 134 E 0.257 0.465 0.196 0.064 0.015 0.004 0.001 135 S 0.358 0.382 0.163 0.076 0.018 0.003 0.001 136 Y 0.063 0.164 0.266 0.295 0.173 0.037 0.002 137 P 0.195 0.391 0.259 0.110 0.036 0.007 0.001 138 Y 0.014 0.062 0.134 0.352 0.329 0.103 0.006 139 E 0.009 0.050 0.123 0.269 0.345 0.189 0.014 140 L 0.001 0.005 0.013 0.054 0.238 0.512 0.178 141 A 0.001 0.001 0.004 0.018 0.072 0.346 0.558 142 V 0.001 0.001 0.004 0.014 0.041 0.243 0.696 143 E 0.001 0.001 0.004 0.014 0.044 0.241 0.695 144 F 0.001 0.002 0.006 0.023 0.090 0.357 0.520 145 R 0.002 0.009 0.025 0.073 0.187 0.353 0.351 146 H 0.005 0.015 0.031 0.078 0.189 0.392 0.290 147 Y 0.017 0.043 0.078 0.151 0.225 0.340 0.147 148 S 0.037 0.080 0.122 0.209 0.230 0.258 0.064 149 W 0.013 0.033 0.072 0.151 0.290 0.368 0.072 150 D 0.015 0.062 0.119 0.258 0.352 0.174 0.019 151 R 0.060 0.241 0.321 0.240 0.103 0.031 0.004 152 E 0.411 0.398 0.140 0.038 0.009 0.003 0.001 153 E 0.264 0.424 0.214 0.073 0.020 0.005 0.001 154 T 0.007 0.024 0.081 0.234 0.440 0.203 0.011 155 Y 0.020 0.093 0.251 0.350 0.229 0.055 0.002 156 E 0.196 0.503 0.203 0.076 0.018 0.004 0.001 157 F 0.012 0.065 0.213 0.389 0.258 0.061 0.001 158 L 0.006 0.013 0.034 0.136 0.414 0.375 0.022 159 R 0.069 0.277 0.332 0.244 0.065 0.013 0.001 160 N 0.185 0.428 0.243 0.105 0.033 0.007 0.001 161 H 0.009 0.064 0.169 0.326 0.320 0.105 0.007 162 G 0.018 0.159 0.288 0.281 0.173 0.075 0.006 163 I 0.001 0.003 0.015 0.071 0.256 0.536 0.117 164 T 0.001 0.004 0.017 0.094 0.297 0.466 0.122 165 F 0.001 0.001 0.005 0.020 0.092 0.442 0.440 166 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.213 0.766 167 V 0.001 0.001 0.004 0.019 0.072 0.299 0.604 168 V 0.001 0.002 0.008 0.025 0.096 0.325 0.543 169 D 0.006 0.021 0.054 0.124 0.246 0.389 0.160 170 E 0.018 0.077 0.159 0.263 0.284 0.168 0.031 171 P 0.088 0.181 0.223 0.242 0.165 0.084 0.017 172 K 0.313 0.279 0.182 0.119 0.072 0.031 0.005 173 L 0.191 0.206 0.209 0.208 0.127 0.050 0.008 174 P 0.353 0.242 0.172 0.133 0.066 0.029 0.005 175 G 0.424 0.271 0.146 0.087 0.046 0.020 0.005 176 L 0.231 0.202 0.199 0.184 0.121 0.053 0.011 177 F 0.182 0.171 0.173 0.195 0.157 0.096 0.026 178 P 0.174 0.156 0.157 0.179 0.159 0.126 0.049 179 Y 0.160 0.174 0.159 0.181 0.163 0.121 0.043 180 R 0.092 0.108 0.129 0.182 0.202 0.191 0.096 181 P 0.143 0.157 0.147 0.178 0.171 0.132 0.072 182 I 0.137 0.151 0.151 0.183 0.164 0.145 0.069 183 T 0.098 0.109 0.118 0.191 0.226 0.191 0.067 184 T 0.166 0.223 0.192 0.188 0.139 0.074 0.019 185 T 0.143 0.198 0.183 0.205 0.166 0.087 0.019 186 D 0.080 0.234 0.266 0.234 0.124 0.053 0.008 187 Y 0.007 0.032 0.078 0.199 0.320 0.301 0.064 188 A 0.001 0.003 0.012 0.053 0.168 0.463 0.301 189 Y 0.001 0.001 0.004 0.019 0.081 0.362 0.533 190 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.172 0.809 191 R 0.001 0.001 0.004 0.015 0.052 0.269 0.659 192 F 0.001 0.001 0.003 0.011 0.044 0.285 0.657 193 H 0.001 0.004 0.016 0.059 0.197 0.490 0.233 194 G 0.002 0.016 0.059 0.182 0.371 0.327 0.042 195 R 0.027 0.144 0.257 0.290 0.209 0.065 0.007 196 N 0.186 0.257 0.272 0.187 0.074 0.021 0.002 197 E 0.403 0.337 0.147 0.073 0.029 0.010 0.001 198 R 0.257 0.221 0.210 0.189 0.096 0.026 0.001 199 W 0.466 0.278 0.150 0.072 0.027 0.007 0.001 200 F 0.268 0.205 0.201 0.197 0.105 0.023 0.001 201 E 0.541 0.286 0.109 0.048 0.013 0.003 0.001 202 A 0.545 0.286 0.105 0.048 0.013 0.003 0.001 203 E 0.511 0.224 0.136 0.088 0.033 0.008 0.001 204 G 0.569 0.211 0.105 0.069 0.035 0.010 0.001 205 E 0.477 0.290 0.141 0.066 0.021 0.005 0.001 206 E 0.334 0.276 0.194 0.135 0.050 0.011 0.001 207 R 0.237 0.205 0.179 0.196 0.135 0.045 0.003 208 Y 0.130 0.142 0.198 0.234 0.214 0.076 0.005 209 D 0.194 0.215 0.220 0.209 0.120 0.039 0.003 210 Y 0.127 0.179 0.191 0.248 0.176 0.073 0.005 211 L 0.223 0.237 0.189 0.170 0.119 0.055 0.006 212 Y 0.104 0.172 0.218 0.259 0.188 0.054 0.004 213 S 0.271 0.362 0.206 0.114 0.038 0.009 0.001 214 E 0.290 0.348 0.210 0.114 0.032 0.005 0.001 215 E 0.692 0.266 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 216 E 0.038 0.197 0.312 0.310 0.121 0.021 0.002 217 L 0.004 0.033 0.133 0.321 0.391 0.114 0.004 218 K 0.074 0.436 0.343 0.115 0.026 0.004 0.001 219 T 0.039 0.322 0.415 0.191 0.028 0.004 0.001 220 L 0.001 0.002 0.008 0.058 0.405 0.501 0.026 221 F 0.001 0.011 0.086 0.307 0.435 0.154 0.006 222 E 0.030 0.446 0.380 0.119 0.021 0.004 0.001 223 D 0.002 0.032 0.207 0.457 0.256 0.045 0.001 224 V 0.001 0.002 0.004 0.039 0.314 0.604 0.037 225 V 0.021 0.209 0.369 0.298 0.089 0.013 0.001 226 E 0.143 0.512 0.243 0.082 0.017 0.003 0.001 227 L 0.008 0.059 0.183 0.386 0.290 0.071 0.002 228 S 0.023 0.093 0.201 0.368 0.263 0.050 0.002 229 R 0.422 0.388 0.124 0.049 0.014 0.003 0.001 230 R 0.389 0.386 0.151 0.060 0.013 0.002 0.001 231 V 0.116 0.273 0.283 0.229 0.087 0.011 0.001 232 K 0.114 0.401 0.291 0.142 0.046 0.006 0.001 233 E 0.009 0.106 0.255 0.407 0.190 0.032 0.001 234 T 0.001 0.003 0.014 0.085 0.351 0.502 0.045 235 Y 0.001 0.001 0.005 0.037 0.189 0.579 0.190 236 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.214 0.770 237 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.135 0.854 238 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.144 0.844 239 N 0.001 0.002 0.011 0.042 0.136 0.395 0.415 240 N 0.001 0.004 0.015 0.068 0.243 0.458 0.211 241 C 0.015 0.108 0.205 0.253 0.241 0.143 0.034 242 Y 0.069 0.119 0.175 0.234 0.230 0.143 0.030 243 K 0.229 0.289 0.212 0.134 0.070 0.052 0.014 244 G 0.079 0.160 0.197 0.254 0.213 0.082 0.014 245 Q 0.029 0.100 0.204 0.269 0.253 0.121 0.025 246 A 0.015 0.045 0.070 0.138 0.242 0.360 0.129 247 A 0.009 0.051 0.108 0.206 0.301 0.261 0.064 248 I 0.016 0.099 0.234 0.338 0.202 0.100 0.010 249 N 0.002 0.011 0.032 0.144 0.346 0.374 0.091 250 A 0.003 0.005 0.007 0.024 0.114 0.512 0.335 251 L 0.010 0.064 0.182 0.356 0.266 0.113 0.009 252 Q 0.004 0.046 0.204 0.382 0.287 0.072 0.004 253 F 0.002 0.004 0.008 0.046 0.265 0.593 0.082 254 K 0.006 0.034 0.129 0.340 0.358 0.126 0.007 255 K 0.123 0.507 0.288 0.068 0.012 0.002 0.001 256 M 0.054 0.160 0.292 0.362 0.120 0.012 0.001 257 L 0.038 0.093 0.213 0.368 0.247 0.040 0.001 258 E 0.572 0.342 0.072 0.013 0.002 0.001 0.001 259 E 0.543 0.285 0.109 0.051 0.010 0.001 0.001 260 R 0.621 0.246 0.095 0.031 0.007 0.001 0.001 261 V 0.498 0.233 0.148 0.088 0.028 0.004 0.001