# TARGET T0217 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0217.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66.4773 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.001 0.002 0.001 0.071 0.859 2 V 0.671 0.011 0.002 0.003 0.037 0.276 3 Y 0.903 0.007 0.001 0.001 0.018 0.069 4 V 0.954 0.006 0.001 0.001 0.010 0.028 5 G 0.895 0.006 0.001 0.001 0.032 0.065 6 T 0.608 0.006 0.004 0.002 0.148 0.232 7 S 0.359 0.010 0.010 0.003 0.327 0.291 8 G 0.231 0.017 0.028 0.005 0.396 0.323 9 F 0.260 0.038 0.046 0.009 0.339 0.309 10 S 0.304 0.080 0.044 0.011 0.251 0.310 11 F 0.101 0.042 0.283 0.037 0.423 0.115 12 E 0.056 0.013 0.344 0.048 0.465 0.073 13 D 0.020 0.007 0.399 0.037 0.505 0.032 14 W 0.030 0.032 0.147 0.040 0.689 0.062 15 K 0.045 0.020 0.082 0.034 0.675 0.145 16 G 0.051 0.012 0.061 0.016 0.664 0.196 17 V 0.182 0.077 0.040 0.015 0.398 0.288 18 V 0.387 0.133 0.027 0.009 0.158 0.287 19 Y 0.262 0.084 0.017 0.008 0.253 0.377 20 P 0.018 0.007 0.054 0.012 0.882 0.026 21 E 0.005 0.003 0.091 0.016 0.863 0.023 22 H 0.001 0.002 0.062 0.012 0.891 0.032 23 L 0.009 0.082 0.013 0.008 0.788 0.101 24 K 0.006 0.027 0.007 0.018 0.159 0.782 25 P 0.002 0.005 0.352 0.525 0.081 0.035 26 S 0.003 0.001 0.410 0.454 0.097 0.035 27 Q 0.003 0.002 0.287 0.648 0.043 0.016 28 F 0.006 0.002 0.064 0.862 0.038 0.028 29 L 0.007 0.003 0.032 0.921 0.024 0.014 30 K 0.008 0.001 0.028 0.933 0.020 0.010 31 Y 0.009 0.002 0.024 0.936 0.019 0.009 32 Y 0.003 0.002 0.026 0.937 0.024 0.007 33 W 0.003 0.002 0.027 0.902 0.049 0.017 34 A 0.002 0.002 0.031 0.766 0.111 0.088 35 V 0.006 0.007 0.063 0.303 0.380 0.240 36 L 0.006 0.003 0.069 0.124 0.411 0.388 37 G 0.014 0.006 0.009 0.005 0.220 0.746 38 F 0.102 0.011 0.006 0.004 0.231 0.647 39 R 0.288 0.005 0.003 0.002 0.140 0.562 40 I 0.936 0.004 0.001 0.001 0.011 0.047 41 V 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 42 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 43 L 0.923 0.003 0.001 0.006 0.018 0.050 44 N 0.526 0.007 0.004 0.012 0.172 0.280 45 F 0.447 0.015 0.011 0.018 0.293 0.216 46 T 0.342 0.023 0.041 0.019 0.277 0.299 47 Y 0.434 0.025 0.070 0.047 0.290 0.135 48 Y 0.254 0.025 0.039 0.037 0.365 0.280 49 T 0.152 0.020 0.026 0.034 0.387 0.381 50 Q 0.043 0.018 0.014 0.026 0.407 0.493 51 P 0.019 0.024 0.027 0.052 0.328 0.550 52 S 0.018 0.016 0.017 0.086 0.206 0.657 53 W 0.004 0.001 0.032 0.868 0.045 0.049 54 R 0.003 0.001 0.009 0.966 0.013 0.009 55 S 0.006 0.001 0.009 0.967 0.010 0.007 56 F 0.006 0.001 0.005 0.979 0.005 0.004 57 V 0.004 0.001 0.004 0.986 0.004 0.003 58 Q 0.002 0.001 0.004 0.988 0.003 0.002 59 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 60 L 0.001 0.001 0.009 0.974 0.008 0.007 61 R 0.001 0.001 0.010 0.948 0.019 0.020 62 K 0.005 0.002 0.012 0.810 0.046 0.125 63 T 0.003 0.005 0.003 0.049 0.097 0.843 64 P 0.002 0.004 0.010 0.003 0.910 0.071 65 P 0.001 0.001 0.027 0.001 0.951 0.019 66 D 0.001 0.001 0.014 0.001 0.958 0.026 67 F 0.290 0.018 0.009 0.001 0.634 0.049 68 Y 0.909 0.004 0.001 0.001 0.012 0.075 69 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 70 T 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 72 K 0.777 0.001 0.001 0.001 0.036 0.186 73 T 0.345 0.008 0.002 0.001 0.106 0.539 74 P 0.187 0.014 0.006 0.002 0.239 0.552 75 G 0.312 0.015 0.019 0.007 0.248 0.397 76 S 0.613 0.017 0.023 0.013 0.163 0.172 77 V 0.708 0.017 0.018 0.026 0.157 0.074 78 T 0.547 0.021 0.009 0.056 0.196 0.171 79 H 0.139 0.012 0.010 0.198 0.242 0.400 80 V 0.062 0.010 0.021 0.504 0.218 0.186 81 L 0.054 0.014 0.027 0.658 0.121 0.126 82 W 0.040 0.017 0.051 0.606 0.178 0.108 83 K 0.034 0.015 0.074 0.471 0.267 0.141 84 E 0.023 0.013 0.072 0.294 0.404 0.194 85 G 0.011 0.008 0.039 0.089 0.531 0.322 86 K 0.008 0.012 0.010 0.025 0.374 0.571 87 D 0.005 0.009 0.004 0.015 0.271 0.696 88 P 0.001 0.002 0.069 0.592 0.191 0.146 89 K 0.001 0.001 0.066 0.796 0.097 0.038 90 E 0.002 0.002 0.052 0.797 0.119 0.027 91 D 0.001 0.002 0.023 0.897 0.036 0.041 92 M 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 93 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 94 N 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.007 95 F 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 96 T 0.001 0.001 0.007 0.980 0.007 0.004 97 R 0.001 0.001 0.015 0.967 0.010 0.007 98 Q 0.002 0.001 0.011 0.955 0.014 0.018 99 I 0.002 0.001 0.011 0.936 0.016 0.033 100 E 0.006 0.003 0.032 0.790 0.069 0.100 101 P 0.004 0.001 0.069 0.774 0.086 0.066 102 L 0.005 0.003 0.117 0.693 0.119 0.064 103 I 0.003 0.003 0.103 0.765 0.094 0.032 104 E 0.003 0.002 0.111 0.751 0.096 0.037 105 E 0.005 0.004 0.108 0.572 0.193 0.117 106 Q 0.013 0.005 0.096 0.269 0.391 0.225 107 R 0.030 0.012 0.057 0.116 0.412 0.373 108 L 0.042 0.012 0.036 0.084 0.363 0.463 109 K 0.073 0.009 0.015 0.019 0.280 0.604 110 M 0.211 0.005 0.010 0.009 0.217 0.548 111 T 0.607 0.005 0.009 0.006 0.087 0.286 112 L 0.959 0.004 0.003 0.003 0.009 0.022 113 A 0.971 0.003 0.001 0.002 0.006 0.016 114 Q 0.945 0.003 0.002 0.003 0.011 0.036 115 F 0.677 0.011 0.003 0.005 0.061 0.242 116 P 0.178 0.012 0.015 0.006 0.335 0.455 117 F 0.054 0.014 0.037 0.010 0.484 0.401 118 S 0.031 0.014 0.106 0.017 0.586 0.245 119 F 0.052 0.026 0.126 0.033 0.568 0.195 120 K 0.052 0.029 0.084 0.058 0.417 0.361 121 F 0.031 0.041 0.038 0.092 0.395 0.403 122 S 0.011 0.011 0.012 0.077 0.294 0.595 123 R 0.001 0.001 0.175 0.732 0.070 0.022 124 K 0.003 0.002 0.151 0.723 0.092 0.028 125 N 0.005 0.003 0.068 0.817 0.063 0.044 126 V 0.001 0.001 0.006 0.975 0.008 0.010 127 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.004 128 Y 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 129 L 0.002 0.001 0.005 0.985 0.005 0.004 130 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 131 K 0.001 0.001 0.015 0.965 0.009 0.010 132 L 0.001 0.001 0.023 0.904 0.030 0.041 133 R 0.002 0.003 0.050 0.729 0.144 0.072 134 E 0.002 0.002 0.061 0.603 0.225 0.107 135 S 0.005 0.004 0.054 0.402 0.291 0.244 136 Y 0.007 0.005 0.018 0.025 0.423 0.522 137 P 0.010 0.004 0.014 0.002 0.276 0.693 138 Y 0.066 0.007 0.051 0.002 0.386 0.488 139 E 0.280 0.003 0.028 0.001 0.255 0.434 140 L 0.890 0.005 0.006 0.001 0.035 0.064 141 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 142 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 143 E 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 144 F 0.882 0.003 0.001 0.001 0.024 0.091 145 R 0.479 0.014 0.002 0.002 0.127 0.377 146 H 0.109 0.020 0.018 0.005 0.498 0.349 147 Y 0.028 0.010 0.064 0.011 0.701 0.187 148 S 0.016 0.011 0.072 0.015 0.742 0.145 149 W 0.017 0.035 0.071 0.029 0.678 0.169 150 D 0.011 0.025 0.016 0.044 0.359 0.546 151 R 0.005 0.009 0.013 0.222 0.288 0.464 152 E 0.001 0.001 0.017 0.929 0.037 0.016 153 E 0.001 0.001 0.014 0.971 0.011 0.003 154 T 0.001 0.001 0.010 0.978 0.006 0.004 155 Y 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 156 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 157 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 158 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 159 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 160 N 0.001 0.001 0.007 0.988 0.003 0.002 161 H 0.001 0.001 0.014 0.870 0.023 0.091 162 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.985 163 I 0.069 0.003 0.001 0.001 0.034 0.894 164 T 0.854 0.001 0.001 0.001 0.016 0.128 165 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 166 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 167 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 168 V 0.842 0.003 0.001 0.001 0.019 0.136 169 D 0.236 0.009 0.003 0.002 0.231 0.519 170 E 0.035 0.013 0.032 0.009 0.636 0.275 171 P 0.014 0.013 0.096 0.014 0.690 0.173 172 K 0.014 0.021 0.119 0.024 0.682 0.140 173 L 0.010 0.021 0.080 0.027 0.723 0.138 174 P 0.009 0.025 0.055 0.028 0.654 0.228 175 G 0.010 0.013 0.032 0.010 0.645 0.289 176 L 0.034 0.048 0.021 0.008 0.541 0.348 177 F 0.068 0.042 0.016 0.007 0.331 0.535 178 P 0.099 0.041 0.022 0.011 0.372 0.455 179 Y 0.114 0.049 0.024 0.015 0.301 0.496 180 R 0.145 0.038 0.031 0.016 0.300 0.469 181 P 0.189 0.020 0.063 0.036 0.353 0.339 182 I 0.213 0.042 0.069 0.036 0.337 0.303 183 T 0.256 0.057 0.042 0.037 0.334 0.275 184 T 0.199 0.037 0.025 0.014 0.469 0.257 185 T 0.082 0.009 0.020 0.005 0.637 0.246 186 D 0.122 0.006 0.024 0.004 0.554 0.290 187 Y 0.541 0.018 0.010 0.003 0.235 0.193 188 A 0.802 0.005 0.002 0.002 0.068 0.121 189 Y 0.953 0.002 0.001 0.002 0.013 0.031 190 F 0.983 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 191 R 0.979 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 192 F 0.928 0.002 0.001 0.002 0.022 0.046 193 H 0.597 0.010 0.002 0.004 0.111 0.276 194 G 0.170 0.010 0.005 0.003 0.321 0.492 195 R 0.053 0.014 0.008 0.009 0.380 0.537 196 N 0.040 0.018 0.020 0.032 0.416 0.474 197 E 0.028 0.006 0.199 0.269 0.383 0.116 198 R 0.047 0.007 0.174 0.397 0.275 0.099 199 W 0.071 0.017 0.157 0.498 0.180 0.077 200 F 0.118 0.029 0.071 0.479 0.148 0.155 201 E 0.093 0.027 0.063 0.387 0.223 0.207 202 A 0.053 0.015 0.071 0.306 0.366 0.188 203 E 0.032 0.009 0.039 0.219 0.415 0.287 204 G 0.020 0.004 0.013 0.039 0.364 0.560 205 E 0.064 0.018 0.025 0.083 0.316 0.493 206 E 0.181 0.034 0.027 0.085 0.240 0.434 207 R 0.191 0.039 0.052 0.113 0.261 0.344 208 Y 0.169 0.021 0.063 0.186 0.230 0.331 209 D 0.187 0.012 0.104 0.165 0.217 0.315 210 Y 0.153 0.014 0.086 0.208 0.233 0.307 211 L 0.121 0.027 0.038 0.096 0.223 0.496 212 Y 0.074 0.046 0.011 0.062 0.195 0.614 213 S 0.018 0.007 0.001 0.026 0.105 0.842 214 E 0.001 0.001 0.014 0.951 0.019 0.015 215 E 0.001 0.001 0.016 0.972 0.009 0.002 216 E 0.001 0.001 0.017 0.969 0.010 0.003 217 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 218 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 219 T 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 220 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 221 F 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.005 222 E 0.001 0.001 0.008 0.976 0.009 0.006 223 D 0.001 0.001 0.006 0.972 0.009 0.011 224 V 0.001 0.001 0.006 0.969 0.009 0.015 225 V 0.001 0.001 0.008 0.975 0.008 0.007 226 E 0.001 0.001 0.011 0.969 0.013 0.006 227 L 0.002 0.001 0.011 0.946 0.021 0.020 228 S 0.004 0.002 0.024 0.854 0.055 0.061 229 R 0.005 0.002 0.060 0.732 0.112 0.089 230 R 0.011 0.003 0.089 0.346 0.191 0.359 231 V 0.031 0.007 0.066 0.062 0.315 0.519 232 K 0.089 0.005 0.023 0.011 0.267 0.605 233 E 0.451 0.003 0.007 0.008 0.141 0.390 234 T 0.924 0.002 0.001 0.003 0.020 0.051 235 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 236 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 237 F 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 238 F 0.954 0.001 0.001 0.002 0.012 0.031 239 N 0.605 0.004 0.001 0.006 0.139 0.244 240 N 0.135 0.019 0.007 0.012 0.481 0.346 241 C 0.054 0.024 0.025 0.040 0.592 0.265 242 Y 0.027 0.015 0.110 0.150 0.541 0.157 243 K 0.017 0.006 0.134 0.262 0.438 0.143 244 G 0.013 0.005 0.128 0.437 0.256 0.161 245 Q 0.022 0.014 0.060 0.670 0.103 0.132 246 A 0.024 0.012 0.053 0.671 0.104 0.136 247 A 0.012 0.004 0.045 0.803 0.067 0.069 248 I 0.010 0.002 0.042 0.838 0.059 0.049 249 N 0.007 0.002 0.023 0.876 0.046 0.047 250 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.008 0.010 251 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 252 Q 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 253 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 254 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 255 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 256 M 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.004 257 L 0.001 0.001 0.005 0.966 0.012 0.017 258 E 0.001 0.001 0.020 0.800 0.069 0.109 259 E 0.002 0.002 0.026 0.650 0.106 0.213 260 R 0.004 0.004 0.016 0.345 0.117 0.514 261 V 0.004 0.003 0.003 0.024 0.080 0.887