# TARGET T0217 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0217.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 66.4773 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.175 0.185 0.187 0.172 0.145 0.043 2 V 0.007 0.016 0.040 0.129 0.263 0.379 0.165 3 Y 0.017 0.022 0.032 0.067 0.155 0.351 0.355 4 V 0.002 0.004 0.009 0.027 0.080 0.336 0.542 5 G 0.002 0.003 0.007 0.022 0.067 0.253 0.647 6 T 0.002 0.003 0.004 0.010 0.035 0.214 0.732 7 S 0.001 0.002 0.004 0.013 0.053 0.242 0.684 8 G 0.002 0.008 0.020 0.047 0.115 0.330 0.478 9 F 0.003 0.007 0.015 0.051 0.165 0.430 0.329 10 S 0.004 0.018 0.041 0.113 0.262 0.428 0.134 11 F 0.011 0.036 0.096 0.239 0.339 0.234 0.045 12 E 0.170 0.323 0.253 0.156 0.070 0.024 0.005 13 D 0.287 0.306 0.205 0.122 0.052 0.023 0.005 14 W 0.050 0.072 0.136 0.262 0.295 0.164 0.021 15 K 0.173 0.267 0.258 0.172 0.087 0.036 0.006 16 G 0.119 0.163 0.204 0.223 0.180 0.096 0.015 17 V 0.050 0.111 0.183 0.224 0.247 0.161 0.024 18 V 0.019 0.048 0.110 0.228 0.331 0.241 0.023 19 Y 0.028 0.069 0.151 0.282 0.306 0.155 0.010 20 P 0.072 0.157 0.275 0.287 0.171 0.037 0.002 21 E 0.509 0.327 0.119 0.035 0.008 0.001 0.001 22 H 0.647 0.250 0.069 0.025 0.007 0.002 0.001 23 L 0.168 0.206 0.274 0.241 0.091 0.019 0.001 24 K 0.467 0.323 0.119 0.064 0.022 0.005 0.001 25 P 0.526 0.258 0.135 0.061 0.017 0.002 0.001 26 S 0.592 0.273 0.101 0.027 0.005 0.001 0.001 27 Q 0.724 0.242 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 28 F 0.090 0.237 0.364 0.242 0.061 0.006 0.001 29 L 0.051 0.048 0.090 0.308 0.385 0.115 0.003 30 K 0.118 0.325 0.338 0.180 0.036 0.003 0.001 31 Y 0.128 0.296 0.262 0.209 0.081 0.023 0.001 32 Y 0.020 0.047 0.092 0.173 0.312 0.325 0.031 33 W 0.026 0.044 0.117 0.259 0.354 0.182 0.017 34 A 0.196 0.401 0.246 0.114 0.032 0.009 0.001 35 V 0.135 0.209 0.243 0.246 0.137 0.027 0.002 36 L 0.104 0.241 0.279 0.210 0.116 0.043 0.005 37 G 0.121 0.253 0.268 0.227 0.104 0.024 0.003 38 F 0.012 0.016 0.035 0.109 0.319 0.423 0.088 39 R 0.025 0.080 0.134 0.275 0.278 0.170 0.038 40 I 0.009 0.022 0.059 0.137 0.231 0.371 0.170 41 V 0.005 0.013 0.021 0.064 0.175 0.422 0.301 42 E 0.002 0.006 0.019 0.069 0.176 0.385 0.343 43 L 0.004 0.010 0.014 0.032 0.093 0.370 0.476 44 N 0.026 0.072 0.126 0.222 0.217 0.219 0.117 45 F 0.021 0.088 0.165 0.203 0.194 0.224 0.104 46 T 0.017 0.025 0.046 0.107 0.223 0.381 0.202 47 Y 0.025 0.053 0.083 0.153 0.239 0.356 0.092 48 Y 0.033 0.050 0.080 0.168 0.267 0.301 0.102 49 T 0.067 0.157 0.210 0.240 0.188 0.123 0.014 50 Q 0.127 0.202 0.225 0.211 0.152 0.073 0.010 51 P 0.120 0.140 0.176 0.234 0.200 0.112 0.019 52 S 0.284 0.271 0.191 0.128 0.083 0.037 0.007 53 W 0.142 0.237 0.261 0.227 0.099 0.031 0.004 54 R 0.371 0.404 0.148 0.053 0.018 0.005 0.001 55 S 0.046 0.178 0.271 0.264 0.173 0.060 0.008 56 F 0.012 0.018 0.036 0.182 0.402 0.312 0.037 57 V 0.039 0.241 0.355 0.264 0.082 0.017 0.001 58 Q 0.079 0.381 0.340 0.160 0.034 0.005 0.001 59 M 0.006 0.020 0.066 0.245 0.423 0.230 0.011 60 L 0.010 0.032 0.117 0.340 0.394 0.103 0.005 61 R 0.208 0.488 0.214 0.071 0.016 0.003 0.001 62 K 0.159 0.412 0.285 0.118 0.023 0.003 0.001 63 T 0.016 0.070 0.208 0.393 0.265 0.047 0.001 64 P 0.231 0.411 0.250 0.088 0.019 0.001 0.001 65 P 0.531 0.357 0.088 0.020 0.003 0.001 0.001 66 D 0.079 0.393 0.369 0.133 0.022 0.003 0.001 67 F 0.001 0.004 0.024 0.182 0.544 0.238 0.006 68 Y 0.003 0.023 0.134 0.349 0.354 0.124 0.013 69 F 0.001 0.004 0.009 0.024 0.100 0.585 0.276 70 T 0.001 0.003 0.010 0.045 0.157 0.405 0.379 71 V 0.001 0.003 0.009 0.032 0.104 0.331 0.520 72 K 0.002 0.011 0.026 0.073 0.135 0.303 0.450 73 T 0.005 0.016 0.029 0.079 0.143 0.406 0.321 74 P 0.007 0.028 0.055 0.115 0.200 0.338 0.257 75 G 0.029 0.084 0.149 0.234 0.203 0.212 0.090 76 S 0.024 0.057 0.105 0.175 0.238 0.300 0.101 77 V 0.013 0.018 0.027 0.069 0.209 0.515 0.149 78 T 0.016 0.037 0.070 0.145 0.267 0.354 0.111 79 H 0.020 0.046 0.092 0.201 0.301 0.283 0.056 80 V 0.045 0.150 0.240 0.274 0.186 0.087 0.019 81 L 0.126 0.190 0.222 0.236 0.160 0.060 0.007 82 W 0.163 0.174 0.202 0.239 0.170 0.049 0.004 83 K 0.446 0.293 0.150 0.076 0.028 0.006 0.001 84 E 0.412 0.283 0.179 0.089 0.030 0.006 0.001 85 G 0.227 0.256 0.238 0.191 0.072 0.015 0.001 86 K 0.445 0.305 0.140 0.071 0.028 0.009 0.001 87 D 0.561 0.263 0.102 0.051 0.019 0.004 0.001 88 P 0.205 0.322 0.278 0.145 0.044 0.007 0.001 89 K 0.657 0.246 0.066 0.023 0.007 0.002 0.001 90 E 0.492 0.359 0.114 0.027 0.007 0.001 0.001 91 D 0.057 0.203 0.305 0.293 0.121 0.020 0.001 92 M 0.009 0.038 0.108 0.383 0.369 0.089 0.004 93 E 0.077 0.395 0.369 0.129 0.026 0.004 0.001 94 N 0.023 0.128 0.328 0.358 0.142 0.020 0.001 95 F 0.002 0.003 0.009 0.049 0.288 0.586 0.062 96 T 0.002 0.026 0.139 0.362 0.335 0.130 0.005 97 R 0.024 0.252 0.365 0.247 0.089 0.021 0.001 98 Q 0.002 0.011 0.052 0.232 0.430 0.262 0.011 99 I 0.002 0.005 0.017 0.076 0.307 0.514 0.079 100 E 0.029 0.191 0.300 0.284 0.149 0.044 0.003 101 P 0.075 0.345 0.332 0.174 0.058 0.014 0.001 102 L 0.005 0.025 0.088 0.296 0.406 0.173 0.006 103 I 0.074 0.197 0.276 0.290 0.143 0.020 0.001 104 E 0.391 0.417 0.156 0.031 0.004 0.001 0.001 105 E 0.560 0.300 0.103 0.031 0.005 0.001 0.001 106 Q 0.265 0.459 0.205 0.060 0.009 0.001 0.001 107 R 0.032 0.170 0.300 0.341 0.136 0.019 0.001 108 L 0.004 0.017 0.070 0.252 0.461 0.189 0.007 109 K 0.058 0.287 0.336 0.222 0.077 0.019 0.002 110 M 0.003 0.014 0.051 0.146 0.285 0.426 0.074 111 T 0.001 0.005 0.017 0.061 0.237 0.526 0.153 112 L 0.001 0.003 0.012 0.054 0.178 0.424 0.329 113 A 0.001 0.003 0.006 0.018 0.067 0.404 0.501 114 Q 0.001 0.003 0.009 0.039 0.143 0.456 0.349 115 F 0.001 0.003 0.013 0.054 0.183 0.476 0.270 116 P 0.005 0.044 0.127 0.238 0.288 0.245 0.053 117 F 0.025 0.071 0.117 0.234 0.294 0.227 0.032 118 S 0.071 0.214 0.249 0.221 0.158 0.078 0.009 119 F 0.127 0.146 0.227 0.264 0.183 0.049 0.002 120 K 0.352 0.346 0.181 0.083 0.028 0.008 0.001 121 F 0.144 0.220 0.259 0.246 0.110 0.021 0.001 122 S 0.495 0.324 0.119 0.043 0.015 0.003 0.001 123 R 0.618 0.240 0.097 0.035 0.008 0.001 0.001 124 K 0.461 0.370 0.115 0.040 0.012 0.002 0.001 125 N 0.044 0.101 0.180 0.304 0.280 0.086 0.005 126 V 0.017 0.082 0.240 0.399 0.217 0.044 0.001 127 E 0.150 0.600 0.209 0.037 0.005 0.001 0.001 128 Y 0.002 0.019 0.143 0.397 0.360 0.077 0.002 129 L 0.001 0.001 0.005 0.056 0.371 0.540 0.026 130 E 0.017 0.240 0.429 0.259 0.051 0.004 0.001 131 K 0.021 0.317 0.446 0.192 0.022 0.001 0.001 132 L 0.001 0.007 0.037 0.204 0.471 0.274 0.006 133 R 0.015 0.132 0.338 0.373 0.131 0.011 0.001 134 E 0.416 0.446 0.106 0.025 0.005 0.001 0.001 135 S 0.237 0.331 0.271 0.129 0.030 0.003 0.001 136 Y 0.058 0.182 0.312 0.323 0.113 0.012 0.001 137 P 0.268 0.507 0.166 0.048 0.010 0.001 0.001 138 Y 0.001 0.017 0.104 0.353 0.419 0.101 0.004 139 E 0.003 0.026 0.109 0.293 0.383 0.170 0.015 140 L 0.001 0.001 0.002 0.018 0.140 0.652 0.189 141 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.313 0.660 142 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.171 0.815 143 E 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.256 0.691 144 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.426 0.531 145 R 0.001 0.002 0.011 0.067 0.214 0.493 0.214 146 H 0.001 0.010 0.034 0.100 0.249 0.454 0.152 147 Y 0.010 0.064 0.163 0.275 0.281 0.172 0.034 148 S 0.060 0.167 0.187 0.208 0.198 0.154 0.026 149 W 0.013 0.055 0.141 0.271 0.312 0.183 0.027 150 D 0.066 0.207 0.253 0.248 0.168 0.055 0.003 151 R 0.109 0.330 0.317 0.184 0.052 0.008 0.001 152 E 0.645 0.265 0.066 0.018 0.005 0.001 0.001 153 E 0.159 0.420 0.312 0.091 0.016 0.002 0.001 154 T 0.015 0.017 0.044 0.245 0.467 0.205 0.007 155 Y 0.014 0.116 0.318 0.378 0.153 0.020 0.001 156 E 0.188 0.604 0.171 0.032 0.004 0.001 0.001 157 F 0.007 0.040 0.167 0.426 0.296 0.062 0.001 158 L 0.004 0.009 0.036 0.161 0.471 0.305 0.014 159 R 0.099 0.375 0.330 0.156 0.035 0.005 0.001 160 N 0.307 0.461 0.165 0.054 0.010 0.002 0.001 161 H 0.012 0.098 0.274 0.353 0.217 0.044 0.001 162 G 0.065 0.303 0.324 0.212 0.074 0.019 0.002 163 I 0.001 0.005 0.021 0.107 0.356 0.434 0.075 164 T 0.001 0.006 0.034 0.132 0.324 0.407 0.096 165 F 0.001 0.001 0.005 0.025 0.118 0.523 0.327 166 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.307 0.657 167 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.068 0.387 0.532 168 V 0.001 0.001 0.006 0.030 0.145 0.430 0.388 169 D 0.002 0.018 0.058 0.182 0.326 0.341 0.072 170 E 0.025 0.146 0.252 0.303 0.189 0.075 0.010 171 P 0.125 0.268 0.253 0.203 0.110 0.035 0.005 172 K 0.362 0.326 0.173 0.087 0.038 0.013 0.002 173 L 0.078 0.099 0.193 0.294 0.235 0.093 0.009 174 P 0.314 0.305 0.202 0.113 0.046 0.017 0.003 175 G 0.281 0.251 0.185 0.141 0.086 0.046 0.010 176 L 0.140 0.144 0.163 0.204 0.185 0.129 0.034 177 F 0.097 0.109 0.145 0.206 0.212 0.176 0.055 178 P 0.117 0.132 0.150 0.180 0.170 0.172 0.078 179 Y 0.092 0.111 0.129 0.177 0.209 0.203 0.080 180 R 0.090 0.118 0.162 0.209 0.206 0.155 0.060 181 P 0.117 0.177 0.185 0.182 0.150 0.131 0.058 182 I 0.063 0.084 0.109 0.163 0.216 0.257 0.108 183 T 0.049 0.080 0.115 0.193 0.255 0.240 0.067 184 T 0.041 0.103 0.164 0.232 0.240 0.173 0.046 185 T 0.037 0.090 0.146 0.240 0.266 0.172 0.049 186 D 0.089 0.295 0.233 0.178 0.107 0.065 0.032 187 Y 0.002 0.009 0.037 0.136 0.292 0.381 0.144 188 A 0.001 0.001 0.005 0.029 0.147 0.511 0.306 189 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.060 0.355 0.574 190 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.193 0.793 191 R 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.234 0.734 192 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.272 0.693 193 H 0.001 0.001 0.005 0.027 0.139 0.487 0.341 194 G 0.002 0.023 0.072 0.191 0.303 0.324 0.085 195 R 0.008 0.078 0.189 0.287 0.255 0.155 0.027 196 N 0.108 0.152 0.182 0.227 0.200 0.117 0.014 197 E 0.214 0.252 0.228 0.175 0.095 0.032 0.003 198 R 0.238 0.261 0.233 0.159 0.080 0.025 0.003 199 W 0.112 0.180 0.237 0.234 0.163 0.067 0.007 200 F 0.203 0.212 0.233 0.212 0.106 0.033 0.002 201 E 0.610 0.245 0.086 0.041 0.013 0.003 0.001 202 A 0.801 0.116 0.041 0.026 0.013 0.003 0.001 203 E 0.795 0.148 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 204 G 0.705 0.208 0.065 0.019 0.003 0.001 0.001 205 E 0.624 0.260 0.084 0.026 0.005 0.001 0.001 206 E 0.539 0.321 0.109 0.027 0.004 0.001 0.001 207 R 0.079 0.174 0.276 0.319 0.131 0.020 0.001 208 Y 0.059 0.084 0.166 0.317 0.280 0.090 0.004 209 D 0.185 0.393 0.270 0.110 0.033 0.008 0.001 210 Y 0.065 0.109 0.209 0.313 0.226 0.074 0.004 211 L 0.082 0.204 0.245 0.246 0.163 0.058 0.002 212 Y 0.020 0.050 0.151 0.344 0.329 0.102 0.004 213 S 0.428 0.356 0.143 0.052 0.017 0.003 0.001 214 E 0.366 0.426 0.158 0.041 0.008 0.001 0.001 215 E 0.569 0.315 0.084 0.025 0.006 0.001 0.001 216 E 0.019 0.175 0.337 0.318 0.126 0.025 0.001 217 L 0.003 0.011 0.039 0.271 0.509 0.164 0.004 218 K 0.066 0.376 0.399 0.140 0.018 0.001 0.001 219 T 0.127 0.479 0.302 0.079 0.012 0.001 0.001 220 L 0.003 0.007 0.029 0.152 0.473 0.327 0.009 221 F 0.002 0.017 0.118 0.409 0.374 0.080 0.001 222 E 0.092 0.547 0.281 0.068 0.011 0.001 0.001 223 D 0.015 0.079 0.287 0.445 0.158 0.017 0.001 224 V 0.003 0.005 0.012 0.064 0.337 0.545 0.034 225 V 0.032 0.174 0.341 0.320 0.114 0.018 0.001 226 E 0.181 0.528 0.215 0.062 0.013 0.002 0.001 227 L 0.015 0.054 0.154 0.387 0.302 0.082 0.005 228 S 0.063 0.132 0.188 0.296 0.230 0.087 0.005 229 R 0.325 0.422 0.175 0.058 0.016 0.003 0.001 230 R 0.255 0.367 0.229 0.117 0.028 0.003 0.001 231 V 0.023 0.091 0.201 0.347 0.264 0.070 0.003 232 K 0.097 0.346 0.286 0.181 0.073 0.016 0.001 233 E 0.040 0.199 0.327 0.290 0.116 0.025 0.003 234 T 0.001 0.002 0.010 0.062 0.260 0.567 0.099 235 Y 0.001 0.001 0.002 0.017 0.146 0.559 0.276 236 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.179 0.808 237 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.129 0.860 238 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.106 0.886 239 N 0.001 0.001 0.004 0.031 0.124 0.333 0.507 240 N 0.001 0.004 0.012 0.045 0.153 0.461 0.324 241 C 0.005 0.028 0.066 0.150 0.256 0.346 0.150 242 Y 0.021 0.049 0.097 0.182 0.253 0.297 0.101 243 K 0.048 0.114 0.167 0.208 0.175 0.175 0.112 244 G 0.052 0.096 0.121 0.186 0.251 0.227 0.068 245 Q 0.028 0.057 0.107 0.200 0.272 0.238 0.097 246 A 0.010 0.016 0.023 0.046 0.116 0.394 0.396 247 A 0.012 0.041 0.077 0.162 0.255 0.329 0.124 248 I 0.005 0.041 0.150 0.287 0.319 0.166 0.033 249 N 0.001 0.003 0.013 0.052 0.217 0.516 0.198 250 A 0.001 0.001 0.002 0.013 0.099 0.627 0.256 251 L 0.004 0.059 0.222 0.407 0.243 0.061 0.004 252 Q 0.002 0.037 0.209 0.424 0.273 0.052 0.002 253 F 0.001 0.001 0.002 0.015 0.161 0.702 0.119 254 K 0.004 0.037 0.151 0.420 0.317 0.070 0.001 255 K 0.064 0.477 0.332 0.106 0.019 0.002 0.001 256 M 0.020 0.091 0.264 0.434 0.169 0.021 0.001 257 L 0.026 0.043 0.097 0.316 0.388 0.127 0.004 258 E 0.440 0.381 0.135 0.036 0.007 0.001 0.001 259 E 0.660 0.262 0.063 0.013 0.002 0.001 0.001 260 R 0.488 0.268 0.152 0.072 0.017 0.003 0.001 261 V 0.515 0.231 0.146 0.078 0.024 0.004 0.001