# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.006 0.005 0.086 0.220 0.669 2 T 0.020 0.021 0.009 0.188 0.146 0.616 3 F 0.010 0.005 0.021 0.518 0.139 0.307 4 E 0.003 0.001 0.028 0.780 0.089 0.099 5 E 0.002 0.002 0.023 0.792 0.088 0.093 6 F 0.002 0.002 0.016 0.849 0.060 0.071 7 K 0.001 0.001 0.003 0.959 0.014 0.022 8 D 0.001 0.001 0.002 0.959 0.018 0.020 9 R 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.008 10 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 11 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 12 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.003 13 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 14 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.002 15 K 0.001 0.001 0.008 0.975 0.011 0.005 16 K 0.001 0.001 0.013 0.940 0.030 0.016 17 N 0.001 0.001 0.014 0.806 0.063 0.115 18 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.074 0.917 19 V 0.023 0.002 0.001 0.002 0.106 0.866 20 E 0.273 0.007 0.002 0.001 0.097 0.620 21 V 0.909 0.004 0.001 0.001 0.019 0.065 22 Q 0.976 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 23 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 24 S 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 25 F 0.968 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 26 L 0.914 0.001 0.002 0.001 0.043 0.038 27 E 0.791 0.006 0.005 0.002 0.119 0.078 28 T 0.487 0.007 0.015 0.005 0.378 0.108 29 R 0.291 0.012 0.021 0.005 0.537 0.134 30 E 0.427 0.007 0.011 0.003 0.366 0.187 31 F 0.700 0.009 0.004 0.002 0.149 0.135 32 S 0.868 0.004 0.001 0.002 0.041 0.084 33 L 0.959 0.006 0.001 0.002 0.012 0.021 34 R 0.972 0.002 0.001 0.001 0.011 0.013 35 L 0.919 0.002 0.002 0.003 0.056 0.017 36 A 0.608 0.003 0.006 0.007 0.323 0.053 37 N 0.129 0.003 0.010 0.008 0.803 0.048 38 G 0.113 0.003 0.011 0.008 0.776 0.088 39 D 0.696 0.017 0.004 0.004 0.142 0.137 40 L 0.890 0.009 0.002 0.002 0.040 0.056 41 D 0.899 0.002 0.002 0.002 0.027 0.068 42 Q 0.945 0.008 0.002 0.002 0.020 0.023 43 Y 0.919 0.002 0.003 0.003 0.030 0.042 44 T 0.939 0.002 0.002 0.002 0.027 0.028 45 D 0.884 0.005 0.005 0.005 0.051 0.051 46 A 0.668 0.011 0.018 0.008 0.234 0.062 47 G 0.247 0.011 0.066 0.010 0.590 0.076 48 K 0.222 0.004 0.041 0.004 0.628 0.101 49 F 0.574 0.013 0.012 0.005 0.306 0.090 50 N 0.779 0.004 0.001 0.002 0.072 0.142 51 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.007 0.021 52 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 53 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 54 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 55 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 56 L 0.958 0.003 0.001 0.001 0.031 0.007 57 K 0.785 0.007 0.002 0.001 0.183 0.022 58 D 0.102 0.001 0.006 0.002 0.860 0.029 59 G 0.094 0.004 0.011 0.005 0.847 0.038 60 K 0.773 0.021 0.003 0.002 0.136 0.065 61 T 0.913 0.005 0.001 0.002 0.030 0.050 62 G 0.945 0.002 0.001 0.001 0.009 0.043 63 T 0.966 0.010 0.001 0.001 0.006 0.017 64 F 0.921 0.003 0.003 0.004 0.027 0.043 65 R 0.839 0.003 0.005 0.005 0.048 0.100 66 T 0.461 0.007 0.017 0.011 0.219 0.284 67 Q 0.145 0.016 0.024 0.019 0.355 0.441 68 V 0.049 0.015 0.027 0.031 0.376 0.502 69 L 0.010 0.003 0.161 0.236 0.433 0.156 70 E 0.004 0.002 0.150 0.471 0.276 0.097 71 N 0.004 0.005 0.118 0.615 0.172 0.086 72 P 0.002 0.001 0.020 0.929 0.025 0.024 73 E 0.002 0.001 0.006 0.967 0.012 0.013 74 K 0.001 0.001 0.007 0.968 0.012 0.012 75 C 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.004 76 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 77 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 78 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 79 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 80 L 0.001 0.001 0.004 0.979 0.010 0.006 81 S 0.001 0.001 0.005 0.953 0.027 0.015 82 N 0.001 0.001 0.006 0.932 0.032 0.029 83 L 0.004 0.003 0.025 0.826 0.076 0.066 84 Q 0.009 0.003 0.040 0.707 0.142 0.100 85 V 0.019 0.006 0.050 0.526 0.221 0.178 86 K 0.020 0.010 0.022 0.191 0.314 0.443 87 D 0.016 0.007 0.018 0.083 0.507 0.370 88 S 0.012 0.007 0.062 0.154 0.565 0.200 89 E 0.018 0.014 0.064 0.102 0.657 0.145 90 E 0.036 0.011 0.118 0.116 0.587 0.133 91 K 0.056 0.015 0.069 0.124 0.411 0.326 92 E 0.097 0.041 0.096 0.157 0.362 0.247 93 Y 0.096 0.027 0.052 0.124 0.289 0.413 94 F 0.084 0.021 0.078 0.148 0.265 0.404 95 F 0.061 0.020 0.088 0.147 0.289 0.393 96 E 0.047 0.011 0.114 0.192 0.306 0.331 97 G 0.035 0.009 0.157 0.224 0.323 0.252 98 G 0.035 0.009 0.117 0.204 0.332 0.302 99 K 0.037 0.011 0.112 0.228 0.315 0.296 100 E 0.030 0.010 0.046 0.170 0.295 0.449 101 Y 0.035 0.016 0.055 0.192 0.269 0.432 102 R 0.041 0.019 0.037 0.182 0.236 0.485 103 E 0.045 0.010 0.037 0.186 0.239 0.483 104 M 0.068 0.015 0.054 0.219 0.253 0.391 105 E 0.067 0.010 0.070 0.222 0.274 0.357 106 T 0.074 0.011 0.152 0.252 0.290 0.220 107 Y 0.090 0.015 0.134 0.246 0.262 0.253 108 V 0.084 0.029 0.099 0.196 0.337 0.256 109 G 0.054 0.026 0.039 0.132 0.331 0.416 110 R 0.032 0.015 0.027 0.034 0.394 0.497 111 F 0.016 0.006 0.397 0.040 0.432 0.109 112 E 0.018 0.005 0.370 0.030 0.456 0.120 113 K 0.040 0.008 0.345 0.030 0.372 0.205 114 L 0.072 0.041 0.019 0.019 0.264 0.585 115 S 0.012 0.007 0.003 0.018 0.110 0.850 116 V 0.001 0.001 0.060 0.857 0.057 0.025 117 K 0.001 0.001 0.054 0.884 0.052 0.008 118 E 0.001 0.001 0.054 0.878 0.056 0.011 119 K 0.001 0.001 0.006 0.960 0.013 0.019 120 M 0.001 0.001 0.002 0.982 0.008 0.006 121 D 0.001 0.001 0.002 0.984 0.008 0.006 122 M 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.006 123 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 124 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 126 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 127 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 128 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.004 129 S 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 130 A 0.001 0.001 0.011 0.964 0.015 0.009 131 A 0.001 0.001 0.023 0.926 0.034 0.015 132 K 0.003 0.001 0.019 0.699 0.140 0.138 133 D 0.006 0.003 0.028 0.178 0.392 0.392 134 E 0.011 0.001 0.031 0.038 0.449 0.470 135 R 0.090 0.014 0.086 0.039 0.480 0.292 136 V 0.421 0.031 0.040 0.023 0.276 0.209 137 V 0.643 0.011 0.011 0.014 0.149 0.172 138 M 0.689 0.011 0.004 0.008 0.085 0.203 139 V 0.646 0.025 0.004 0.009 0.130 0.187 140 P 0.562 0.004 0.008 0.017 0.166 0.243 141 T 0.650 0.007 0.012 0.012 0.153 0.165 142 V 0.747 0.015 0.008 0.010 0.116 0.104 143 M 0.728 0.009 0.009 0.010 0.113 0.131 144 Y 0.742 0.012 0.014 0.012 0.113 0.108 145 K 0.649 0.012 0.020 0.010 0.207 0.103 146 D 0.460 0.007 0.055 0.021 0.358 0.100 147 M 0.476 0.005 0.037 0.018 0.359 0.104 148 V 0.697 0.008 0.017 0.013 0.189 0.077 149 I 0.833 0.004 0.007 0.009 0.075 0.073 150 K 0.951 0.002 0.002 0.004 0.018 0.023 151 K 0.974 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 152 I 0.977 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 153 I 0.971 0.002 0.001 0.002 0.009 0.016 154 T 0.927 0.011 0.001 0.002 0.020 0.039 155 N 0.707 0.016 0.003 0.004 0.202 0.067 156 T 0.192 0.008 0.021 0.008 0.686 0.085 157 L 0.085 0.004 0.017 0.005 0.795 0.095 158 G 0.207 0.008 0.014 0.004 0.675 0.092 159 L 0.559 0.018 0.006 0.006 0.193 0.218 160 D 0.764 0.029 0.007 0.005 0.086 0.109 161 V 0.741 0.012 0.016 0.008 0.127 0.094 162 E 0.643 0.006 0.019 0.008 0.196 0.129 163 S 0.557 0.013 0.018 0.012 0.259 0.141 164 Q 0.474 0.017 0.017 0.022 0.283 0.187 165 M 0.466 0.007 0.012 0.020 0.317 0.177 166 D 0.499 0.013 0.014 0.030 0.282 0.162 167 G 0.731 0.008 0.007 0.014 0.117 0.124 168 G 0.933 0.004 0.002 0.007 0.021 0.033 169 F 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 170 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 171 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 172 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 173 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 174 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 175 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 176 A 0.967 0.002 0.001 0.001 0.023 0.006 177 R 0.546 0.004 0.006 0.007 0.396 0.043 178 D 0.067 0.002 0.026 0.021 0.834 0.049 179 A 0.185 0.005 0.025 0.029 0.687 0.068 180 N 0.603 0.021 0.017 0.025 0.214 0.121 181 P 0.825 0.015 0.005 0.012 0.050 0.093 182 R 0.849 0.012 0.006 0.011 0.057 0.065 183 S 0.655 0.020 0.017 0.025 0.164 0.119 184 G 0.376 0.010 0.030 0.039 0.323 0.223 185 S 0.314 0.017 0.033 0.045 0.346 0.245 186 W 0.299 0.027 0.033 0.067 0.281 0.294 187 Y 0.264 0.038 0.043 0.091 0.327 0.236 188 E 0.212 0.024 0.071 0.120 0.376 0.197 189 L 0.137 0.011 0.100 0.123 0.418 0.212 190 A 0.110 0.018 0.065 0.096 0.476 0.235 191 R 0.113 0.023 0.061 0.077 0.423 0.303 192 T 0.112 0.018 0.048 0.050 0.414 0.357 193 P 0.061 0.014 0.279 0.065 0.405 0.176 194 E 0.066 0.016 0.249 0.065 0.409 0.195 195 D 0.070 0.010 0.178 0.085 0.338 0.318 196 L 0.051 0.020 0.021 0.066 0.197 0.645 197 N 0.015 0.007 0.008 0.062 0.117 0.791 198 P 0.001 0.001 0.046 0.841 0.061 0.050 199 E 0.001 0.001 0.042 0.820 0.097 0.040 200 E 0.001 0.001 0.063 0.845 0.075 0.015 201 I 0.001 0.001 0.030 0.873 0.057 0.038 202 G 0.001 0.002 0.018 0.886 0.063 0.030 203 K 0.001 0.001 0.010 0.881 0.059 0.049 204 R 0.001 0.001 0.012 0.907 0.045 0.036 205 A 0.001 0.001 0.016 0.948 0.018 0.017 206 A 0.001 0.001 0.012 0.963 0.014 0.010 207 E 0.001 0.001 0.007 0.958 0.024 0.012 208 E 0.001 0.001 0.004 0.981 0.011 0.004 209 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.010 0.002 210 I 0.001 0.001 0.013 0.958 0.025 0.004 211 S 0.001 0.001 0.020 0.933 0.037 0.009 212 L 0.001 0.001 0.016 0.883 0.061 0.039 213 I 0.002 0.003 0.011 0.645 0.086 0.254 214 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.070 0.921 215 S 0.033 0.002 0.002 0.006 0.109 0.848 216 K 0.184 0.017 0.003 0.004 0.069 0.724 217 T 0.241 0.024 0.002 0.006 0.043 0.684 218 I 0.013 0.002 0.001 0.002 0.016 0.965