# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.008 0.027 0.003 0.044 0.003 0.014 0.901 3 F 0.002 0.002 0.021 0.558 0.099 0.039 0.280 4 E 0.001 0.001 0.021 0.877 0.026 0.032 0.043 5 E 0.001 0.001 0.012 0.923 0.017 0.026 0.020 6 F 0.001 0.001 0.004 0.956 0.006 0.020 0.013 7 K 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.008 0.006 8 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 9 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.004 10 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 11 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 14 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.003 15 K 0.001 0.001 0.003 0.963 0.002 0.028 0.004 16 K 0.001 0.001 0.005 0.845 0.008 0.134 0.006 17 N 0.001 0.001 0.005 0.232 0.031 0.717 0.014 18 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.037 0.862 0.093 19 V 0.007 0.003 0.001 0.001 0.072 0.005 0.911 20 E 0.181 0.007 0.001 0.001 0.144 0.011 0.656 21 V 0.796 0.007 0.001 0.001 0.024 0.002 0.172 22 Q 0.972 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 23 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 24 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 25 F 0.966 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 26 L 0.893 0.003 0.002 0.001 0.017 0.005 0.079 27 E 0.681 0.009 0.009 0.002 0.074 0.042 0.183 28 T 0.323 0.006 0.021 0.003 0.217 0.191 0.239 29 R 0.203 0.009 0.018 0.002 0.271 0.376 0.120 30 E 0.311 0.006 0.011 0.001 0.231 0.269 0.171 31 F 0.692 0.008 0.002 0.001 0.091 0.015 0.190 32 S 0.907 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.073 33 L 0.952 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 34 R 0.956 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 35 L 0.772 0.007 0.003 0.002 0.012 0.011 0.193 36 A 0.453 0.008 0.013 0.005 0.127 0.183 0.212 37 N 0.032 0.002 0.017 0.004 0.184 0.736 0.025 38 G 0.111 0.004 0.016 0.003 0.232 0.529 0.106 39 D 0.750 0.027 0.003 0.002 0.023 0.011 0.184 40 L 0.933 0.017 0.001 0.001 0.005 0.004 0.038 41 D 0.917 0.005 0.005 0.003 0.015 0.009 0.047 42 Q 0.900 0.003 0.008 0.003 0.025 0.011 0.052 43 Y 0.897 0.003 0.005 0.004 0.023 0.010 0.058 44 T 0.920 0.007 0.004 0.004 0.012 0.006 0.047 45 D 0.818 0.008 0.008 0.008 0.030 0.030 0.098 46 A 0.539 0.016 0.013 0.007 0.118 0.111 0.196 47 G 0.257 0.009 0.023 0.004 0.313 0.190 0.203 48 K 0.209 0.010 0.015 0.002 0.313 0.171 0.281 49 F 0.472 0.010 0.008 0.001 0.279 0.074 0.156 50 N 0.818 0.009 0.003 0.001 0.033 0.021 0.116 51 V 0.901 0.005 0.001 0.001 0.009 0.004 0.079 52 E 0.959 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.028 53 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 54 K 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 55 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 56 L 0.962 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.029 57 K 0.804 0.004 0.007 0.001 0.036 0.071 0.078 58 D 0.125 0.002 0.015 0.001 0.209 0.608 0.041 59 G 0.047 0.001 0.010 0.001 0.215 0.695 0.031 60 K 0.419 0.007 0.008 0.001 0.168 0.156 0.242 61 T 0.912 0.016 0.001 0.001 0.006 0.003 0.062 62 G 0.978 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 63 T 0.968 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.020 64 F 0.915 0.003 0.002 0.001 0.013 0.009 0.057 65 R 0.712 0.014 0.006 0.002 0.060 0.037 0.168 66 T 0.330 0.016 0.036 0.021 0.194 0.110 0.293 67 Q 0.066 0.014 0.063 0.023 0.316 0.183 0.334 68 V 0.040 0.014 0.037 0.043 0.273 0.080 0.512 69 L 0.008 0.006 0.198 0.310 0.088 0.140 0.250 70 E 0.007 0.005 0.108 0.505 0.108 0.168 0.098 71 N 0.003 0.005 0.071 0.647 0.052 0.108 0.114 72 P 0.001 0.001 0.008 0.951 0.015 0.012 0.013 73 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.003 74 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 75 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 76 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 77 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 81 S 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.023 0.002 83 L 0.001 0.002 0.003 0.954 0.006 0.025 0.011 84 Q 0.003 0.002 0.010 0.885 0.010 0.074 0.016 85 V 0.003 0.002 0.010 0.755 0.033 0.165 0.032 86 K 0.005 0.008 0.008 0.556 0.102 0.177 0.143 87 D 0.006 0.007 0.012 0.205 0.171 0.181 0.419 88 S 0.010 0.008 0.043 0.221 0.214 0.201 0.303 89 E 0.016 0.007 0.074 0.173 0.214 0.221 0.296 90 E 0.027 0.007 0.093 0.233 0.229 0.167 0.244 91 K 0.055 0.017 0.085 0.301 0.095 0.165 0.283 92 E 0.071 0.022 0.081 0.217 0.130 0.185 0.294 93 Y 0.090 0.018 0.055 0.193 0.121 0.210 0.312 94 F 0.091 0.026 0.047 0.158 0.132 0.084 0.462 95 F 0.090 0.029 0.062 0.192 0.099 0.079 0.449 96 E 0.059 0.015 0.077 0.187 0.119 0.125 0.418 97 G 0.044 0.010 0.124 0.221 0.124 0.218 0.259 98 G 0.054 0.011 0.113 0.216 0.129 0.176 0.302 99 K 0.057 0.014 0.091 0.171 0.159 0.133 0.375 100 E 0.069 0.011 0.054 0.133 0.130 0.121 0.483 101 Y 0.062 0.015 0.034 0.104 0.099 0.067 0.619 102 R 0.056 0.021 0.021 0.082 0.057 0.036 0.726 103 E 0.056 0.015 0.030 0.094 0.041 0.049 0.715 104 M 0.062 0.011 0.065 0.122 0.083 0.115 0.542 105 E 0.062 0.016 0.144 0.162 0.089 0.119 0.408 106 T 0.052 0.016 0.236 0.177 0.089 0.123 0.308 107 Y 0.060 0.015 0.233 0.153 0.165 0.127 0.247 108 V 0.062 0.018 0.159 0.136 0.167 0.148 0.311 109 G 0.040 0.023 0.049 0.079 0.349 0.082 0.378 110 R 0.019 0.011 0.036 0.026 0.127 0.047 0.735 111 F 0.005 0.003 0.584 0.036 0.044 0.224 0.104 112 E 0.005 0.001 0.635 0.017 0.035 0.257 0.050 113 K 0.006 0.013 0.588 0.013 0.091 0.170 0.118 114 L 0.018 0.079 0.012 0.007 0.340 0.012 0.533 115 S 0.005 0.008 0.001 0.003 0.033 0.003 0.946 116 V 0.001 0.001 0.030 0.914 0.016 0.022 0.016 117 K 0.001 0.001 0.013 0.965 0.005 0.012 0.004 118 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.003 0.006 0.004 119 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 120 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 121 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 122 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.005 123 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 124 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 126 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.009 0.005 127 H 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.010 0.002 128 E 0.001 0.001 0.003 0.965 0.004 0.022 0.005 129 S 0.001 0.001 0.006 0.933 0.005 0.047 0.008 130 A 0.002 0.003 0.012 0.864 0.022 0.068 0.029 131 A 0.003 0.002 0.037 0.692 0.028 0.192 0.045 132 K 0.004 0.002 0.026 0.492 0.093 0.287 0.096 133 D 0.006 0.007 0.020 0.129 0.141 0.138 0.559 134 E 0.009 0.003 0.072 0.114 0.209 0.367 0.227 135 R 0.058 0.007 0.171 0.107 0.256 0.247 0.153 136 V 0.241 0.047 0.137 0.108 0.121 0.088 0.259 137 V 0.537 0.017 0.032 0.072 0.054 0.054 0.235 138 M 0.653 0.018 0.013 0.037 0.061 0.056 0.162 139 V 0.495 0.014 0.009 0.019 0.078 0.024 0.359 140 P 0.366 0.008 0.017 0.024 0.170 0.126 0.290 141 T 0.534 0.017 0.019 0.023 0.122 0.125 0.160 142 V 0.741 0.017 0.009 0.013 0.040 0.027 0.153 143 M 0.829 0.015 0.004 0.007 0.023 0.017 0.105 144 Y 0.761 0.016 0.006 0.010 0.050 0.034 0.124 145 K 0.568 0.014 0.009 0.010 0.114 0.054 0.232 146 D 0.378 0.006 0.038 0.040 0.226 0.138 0.175 147 M 0.547 0.010 0.023 0.034 0.139 0.072 0.175 148 V 0.822 0.008 0.009 0.013 0.036 0.013 0.100 149 I 0.920 0.003 0.002 0.004 0.014 0.003 0.054 150 K 0.950 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.031 151 K 0.976 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.014 152 I 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 153 I 0.982 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 154 T 0.922 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.058 155 N 0.637 0.009 0.003 0.006 0.078 0.032 0.235 156 T 0.284 0.011 0.012 0.015 0.204 0.114 0.360 157 L 0.093 0.008 0.030 0.026 0.275 0.420 0.148 158 G 0.103 0.009 0.061 0.042 0.234 0.378 0.173 159 L 0.297 0.027 0.048 0.060 0.159 0.093 0.317 160 D 0.509 0.048 0.032 0.080 0.073 0.067 0.191 161 V 0.462 0.022 0.045 0.095 0.071 0.099 0.206 162 E 0.349 0.019 0.044 0.088 0.120 0.183 0.196 163 S 0.337 0.013 0.030 0.054 0.191 0.114 0.261 164 Q 0.389 0.014 0.029 0.044 0.154 0.124 0.246 165 M 0.443 0.014 0.021 0.022 0.182 0.070 0.248 166 D 0.503 0.009 0.020 0.009 0.160 0.049 0.250 167 G 0.647 0.011 0.015 0.007 0.109 0.029 0.183 168 G 0.849 0.010 0.007 0.002 0.036 0.005 0.090 169 F 0.930 0.003 0.004 0.001 0.011 0.003 0.049 170 L 0.961 0.003 0.003 0.001 0.006 0.002 0.025 171 F 0.969 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.020 172 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 173 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 174 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 175 I 0.969 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 176 A 0.817 0.008 0.001 0.001 0.007 0.003 0.163 177 R 0.251 0.005 0.008 0.002 0.175 0.437 0.123 178 D 0.026 0.001 0.007 0.002 0.243 0.697 0.024 179 A 0.139 0.006 0.008 0.004 0.404 0.219 0.220 180 N 0.446 0.047 0.010 0.015 0.070 0.037 0.376 181 P 0.773 0.061 0.010 0.012 0.024 0.018 0.102 182 R 0.719 0.013 0.019 0.028 0.038 0.034 0.149 183 S 0.640 0.013 0.029 0.040 0.086 0.054 0.138 184 G 0.472 0.008 0.032 0.072 0.108 0.137 0.172 185 S 0.459 0.017 0.047 0.079 0.093 0.148 0.158 186 W 0.463 0.022 0.045 0.117 0.106 0.082 0.163 187 Y 0.436 0.027 0.045 0.126 0.090 0.074 0.202 188 E 0.284 0.046 0.076 0.188 0.085 0.153 0.169 189 L 0.175 0.033 0.082 0.155 0.141 0.232 0.181 190 A 0.104 0.020 0.081 0.114 0.175 0.279 0.227 191 R 0.048 0.013 0.081 0.104 0.242 0.339 0.173 192 T 0.037 0.010 0.099 0.086 0.206 0.234 0.328 193 P 0.018 0.009 0.289 0.067 0.124 0.219 0.274 194 E 0.050 0.006 0.323 0.066 0.150 0.247 0.157 195 D 0.053 0.027 0.211 0.055 0.194 0.181 0.279 196 L 0.033 0.075 0.009 0.022 0.294 0.015 0.552 197 N 0.006 0.007 0.001 0.007 0.025 0.003 0.951 198 P 0.001 0.001 0.021 0.926 0.011 0.026 0.014 199 E 0.001 0.001 0.012 0.962 0.005 0.016 0.004 200 E 0.001 0.001 0.009 0.973 0.005 0.008 0.004 201 I 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.009 0.006 202 G 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.011 0.004 203 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.008 0.003 204 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.005 0.005 205 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.004 206 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 207 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 209 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.004 210 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.003 211 S 0.001 0.001 0.004 0.955 0.002 0.037 0.002 212 L 0.001 0.001 0.007 0.848 0.003 0.138 0.004 213 I 0.001 0.001 0.007 0.456 0.079 0.410 0.047 214 G 0.002 0.002 0.014 0.073 0.118 0.613 0.178 215 S 0.007 0.011 0.016 0.026 0.208 0.072 0.659 216 K 0.034 0.027 0.023 0.039 0.173 0.066 0.638 217 T 0.019 0.008 0.007 0.012 0.004 0.034 0.915 218 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999