# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 64 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.675 0.219 0.075 0.024 0.006 0.001 0.001 2 T 0.367 0.286 0.165 0.121 0.050 0.010 0.001 3 F 0.154 0.190 0.224 0.237 0.148 0.044 0.003 4 E 0.487 0.328 0.134 0.040 0.009 0.002 0.001 5 E 0.356 0.402 0.172 0.055 0.013 0.002 0.001 6 F 0.016 0.050 0.100 0.235 0.391 0.195 0.013 7 K 0.005 0.037 0.136 0.345 0.353 0.120 0.004 8 D 0.056 0.495 0.358 0.080 0.010 0.001 0.001 9 R 0.015 0.131 0.364 0.356 0.121 0.013 0.001 10 L 0.002 0.004 0.005 0.040 0.297 0.617 0.035 11 F 0.004 0.036 0.182 0.493 0.254 0.031 0.001 12 A 0.095 0.620 0.231 0.046 0.008 0.001 0.001 13 L 0.004 0.045 0.318 0.500 0.125 0.007 0.001 14 A 0.008 0.027 0.052 0.263 0.503 0.145 0.002 15 K 0.243 0.460 0.223 0.063 0.009 0.001 0.001 16 K 0.723 0.246 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 17 N 0.127 0.314 0.376 0.155 0.025 0.002 0.001 18 G 0.569 0.323 0.084 0.019 0.004 0.001 0.001 19 V 0.072 0.142 0.226 0.348 0.186 0.026 0.001 20 E 0.135 0.340 0.288 0.173 0.055 0.009 0.001 21 V 0.026 0.063 0.108 0.245 0.366 0.178 0.013 22 Q 0.026 0.109 0.241 0.315 0.212 0.088 0.010 23 I 0.014 0.027 0.052 0.145 0.301 0.389 0.072 24 S 0.027 0.114 0.183 0.255 0.259 0.146 0.016 25 F 0.026 0.067 0.109 0.221 0.283 0.259 0.035 26 L 0.094 0.216 0.225 0.237 0.151 0.071 0.008 27 E 0.194 0.297 0.226 0.174 0.083 0.024 0.002 28 T 0.263 0.261 0.192 0.162 0.089 0.031 0.003 29 R 0.270 0.298 0.227 0.144 0.050 0.012 0.001 30 E 0.359 0.348 0.172 0.085 0.029 0.007 0.001 31 F 0.045 0.134 0.194 0.281 0.241 0.097 0.008 32 S 0.064 0.239 0.331 0.236 0.100 0.028 0.002 33 L 0.006 0.017 0.046 0.191 0.406 0.311 0.023 34 R 0.056 0.273 0.341 0.230 0.085 0.015 0.001 35 L 0.014 0.049 0.139 0.358 0.359 0.080 0.002 36 A 0.289 0.469 0.181 0.052 0.008 0.001 0.001 37 N 0.418 0.388 0.137 0.048 0.008 0.001 0.001 38 G 0.404 0.382 0.146 0.054 0.012 0.002 0.001 39 D 0.177 0.396 0.267 0.126 0.030 0.004 0.001 40 L 0.017 0.037 0.143 0.356 0.352 0.092 0.003 41 D 0.176 0.410 0.246 0.126 0.036 0.006 0.001 42 Q 0.201 0.375 0.249 0.122 0.044 0.008 0.001 43 Y 0.014 0.050 0.143 0.362 0.325 0.100 0.005 44 T 0.196 0.387 0.228 0.127 0.050 0.011 0.001 45 D 0.171 0.264 0.235 0.202 0.100 0.026 0.002 46 A 0.327 0.276 0.179 0.129 0.064 0.023 0.002 47 G 0.290 0.283 0.203 0.147 0.061 0.014 0.001 48 K 0.340 0.312 0.158 0.105 0.059 0.024 0.004 49 F 0.062 0.175 0.237 0.279 0.174 0.065 0.007 50 N 0.021 0.077 0.147 0.259 0.274 0.189 0.033 51 V 0.004 0.011 0.027 0.085 0.223 0.454 0.196 52 E 0.007 0.028 0.081 0.203 0.286 0.287 0.110 53 I 0.002 0.004 0.011 0.033 0.105 0.445 0.400 54 K 0.003 0.024 0.076 0.202 0.289 0.299 0.108 55 V 0.002 0.011 0.036 0.119 0.297 0.471 0.064 56 L 0.004 0.035 0.101 0.279 0.415 0.156 0.009 57 K 0.045 0.182 0.311 0.304 0.127 0.029 0.002 58 D 0.339 0.428 0.152 0.063 0.016 0.003 0.001 59 G 0.203 0.382 0.255 0.128 0.029 0.003 0.001 60 K 0.197 0.368 0.249 0.135 0.042 0.009 0.001 61 T 0.024 0.107 0.225 0.330 0.233 0.076 0.004 62 G 0.005 0.010 0.028 0.095 0.277 0.492 0.092 63 T 0.006 0.026 0.075 0.174 0.305 0.330 0.082 64 F 0.003 0.008 0.023 0.070 0.192 0.476 0.229 65 R 0.006 0.031 0.079 0.194 0.303 0.319 0.068 66 T 0.014 0.065 0.151 0.277 0.287 0.177 0.029 67 Q 0.111 0.246 0.232 0.191 0.134 0.071 0.015 68 V 0.161 0.331 0.254 0.178 0.060 0.014 0.001 69 L 0.039 0.132 0.257 0.307 0.211 0.052 0.003 70 E 0.313 0.453 0.177 0.047 0.008 0.001 0.001 71 N 0.054 0.283 0.336 0.234 0.079 0.013 0.001 72 P 0.002 0.012 0.049 0.182 0.468 0.275 0.012 73 E 0.009 0.170 0.397 0.310 0.101 0.013 0.001 74 K 0.031 0.351 0.385 0.192 0.036 0.005 0.001 75 C 0.001 0.004 0.017 0.094 0.414 0.443 0.027 76 F 0.001 0.003 0.016 0.119 0.459 0.383 0.020 77 E 0.005 0.199 0.464 0.273 0.051 0.007 0.001 78 E 0.003 0.038 0.212 0.414 0.270 0.061 0.002 79 A 0.001 0.001 0.001 0.013 0.162 0.706 0.116 80 L 0.001 0.028 0.185 0.447 0.270 0.065 0.003 81 S 0.038 0.273 0.342 0.249 0.081 0.016 0.001 82 N 0.006 0.029 0.062 0.179 0.380 0.314 0.030 83 L 0.003 0.012 0.054 0.227 0.448 0.245 0.010 84 Q 0.082 0.344 0.320 0.180 0.060 0.013 0.001 85 V 0.051 0.197 0.263 0.311 0.147 0.030 0.002 86 K 0.042 0.147 0.259 0.320 0.189 0.041 0.002 87 D 0.420 0.348 0.153 0.061 0.016 0.003 0.001 88 S 0.670 0.239 0.063 0.023 0.004 0.001 0.001 89 E 0.658 0.237 0.074 0.024 0.006 0.001 0.001 90 E 0.417 0.306 0.168 0.080 0.025 0.004 0.001 91 K 0.179 0.222 0.229 0.220 0.118 0.029 0.002 92 E 0.138 0.225 0.251 0.226 0.120 0.037 0.002 93 Y 0.132 0.217 0.220 0.222 0.150 0.057 0.003 94 F 0.044 0.069 0.124 0.238 0.305 0.201 0.020 95 F 0.122 0.164 0.198 0.250 0.183 0.076 0.007 96 E 0.215 0.257 0.220 0.164 0.096 0.042 0.005 97 G 0.210 0.208 0.190 0.197 0.134 0.055 0.006 98 G 0.338 0.265 0.177 0.130 0.064 0.023 0.002 99 K 0.267 0.236 0.194 0.167 0.097 0.036 0.003 100 E 0.323 0.269 0.179 0.133 0.070 0.024 0.002 101 Y 0.283 0.257 0.196 0.152 0.082 0.028 0.002 102 R 0.268 0.206 0.189 0.182 0.112 0.040 0.003 103 E 0.305 0.216 0.168 0.157 0.109 0.042 0.003 104 M 0.354 0.271 0.181 0.123 0.054 0.016 0.001 105 E 0.275 0.244 0.193 0.162 0.091 0.033 0.002 106 T 0.308 0.260 0.191 0.144 0.072 0.024 0.002 107 Y 0.297 0.232 0.181 0.165 0.095 0.028 0.002 108 V 0.285 0.258 0.212 0.157 0.070 0.018 0.001 109 G 0.393 0.253 0.163 0.123 0.055 0.012 0.001 110 R 0.352 0.314 0.183 0.106 0.037 0.008 0.001 111 F 0.219 0.190 0.215 0.219 0.123 0.031 0.002 112 E 0.301 0.296 0.195 0.138 0.056 0.013 0.001 113 K 0.402 0.354 0.149 0.067 0.022 0.006 0.001 114 L 0.055 0.088 0.178 0.328 0.276 0.071 0.003 115 S 0.395 0.380 0.143 0.061 0.018 0.003 0.001 116 V 0.181 0.308 0.277 0.175 0.051 0.008 0.001 117 K 0.513 0.321 0.106 0.042 0.014 0.003 0.001 118 E 0.206 0.418 0.241 0.102 0.028 0.004 0.001 119 K 0.010 0.043 0.132 0.294 0.366 0.146 0.009 120 M 0.016 0.121 0.254 0.316 0.221 0.068 0.004 121 D 0.088 0.422 0.295 0.140 0.043 0.011 0.001 122 M 0.003 0.021 0.105 0.323 0.392 0.150 0.006 123 A 0.001 0.004 0.007 0.039 0.223 0.615 0.111 124 K 0.018 0.134 0.329 0.330 0.144 0.040 0.005 125 K 0.021 0.201 0.396 0.287 0.078 0.015 0.001 126 A 0.003 0.005 0.010 0.061 0.315 0.548 0.058 127 H 0.002 0.015 0.078 0.289 0.418 0.186 0.011 128 E 0.093 0.512 0.282 0.087 0.022 0.004 0.001 129 S 0.018 0.120 0.359 0.393 0.099 0.011 0.001 130 A 0.008 0.032 0.077 0.284 0.465 0.132 0.002 131 A 0.170 0.425 0.266 0.110 0.026 0.003 0.001 132 K 0.651 0.274 0.057 0.015 0.002 0.001 0.001 133 D 0.474 0.333 0.141 0.043 0.008 0.001 0.001 134 E 0.622 0.272 0.079 0.022 0.005 0.001 0.001 135 R 0.452 0.251 0.157 0.101 0.033 0.005 0.001 136 V 0.189 0.200 0.218 0.232 0.129 0.030 0.002 137 V 0.176 0.190 0.192 0.208 0.165 0.062 0.006 138 M 0.178 0.234 0.218 0.195 0.115 0.051 0.008 139 V 0.090 0.098 0.125 0.213 0.239 0.187 0.048 140 P 0.126 0.161 0.158 0.186 0.177 0.139 0.052 141 T 0.114 0.117 0.142 0.179 0.188 0.186 0.073 142 V 0.099 0.100 0.106 0.167 0.207 0.229 0.092 143 M 0.105 0.124 0.131 0.174 0.194 0.193 0.079 144 Y 0.061 0.059 0.082 0.156 0.238 0.274 0.128 145 K 0.136 0.183 0.178 0.204 0.158 0.102 0.039 146 D 0.200 0.234 0.183 0.167 0.115 0.072 0.028 147 M 0.145 0.167 0.156 0.190 0.183 0.125 0.034 148 V 0.091 0.133 0.157 0.209 0.218 0.156 0.036 149 I 0.073 0.113 0.153 0.214 0.233 0.179 0.036 150 K 0.057 0.156 0.208 0.246 0.196 0.116 0.020 151 K 0.019 0.055 0.101 0.204 0.297 0.264 0.060 152 I 0.005 0.013 0.027 0.080 0.236 0.444 0.194 153 I 0.005 0.006 0.012 0.035 0.102 0.380 0.460 154 T 0.006 0.006 0.012 0.032 0.076 0.279 0.589 155 N 0.009 0.016 0.026 0.050 0.091 0.275 0.535 156 T 0.011 0.016 0.025 0.057 0.125 0.315 0.451 157 L 0.019 0.040 0.057 0.100 0.175 0.282 0.327 158 G 0.026 0.050 0.076 0.118 0.170 0.272 0.288 159 L 0.033 0.048 0.062 0.112 0.196 0.334 0.216 160 D 0.051 0.096 0.135 0.201 0.213 0.203 0.101 161 V 0.088 0.102 0.119 0.182 0.215 0.195 0.098 162 E 0.151 0.191 0.185 0.177 0.140 0.101 0.054 163 S 0.132 0.151 0.157 0.194 0.180 0.128 0.059 164 Q 0.212 0.232 0.177 0.154 0.115 0.077 0.032 165 M 0.180 0.196 0.171 0.177 0.136 0.099 0.041 166 D 0.128 0.160 0.158 0.180 0.172 0.141 0.060 167 G 0.074 0.107 0.113 0.175 0.206 0.221 0.105 168 G 0.044 0.056 0.076 0.133 0.212 0.297 0.182 169 F 0.036 0.058 0.090 0.148 0.204 0.282 0.183 170 L 0.020 0.034 0.059 0.108 0.173 0.326 0.279 171 F 0.015 0.029 0.061 0.137 0.215 0.285 0.257 172 A 0.005 0.011 0.022 0.050 0.127 0.401 0.383 173 M 0.013 0.037 0.089 0.185 0.264 0.302 0.110 174 A 0.007 0.023 0.049 0.113 0.243 0.431 0.135 175 I 0.018 0.094 0.217 0.311 0.240 0.110 0.009 176 A 0.015 0.046 0.137 0.355 0.352 0.091 0.004 177 R 0.415 0.431 0.122 0.028 0.004 0.001 0.001 178 D 0.572 0.305 0.093 0.025 0.003 0.001 0.001 179 A 0.738 0.194 0.048 0.015 0.003 0.001 0.001 180 N 0.401 0.320 0.169 0.082 0.023 0.004 0.001 181 P 0.246 0.186 0.200 0.202 0.127 0.037 0.002 182 R 0.298 0.250 0.188 0.147 0.079 0.033 0.004 183 S 0.280 0.193 0.162 0.167 0.128 0.062 0.009 184 G 0.211 0.216 0.190 0.172 0.128 0.070 0.014 185 S 0.192 0.163 0.158 0.201 0.161 0.101 0.023 186 W 0.230 0.224 0.179 0.163 0.116 0.069 0.018 187 Y 0.200 0.149 0.133 0.162 0.182 0.145 0.028 188 E 0.193 0.181 0.177 0.199 0.152 0.081 0.018 189 L 0.158 0.143 0.155 0.200 0.187 0.132 0.025 190 A 0.195 0.191 0.172 0.192 0.150 0.085 0.015 191 R 0.142 0.154 0.164 0.204 0.203 0.112 0.020 192 T 0.139 0.222 0.210 0.198 0.136 0.080 0.015 193 P 0.063 0.079 0.133 0.228 0.270 0.195 0.031 194 E 0.153 0.228 0.218 0.211 0.125 0.058 0.007 195 D 0.134 0.252 0.232 0.201 0.116 0.058 0.007 196 L 0.008 0.013 0.041 0.152 0.383 0.357 0.045 197 N 0.133 0.361 0.284 0.155 0.052 0.013 0.001 198 P 0.098 0.189 0.241 0.252 0.148 0.063 0.009 199 E 0.207 0.320 0.204 0.152 0.081 0.032 0.004 200 E 0.134 0.357 0.289 0.145 0.057 0.016 0.003 201 I 0.007 0.033 0.102 0.270 0.395 0.179 0.014 202 G 0.013 0.071 0.135 0.247 0.302 0.211 0.022 203 K 0.088 0.378 0.299 0.165 0.058 0.012 0.001 204 R 0.018 0.171 0.393 0.309 0.092 0.016 0.001 205 A 0.001 0.004 0.013 0.076 0.358 0.496 0.052 206 A 0.001 0.016 0.071 0.242 0.396 0.248 0.025 207 E 0.037 0.386 0.366 0.161 0.041 0.008 0.001 208 E 0.006 0.044 0.197 0.404 0.277 0.069 0.003 209 A 0.001 0.003 0.007 0.037 0.244 0.626 0.082 210 I 0.015 0.062 0.218 0.414 0.242 0.047 0.002 211 S 0.142 0.426 0.248 0.124 0.044 0.014 0.001 212 L 0.019 0.088 0.240 0.376 0.223 0.051 0.002 213 I 0.021 0.047 0.120 0.295 0.370 0.140 0.008 214 G 0.310 0.403 0.193 0.072 0.019 0.003 0.001 215 S 0.236 0.205 0.199 0.227 0.110 0.021 0.001 216 K 0.465 0.320 0.139 0.059 0.015 0.003 0.001 217 T 0.619 0.259 0.083 0.029 0.008 0.001 0.001 218 I 0.423 0.185 0.154 0.145 0.075 0.018 0.001