# TARGET T0216 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.005 0.003 0.032 0.021 0.010 0.892 2 T 0.101 0.047 0.007 0.095 0.022 0.017 0.711 3 F 0.056 0.008 0.049 0.679 0.029 0.036 0.143 4 E 0.026 0.001 0.077 0.760 0.033 0.051 0.052 5 E 0.024 0.006 0.071 0.803 0.016 0.030 0.051 6 F 0.017 0.003 0.024 0.867 0.013 0.019 0.057 7 K 0.010 0.002 0.015 0.920 0.009 0.019 0.026 8 D 0.004 0.001 0.009 0.950 0.009 0.018 0.009 9 R 0.007 0.001 0.008 0.941 0.006 0.026 0.012 10 L 0.013 0.001 0.004 0.952 0.003 0.019 0.007 11 F 0.023 0.001 0.006 0.939 0.005 0.016 0.011 12 A 0.028 0.001 0.009 0.936 0.005 0.012 0.010 13 L 0.054 0.003 0.013 0.899 0.006 0.014 0.012 14 A 0.105 0.007 0.027 0.796 0.010 0.037 0.019 15 K 0.063 0.002 0.037 0.770 0.013 0.084 0.031 16 K 0.060 0.002 0.041 0.518 0.063 0.258 0.058 17 N 0.010 0.001 0.011 0.041 0.075 0.816 0.046 18 G 0.034 0.001 0.006 0.004 0.175 0.662 0.118 19 V 0.550 0.013 0.002 0.006 0.049 0.009 0.372 20 E 0.938 0.007 0.001 0.002 0.008 0.001 0.044 21 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 22 Q 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 23 I 0.952 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.037 24 S 0.875 0.002 0.003 0.007 0.020 0.005 0.089 25 F 0.841 0.004 0.010 0.021 0.031 0.021 0.072 26 L 0.745 0.008 0.017 0.046 0.045 0.040 0.099 27 E 0.664 0.009 0.017 0.063 0.059 0.049 0.140 28 T 0.438 0.010 0.028 0.127 0.107 0.072 0.218 29 R 0.416 0.008 0.019 0.138 0.134 0.086 0.198 30 E 0.530 0.008 0.016 0.143 0.066 0.092 0.145 31 F 0.666 0.009 0.009 0.119 0.041 0.032 0.125 32 S 0.650 0.008 0.007 0.144 0.043 0.025 0.123 33 L 0.745 0.006 0.009 0.098 0.030 0.022 0.089 34 R 0.766 0.020 0.008 0.100 0.021 0.019 0.065 35 L 0.617 0.011 0.022 0.103 0.030 0.036 0.180 36 A 0.348 0.014 0.028 0.112 0.071 0.296 0.131 37 N 0.085 0.006 0.020 0.032 0.104 0.633 0.121 38 G 0.073 0.013 0.012 0.018 0.361 0.189 0.333 39 D 0.093 0.027 0.013 0.016 0.124 0.043 0.684 40 L 0.099 0.042 0.198 0.205 0.099 0.177 0.179 41 D 0.066 0.009 0.282 0.224 0.059 0.192 0.168 42 Q 0.091 0.014 0.234 0.286 0.073 0.139 0.163 43 Y 0.147 0.035 0.107 0.295 0.083 0.106 0.228 44 T 0.147 0.015 0.082 0.217 0.103 0.130 0.307 45 D 0.172 0.018 0.068 0.212 0.142 0.208 0.180 46 A 0.084 0.010 0.057 0.110 0.101 0.548 0.091 47 G 0.074 0.004 0.040 0.036 0.194 0.468 0.185 48 K 0.218 0.023 0.027 0.072 0.156 0.084 0.420 49 F 0.506 0.032 0.009 0.071 0.103 0.030 0.249 50 N 0.655 0.011 0.005 0.031 0.068 0.035 0.195 51 V 0.858 0.005 0.002 0.014 0.017 0.008 0.097 52 E 0.933 0.004 0.001 0.009 0.007 0.002 0.044 53 I 0.951 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.031 54 K 0.958 0.002 0.001 0.008 0.007 0.002 0.022 55 V 0.960 0.006 0.002 0.009 0.005 0.003 0.016 56 L 0.873 0.007 0.005 0.019 0.009 0.011 0.077 57 K 0.731 0.009 0.013 0.028 0.042 0.069 0.108 58 D 0.203 0.014 0.027 0.023 0.109 0.541 0.084 59 G 0.066 0.003 0.027 0.009 0.231 0.487 0.177 60 K 0.240 0.029 0.025 0.013 0.234 0.158 0.301 61 T 0.413 0.059 0.025 0.017 0.121 0.173 0.192 62 G 0.330 0.007 0.016 0.015 0.251 0.113 0.267 63 T 0.535 0.020 0.009 0.019 0.081 0.037 0.299 64 F 0.739 0.026 0.007 0.048 0.041 0.018 0.120 65 R 0.719 0.008 0.010 0.072 0.040 0.020 0.130 66 T 0.682 0.006 0.021 0.106 0.041 0.026 0.118 67 Q 0.678 0.009 0.026 0.129 0.038 0.027 0.093 68 V 0.658 0.009 0.029 0.179 0.025 0.034 0.065 69 L 0.582 0.016 0.021 0.147 0.045 0.060 0.130 70 E 0.290 0.027 0.013 0.160 0.168 0.137 0.205 71 N 0.063 0.016 0.004 0.025 0.244 0.014 0.635 72 P 0.004 0.002 0.124 0.545 0.024 0.243 0.057 73 E 0.003 0.002 0.124 0.603 0.016 0.232 0.020 74 K 0.004 0.003 0.100 0.737 0.025 0.075 0.055 75 C 0.011 0.013 0.026 0.817 0.019 0.039 0.076 76 F 0.008 0.003 0.020 0.899 0.009 0.031 0.029 77 E 0.005 0.001 0.041 0.918 0.007 0.019 0.010 78 E 0.007 0.001 0.044 0.906 0.006 0.026 0.010 79 A 0.011 0.003 0.056 0.852 0.011 0.041 0.025 80 L 0.016 0.006 0.072 0.795 0.020 0.053 0.038 81 S 0.015 0.002 0.054 0.676 0.029 0.200 0.025 82 N 0.016 0.001 0.054 0.429 0.040 0.417 0.043 83 L 0.086 0.013 0.022 0.194 0.093 0.093 0.500 84 Q 0.203 0.031 0.016 0.072 0.043 0.043 0.594 85 V 0.275 0.047 0.010 0.046 0.045 0.015 0.562 86 K 0.176 0.022 0.007 0.049 0.063 0.043 0.641 87 D 0.101 0.012 0.011 0.054 0.210 0.045 0.568 88 S 0.037 0.005 0.061 0.321 0.172 0.151 0.253 89 E 0.038 0.008 0.122 0.411 0.108 0.200 0.112 90 E 0.093 0.011 0.141 0.334 0.073 0.176 0.172 91 K 0.232 0.016 0.111 0.275 0.075 0.082 0.208 92 E 0.327 0.014 0.068 0.305 0.066 0.048 0.172 93 Y 0.528 0.013 0.050 0.220 0.041 0.057 0.089 94 F 0.595 0.026 0.021 0.203 0.028 0.055 0.072 95 F 0.516 0.017 0.018 0.143 0.041 0.056 0.208 96 E 0.212 0.012 0.023 0.180 0.071 0.341 0.160 97 G 0.056 0.005 0.012 0.065 0.158 0.590 0.115 98 G 0.067 0.006 0.015 0.078 0.308 0.273 0.252 99 K 0.156 0.016 0.029 0.206 0.174 0.111 0.309 100 E 0.408 0.046 0.027 0.204 0.070 0.045 0.199 101 Y 0.379 0.016 0.030 0.356 0.035 0.029 0.154 102 R 0.351 0.007 0.032 0.371 0.057 0.041 0.142 103 E 0.387 0.011 0.030 0.400 0.044 0.037 0.091 104 M 0.301 0.005 0.029 0.539 0.024 0.038 0.064 105 E 0.373 0.007 0.030 0.445 0.038 0.042 0.066 106 T 0.381 0.006 0.028 0.427 0.033 0.041 0.084 107 Y 0.297 0.009 0.021 0.520 0.034 0.050 0.069 108 V 0.279 0.015 0.020 0.441 0.050 0.102 0.093 109 G 0.224 0.005 0.021 0.223 0.157 0.188 0.182 110 R 0.355 0.007 0.017 0.261 0.123 0.091 0.144 111 F 0.379 0.022 0.026 0.344 0.046 0.046 0.136 112 E 0.389 0.007 0.036 0.253 0.071 0.083 0.163 113 K 0.494 0.009 0.026 0.210 0.057 0.065 0.140 114 L 0.445 0.014 0.008 0.157 0.061 0.020 0.295 115 S 0.437 0.012 0.009 0.172 0.041 0.037 0.292 116 V 0.332 0.009 0.019 0.358 0.038 0.052 0.191 117 K 0.274 0.008 0.031 0.432 0.047 0.044 0.163 118 E 0.187 0.009 0.053 0.472 0.068 0.051 0.159 119 K 0.064 0.005 0.043 0.602 0.039 0.084 0.163 120 M 0.043 0.005 0.020 0.670 0.056 0.035 0.171 121 D 0.024 0.003 0.016 0.771 0.024 0.037 0.125 122 M 0.014 0.003 0.025 0.870 0.013 0.030 0.044 123 A 0.010 0.002 0.024 0.887 0.011 0.030 0.036 124 K 0.008 0.001 0.022 0.903 0.009 0.030 0.027 125 K 0.005 0.001 0.017 0.879 0.018 0.039 0.041 126 A 0.004 0.002 0.012 0.849 0.015 0.067 0.051 127 H 0.006 0.003 0.019 0.786 0.020 0.096 0.070 128 E 0.010 0.003 0.041 0.733 0.039 0.069 0.105 129 S 0.008 0.001 0.060 0.723 0.037 0.088 0.082 130 A 0.008 0.005 0.068 0.666 0.047 0.120 0.086 131 A 0.016 0.006 0.073 0.505 0.048 0.178 0.174 132 K 0.025 0.006 0.071 0.412 0.091 0.211 0.184 133 D 0.060 0.006 0.070 0.190 0.202 0.192 0.280 134 E 0.112 0.007 0.051 0.126 0.219 0.158 0.327 135 R 0.418 0.009 0.032 0.085 0.140 0.109 0.207 136 V 0.779 0.014 0.005 0.044 0.021 0.011 0.125 137 V 0.901 0.005 0.002 0.023 0.008 0.004 0.058 138 M 0.881 0.009 0.001 0.023 0.013 0.004 0.068 139 V 0.662 0.004 0.004 0.042 0.063 0.011 0.215 140 P 0.456 0.003 0.016 0.037 0.087 0.025 0.375 141 T 0.408 0.012 0.046 0.081 0.108 0.039 0.306 142 V 0.436 0.018 0.056 0.184 0.101 0.049 0.157 143 M 0.371 0.016 0.048 0.284 0.064 0.068 0.149 144 Y 0.188 0.012 0.061 0.520 0.029 0.065 0.125 145 K 0.087 0.004 0.046 0.624 0.059 0.099 0.081 146 D 0.068 0.003 0.033 0.668 0.057 0.087 0.084 147 M 0.057 0.004 0.014 0.800 0.029 0.036 0.059 148 V 0.085 0.006 0.006 0.840 0.011 0.023 0.028 149 I 0.074 0.002 0.008 0.875 0.006 0.012 0.022 150 K 0.066 0.001 0.008 0.889 0.011 0.009 0.016 151 K 0.044 0.001 0.007 0.922 0.007 0.011 0.008 152 I 0.069 0.003 0.007 0.880 0.007 0.020 0.015 153 I 0.134 0.008 0.007 0.779 0.011 0.032 0.029 154 T 0.135 0.005 0.017 0.660 0.032 0.097 0.054 155 N 0.075 0.003 0.033 0.496 0.062 0.264 0.067 156 T 0.061 0.007 0.072 0.439 0.068 0.241 0.112 157 L 0.078 0.014 0.070 0.217 0.108 0.386 0.127 158 G 0.108 0.012 0.036 0.068 0.117 0.355 0.304 159 L 0.200 0.032 0.011 0.046 0.116 0.032 0.563 160 D 0.280 0.039 0.016 0.046 0.052 0.026 0.541 161 V 0.170 0.015 0.152 0.353 0.055 0.106 0.148 162 E 0.133 0.008 0.248 0.292 0.059 0.115 0.145 163 S 0.098 0.009 0.277 0.295 0.059 0.131 0.131 164 Q 0.094 0.011 0.105 0.348 0.070 0.171 0.202 165 M 0.122 0.022 0.035 0.222 0.161 0.110 0.328 166 D 0.068 0.009 0.019 0.266 0.137 0.342 0.159 167 G 0.045 0.002 0.011 0.209 0.184 0.438 0.111 168 G 0.150 0.006 0.007 0.367 0.131 0.093 0.245 169 F 0.389 0.014 0.004 0.418 0.050 0.020 0.106 170 L 0.464 0.008 0.002 0.464 0.014 0.006 0.041 171 F 0.396 0.003 0.003 0.562 0.007 0.005 0.025 172 A 0.476 0.003 0.005 0.474 0.008 0.006 0.029 173 M 0.452 0.002 0.008 0.492 0.008 0.008 0.029 174 A 0.454 0.003 0.016 0.463 0.013 0.016 0.035 175 I 0.330 0.010 0.028 0.543 0.014 0.034 0.041 176 A 0.241 0.009 0.044 0.536 0.028 0.054 0.086 177 R 0.155 0.011 0.044 0.532 0.058 0.105 0.096 178 D 0.075 0.017 0.031 0.240 0.151 0.148 0.339 179 A 0.048 0.024 0.019 0.099 0.272 0.136 0.403 180 N 0.029 0.031 0.006 0.009 0.156 0.039 0.728 181 P 0.007 0.004 0.064 0.025 0.094 0.631 0.175 182 R 0.013 0.006 0.064 0.034 0.124 0.641 0.117 183 S 0.025 0.019 0.070 0.061 0.225 0.430 0.169 184 G 0.038 0.009 0.016 0.035 0.329 0.237 0.336 185 S 0.146 0.042 0.008 0.058 0.191 0.033 0.521 186 W 0.288 0.058 0.030 0.372 0.043 0.043 0.166 187 Y 0.314 0.018 0.042 0.429 0.037 0.036 0.124 188 E 0.379 0.013 0.074 0.283 0.047 0.047 0.157 189 L 0.379 0.009 0.101 0.290 0.045 0.061 0.115 190 A 0.382 0.028 0.050 0.124 0.087 0.116 0.212 191 R 0.245 0.041 0.026 0.056 0.206 0.135 0.290 192 T 0.066 0.020 0.005 0.007 0.182 0.011 0.709 193 P 0.006 0.005 0.477 0.141 0.021 0.230 0.119 194 E 0.004 0.002 0.528 0.096 0.043 0.284 0.043 195 D 0.008 0.010 0.443 0.077 0.061 0.215 0.186 196 L 0.018 0.091 0.032 0.101 0.223 0.087 0.448 197 N 0.006 0.015 0.004 0.021 0.064 0.013 0.876 198 P 0.001 0.001 0.225 0.624 0.005 0.129 0.016 199 E 0.001 0.001 0.197 0.686 0.005 0.103 0.007 200 E 0.002 0.003 0.286 0.603 0.008 0.062 0.037 201 I 0.005 0.016 0.034 0.819 0.015 0.069 0.042 202 G 0.007 0.004 0.016 0.660 0.036 0.152 0.124 203 K 0.009 0.003 0.015 0.797 0.046 0.054 0.076 204 R 0.006 0.002 0.010 0.902 0.019 0.026 0.033 205 A 0.017 0.009 0.023 0.810 0.022 0.033 0.087 206 A 0.011 0.002 0.016 0.903 0.009 0.017 0.042 207 E 0.005 0.001 0.012 0.966 0.004 0.006 0.008 208 E 0.010 0.001 0.014 0.958 0.003 0.009 0.006 209 A 0.010 0.001 0.015 0.949 0.003 0.017 0.006 210 I 0.025 0.002 0.018 0.919 0.007 0.021 0.009 211 S 0.031 0.002 0.015 0.905 0.007 0.030 0.011 212 L 0.027 0.002 0.015 0.859 0.013 0.062 0.023 213 I 0.037 0.006 0.014 0.659 0.034 0.201 0.048 214 G 0.067 0.008 0.023 0.242 0.153 0.272 0.235 215 S 0.090 0.008 0.051 0.156 0.204 0.155 0.335 216 K 0.105 0.015 0.057 0.091 0.249 0.189 0.294 217 T 0.134 0.021 0.035 0.050 0.107 0.104 0.551 218 I 0.094 0.013 0.012 0.025 0.045 0.015 0.796