# TARGET T0216 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.341 0.238 0.173 0.137 0.077 0.030 0.004 2 T 0.332 0.283 0.175 0.119 0.062 0.026 0.003 3 F 0.098 0.132 0.199 0.293 0.205 0.068 0.005 4 E 0.445 0.344 0.140 0.050 0.015 0.004 0.001 5 E 0.266 0.357 0.222 0.109 0.035 0.010 0.001 6 F 0.029 0.052 0.127 0.287 0.349 0.146 0.010 7 K 0.157 0.320 0.283 0.161 0.060 0.017 0.002 8 D 0.299 0.324 0.198 0.115 0.047 0.014 0.002 9 R 0.082 0.184 0.259 0.252 0.153 0.063 0.006 10 L 0.040 0.047 0.088 0.213 0.314 0.266 0.032 11 F 0.054 0.100 0.165 0.250 0.236 0.168 0.027 12 A 0.138 0.198 0.176 0.177 0.164 0.121 0.026 13 L 0.086 0.108 0.134 0.224 0.251 0.166 0.031 14 A 0.125 0.152 0.189 0.245 0.190 0.089 0.010 15 K 0.303 0.320 0.207 0.117 0.042 0.010 0.001 16 K 0.477 0.300 0.135 0.062 0.021 0.004 0.001 17 N 0.515 0.284 0.131 0.051 0.015 0.004 0.001 18 G 0.306 0.287 0.197 0.130 0.058 0.019 0.002 19 V 0.108 0.120 0.183 0.255 0.218 0.104 0.013 20 E 0.167 0.300 0.246 0.167 0.081 0.033 0.006 21 V 0.056 0.067 0.117 0.231 0.289 0.207 0.033 22 Q 0.068 0.160 0.223 0.241 0.185 0.109 0.015 23 I 0.053 0.071 0.126 0.213 0.277 0.219 0.040 24 S 0.127 0.211 0.233 0.222 0.131 0.066 0.010 25 F 0.103 0.133 0.169 0.232 0.222 0.124 0.015 26 L 0.154 0.161 0.179 0.216 0.173 0.100 0.017 27 E 0.381 0.310 0.168 0.090 0.036 0.013 0.002 28 T 0.360 0.279 0.179 0.110 0.050 0.018 0.003 29 R 0.279 0.249 0.208 0.152 0.079 0.029 0.004 30 E 0.362 0.356 0.166 0.074 0.029 0.011 0.002 31 F 0.121 0.100 0.153 0.256 0.243 0.115 0.013 32 S 0.158 0.252 0.233 0.184 0.110 0.055 0.009 33 L 0.086 0.108 0.152 0.246 0.246 0.144 0.018 34 R 0.148 0.241 0.241 0.201 0.117 0.046 0.006 35 L 0.101 0.105 0.158 0.242 0.246 0.132 0.015 36 A 0.257 0.234 0.201 0.164 0.097 0.042 0.005 37 N 0.364 0.300 0.193 0.100 0.034 0.008 0.001 38 G 0.381 0.267 0.174 0.114 0.049 0.013 0.002 39 D 0.396 0.315 0.164 0.083 0.032 0.010 0.001 40 L 0.084 0.105 0.180 0.279 0.248 0.096 0.007 41 D 0.288 0.318 0.213 0.121 0.046 0.013 0.001 42 Q 0.263 0.302 0.212 0.138 0.064 0.019 0.002 43 Y 0.141 0.152 0.199 0.266 0.181 0.059 0.003 44 T 0.281 0.289 0.216 0.135 0.059 0.018 0.002 45 D 0.389 0.311 0.174 0.086 0.030 0.008 0.001 46 A 0.337 0.243 0.177 0.142 0.075 0.023 0.002 47 G 0.344 0.262 0.186 0.123 0.060 0.022 0.003 48 K 0.265 0.339 0.221 0.117 0.043 0.013 0.002 49 F 0.039 0.072 0.157 0.289 0.307 0.126 0.009 50 N 0.138 0.365 0.289 0.144 0.049 0.013 0.002 51 V 0.022 0.060 0.133 0.267 0.321 0.182 0.017 52 E 0.038 0.187 0.296 0.274 0.151 0.049 0.005 53 I 0.011 0.029 0.083 0.242 0.384 0.232 0.019 54 K 0.061 0.275 0.336 0.227 0.079 0.020 0.002 55 V 0.026 0.088 0.175 0.310 0.286 0.108 0.006 56 L 0.039 0.103 0.207 0.324 0.250 0.072 0.004 57 K 0.321 0.389 0.190 0.076 0.021 0.004 0.001 58 D 0.584 0.256 0.104 0.042 0.010 0.002 0.001 59 G 0.548 0.251 0.121 0.058 0.019 0.003 0.001 60 K 0.583 0.254 0.107 0.042 0.011 0.002 0.001 61 T 0.512 0.273 0.129 0.061 0.020 0.004 0.001 62 G 0.308 0.248 0.215 0.145 0.067 0.016 0.001 63 T 0.258 0.320 0.226 0.133 0.048 0.013 0.001 64 F 0.095 0.089 0.141 0.271 0.280 0.116 0.009 65 R 0.130 0.235 0.268 0.224 0.107 0.033 0.003 66 T 0.185 0.249 0.228 0.189 0.107 0.038 0.004 67 Q 0.163 0.245 0.244 0.203 0.104 0.036 0.004 68 V 0.055 0.112 0.189 0.275 0.245 0.112 0.011 69 L 0.084 0.155 0.227 0.262 0.188 0.077 0.007 70 E 0.417 0.353 0.146 0.057 0.020 0.006 0.001 71 N 0.317 0.305 0.200 0.124 0.041 0.011 0.001 72 P 0.244 0.237 0.212 0.189 0.094 0.022 0.001 73 E 0.470 0.326 0.141 0.047 0.013 0.003 0.001 74 K 0.451 0.361 0.135 0.041 0.010 0.002 0.001 75 C 0.099 0.140 0.192 0.288 0.217 0.062 0.003 76 F 0.089 0.110 0.178 0.330 0.231 0.059 0.003 77 E 0.279 0.407 0.224 0.074 0.014 0.002 0.001 78 E 0.372 0.373 0.180 0.061 0.012 0.002 0.001 79 A 0.164 0.129 0.175 0.264 0.203 0.062 0.002 80 L 0.217 0.166 0.218 0.226 0.134 0.037 0.002 81 S 0.522 0.292 0.124 0.048 0.012 0.002 0.001 82 N 0.336 0.318 0.214 0.098 0.028 0.006 0.001 83 L 0.117 0.123 0.197 0.264 0.226 0.069 0.003 84 Q 0.406 0.313 0.167 0.077 0.029 0.007 0.001 85 V 0.262 0.228 0.215 0.193 0.088 0.013 0.001 86 K 0.522 0.285 0.121 0.052 0.017 0.003 0.001 87 D 0.628 0.255 0.079 0.030 0.007 0.001 0.001 88 S 0.726 0.188 0.057 0.022 0.005 0.001 0.001 89 E 0.823 0.135 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001 90 E 0.530 0.269 0.134 0.055 0.011 0.001 0.001 91 K 0.345 0.321 0.218 0.094 0.020 0.002 0.001 92 E 0.490 0.361 0.113 0.029 0.006 0.001 0.001 93 Y 0.111 0.180 0.271 0.279 0.134 0.024 0.001 94 F 0.083 0.128 0.204 0.297 0.221 0.065 0.003 95 F 0.158 0.178 0.223 0.253 0.146 0.040 0.002 96 E 0.400 0.307 0.169 0.087 0.029 0.008 0.001 97 G 0.438 0.260 0.158 0.097 0.038 0.010 0.001 98 G 0.534 0.235 0.122 0.070 0.031 0.008 0.001 99 K 0.575 0.265 0.107 0.039 0.011 0.002 0.001 100 E 0.481 0.332 0.124 0.047 0.013 0.003 0.001 101 Y 0.190 0.195 0.220 0.237 0.128 0.029 0.001 102 R 0.343 0.313 0.188 0.104 0.040 0.010 0.001 103 E 0.356 0.320 0.187 0.100 0.029 0.007 0.001 104 M 0.161 0.153 0.195 0.248 0.174 0.064 0.005 105 E 0.296 0.251 0.207 0.146 0.071 0.025 0.003 106 T 0.373 0.295 0.165 0.100 0.044 0.019 0.003 107 Y 0.179 0.152 0.199 0.229 0.169 0.067 0.006 108 V 0.230 0.198 0.197 0.176 0.124 0.066 0.009 109 G 0.456 0.259 0.137 0.084 0.043 0.019 0.003 110 R 0.356 0.270 0.194 0.115 0.048 0.014 0.002 111 F 0.223 0.130 0.156 0.229 0.190 0.067 0.005 112 E 0.360 0.305 0.191 0.099 0.035 0.009 0.001 113 K 0.422 0.332 0.155 0.065 0.022 0.005 0.001 114 L 0.169 0.142 0.197 0.263 0.180 0.046 0.003 115 S 0.385 0.336 0.165 0.081 0.026 0.007 0.001 116 V 0.223 0.214 0.227 0.214 0.099 0.022 0.001 117 K 0.555 0.268 0.108 0.048 0.016 0.004 0.001 118 E 0.511 0.285 0.129 0.055 0.016 0.003 0.001 119 K 0.429 0.276 0.158 0.092 0.035 0.010 0.001 120 M 0.255 0.228 0.226 0.177 0.091 0.023 0.001 121 D 0.551 0.282 0.108 0.043 0.012 0.003 0.001 122 M 0.338 0.214 0.189 0.169 0.074 0.016 0.001 123 A 0.379 0.208 0.172 0.144 0.076 0.021 0.001 124 K 0.518 0.294 0.126 0.047 0.012 0.003 0.001 125 K 0.604 0.256 0.095 0.034 0.009 0.002 0.001 126 A 0.419 0.196 0.145 0.137 0.080 0.022 0.001 127 H 0.368 0.233 0.184 0.138 0.062 0.014 0.001 128 E 0.585 0.270 0.102 0.034 0.008 0.001 0.001 129 S 0.594 0.267 0.093 0.036 0.009 0.001 0.001 130 A 0.338 0.242 0.186 0.150 0.064 0.017 0.001 131 A 0.451 0.213 0.137 0.119 0.061 0.017 0.001 132 K 0.612 0.249 0.096 0.034 0.008 0.001 0.001 133 D 0.608 0.252 0.092 0.036 0.009 0.002 0.001 134 E 0.412 0.310 0.168 0.076 0.026 0.007 0.001 135 R 0.239 0.310 0.227 0.142 0.062 0.018 0.002 136 V 0.101 0.116 0.169 0.265 0.235 0.101 0.013 137 V 0.065 0.101 0.138 0.210 0.233 0.205 0.048 138 M 0.086 0.100 0.128 0.196 0.215 0.215 0.060 139 V 0.113 0.117 0.135 0.187 0.209 0.184 0.055 140 P 0.147 0.143 0.163 0.183 0.167 0.139 0.058 141 T 0.177 0.218 0.185 0.162 0.125 0.102 0.031 142 V 0.119 0.112 0.133 0.186 0.224 0.180 0.045 143 M 0.178 0.163 0.162 0.190 0.168 0.118 0.020 144 Y 0.195 0.151 0.157 0.185 0.167 0.122 0.023 145 K 0.287 0.257 0.197 0.147 0.074 0.031 0.007 146 D 0.349 0.321 0.175 0.094 0.040 0.017 0.004 147 M 0.163 0.167 0.193 0.211 0.167 0.082 0.016 148 V 0.118 0.153 0.186 0.207 0.184 0.127 0.025 149 I 0.062 0.062 0.100 0.214 0.301 0.224 0.037 150 K 0.170 0.299 0.251 0.168 0.076 0.030 0.006 151 K 0.157 0.245 0.223 0.197 0.117 0.052 0.007 152 I 0.060 0.093 0.142 0.227 0.265 0.183 0.030 153 I 0.092 0.106 0.153 0.235 0.235 0.153 0.026 154 T 0.264 0.274 0.203 0.147 0.075 0.031 0.006 155 N 0.259 0.249 0.203 0.161 0.087 0.036 0.006 156 T 0.274 0.246 0.191 0.147 0.091 0.042 0.008 157 L 0.120 0.121 0.165 0.222 0.222 0.128 0.021 158 G 0.222 0.253 0.206 0.158 0.098 0.052 0.012 159 L 0.095 0.114 0.156 0.234 0.238 0.139 0.023 160 D 0.245 0.313 0.216 0.137 0.061 0.024 0.004 161 V 0.093 0.120 0.176 0.266 0.231 0.101 0.012 162 E 0.263 0.281 0.203 0.144 0.074 0.029 0.006 163 S 0.286 0.315 0.200 0.119 0.055 0.021 0.004 164 Q 0.166 0.246 0.235 0.189 0.105 0.048 0.010 165 M 0.084 0.129 0.190 0.252 0.214 0.110 0.020 166 D 0.248 0.285 0.202 0.128 0.073 0.047 0.017 167 G 0.104 0.156 0.202 0.223 0.171 0.110 0.033 168 G 0.105 0.122 0.130 0.167 0.202 0.204 0.070 169 F 0.061 0.052 0.072 0.129 0.214 0.303 0.169 170 L 0.081 0.087 0.101 0.144 0.168 0.246 0.173 171 F 0.078 0.064 0.081 0.118 0.143 0.244 0.271 172 A 0.042 0.042 0.051 0.090 0.155 0.304 0.315 173 M 0.034 0.053 0.081 0.128 0.178 0.268 0.258 174 A 0.044 0.068 0.097 0.171 0.231 0.260 0.129 175 I 0.051 0.073 0.094 0.152 0.220 0.284 0.127 176 A 0.072 0.114 0.152 0.222 0.228 0.172 0.039 177 R 0.134 0.232 0.243 0.209 0.125 0.050 0.009 178 D 0.239 0.268 0.206 0.158 0.087 0.035 0.008 179 A 0.204 0.191 0.195 0.199 0.140 0.063 0.008 180 N 0.413 0.291 0.151 0.092 0.039 0.013 0.002 181 P 0.424 0.238 0.155 0.111 0.053 0.016 0.002 182 R 0.420 0.250 0.157 0.104 0.049 0.017 0.003 183 S 0.476 0.258 0.144 0.077 0.033 0.011 0.002 184 G 0.380 0.246 0.171 0.116 0.061 0.022 0.004 185 S 0.323 0.254 0.188 0.132 0.068 0.029 0.006 186 W 0.115 0.143 0.178 0.239 0.205 0.106 0.013 187 Y 0.096 0.115 0.177 0.250 0.228 0.117 0.017 188 E 0.136 0.272 0.270 0.198 0.091 0.031 0.004 189 L 0.082 0.085 0.134 0.232 0.277 0.169 0.021 190 A 0.091 0.139 0.196 0.253 0.217 0.094 0.010 191 R 0.181 0.250 0.252 0.193 0.090 0.030 0.003 192 T 0.377 0.327 0.177 0.085 0.028 0.006 0.001 193 P 0.350 0.262 0.189 0.128 0.055 0.014 0.001 194 E 0.642 0.227 0.077 0.034 0.015 0.004 0.001 195 D 0.398 0.290 0.180 0.091 0.032 0.008 0.001 196 L 0.154 0.162 0.217 0.270 0.156 0.039 0.002 197 N 0.481 0.324 0.129 0.050 0.013 0.003 0.001 198 P 0.400 0.298 0.186 0.087 0.026 0.004 0.001 199 E 0.689 0.210 0.067 0.025 0.008 0.002 0.001 200 E 0.513 0.275 0.130 0.059 0.018 0.004 0.001 201 I 0.226 0.192 0.217 0.226 0.113 0.025 0.001 202 G 0.321 0.278 0.204 0.138 0.049 0.009 0.001 203 K 0.442 0.350 0.146 0.048 0.011 0.002 0.001 204 R 0.429 0.296 0.160 0.082 0.026 0.006 0.001 205 A 0.308 0.200 0.162 0.166 0.116 0.044 0.004 206 A 0.278 0.183 0.186 0.188 0.117 0.044 0.004 207 E 0.416 0.329 0.164 0.068 0.019 0.004 0.001 208 E 0.366 0.325 0.183 0.089 0.028 0.008 0.001 209 A 0.219 0.185 0.174 0.189 0.150 0.076 0.006 210 I 0.161 0.133 0.178 0.230 0.193 0.094 0.012 211 S 0.326 0.279 0.186 0.131 0.055 0.020 0.003 212 L 0.239 0.183 0.169 0.177 0.140 0.079 0.013 213 I 0.224 0.157 0.162 0.190 0.163 0.090 0.014 214 G 0.423 0.239 0.158 0.103 0.051 0.021 0.004 215 S 0.559 0.226 0.113 0.065 0.029 0.007 0.001 216 K 0.516 0.259 0.127 0.064 0.025 0.007 0.001 217 T 0.535 0.234 0.117 0.072 0.032 0.010 0.001 218 I 0.444 0.209 0.154 0.114 0.057 0.018 0.003