# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 277 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.032 0.011 0.004 0.004 0.106 0.842 2 T 0.061 0.041 0.006 0.006 0.082 0.804 3 I 0.053 0.037 0.013 0.008 0.147 0.742 4 P 0.046 0.019 0.026 0.009 0.239 0.660 5 S 0.077 0.016 0.050 0.011 0.390 0.455 6 G 0.080 0.008 0.034 0.009 0.450 0.419 7 K 0.222 0.037 0.019 0.006 0.304 0.412 8 Y 0.340 0.018 0.006 0.005 0.194 0.437 9 P 0.379 0.004 0.007 0.006 0.130 0.475 10 V 0.841 0.012 0.002 0.005 0.035 0.104 11 L 0.876 0.014 0.001 0.005 0.024 0.081 12 M 0.632 0.025 0.001 0.007 0.046 0.289 13 R 0.095 0.005 0.003 0.013 0.121 0.763 14 N 0.005 0.002 0.073 0.426 0.192 0.302 15 T 0.002 0.001 0.095 0.722 0.111 0.069 16 A 0.001 0.001 0.063 0.903 0.028 0.005 17 L 0.001 0.001 0.016 0.968 0.012 0.004 18 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.011 0.003 19 D 0.001 0.001 0.011 0.970 0.015 0.003 20 L 0.001 0.001 0.007 0.973 0.014 0.005 21 M 0.001 0.001 0.010 0.966 0.014 0.008 22 E 0.001 0.001 0.013 0.945 0.020 0.021 23 M 0.002 0.001 0.020 0.921 0.024 0.031 24 F 0.003 0.002 0.013 0.891 0.036 0.056 25 I 0.003 0.001 0.042 0.788 0.076 0.091 26 P 0.005 0.003 0.067 0.705 0.126 0.094 27 M 0.007 0.003 0.076 0.745 0.119 0.050 28 I 0.022 0.006 0.066 0.671 0.150 0.086 29 S 0.039 0.005 0.067 0.584 0.159 0.146 30 A 0.028 0.008 0.094 0.721 0.087 0.062 31 E 0.048 0.008 0.089 0.668 0.118 0.069 32 N 0.071 0.008 0.104 0.595 0.148 0.073 33 V 0.076 0.017 0.066 0.643 0.119 0.079 34 Q 0.069 0.025 0.041 0.486 0.279 0.100 35 K 0.038 0.003 0.019 0.345 0.395 0.200 36 N 0.038 0.007 0.007 0.100 0.451 0.397 37 L 0.065 0.050 0.003 0.045 0.317 0.520 38 S 0.094 0.041 0.004 0.056 0.162 0.643 39 P 0.063 0.015 0.035 0.360 0.211 0.317 40 L 0.043 0.013 0.071 0.537 0.185 0.151 41 K 0.043 0.007 0.109 0.573 0.182 0.086 42 G 0.029 0.002 0.116 0.587 0.199 0.067 43 K 0.032 0.007 0.064 0.589 0.224 0.083 44 L 0.026 0.006 0.071 0.555 0.210 0.132 45 G 0.042 0.002 0.015 0.096 0.269 0.576 46 E 0.198 0.016 0.020 0.041 0.169 0.556 47 Q 0.542 0.060 0.011 0.022 0.084 0.281 48 V 0.520 0.065 0.010 0.017 0.098 0.290 49 G 0.286 0.037 0.011 0.016 0.139 0.511 50 N 0.179 0.032 0.035 0.016 0.546 0.193 51 P 0.097 0.004 0.061 0.029 0.638 0.171 52 A 0.130 0.008 0.055 0.026 0.648 0.133 53 V 0.491 0.063 0.019 0.018 0.305 0.104 54 S 0.571 0.030 0.010 0.020 0.118 0.250 55 I 0.607 0.047 0.022 0.021 0.095 0.208 56 K 0.531 0.027 0.021 0.027 0.202 0.192 57 D 0.338 0.038 0.018 0.021 0.269 0.316 58 L 0.069 0.020 0.006 0.008 0.664 0.234 59 P 0.047 0.017 0.011 0.010 0.680 0.235 60 Y 0.048 0.058 0.016 0.014 0.666 0.198 61 H 0.026 0.064 0.021 0.007 0.835 0.047 62 P 0.027 0.010 0.032 0.010 0.800 0.122 63 K 0.020 0.010 0.043 0.009 0.820 0.098 64 G 0.080 0.062 0.038 0.006 0.720 0.094 65 L 0.173 0.103 0.023 0.008 0.354 0.340 66 S 0.167 0.021 0.033 0.007 0.322 0.450 67 S 0.175 0.026 0.018 0.007 0.214 0.559 68 T 0.287 0.053 0.022 0.022 0.168 0.448 69 P 0.396 0.021 0.028 0.021 0.234 0.301 70 F 0.430 0.059 0.035 0.025 0.224 0.227 71 D 0.229 0.040 0.045 0.035 0.539 0.112 72 D 0.097 0.006 0.078 0.049 0.673 0.097 73 E 0.083 0.006 0.024 0.027 0.700 0.161 74 G 0.102 0.037 0.012 0.008 0.552 0.288 75 V 0.166 0.036 0.009 0.016 0.237 0.536 76 P 0.266 0.035 0.033 0.036 0.251 0.378 77 T 0.271 0.018 0.032 0.034 0.280 0.365 78 T 0.427 0.012 0.021 0.026 0.230 0.284 79 E 0.344 0.016 0.016 0.035 0.169 0.420 80 K 0.570 0.026 0.010 0.055 0.111 0.228 81 F 0.673 0.013 0.013 0.065 0.080 0.155 82 V 0.706 0.012 0.018 0.072 0.065 0.127 83 L 0.686 0.018 0.025 0.101 0.109 0.061 84 E 0.479 0.007 0.046 0.140 0.206 0.122 85 N 0.277 0.003 0.010 0.076 0.379 0.255 86 G 0.209 0.013 0.007 0.038 0.359 0.374 87 V 0.384 0.058 0.006 0.131 0.161 0.261 88 L 0.265 0.020 0.018 0.365 0.149 0.182 89 K 0.085 0.008 0.062 0.644 0.119 0.083 90 T 0.072 0.004 0.183 0.478 0.197 0.066 91 F 0.050 0.004 0.189 0.487 0.212 0.058 92 L 0.043 0.009 0.099 0.579 0.190 0.080 93 H 0.037 0.011 0.066 0.639 0.150 0.098 94 N 0.027 0.005 0.019 0.414 0.210 0.325 95 L 0.007 0.001 0.013 0.763 0.122 0.094 96 K 0.004 0.001 0.007 0.892 0.069 0.026 97 T 0.007 0.002 0.006 0.936 0.036 0.013 98 A 0.007 0.001 0.010 0.952 0.024 0.006 99 R 0.005 0.001 0.018 0.943 0.022 0.011 100 K 0.004 0.001 0.019 0.946 0.017 0.014 101 E 0.003 0.001 0.011 0.890 0.020 0.075 102 G 0.006 0.002 0.002 0.032 0.058 0.901 103 V 0.025 0.012 0.005 0.018 0.093 0.847 104 E 0.074 0.036 0.016 0.021 0.176 0.677 105 P 0.067 0.032 0.066 0.021 0.354 0.460 106 T 0.053 0.019 0.110 0.015 0.370 0.433 107 G 0.041 0.012 0.108 0.007 0.482 0.350 108 N 0.062 0.041 0.086 0.006 0.501 0.305 109 G 0.067 0.023 0.045 0.007 0.443 0.414 110 F 0.101 0.029 0.031 0.005 0.378 0.457 111 V 0.162 0.028 0.018 0.005 0.358 0.430 112 G 0.221 0.056 0.019 0.005 0.296 0.403 113 G 0.289 0.049 0.012 0.004 0.253 0.393 114 I 0.276 0.017 0.032 0.005 0.271 0.400 115 R 0.366 0.029 0.027 0.005 0.260 0.313 116 P 0.476 0.025 0.039 0.005 0.243 0.212 117 V 0.474 0.009 0.022 0.006 0.245 0.244 118 N 0.603 0.015 0.016 0.009 0.165 0.192 119 L 0.711 0.016 0.008 0.010 0.082 0.173 120 M 0.729 0.019 0.007 0.016 0.078 0.152 121 L 0.652 0.033 0.005 0.014 0.100 0.196 122 M 0.483 0.042 0.006 0.009 0.356 0.105 123 P 0.169 0.009 0.011 0.007 0.666 0.138 124 G 0.043 0.004 0.008 0.003 0.808 0.134 125 E 0.053 0.018 0.009 0.003 0.663 0.254 126 K 0.046 0.066 0.003 0.005 0.248 0.632 127 S 0.022 0.019 0.002 0.009 0.120 0.826 128 F 0.002 0.001 0.041 0.885 0.051 0.020 129 E 0.001 0.001 0.028 0.940 0.027 0.004 130 E 0.001 0.001 0.046 0.929 0.022 0.001 131 L 0.002 0.001 0.018 0.959 0.016 0.004 132 L 0.002 0.001 0.037 0.930 0.024 0.006 133 K 0.003 0.001 0.047 0.899 0.040 0.011 134 E 0.007 0.002 0.048 0.788 0.100 0.056 135 M 0.013 0.025 0.029 0.606 0.182 0.145 136 D 0.021 0.002 0.027 0.165 0.414 0.372 137 R 0.183 0.005 0.019 0.123 0.347 0.323 138 G 0.754 0.011 0.005 0.038 0.093 0.099 139 V 0.932 0.004 0.001 0.014 0.013 0.036 140 V 0.951 0.002 0.001 0.013 0.009 0.025 141 I 0.919 0.004 0.003 0.014 0.015 0.045 142 T 0.815 0.003 0.007 0.023 0.052 0.100 143 E 0.582 0.004 0.022 0.029 0.181 0.181 144 V 0.356 0.021 0.049 0.043 0.338 0.194 145 E 0.303 0.013 0.053 0.030 0.404 0.197 146 G 0.365 0.018 0.048 0.034 0.354 0.181 147 M 0.345 0.064 0.032 0.042 0.275 0.243 148 H 0.294 0.024 0.031 0.034 0.376 0.242 149 A 0.180 0.018 0.029 0.043 0.423 0.307 150 G 0.124 0.030 0.023 0.031 0.424 0.368 151 A 0.137 0.049 0.023 0.029 0.398 0.365 152 N 0.108 0.021 0.019 0.016 0.342 0.494 153 S 0.089 0.019 0.152 0.041 0.496 0.202 154 I 0.083 0.016 0.213 0.056 0.479 0.153 155 S 0.227 0.021 0.148 0.033 0.424 0.146 156 G 0.363 0.022 0.042 0.012 0.371 0.190 157 E 0.549 0.016 0.009 0.004 0.157 0.264 158 F 0.828 0.009 0.004 0.002 0.054 0.104 159 S 0.922 0.003 0.001 0.001 0.023 0.051 160 L 0.935 0.004 0.001 0.001 0.019 0.041 161 F 0.890 0.004 0.001 0.001 0.028 0.076 162 A 0.822 0.004 0.002 0.001 0.054 0.118 163 K 0.757 0.002 0.004 0.001 0.083 0.154 164 G 0.900 0.003 0.003 0.001 0.039 0.054 165 Y 0.950 0.005 0.003 0.001 0.019 0.022 166 W 0.958 0.004 0.002 0.001 0.017 0.017 167 V 0.890 0.006 0.002 0.002 0.082 0.016 168 E 0.636 0.006 0.003 0.005 0.301 0.048 169 N 0.143 0.002 0.003 0.004 0.782 0.067 170 G 0.191 0.007 0.004 0.003 0.722 0.073 171 E 0.718 0.025 0.002 0.003 0.120 0.132 172 I 0.868 0.014 0.001 0.002 0.035 0.080 173 A 0.845 0.006 0.001 0.003 0.030 0.115 174 H 0.838 0.013 0.002 0.003 0.046 0.098 175 G 0.667 0.015 0.009 0.008 0.112 0.189 176 V 0.541 0.012 0.016 0.012 0.180 0.239 177 E 0.487 0.008 0.035 0.022 0.221 0.227 178 D 0.412 0.006 0.055 0.063 0.252 0.211 179 I 0.546 0.010 0.030 0.105 0.164 0.145 180 T 0.695 0.021 0.022 0.095 0.089 0.078 181 I 0.710 0.010 0.016 0.122 0.069 0.074 182 S 0.425 0.014 0.026 0.245 0.156 0.134 183 G 0.120 0.010 0.040 0.233 0.289 0.309 184 N 0.052 0.025 0.010 0.106 0.259 0.549 185 F 0.001 0.001 0.009 0.948 0.029 0.012 186 L 0.001 0.001 0.008 0.976 0.014 0.001 187 D 0.001 0.001 0.014 0.963 0.021 0.001 188 L 0.001 0.001 0.015 0.968 0.015 0.001 189 L 0.001 0.001 0.014 0.958 0.021 0.004 190 R 0.002 0.001 0.030 0.906 0.047 0.014 191 K 0.006 0.001 0.020 0.670 0.149 0.154 192 I 0.036 0.005 0.018 0.469 0.206 0.267 193 V 0.102 0.033 0.025 0.336 0.205 0.298 194 L 0.267 0.018 0.032 0.195 0.192 0.296 195 V 0.341 0.019 0.021 0.085 0.228 0.306 196 G 0.125 0.006 0.040 0.075 0.402 0.352 197 N 0.080 0.004 0.077 0.077 0.463 0.298 198 D 0.137 0.024 0.135 0.097 0.385 0.221 199 V 0.192 0.019 0.132 0.142 0.335 0.179 200 K 0.317 0.022 0.063 0.120 0.218 0.259 201 V 0.218 0.056 0.063 0.108 0.278 0.277 202 S 0.156 0.035 0.043 0.053 0.452 0.261 203 Q 0.108 0.011 0.040 0.034 0.594 0.213 204 H 0.058 0.009 0.029 0.011 0.730 0.164 205 T 0.182 0.031 0.025 0.005 0.592 0.165 206 I 0.219 0.049 0.013 0.002 0.350 0.367 207 A 0.153 0.013 0.003 0.001 0.254 0.576 208 P 0.131 0.003 0.002 0.001 0.087 0.776 209 S 0.789 0.021 0.003 0.001 0.037 0.148 210 V 0.943 0.004 0.002 0.001 0.017 0.033 211 L 0.953 0.007 0.002 0.001 0.014 0.024 212 V 0.888 0.006 0.003 0.001 0.077 0.025 213 E 0.320 0.001 0.019 0.009 0.575 0.076 214 V 0.333 0.003 0.014 0.009 0.554 0.087 215 L 0.873 0.014 0.003 0.003 0.078 0.029 216 D 0.927 0.005 0.001 0.003 0.020 0.045 217 V 0.926 0.012 0.001 0.003 0.015 0.042 218 A 0.683 0.009 0.004 0.007 0.065 0.231 219 G 0.176 0.006 0.006 0.009 0.131 0.672 220 K 0.009 0.004 0.003 0.006 0.089 0.890