# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 277 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.013 0.003 0.001 0.002 0.035 0.005 0.941 2 T 0.124 0.086 0.003 0.003 0.013 0.022 0.750 3 I 0.069 0.016 0.001 0.001 0.057 0.005 0.852 4 P 0.148 0.010 0.004 0.002 0.259 0.038 0.539 5 S 0.224 0.038 0.014 0.006 0.174 0.313 0.230 6 G 0.362 0.012 0.011 0.004 0.201 0.226 0.185 7 K 0.628 0.015 0.001 0.001 0.029 0.007 0.319 8 Y 0.740 0.006 0.001 0.001 0.027 0.001 0.226 9 P 0.797 0.002 0.001 0.001 0.081 0.002 0.117 10 V 0.946 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.039 11 L 0.951 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.036 12 M 0.861 0.016 0.001 0.001 0.027 0.002 0.091 13 R 0.205 0.003 0.001 0.002 0.043 0.004 0.741 14 N 0.019 0.004 0.219 0.167 0.136 0.286 0.168 15 T 0.007 0.008 0.243 0.298 0.166 0.222 0.056 16 A 0.009 0.007 0.266 0.463 0.071 0.085 0.100 17 L 0.003 0.002 0.075 0.852 0.016 0.025 0.026 18 L 0.006 0.002 0.030 0.890 0.014 0.042 0.015 19 D 0.005 0.001 0.034 0.895 0.008 0.044 0.012 20 L 0.003 0.001 0.021 0.916 0.016 0.033 0.009 21 M 0.005 0.001 0.029 0.909 0.010 0.037 0.010 22 E 0.005 0.001 0.058 0.822 0.011 0.093 0.010 23 M 0.004 0.001 0.072 0.736 0.014 0.156 0.016 24 F 0.013 0.013 0.078 0.644 0.043 0.148 0.060 25 I 0.022 0.006 0.176 0.441 0.077 0.203 0.074 26 P 0.033 0.003 0.174 0.347 0.091 0.222 0.131 27 M 0.037 0.009 0.223 0.346 0.052 0.210 0.123 28 I 0.075 0.065 0.089 0.292 0.141 0.147 0.191 29 S 0.104 0.020 0.023 0.245 0.124 0.071 0.414 30 A 0.017 0.004 0.039 0.764 0.044 0.051 0.082 31 E 0.020 0.002 0.028 0.837 0.032 0.032 0.049 32 N 0.023 0.003 0.049 0.827 0.022 0.033 0.043 33 V 0.020 0.004 0.037 0.826 0.028 0.043 0.042 34 Q 0.023 0.006 0.027 0.734 0.025 0.141 0.044 35 K 0.008 0.002 0.018 0.392 0.046 0.500 0.034 36 N 0.006 0.002 0.011 0.104 0.129 0.638 0.110 37 L 0.016 0.015 0.013 0.040 0.320 0.056 0.540 38 S 0.045 0.041 0.041 0.063 0.127 0.032 0.652 39 P 0.023 0.010 0.286 0.281 0.064 0.146 0.189 40 L 0.021 0.007 0.332 0.210 0.056 0.161 0.213 41 K 0.015 0.009 0.467 0.174 0.056 0.183 0.096 42 G 0.022 0.007 0.292 0.185 0.121 0.196 0.177 43 K 0.020 0.012 0.243 0.126 0.138 0.208 0.253 44 L 0.031 0.014 0.101 0.077 0.132 0.449 0.197 45 G 0.046 0.005 0.051 0.036 0.152 0.463 0.247 46 E 0.224 0.021 0.053 0.046 0.283 0.059 0.314 47 Q 0.522 0.043 0.026 0.029 0.052 0.027 0.300 48 V 0.608 0.040 0.019 0.024 0.052 0.033 0.224 49 G 0.537 0.020 0.012 0.016 0.060 0.038 0.319 50 N 0.181 0.008 0.034 0.009 0.151 0.062 0.554 51 P 0.053 0.002 0.045 0.005 0.342 0.424 0.129 52 A 0.297 0.019 0.046 0.003 0.141 0.352 0.143 53 V 0.618 0.035 0.002 0.001 0.021 0.002 0.321 54 S 0.820 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.157 55 I 0.734 0.015 0.012 0.022 0.031 0.031 0.155 56 K 0.491 0.016 0.039 0.038 0.095 0.109 0.212 57 D 0.282 0.032 0.043 0.063 0.241 0.064 0.275 58 L 0.125 0.014 0.021 0.028 0.193 0.044 0.577 59 P 0.042 0.010 0.085 0.073 0.102 0.487 0.201 60 Y 0.018 0.015 0.131 0.068 0.175 0.458 0.135 61 H 0.021 0.019 0.171 0.066 0.232 0.143 0.348 62 P 0.009 0.007 0.135 0.054 0.090 0.625 0.080 63 K 0.013 0.008 0.098 0.024 0.121 0.643 0.093 64 G 0.050 0.041 0.072 0.021 0.211 0.102 0.503 65 L 0.170 0.042 0.050 0.021 0.152 0.138 0.428 66 S 0.288 0.025 0.042 0.011 0.140 0.115 0.379 67 S 0.231 0.035 0.045 0.014 0.142 0.057 0.475 68 T 0.257 0.028 0.033 0.025 0.194 0.054 0.409 69 P 0.249 0.022 0.034 0.029 0.170 0.061 0.435 70 F 0.264 0.092 0.032 0.037 0.116 0.047 0.413 71 D 0.147 0.052 0.032 0.031 0.087 0.062 0.588 72 D 0.057 0.018 0.071 0.040 0.125 0.325 0.364 73 E 0.016 0.007 0.038 0.030 0.227 0.561 0.121 74 G 0.015 0.008 0.024 0.016 0.383 0.334 0.221 75 V 0.034 0.023 0.006 0.013 0.318 0.029 0.576 76 P 0.113 0.056 0.017 0.041 0.148 0.078 0.547 77 T 0.150 0.027 0.038 0.068 0.153 0.124 0.440 78 T 0.184 0.037 0.054 0.123 0.146 0.068 0.388 79 E 0.211 0.020 0.055 0.181 0.090 0.037 0.406 80 K 0.470 0.008 0.034 0.170 0.032 0.021 0.265 81 F 0.667 0.005 0.023 0.135 0.021 0.020 0.129 82 V 0.735 0.012 0.018 0.114 0.022 0.026 0.075 83 L 0.678 0.014 0.019 0.128 0.032 0.038 0.090 84 E 0.417 0.006 0.036 0.172 0.088 0.099 0.182 85 N 0.102 0.003 0.026 0.129 0.163 0.503 0.075 86 G 0.192 0.005 0.018 0.058 0.151 0.433 0.143 87 V 0.705 0.019 0.005 0.031 0.031 0.016 0.193 88 L 0.793 0.023 0.009 0.056 0.016 0.012 0.091 89 K 0.560 0.011 0.055 0.155 0.052 0.040 0.127 90 T 0.432 0.005 0.116 0.171 0.068 0.068 0.140 91 F 0.428 0.008 0.104 0.148 0.064 0.137 0.111 92 L 0.474 0.034 0.033 0.112 0.073 0.121 0.154 93 H 0.294 0.031 0.013 0.113 0.181 0.072 0.296 94 N 0.081 0.011 0.002 0.169 0.221 0.028 0.488 95 L 0.001 0.001 0.004 0.975 0.006 0.008 0.006 96 K 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.005 0.003 97 T 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.002 98 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.004 0.003 99 R 0.001 0.001 0.007 0.969 0.002 0.016 0.003 100 K 0.001 0.001 0.008 0.908 0.004 0.075 0.003 101 E 0.001 0.001 0.005 0.373 0.042 0.556 0.021 102 G 0.002 0.003 0.002 0.012 0.131 0.626 0.224 103 V 0.012 0.017 0.001 0.003 0.140 0.010 0.817 104 E 0.047 0.067 0.006 0.004 0.084 0.015 0.776 105 P 0.061 0.064 0.024 0.008 0.111 0.044 0.687 106 T 0.055 0.055 0.035 0.008 0.182 0.070 0.594 107 G 0.043 0.027 0.062 0.019 0.443 0.195 0.212 108 N 0.036 0.026 0.079 0.037 0.219 0.294 0.309 109 G 0.041 0.045 0.050 0.023 0.196 0.222 0.423 110 F 0.037 0.033 0.025 0.011 0.297 0.152 0.447 111 V 0.042 0.034 0.011 0.010 0.347 0.048 0.506 112 G 0.051 0.077 0.019 0.018 0.149 0.053 0.633 113 G 0.101 0.042 0.033 0.014 0.149 0.059 0.603 114 I 0.143 0.042 0.070 0.021 0.188 0.142 0.394 115 R 0.164 0.038 0.068 0.017 0.152 0.180 0.380 116 P 0.263 0.030 0.033 0.009 0.171 0.081 0.413 117 V 0.410 0.014 0.023 0.008 0.225 0.053 0.267 118 N 0.705 0.020 0.015 0.006 0.044 0.024 0.186 119 L 0.842 0.006 0.008 0.006 0.023 0.016 0.100 120 M 0.899 0.015 0.003 0.005 0.015 0.008 0.055 121 L 0.793 0.045 0.002 0.005 0.015 0.004 0.136 122 M 0.443 0.029 0.005 0.004 0.045 0.018 0.456 123 P 0.147 0.012 0.020 0.005 0.248 0.246 0.320 124 G 0.037 0.009 0.021 0.002 0.271 0.479 0.180 125 E 0.050 0.030 0.011 0.002 0.305 0.124 0.478 126 K 0.018 0.064 0.003 0.002 0.399 0.024 0.490 127 S 0.016 0.112 0.001 0.009 0.250 0.006 0.606 128 F 0.001 0.001 0.019 0.957 0.006 0.010 0.007 129 E 0.001 0.001 0.016 0.964 0.004 0.011 0.004 130 E 0.001 0.001 0.032 0.952 0.003 0.010 0.003 131 L 0.001 0.001 0.014 0.967 0.003 0.011 0.003 132 L 0.002 0.001 0.024 0.905 0.005 0.053 0.010 133 K 0.007 0.001 0.041 0.464 0.011 0.467 0.010 134 E 0.009 0.003 0.052 0.337 0.043 0.494 0.061 135 M 0.039 0.033 0.040 0.073 0.213 0.078 0.525 136 D 0.096 0.007 0.049 0.035 0.283 0.116 0.414 137 R 0.115 0.004 0.038 0.032 0.368 0.330 0.113 138 G 0.609 0.007 0.010 0.009 0.088 0.080 0.196 139 V 0.916 0.004 0.001 0.002 0.004 0.002 0.073 140 V 0.970 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 141 I 0.899 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.086 142 T 0.756 0.006 0.004 0.003 0.054 0.015 0.161 143 E 0.537 0.015 0.013 0.008 0.118 0.040 0.267 144 V 0.388 0.019 0.030 0.009 0.150 0.158 0.246 145 E 0.298 0.023 0.035 0.013 0.191 0.250 0.190 146 G 0.251 0.021 0.042 0.012 0.279 0.137 0.258 147 M 0.216 0.036 0.075 0.032 0.224 0.182 0.235 148 H 0.305 0.024 0.065 0.026 0.162 0.171 0.246 149 A 0.343 0.019 0.054 0.027 0.164 0.169 0.224 150 G 0.459 0.023 0.020 0.018 0.158 0.140 0.182 151 A 0.495 0.036 0.009 0.015 0.156 0.037 0.253 152 N 0.423 0.040 0.005 0.006 0.069 0.019 0.438 153 S 0.275 0.019 0.083 0.045 0.094 0.263 0.221 154 I 0.205 0.016 0.077 0.040 0.121 0.442 0.099 155 S 0.202 0.012 0.072 0.036 0.139 0.443 0.097 156 G 0.342 0.009 0.020 0.019 0.221 0.201 0.189 157 E 0.648 0.023 0.008 0.008 0.066 0.040 0.206 158 F 0.877 0.019 0.004 0.003 0.019 0.009 0.069 159 S 0.882 0.006 0.004 0.002 0.021 0.009 0.075 160 L 0.867 0.007 0.007 0.003 0.028 0.015 0.073 161 F 0.842 0.007 0.004 0.002 0.029 0.018 0.099 162 A 0.730 0.006 0.006 0.001 0.049 0.009 0.200 163 K 0.558 0.005 0.022 0.002 0.154 0.081 0.179 164 G 0.838 0.006 0.006 0.001 0.039 0.017 0.094 165 Y 0.948 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 166 W 0.977 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 167 V 0.923 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.061 168 E 0.726 0.003 0.007 0.001 0.042 0.130 0.092 169 N 0.028 0.001 0.005 0.001 0.120 0.835 0.010 170 G 0.035 0.001 0.005 0.001 0.186 0.726 0.047 171 E 0.648 0.015 0.001 0.001 0.038 0.009 0.290 172 I 0.869 0.056 0.001 0.001 0.006 0.001 0.068 173 A 0.873 0.006 0.001 0.001 0.016 0.001 0.103 174 H 0.831 0.003 0.004 0.001 0.038 0.008 0.115 175 G 0.781 0.012 0.007 0.002 0.033 0.021 0.144 176 V 0.740 0.011 0.014 0.002 0.032 0.025 0.175 177 E 0.520 0.012 0.050 0.009 0.134 0.086 0.188 178 D 0.448 0.007 0.042 0.008 0.180 0.089 0.227 179 I 0.663 0.011 0.013 0.011 0.043 0.019 0.240 180 T 0.896 0.015 0.002 0.004 0.016 0.004 0.063 181 I 0.902 0.012 0.003 0.006 0.010 0.009 0.059 182 S 0.800 0.004 0.003 0.006 0.025 0.028 0.134 183 G 0.353 0.016 0.013 0.029 0.294 0.111 0.185 184 N 0.216 0.036 0.003 0.020 0.226 0.021 0.478 185 F 0.006 0.001 0.050 0.904 0.014 0.014 0.013 186 L 0.001 0.001 0.032 0.957 0.003 0.006 0.002 187 D 0.001 0.001 0.040 0.948 0.001 0.010 0.001 188 L 0.001 0.001 0.032 0.949 0.001 0.015 0.001 189 L 0.002 0.001 0.040 0.901 0.003 0.049 0.005 190 R 0.006 0.001 0.053 0.772 0.010 0.152 0.006 191 K 0.011 0.001 0.080 0.654 0.022 0.212 0.021 192 I 0.090 0.020 0.051 0.508 0.085 0.059 0.186 193 V 0.281 0.013 0.047 0.397 0.080 0.064 0.118 194 L 0.370 0.023 0.035 0.374 0.041 0.075 0.083 195 V 0.399 0.012 0.029 0.264 0.052 0.103 0.140 196 G 0.275 0.008 0.029 0.143 0.202 0.150 0.193 197 N 0.131 0.006 0.050 0.110 0.244 0.215 0.245 198 D 0.160 0.009 0.095 0.117 0.163 0.194 0.263 199 V 0.271 0.013 0.111 0.184 0.103 0.125 0.194 200 K 0.358 0.036 0.086 0.159 0.074 0.091 0.196 201 V 0.355 0.043 0.063 0.166 0.095 0.081 0.196 202 S 0.261 0.020 0.039 0.103 0.124 0.104 0.348 203 Q 0.077 0.014 0.067 0.067 0.210 0.401 0.164 204 H 0.043 0.008 0.043 0.015 0.229 0.423 0.240 205 T 0.117 0.025 0.032 0.011 0.252 0.168 0.395 206 I 0.164 0.041 0.012 0.009 0.280 0.109 0.386 207 A 0.119 0.016 0.007 0.005 0.390 0.031 0.431 208 P 0.207 0.011 0.015 0.003 0.235 0.051 0.477 209 S 0.699 0.013 0.011 0.001 0.092 0.026 0.157 210 V 0.943 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.041 211 L 0.962 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 212 V 0.890 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.096 213 E 0.635 0.010 0.026 0.003 0.118 0.070 0.138 214 V 0.373 0.004 0.034 0.004 0.193 0.089 0.302 215 L 0.781 0.010 0.005 0.004 0.026 0.011 0.164 216 D 0.937 0.011 0.001 0.003 0.007 0.002 0.039 217 V 0.924 0.009 0.002 0.006 0.009 0.006 0.045 218 A 0.673 0.005 0.004 0.016 0.042 0.067 0.192 219 G 0.287 0.011 0.004 0.008 0.019 0.102 0.568 220 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997