# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 277 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.646 0.229 0.080 0.037 0.007 0.001 0.001 2 T 0.517 0.357 0.092 0.028 0.005 0.001 0.001 3 I 0.227 0.227 0.229 0.222 0.085 0.011 0.001 4 P 0.624 0.292 0.065 0.016 0.002 0.001 0.001 5 S 0.469 0.310 0.136 0.066 0.017 0.002 0.001 6 G 0.256 0.370 0.217 0.128 0.026 0.002 0.001 7 K 0.149 0.595 0.205 0.046 0.005 0.001 0.001 8 Y 0.002 0.014 0.055 0.254 0.480 0.183 0.011 9 P 0.003 0.061 0.270 0.391 0.217 0.055 0.003 10 V 0.001 0.001 0.006 0.039 0.198 0.588 0.167 11 L 0.002 0.013 0.050 0.160 0.325 0.371 0.080 12 M 0.001 0.004 0.011 0.040 0.158 0.524 0.263 13 R 0.005 0.054 0.156 0.263 0.237 0.213 0.073 14 N 0.016 0.083 0.131 0.229 0.283 0.200 0.057 15 T 0.046 0.191 0.230 0.235 0.184 0.090 0.024 16 A 0.016 0.036 0.072 0.183 0.299 0.324 0.070 17 L 0.033 0.054 0.074 0.136 0.220 0.365 0.118 18 L 0.074 0.166 0.171 0.236 0.207 0.120 0.025 19 D 0.051 0.108 0.195 0.269 0.233 0.116 0.027 20 L 0.028 0.032 0.036 0.074 0.177 0.379 0.274 21 M 0.019 0.042 0.080 0.175 0.245 0.284 0.156 22 E 0.035 0.102 0.170 0.219 0.218 0.186 0.070 23 M 0.017 0.027 0.051 0.128 0.260 0.326 0.191 24 F 0.015 0.021 0.025 0.051 0.121 0.368 0.400 25 I 0.043 0.055 0.082 0.146 0.193 0.260 0.219 26 P 0.053 0.087 0.100 0.146 0.167 0.230 0.219 27 M 0.028 0.036 0.055 0.105 0.181 0.301 0.294 28 I 0.037 0.035 0.050 0.107 0.180 0.319 0.272 29 S 0.074 0.149 0.176 0.208 0.188 0.136 0.068 30 A 0.110 0.137 0.123 0.168 0.190 0.180 0.092 31 E 0.154 0.233 0.189 0.171 0.130 0.095 0.028 32 N 0.129 0.157 0.181 0.222 0.173 0.115 0.023 33 V 0.093 0.123 0.151 0.203 0.216 0.177 0.036 34 Q 0.106 0.146 0.186 0.267 0.207 0.077 0.011 35 K 0.295 0.336 0.207 0.104 0.041 0.013 0.003 36 N 0.271 0.285 0.212 0.142 0.063 0.022 0.004 37 L 0.118 0.201 0.218 0.232 0.152 0.070 0.010 38 S 0.079 0.133 0.198 0.237 0.218 0.124 0.012 39 P 0.045 0.115 0.180 0.258 0.255 0.135 0.013 40 L 0.033 0.047 0.088 0.206 0.332 0.263 0.030 41 K 0.157 0.265 0.253 0.207 0.093 0.024 0.002 42 G 0.314 0.323 0.206 0.110 0.038 0.009 0.001 43 K 0.330 0.277 0.187 0.132 0.056 0.017 0.002 44 L 0.375 0.224 0.171 0.132 0.074 0.023 0.002 45 G 0.392 0.284 0.159 0.109 0.045 0.011 0.001 46 E 0.322 0.345 0.184 0.105 0.035 0.009 0.001 47 Q 0.249 0.360 0.213 0.123 0.044 0.010 0.001 48 V 0.054 0.126 0.185 0.274 0.245 0.106 0.009 49 G 0.033 0.075 0.149 0.288 0.298 0.144 0.014 50 N 0.101 0.226 0.249 0.247 0.133 0.039 0.004 51 P 0.108 0.323 0.248 0.183 0.092 0.039 0.007 52 A 0.037 0.141 0.229 0.274 0.193 0.107 0.019 53 V 0.002 0.006 0.020 0.096 0.279 0.472 0.126 54 S 0.011 0.069 0.161 0.267 0.283 0.173 0.036 55 I 0.004 0.008 0.023 0.076 0.208 0.457 0.224 56 K 0.017 0.085 0.151 0.267 0.254 0.170 0.057 57 D 0.056 0.144 0.180 0.210 0.191 0.158 0.062 58 L 0.086 0.202 0.198 0.202 0.174 0.107 0.031 59 P 0.089 0.126 0.156 0.227 0.214 0.154 0.034 60 Y 0.177 0.245 0.201 0.174 0.130 0.064 0.009 61 H 0.165 0.222 0.222 0.227 0.119 0.039 0.006 62 P 0.328 0.298 0.185 0.118 0.051 0.016 0.004 63 K 0.299 0.323 0.200 0.109 0.047 0.015 0.005 64 G 0.203 0.247 0.201 0.174 0.112 0.049 0.014 65 L 0.112 0.153 0.180 0.220 0.178 0.115 0.042 66 S 0.062 0.083 0.112 0.178 0.202 0.241 0.120 67 S 0.043 0.044 0.065 0.120 0.203 0.326 0.201 68 T 0.044 0.061 0.085 0.152 0.222 0.264 0.173 69 P 0.049 0.086 0.126 0.179 0.212 0.214 0.135 70 F 0.060 0.092 0.132 0.215 0.231 0.188 0.081 71 D 0.121 0.236 0.231 0.198 0.121 0.067 0.027 72 D 0.167 0.212 0.192 0.183 0.131 0.084 0.032 73 E 0.165 0.183 0.163 0.180 0.153 0.114 0.041 74 G 0.238 0.213 0.166 0.157 0.121 0.082 0.023 75 V 0.119 0.160 0.179 0.233 0.181 0.102 0.027 76 P 0.266 0.262 0.199 0.151 0.082 0.033 0.007 77 T 0.206 0.257 0.212 0.169 0.102 0.044 0.010 78 T 0.177 0.262 0.232 0.193 0.096 0.035 0.005 79 E 0.152 0.258 0.215 0.199 0.121 0.049 0.007 80 K 0.132 0.218 0.218 0.210 0.146 0.065 0.010 81 F 0.108 0.237 0.249 0.231 0.115 0.055 0.006 82 V 0.026 0.042 0.088 0.221 0.344 0.261 0.018 83 L 0.043 0.091 0.151 0.273 0.311 0.123 0.007 84 E 0.246 0.391 0.228 0.106 0.024 0.005 0.001 85 N 0.164 0.335 0.290 0.158 0.044 0.008 0.001 86 G 0.137 0.298 0.234 0.191 0.108 0.030 0.002 87 V 0.035 0.195 0.309 0.294 0.134 0.031 0.002 88 L 0.006 0.008 0.027 0.117 0.372 0.432 0.038 89 K 0.037 0.178 0.281 0.303 0.153 0.044 0.003 90 T 0.114 0.243 0.217 0.191 0.143 0.081 0.012 91 F 0.029 0.064 0.136 0.253 0.295 0.198 0.025 92 L 0.030 0.051 0.082 0.187 0.300 0.304 0.045 93 H 0.135 0.191 0.175 0.190 0.173 0.110 0.025 94 N 0.185 0.222 0.189 0.166 0.119 0.096 0.023 95 L 0.153 0.187 0.182 0.205 0.159 0.096 0.018 96 K 0.228 0.241 0.173 0.160 0.119 0.064 0.015 97 T 0.235 0.200 0.187 0.189 0.126 0.054 0.008 98 A 0.282 0.169 0.153 0.175 0.141 0.071 0.008 99 R 0.331 0.290 0.180 0.121 0.057 0.019 0.002 100 K 0.332 0.259 0.192 0.137 0.060 0.018 0.002 101 E 0.146 0.151 0.182 0.239 0.193 0.077 0.012 102 G 0.353 0.307 0.180 0.097 0.043 0.015 0.004 103 V 0.135 0.169 0.198 0.231 0.176 0.070 0.020 104 E 0.262 0.265 0.203 0.130 0.081 0.044 0.014 105 P 0.140 0.138 0.164 0.204 0.176 0.122 0.057 106 T 0.202 0.167 0.141 0.139 0.136 0.129 0.084 107 G 0.157 0.122 0.116 0.160 0.169 0.154 0.120 108 N 0.173 0.135 0.114 0.131 0.128 0.143 0.175 109 G 0.142 0.100 0.092 0.136 0.154 0.162 0.215 110 F 0.199 0.274 0.205 0.154 0.085 0.045 0.038 111 V 0.187 0.180 0.154 0.161 0.144 0.097 0.077 112 G 0.163 0.184 0.173 0.167 0.117 0.106 0.089 113 G 0.092 0.107 0.127 0.197 0.208 0.163 0.105 114 I 0.096 0.122 0.129 0.144 0.158 0.183 0.168 115 R 0.054 0.082 0.096 0.154 0.182 0.220 0.212 116 P 0.033 0.044 0.063 0.103 0.171 0.270 0.317 117 V 0.025 0.049 0.068 0.119 0.162 0.279 0.298 118 N 0.026 0.039 0.058 0.108 0.186 0.332 0.250 119 L 0.013 0.022 0.042 0.095 0.169 0.351 0.307 120 M 0.028 0.059 0.104 0.181 0.238 0.267 0.123 121 L 0.021 0.031 0.061 0.136 0.258 0.355 0.138 122 M 0.050 0.135 0.193 0.267 0.211 0.120 0.024 123 P 0.080 0.175 0.223 0.231 0.183 0.091 0.017 124 G 0.127 0.249 0.239 0.224 0.115 0.040 0.006 125 E 0.318 0.355 0.198 0.086 0.031 0.011 0.001 126 K 0.237 0.269 0.225 0.156 0.081 0.029 0.003 127 S 0.214 0.384 0.231 0.119 0.041 0.009 0.001 128 F 0.039 0.107 0.222 0.313 0.247 0.067 0.005 129 E 0.368 0.416 0.155 0.049 0.010 0.002 0.001 130 E 0.186 0.477 0.237 0.081 0.017 0.003 0.001 131 L 0.010 0.033 0.101 0.298 0.410 0.142 0.005 132 L 0.020 0.080 0.192 0.333 0.269 0.099 0.007 133 K 0.265 0.439 0.188 0.078 0.021 0.007 0.001 134 E 0.131 0.309 0.285 0.182 0.078 0.014 0.001 135 M 0.018 0.062 0.172 0.356 0.300 0.087 0.005 136 D 0.193 0.393 0.243 0.112 0.046 0.012 0.001 137 R 0.054 0.246 0.300 0.268 0.104 0.026 0.001 138 G 0.004 0.021 0.065 0.214 0.388 0.286 0.024 139 V 0.001 0.003 0.009 0.042 0.164 0.495 0.285 140 V 0.002 0.004 0.010 0.036 0.122 0.427 0.400 141 I 0.002 0.002 0.004 0.014 0.055 0.299 0.624 142 T 0.008 0.028 0.053 0.114 0.201 0.319 0.277 143 E 0.013 0.047 0.114 0.181 0.211 0.250 0.184 144 V 0.009 0.024 0.043 0.103 0.239 0.343 0.239 145 E 0.025 0.066 0.116 0.196 0.235 0.237 0.126 146 G 0.078 0.077 0.094 0.135 0.188 0.258 0.170 147 M 0.108 0.103 0.092 0.138 0.174 0.232 0.152 148 H 0.120 0.150 0.147 0.173 0.176 0.147 0.088 149 A 0.173 0.152 0.137 0.148 0.153 0.151 0.086 150 G 0.211 0.200 0.143 0.150 0.126 0.110 0.061 151 A 0.168 0.174 0.163 0.188 0.148 0.111 0.049 152 N 0.278 0.241 0.182 0.143 0.089 0.051 0.016 153 S 0.289 0.230 0.173 0.143 0.092 0.055 0.018 154 I 0.173 0.188 0.180 0.194 0.152 0.085 0.028 155 S 0.209 0.264 0.210 0.158 0.095 0.051 0.012 156 G 0.072 0.131 0.161 0.247 0.249 0.113 0.026 157 E 0.113 0.283 0.291 0.191 0.079 0.032 0.011 158 F 0.051 0.067 0.092 0.196 0.285 0.248 0.062 159 S 0.082 0.168 0.218 0.247 0.171 0.091 0.023 160 L 0.049 0.081 0.098 0.181 0.264 0.253 0.074 161 F 0.062 0.174 0.251 0.264 0.149 0.079 0.021 162 A 0.029 0.051 0.076 0.167 0.273 0.306 0.099 163 K 0.044 0.126 0.195 0.221 0.202 0.164 0.049 164 G 0.045 0.080 0.108 0.168 0.221 0.304 0.074 165 Y 0.031 0.058 0.093 0.182 0.258 0.314 0.064 166 W 0.030 0.101 0.168 0.271 0.259 0.153 0.018 167 V 0.037 0.063 0.106 0.216 0.337 0.221 0.021 168 E 0.122 0.274 0.280 0.236 0.072 0.014 0.001 169 N 0.382 0.368 0.166 0.064 0.016 0.003 0.001 170 G 0.226 0.297 0.217 0.168 0.075 0.015 0.001 171 E 0.266 0.377 0.214 0.105 0.030 0.007 0.001 172 I 0.041 0.098 0.175 0.292 0.273 0.114 0.007 173 A 0.055 0.182 0.277 0.274 0.159 0.050 0.003 174 H 0.078 0.166 0.195 0.245 0.205 0.099 0.011 175 G 0.046 0.112 0.182 0.282 0.247 0.118 0.013 176 V 0.044 0.064 0.098 0.204 0.330 0.229 0.031 177 E 0.121 0.284 0.260 0.194 0.091 0.042 0.008 178 D 0.091 0.177 0.230 0.245 0.157 0.087 0.014 179 I 0.024 0.039 0.064 0.160 0.305 0.335 0.073 180 T 0.041 0.117 0.180 0.245 0.241 0.146 0.030 181 I 0.030 0.036 0.061 0.137 0.236 0.359 0.140 182 S 0.036 0.118 0.156 0.221 0.235 0.186 0.046 183 G 0.070 0.153 0.198 0.226 0.196 0.126 0.032 184 N 0.031 0.100 0.165 0.268 0.238 0.150 0.049 185 F 0.010 0.018 0.026 0.075 0.232 0.463 0.177 186 L 0.033 0.112 0.190 0.271 0.234 0.133 0.028 187 D 0.049 0.170 0.257 0.284 0.158 0.071 0.010 188 L 0.005 0.011 0.025 0.093 0.295 0.500 0.071 189 L 0.003 0.009 0.024 0.093 0.284 0.493 0.093 190 R 0.031 0.172 0.272 0.260 0.164 0.087 0.013 191 K 0.018 0.088 0.221 0.361 0.221 0.082 0.008 192 I 0.003 0.006 0.015 0.069 0.281 0.526 0.099 193 V 0.025 0.110 0.222 0.290 0.227 0.110 0.016 194 L 0.088 0.205 0.236 0.231 0.157 0.074 0.009 195 V 0.041 0.071 0.122 0.246 0.316 0.184 0.020 196 G 0.097 0.156 0.195 0.270 0.197 0.076 0.008 197 N 0.409 0.322 0.150 0.074 0.031 0.012 0.003 198 D 0.386 0.289 0.165 0.096 0.042 0.016 0.005 199 V 0.240 0.206 0.189 0.189 0.121 0.049 0.008 200 K 0.320 0.274 0.184 0.128 0.066 0.023 0.004 201 V 0.255 0.185 0.170 0.177 0.136 0.065 0.012 202 S 0.254 0.218 0.182 0.175 0.112 0.051 0.009 203 Q 0.334 0.228 0.156 0.133 0.089 0.049 0.011 204 H 0.331 0.226 0.152 0.137 0.092 0.048 0.015 205 T 0.213 0.172 0.144 0.157 0.143 0.126 0.045 206 I 0.122 0.146 0.157 0.193 0.179 0.145 0.059 207 A 0.079 0.115 0.134 0.194 0.196 0.194 0.088 208 P 0.039 0.082 0.117 0.204 0.243 0.237 0.079 209 S 0.057 0.148 0.239 0.255 0.194 0.089 0.018 210 V 0.033 0.060 0.082 0.152 0.252 0.341 0.079 211 L 0.019 0.087 0.234 0.385 0.211 0.061 0.004 212 V 0.020 0.027 0.062 0.174 0.378 0.311 0.029 213 E 0.153 0.346 0.281 0.160 0.049 0.009 0.001 214 V 0.188 0.303 0.287 0.159 0.053 0.009 0.001 215 L 0.079 0.131 0.175 0.273 0.243 0.094 0.005 216 D 0.198 0.358 0.250 0.132 0.050 0.012 0.001 217 V 0.199 0.146 0.179 0.221 0.167 0.083 0.006 218 A 0.359 0.286 0.156 0.127 0.058 0.014 0.001 219 G 0.460 0.219 0.160 0.107 0.044 0.008 0.001 220 K 0.710 0.203 0.057 0.021 0.006 0.002 0.001