# TARGET T0216 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110.98 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.012 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.976 2 T 0.090 0.084 0.001 0.002 0.013 0.004 0.807 3 I 0.056 0.093 0.002 0.001 0.074 0.004 0.770 4 P 0.032 0.007 0.007 0.001 0.029 0.019 0.906 5 S 0.007 0.005 0.077 0.009 0.141 0.676 0.085 6 G 0.027 0.001 0.057 0.005 0.137 0.718 0.054 7 K 0.209 0.061 0.035 0.007 0.106 0.034 0.547 8 Y 0.432 0.019 0.002 0.001 0.330 0.006 0.210 9 P 0.359 0.003 0.004 0.002 0.082 0.006 0.544 10 V 0.790 0.006 0.002 0.001 0.024 0.004 0.172 11 L 0.870 0.015 0.002 0.002 0.021 0.002 0.088 12 M 0.608 0.058 0.005 0.004 0.023 0.004 0.298 13 R 0.151 0.009 0.004 0.011 0.046 0.020 0.759 14 N 0.009 0.002 0.038 0.571 0.127 0.137 0.115 15 T 0.001 0.001 0.021 0.943 0.004 0.029 0.003 16 A 0.001 0.001 0.018 0.966 0.001 0.011 0.003 17 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.002 18 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 19 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 20 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 21 M 0.001 0.001 0.008 0.978 0.002 0.010 0.001 22 E 0.002 0.001 0.031 0.888 0.003 0.074 0.002 23 M 0.002 0.002 0.038 0.691 0.010 0.249 0.008 24 F 0.005 0.012 0.047 0.518 0.074 0.234 0.109 25 I 0.006 0.008 0.162 0.361 0.151 0.123 0.190 26 P 0.014 0.004 0.218 0.349 0.132 0.161 0.121 27 M 0.011 0.005 0.273 0.498 0.035 0.116 0.061 28 I 0.040 0.038 0.144 0.501 0.072 0.110 0.093 29 S 0.042 0.013 0.066 0.439 0.054 0.133 0.252 30 A 0.002 0.001 0.070 0.850 0.006 0.041 0.030 31 E 0.001 0.001 0.038 0.897 0.008 0.041 0.014 32 N 0.002 0.001 0.070 0.876 0.007 0.023 0.021 33 V 0.013 0.006 0.035 0.887 0.013 0.020 0.026 34 Q 0.025 0.006 0.043 0.774 0.019 0.066 0.067 35 K 0.006 0.003 0.028 0.531 0.025 0.396 0.011 36 N 0.003 0.001 0.010 0.133 0.020 0.802 0.031 37 L 0.016 0.018 0.012 0.060 0.168 0.120 0.606 38 S 0.019 0.018 0.031 0.033 0.110 0.062 0.728 39 P 0.011 0.015 0.326 0.107 0.066 0.388 0.086 40 L 0.020 0.011 0.412 0.083 0.056 0.284 0.133 41 K 0.024 0.048 0.268 0.083 0.039 0.374 0.163 42 G 0.009 0.002 0.128 0.057 0.062 0.413 0.329 43 K 0.064 0.030 0.140 0.137 0.118 0.187 0.324 44 L 0.056 0.028 0.079 0.079 0.083 0.604 0.070 45 G 0.051 0.001 0.020 0.008 0.194 0.619 0.106 46 E 0.333 0.014 0.007 0.006 0.110 0.013 0.516 47 Q 0.558 0.102 0.005 0.007 0.053 0.005 0.270 48 V 0.638 0.033 0.005 0.004 0.048 0.014 0.259 49 G 0.346 0.032 0.003 0.003 0.096 0.057 0.464 50 N 0.184 0.011 0.004 0.001 0.138 0.015 0.647 51 P 0.102 0.005 0.021 0.006 0.338 0.345 0.183 52 A 0.294 0.011 0.022 0.002 0.099 0.387 0.186 53 V 0.721 0.042 0.001 0.001 0.013 0.001 0.221 54 S 0.836 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.147 55 I 0.809 0.013 0.025 0.009 0.007 0.010 0.127 56 K 0.712 0.015 0.031 0.015 0.078 0.023 0.127 57 D 0.449 0.038 0.052 0.013 0.099 0.028 0.322 58 L 0.126 0.043 0.034 0.006 0.109 0.026 0.656 59 P 0.078 0.014 0.034 0.010 0.161 0.276 0.427 60 Y 0.051 0.070 0.034 0.014 0.257 0.303 0.270 61 H 0.027 0.015 0.007 0.003 0.471 0.016 0.461 62 P 0.012 0.007 0.072 0.016 0.123 0.637 0.133 63 K 0.013 0.020 0.081 0.008 0.113 0.711 0.055 64 G 0.062 0.049 0.096 0.008 0.287 0.171 0.327 65 L 0.121 0.072 0.045 0.006 0.176 0.110 0.469 66 S 0.190 0.105 0.025 0.004 0.168 0.122 0.386 67 S 0.151 0.090 0.018 0.005 0.244 0.054 0.438 68 T 0.092 0.050 0.008 0.003 0.307 0.023 0.516 69 P 0.070 0.033 0.033 0.009 0.184 0.188 0.484 70 F 0.047 0.113 0.046 0.013 0.162 0.210 0.409 71 D 0.027 0.032 0.051 0.021 0.183 0.243 0.443 72 D 0.022 0.020 0.059 0.027 0.234 0.368 0.270 73 E 0.021 0.027 0.033 0.022 0.245 0.491 0.161 74 G 0.022 0.016 0.021 0.017 0.327 0.348 0.249 75 V 0.045 0.029 0.002 0.012 0.204 0.010 0.697 76 P 0.069 0.050 0.002 0.009 0.020 0.006 0.844 77 T 0.151 0.061 0.016 0.031 0.076 0.029 0.635 78 T 0.266 0.016 0.039 0.027 0.198 0.116 0.339 79 E 0.450 0.009 0.057 0.029 0.113 0.057 0.283 80 K 0.704 0.004 0.022 0.042 0.077 0.011 0.140 81 F 0.923 0.004 0.007 0.023 0.014 0.003 0.026 82 V 0.932 0.012 0.004 0.032 0.003 0.004 0.014 83 L 0.849 0.010 0.009 0.065 0.004 0.023 0.040 84 E 0.430 0.010 0.013 0.073 0.023 0.411 0.040 85 N 0.018 0.001 0.003 0.003 0.039 0.922 0.015 86 G 0.131 0.001 0.003 0.005 0.285 0.468 0.106 87 V 0.848 0.043 0.002 0.008 0.020 0.014 0.066 88 L 0.952 0.017 0.001 0.007 0.004 0.001 0.019 89 K 0.886 0.003 0.007 0.021 0.016 0.007 0.060 90 T 0.672 0.004 0.042 0.061 0.063 0.037 0.122 91 F 0.525 0.008 0.062 0.138 0.071 0.048 0.149 92 L 0.320 0.019 0.085 0.207 0.078 0.076 0.214 93 H 0.164 0.018 0.056 0.260 0.119 0.197 0.186 94 N 0.094 0.012 0.024 0.357 0.100 0.124 0.289 95 L 0.012 0.001 0.016 0.876 0.017 0.043 0.035 96 K 0.004 0.001 0.010 0.921 0.013 0.031 0.019 97 T 0.002 0.001 0.003 0.978 0.003 0.005 0.008 98 A 0.006 0.001 0.006 0.977 0.003 0.003 0.005 99 R 0.009 0.001 0.011 0.965 0.002 0.008 0.005 100 K 0.013 0.001 0.022 0.914 0.008 0.036 0.004 101 E 0.005 0.001 0.021 0.286 0.012 0.668 0.007 102 G 0.003 0.001 0.003 0.009 0.028 0.935 0.021 103 V 0.030 0.026 0.001 0.001 0.162 0.007 0.772 104 E 0.122 0.101 0.002 0.001 0.089 0.009 0.675 105 P 0.123 0.053 0.016 0.004 0.150 0.222 0.432 106 T 0.158 0.044 0.021 0.003 0.213 0.201 0.360 107 G 0.143 0.060 0.025 0.005 0.309 0.105 0.353 108 N 0.103 0.078 0.021 0.007 0.198 0.122 0.471 109 G 0.118 0.061 0.036 0.008 0.192 0.182 0.404 110 F 0.109 0.096 0.039 0.014 0.218 0.138 0.386 111 V 0.101 0.036 0.049 0.019 0.340 0.112 0.343 112 G 0.075 0.021 0.072 0.024 0.241 0.280 0.287 113 G 0.107 0.046 0.044 0.017 0.259 0.213 0.314 114 I 0.175 0.035 0.030 0.018 0.188 0.071 0.483 115 R 0.241 0.027 0.022 0.011 0.205 0.050 0.444 116 P 0.414 0.030 0.041 0.010 0.074 0.052 0.379 117 V 0.596 0.011 0.029 0.010 0.109 0.040 0.204 118 N 0.821 0.010 0.016 0.010 0.021 0.017 0.104 119 L 0.882 0.006 0.003 0.007 0.006 0.009 0.087 120 M 0.893 0.018 0.002 0.005 0.011 0.005 0.065 121 L 0.754 0.055 0.002 0.005 0.018 0.005 0.161 122 M 0.206 0.022 0.002 0.001 0.031 0.014 0.724 123 P 0.025 0.011 0.020 0.003 0.144 0.641 0.156 124 G 0.006 0.007 0.022 0.003 0.271 0.569 0.122 125 E 0.007 0.010 0.013 0.003 0.556 0.082 0.330 126 K 0.008 0.029 0.002 0.009 0.616 0.026 0.310 127 S 0.013 0.073 0.002 0.013 0.190 0.010 0.699 128 F 0.001 0.001 0.011 0.979 0.001 0.005 0.004 129 E 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 130 E 0.001 0.001 0.010 0.989 0.001 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.013 0.984 0.001 0.002 0.001 132 L 0.001 0.001 0.027 0.939 0.001 0.031 0.001 133 K 0.001 0.001 0.031 0.764 0.001 0.202 0.001 134 E 0.002 0.001 0.047 0.598 0.014 0.316 0.021 135 M 0.020 0.019 0.028 0.062 0.387 0.094 0.389 136 D 0.013 0.005 0.044 0.021 0.304 0.284 0.330 137 R 0.136 0.004 0.032 0.011 0.384 0.211 0.222 138 G 0.730 0.007 0.006 0.004 0.043 0.021 0.190 139 V 0.961 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.027 140 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 141 I 0.976 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 142 T 0.897 0.001 0.003 0.003 0.031 0.008 0.056 143 E 0.753 0.004 0.012 0.006 0.073 0.023 0.130 144 V 0.533 0.013 0.027 0.017 0.102 0.030 0.278 145 E 0.302 0.018 0.051 0.047 0.158 0.094 0.329 146 G 0.133 0.006 0.147 0.070 0.155 0.196 0.293 147 M 0.211 0.025 0.143 0.158 0.096 0.157 0.210 148 H 0.203 0.022 0.117 0.164 0.101 0.208 0.185 149 A 0.126 0.014 0.088 0.107 0.144 0.288 0.233 150 G 0.113 0.014 0.055 0.079 0.141 0.257 0.340 151 A 0.174 0.066 0.054 0.072 0.168 0.136 0.329 152 N 0.124 0.040 0.050 0.065 0.143 0.109 0.468 153 S 0.065 0.008 0.115 0.087 0.115 0.392 0.218 154 I 0.122 0.024 0.077 0.095 0.148 0.376 0.159 155 S 0.158 0.027 0.051 0.062 0.197 0.303 0.203 156 G 0.177 0.011 0.025 0.028 0.279 0.262 0.219 157 E 0.395 0.014 0.021 0.025 0.163 0.093 0.289 158 F 0.774 0.024 0.012 0.013 0.045 0.020 0.112 159 S 0.860 0.013 0.006 0.010 0.024 0.013 0.074 160 L 0.877 0.006 0.006 0.005 0.030 0.018 0.059 161 F 0.872 0.008 0.003 0.001 0.021 0.022 0.073 162 A 0.769 0.011 0.004 0.001 0.044 0.035 0.137 163 K 0.601 0.003 0.005 0.001 0.153 0.061 0.177 164 G 0.819 0.001 0.004 0.001 0.055 0.011 0.110 165 Y 0.981 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 166 W 0.993 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 167 V 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 168 E 0.852 0.005 0.001 0.002 0.004 0.107 0.030 169 N 0.026 0.001 0.001 0.001 0.030 0.936 0.007 170 G 0.080 0.001 0.002 0.001 0.130 0.770 0.018 171 E 0.892 0.035 0.002 0.002 0.024 0.016 0.029 172 I 0.961 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 173 A 0.838 0.005 0.003 0.001 0.019 0.005 0.129 174 H 0.615 0.006 0.011 0.003 0.175 0.047 0.142 175 G 0.462 0.013 0.018 0.004 0.140 0.082 0.280 176 V 0.406 0.032 0.041 0.007 0.092 0.049 0.374 177 E 0.435 0.012 0.037 0.010 0.136 0.099 0.270 178 D 0.440 0.007 0.059 0.022 0.189 0.077 0.206 179 I 0.667 0.010 0.020 0.051 0.032 0.023 0.198 180 T 0.834 0.025 0.005 0.042 0.011 0.014 0.069 181 I 0.772 0.041 0.003 0.045 0.013 0.014 0.111 182 S 0.439 0.008 0.002 0.044 0.053 0.105 0.348 183 G 0.101 0.005 0.004 0.062 0.493 0.150 0.184 184 N 0.109 0.048 0.006 0.106 0.352 0.056 0.323 185 F 0.003 0.001 0.020 0.941 0.005 0.014 0.017 186 L 0.001 0.001 0.026 0.962 0.002 0.005 0.003 187 D 0.001 0.001 0.023 0.972 0.001 0.003 0.001 188 L 0.001 0.001 0.019 0.974 0.001 0.005 0.001 189 L 0.003 0.002 0.015 0.954 0.003 0.022 0.003 190 R 0.002 0.001 0.016 0.911 0.004 0.063 0.002 191 K 0.007 0.001 0.019 0.784 0.005 0.178 0.006 192 I 0.064 0.020 0.038 0.682 0.019 0.087 0.091 193 V 0.087 0.018 0.080 0.601 0.051 0.074 0.089 194 L 0.200 0.019 0.078 0.459 0.032 0.129 0.082 195 V 0.185 0.021 0.049 0.292 0.099 0.155 0.199 196 G 0.114 0.012 0.049 0.075 0.243 0.167 0.340 197 N 0.101 0.006 0.060 0.022 0.231 0.317 0.262 198 D 0.149 0.011 0.106 0.031 0.209 0.247 0.246 199 V 0.489 0.013 0.040 0.026 0.119 0.065 0.247 200 K 0.783 0.015 0.007 0.013 0.020 0.017 0.144 201 V 0.812 0.049 0.003 0.012 0.014 0.008 0.102 202 S 0.567 0.014 0.005 0.018 0.030 0.048 0.318 203 Q 0.174 0.005 0.031 0.027 0.154 0.455 0.155 204 H 0.157 0.008 0.054 0.023 0.192 0.396 0.170 205 T 0.318 0.023 0.027 0.015 0.212 0.116 0.289 206 I 0.326 0.061 0.008 0.009 0.140 0.050 0.405 207 A 0.247 0.020 0.004 0.003 0.155 0.012 0.560 208 P 0.254 0.009 0.016 0.008 0.159 0.089 0.465 209 S 0.495 0.023 0.025 0.007 0.147 0.076 0.227 210 V 0.693 0.012 0.006 0.004 0.051 0.007 0.226 211 L 0.820 0.016 0.002 0.002 0.012 0.004 0.143 212 V 0.756 0.013 0.011 0.005 0.014 0.010 0.191 213 E 0.660 0.003 0.017 0.005 0.125 0.036 0.154 214 V 0.779 0.004 0.020 0.007 0.040 0.029 0.120 215 L 0.813 0.007 0.006 0.006 0.010 0.006 0.151 216 D 0.908 0.008 0.003 0.010 0.009 0.005 0.056 217 V 0.800 0.009 0.006 0.009 0.021 0.024 0.131 218 A 0.413 0.009 0.009 0.006 0.130 0.107 0.326 219 G 0.183 0.013 0.005 0.006 0.157 0.053 0.583 220 K 0.029 0.005 0.002 0.002 0.027 0.008 0.928