# TARGET T0216 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110.98 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 K 0.741 0.186 0.050 0.018 0.005 0.001 0.001 2 T 0.540 0.312 0.107 0.033 0.007 0.001 0.001 3 I 0.270 0.261 0.250 0.166 0.048 0.005 0.001 4 P 0.566 0.296 0.092 0.035 0.010 0.001 0.001 5 S 0.618 0.231 0.100 0.041 0.009 0.001 0.001 6 G 0.191 0.309 0.291 0.166 0.040 0.003 0.001 7 K 0.171 0.473 0.274 0.073 0.009 0.001 0.001 8 Y 0.002 0.013 0.063 0.253 0.476 0.185 0.008 9 P 0.007 0.051 0.187 0.364 0.307 0.077 0.006 10 V 0.003 0.008 0.018 0.064 0.221 0.550 0.136 11 L 0.003 0.013 0.023 0.066 0.169 0.446 0.280 12 M 0.001 0.006 0.019 0.063 0.160 0.361 0.389 13 R 0.003 0.023 0.055 0.137 0.230 0.312 0.239 14 N 0.005 0.028 0.063 0.134 0.244 0.346 0.181 15 T 0.011 0.051 0.105 0.183 0.244 0.287 0.119 16 A 0.014 0.026 0.058 0.119 0.224 0.347 0.212 17 L 0.018 0.030 0.044 0.084 0.147 0.346 0.331 18 L 0.020 0.038 0.073 0.142 0.207 0.280 0.240 19 D 0.022 0.037 0.059 0.109 0.165 0.286 0.322 20 L 0.023 0.020 0.023 0.039 0.081 0.245 0.569 21 M 0.028 0.036 0.045 0.078 0.115 0.247 0.451 22 E 0.030 0.044 0.069 0.130 0.169 0.242 0.315 23 M 0.029 0.031 0.041 0.079 0.144 0.297 0.378 24 F 0.029 0.039 0.044 0.075 0.115 0.284 0.413 25 I 0.042 0.049 0.059 0.109 0.159 0.272 0.310 26 P 0.048 0.061 0.074 0.112 0.154 0.275 0.275 27 M 0.034 0.051 0.075 0.121 0.174 0.276 0.269 28 I 0.032 0.048 0.076 0.134 0.188 0.293 0.229 29 S 0.024 0.048 0.069 0.132 0.203 0.320 0.204 30 A 0.027 0.035 0.048 0.095 0.206 0.366 0.223 31 E 0.035 0.129 0.203 0.255 0.206 0.134 0.037 32 N 0.020 0.091 0.193 0.270 0.243 0.150 0.032 33 V 0.010 0.023 0.053 0.147 0.331 0.358 0.080 34 Q 0.053 0.122 0.202 0.287 0.245 0.083 0.007 35 K 0.356 0.344 0.193 0.078 0.023 0.006 0.001 36 N 0.283 0.297 0.207 0.134 0.055 0.022 0.003 37 L 0.089 0.161 0.233 0.263 0.177 0.071 0.006 38 S 0.110 0.117 0.140 0.217 0.250 0.148 0.018 39 P 0.191 0.247 0.216 0.186 0.108 0.045 0.008 40 L 0.105 0.133 0.190 0.277 0.206 0.081 0.007 41 K 0.303 0.346 0.215 0.101 0.029 0.007 0.001 42 G 0.427 0.335 0.155 0.061 0.018 0.003 0.001 43 K 0.463 0.292 0.148 0.067 0.024 0.005 0.001 44 L 0.237 0.188 0.212 0.215 0.113 0.032 0.002 45 G 0.271 0.267 0.213 0.156 0.070 0.021 0.002 46 E 0.236 0.293 0.231 0.152 0.065 0.021 0.003 47 Q 0.183 0.254 0.213 0.182 0.111 0.050 0.008 48 V 0.026 0.055 0.105 0.207 0.281 0.269 0.057 49 G 0.036 0.090 0.176 0.267 0.242 0.157 0.032 50 N 0.069 0.180 0.232 0.235 0.178 0.087 0.019 51 P 0.141 0.295 0.223 0.162 0.099 0.059 0.021 52 A 0.052 0.183 0.238 0.246 0.165 0.095 0.021 53 V 0.010 0.026 0.061 0.153 0.299 0.366 0.086 54 S 0.010 0.065 0.183 0.304 0.258 0.152 0.027 55 I 0.004 0.007 0.018 0.071 0.256 0.514 0.130 56 K 0.033 0.146 0.238 0.276 0.201 0.087 0.019 57 D 0.096 0.193 0.212 0.210 0.165 0.104 0.021 58 L 0.069 0.132 0.184 0.236 0.209 0.139 0.031 59 P 0.117 0.162 0.180 0.218 0.185 0.117 0.022 60 Y 0.186 0.220 0.193 0.177 0.133 0.075 0.016 61 H 0.186 0.211 0.228 0.209 0.119 0.042 0.006 62 P 0.507 0.286 0.123 0.053 0.021 0.008 0.002 63 K 0.422 0.297 0.166 0.077 0.027 0.009 0.002 64 G 0.291 0.246 0.186 0.146 0.090 0.036 0.005 65 L 0.171 0.138 0.167 0.219 0.189 0.096 0.019 66 S 0.155 0.149 0.160 0.191 0.171 0.139 0.035 67 S 0.135 0.105 0.104 0.149 0.201 0.223 0.084 68 T 0.114 0.118 0.149 0.214 0.213 0.144 0.048 69 P 0.137 0.154 0.169 0.184 0.165 0.135 0.056 70 F 0.103 0.096 0.113 0.167 0.215 0.221 0.085 71 D 0.186 0.203 0.184 0.166 0.131 0.094 0.036 72 D 0.239 0.202 0.164 0.149 0.113 0.089 0.044 73 E 0.137 0.125 0.117 0.158 0.176 0.203 0.085 74 G 0.117 0.136 0.135 0.144 0.151 0.190 0.128 75 V 0.101 0.151 0.182 0.213 0.173 0.128 0.051 76 P 0.222 0.260 0.208 0.156 0.089 0.047 0.018 77 T 0.235 0.222 0.207 0.170 0.111 0.045 0.010 78 T 0.208 0.276 0.247 0.173 0.076 0.018 0.002 79 E 0.266 0.288 0.225 0.139 0.063 0.018 0.002 80 K 0.143 0.276 0.281 0.188 0.085 0.024 0.002 81 F 0.021 0.111 0.270 0.338 0.202 0.057 0.003 82 V 0.013 0.027 0.062 0.221 0.406 0.262 0.011 83 L 0.029 0.086 0.172 0.291 0.304 0.111 0.006 84 E 0.178 0.350 0.254 0.151 0.052 0.015 0.001 85 N 0.266 0.408 0.219 0.083 0.019 0.004 0.001 86 G 0.059 0.136 0.223 0.305 0.207 0.065 0.004 87 V 0.063 0.247 0.318 0.235 0.104 0.030 0.003 88 L 0.011 0.014 0.039 0.164 0.415 0.327 0.029 89 K 0.057 0.222 0.332 0.244 0.102 0.038 0.005 90 T 0.112 0.242 0.202 0.177 0.136 0.110 0.020 91 F 0.048 0.079 0.140 0.199 0.247 0.219 0.068 92 L 0.064 0.080 0.111 0.192 0.223 0.237 0.093 93 H 0.085 0.116 0.132 0.184 0.188 0.200 0.095 94 N 0.089 0.126 0.140 0.186 0.201 0.184 0.073 95 L 0.079 0.127 0.171 0.206 0.189 0.168 0.060 96 K 0.143 0.226 0.208 0.183 0.135 0.084 0.022 97 T 0.078 0.096 0.133 0.205 0.247 0.191 0.050 98 A 0.051 0.051 0.075 0.183 0.293 0.284 0.063 99 R 0.118 0.266 0.266 0.210 0.097 0.037 0.006 100 K 0.199 0.290 0.213 0.165 0.090 0.036 0.007 101 E 0.111 0.159 0.210 0.225 0.182 0.090 0.023 102 G 0.281 0.326 0.189 0.109 0.057 0.030 0.008 103 V 0.065 0.080 0.139 0.248 0.278 0.159 0.031 104 E 0.171 0.243 0.208 0.166 0.113 0.077 0.023 105 P 0.047 0.071 0.110 0.177 0.229 0.253 0.113 106 T 0.032 0.040 0.063 0.120 0.195 0.289 0.262 107 G 0.024 0.023 0.031 0.062 0.126 0.311 0.423 108 N 0.033 0.030 0.030 0.048 0.091 0.249 0.519 109 G 0.026 0.029 0.029 0.046 0.086 0.224 0.560 110 F 0.033 0.040 0.051 0.089 0.148 0.244 0.396 111 V 0.025 0.040 0.053 0.082 0.132 0.257 0.409 112 G 0.027 0.037 0.051 0.094 0.155 0.268 0.367 113 G 0.019 0.032 0.046 0.077 0.140 0.279 0.408 114 I 0.008 0.019 0.035 0.083 0.167 0.303 0.386 115 R 0.007 0.012 0.027 0.076 0.148 0.278 0.452 116 P 0.003 0.006 0.006 0.012 0.043 0.233 0.697 117 V 0.001 0.003 0.008 0.038 0.105 0.263 0.583 118 N 0.001 0.003 0.009 0.021 0.059 0.244 0.663 119 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.068 0.314 0.599 120 M 0.001 0.003 0.011 0.050 0.166 0.437 0.333 121 L 0.001 0.004 0.008 0.029 0.151 0.505 0.302 122 M 0.003 0.020 0.068 0.214 0.363 0.287 0.046 123 P 0.039 0.161 0.241 0.262 0.193 0.088 0.016 124 G 0.107 0.295 0.280 0.211 0.082 0.023 0.002 125 E 0.473 0.306 0.127 0.065 0.024 0.005 0.001 126 K 0.201 0.303 0.278 0.150 0.055 0.012 0.001 127 S 0.135 0.337 0.265 0.171 0.072 0.019 0.001 128 F 0.008 0.046 0.170 0.369 0.322 0.080 0.004 129 E 0.160 0.407 0.291 0.104 0.030 0.007 0.001 130 E 0.080 0.390 0.354 0.142 0.030 0.005 0.001 131 L 0.002 0.009 0.038 0.234 0.480 0.230 0.006 132 L 0.003 0.035 0.166 0.385 0.329 0.079 0.002 133 K 0.144 0.523 0.240 0.073 0.016 0.003 0.001 134 E 0.061 0.279 0.352 0.236 0.064 0.008 0.001 135 M 0.004 0.023 0.111 0.359 0.400 0.101 0.002 136 D 0.137 0.475 0.254 0.099 0.029 0.005 0.001 137 R 0.027 0.157 0.291 0.337 0.154 0.032 0.002 138 G 0.001 0.005 0.034 0.142 0.339 0.436 0.043 139 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.086 0.576 0.324 140 V 0.001 0.001 0.002 0.014 0.086 0.386 0.512 141 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.219 0.755 142 T 0.001 0.005 0.022 0.094 0.207 0.359 0.312 143 E 0.001 0.018 0.061 0.140 0.250 0.354 0.175 144 V 0.001 0.007 0.018 0.058 0.166 0.383 0.366 145 E 0.020 0.044 0.081 0.180 0.274 0.293 0.108 146 G 0.077 0.123 0.152 0.169 0.171 0.198 0.109 147 M 0.085 0.102 0.117 0.162 0.167 0.208 0.159 148 H 0.088 0.085 0.107 0.157 0.194 0.217 0.152 149 A 0.148 0.114 0.106 0.133 0.144 0.193 0.162 150 G 0.197 0.127 0.113 0.130 0.140 0.165 0.129 151 A 0.203 0.135 0.115 0.129 0.143 0.148 0.127 152 N 0.184 0.171 0.151 0.168 0.130 0.118 0.077 153 S 0.168 0.170 0.138 0.139 0.145 0.142 0.098 154 I 0.088 0.124 0.154 0.203 0.217 0.145 0.069 155 S 0.084 0.166 0.207 0.201 0.154 0.116 0.072 156 G 0.074 0.095 0.116 0.169 0.204 0.215 0.125 157 E 0.087 0.202 0.225 0.200 0.146 0.092 0.047 158 F 0.009 0.014 0.033 0.099 0.215 0.380 0.249 159 S 0.022 0.062 0.105 0.186 0.231 0.253 0.140 160 L 0.019 0.051 0.087 0.151 0.217 0.302 0.172 161 F 0.038 0.080 0.125 0.200 0.218 0.216 0.123 162 A 0.026 0.044 0.078 0.142 0.224 0.313 0.174 163 K 0.066 0.155 0.196 0.224 0.162 0.136 0.061 164 G 0.057 0.072 0.091 0.140 0.210 0.294 0.136 165 Y 0.035 0.062 0.096 0.177 0.264 0.277 0.088 166 W 0.032 0.059 0.118 0.196 0.253 0.267 0.075 167 V 0.044 0.053 0.064 0.120 0.217 0.345 0.155 168 E 0.046 0.084 0.136 0.228 0.262 0.190 0.054 169 N 0.169 0.348 0.234 0.131 0.067 0.036 0.015 170 G 0.053 0.124 0.193 0.271 0.224 0.114 0.022 171 E 0.061 0.246 0.288 0.218 0.125 0.054 0.009 172 I 0.007 0.014 0.040 0.152 0.388 0.356 0.043 173 A 0.052 0.169 0.286 0.296 0.152 0.042 0.003 174 H 0.080 0.267 0.288 0.215 0.106 0.039 0.005 175 G 0.095 0.233 0.274 0.242 0.115 0.037 0.004 176 V 0.014 0.027 0.080 0.242 0.398 0.220 0.019 177 E 0.220 0.390 0.251 0.102 0.028 0.008 0.001 178 D 0.132 0.341 0.284 0.166 0.058 0.017 0.002 179 I 0.030 0.047 0.086 0.210 0.346 0.255 0.026 180 T 0.034 0.132 0.225 0.275 0.215 0.105 0.015 181 I 0.036 0.046 0.067 0.159 0.283 0.345 0.064 182 S 0.050 0.182 0.257 0.267 0.165 0.071 0.009 183 G 0.075 0.184 0.258 0.243 0.162 0.067 0.011 184 N 0.048 0.155 0.233 0.253 0.185 0.108 0.019 185 F 0.016 0.021 0.043 0.112 0.313 0.419 0.076 186 L 0.041 0.123 0.226 0.307 0.205 0.089 0.009 187 D 0.050 0.241 0.312 0.238 0.115 0.039 0.005 188 L 0.006 0.010 0.029 0.119 0.338 0.419 0.079 189 L 0.009 0.023 0.045 0.149 0.328 0.384 0.062 190 R 0.055 0.261 0.316 0.223 0.101 0.037 0.006 191 K 0.019 0.066 0.207 0.373 0.249 0.077 0.008 192 I 0.009 0.014 0.023 0.062 0.219 0.533 0.141 193 V 0.026 0.094 0.172 0.278 0.265 0.146 0.019 194 L 0.034 0.095 0.170 0.247 0.256 0.167 0.031 195 V 0.029 0.044 0.071 0.164 0.295 0.318 0.079 196 G 0.049 0.094 0.160 0.294 0.252 0.133 0.019 197 N 0.290 0.359 0.194 0.097 0.041 0.015 0.004 198 D 0.294 0.284 0.190 0.131 0.066 0.028 0.006 199 V 0.116 0.135 0.167 0.236 0.213 0.113 0.018 200 K 0.237 0.300 0.212 0.138 0.071 0.034 0.009 201 V 0.160 0.161 0.177 0.205 0.180 0.099 0.019 202 S 0.202 0.216 0.206 0.191 0.120 0.055 0.010 203 Q 0.329 0.247 0.177 0.133 0.072 0.035 0.008 204 H 0.256 0.230 0.191 0.158 0.100 0.053 0.011 205 T 0.186 0.162 0.166 0.185 0.170 0.106 0.025 206 I 0.144 0.191 0.200 0.194 0.145 0.096 0.030 207 A 0.088 0.129 0.166 0.220 0.204 0.145 0.048 208 P 0.129 0.186 0.194 0.206 0.158 0.096 0.031 209 S 0.167 0.294 0.245 0.166 0.083 0.036 0.010 210 V 0.037 0.072 0.135 0.244 0.290 0.187 0.035 211 L 0.064 0.188 0.254 0.247 0.163 0.073 0.012 212 V 0.027 0.050 0.105 0.239 0.331 0.217 0.031 213 E 0.270 0.359 0.214 0.106 0.037 0.012 0.002 214 V 0.171 0.309 0.272 0.165 0.061 0.019 0.002 215 L 0.110 0.093 0.122 0.233 0.268 0.161 0.012 216 D 0.245 0.306 0.220 0.140 0.064 0.023 0.002 217 V 0.307 0.204 0.159 0.160 0.110 0.054 0.006 218 A 0.377 0.251 0.172 0.115 0.058 0.024 0.003 219 G 0.492 0.209 0.146 0.097 0.042 0.012 0.002 220 K 0.668 0.204 0.081 0.032 0.010 0.003 0.001