PFRMAT RR TARGET T0216 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length REMARK or to a limited set of high scoring pairs. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp6/networks/NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 KTIPSGKYPVLMRNTALLDLMEMFIPMISAENVQKNLSPLKGKLGEQVGN PAVSIKDLPYHPKGLSSTPFDDEGVPTTEKFVLENGVLKTFLHNLKTARK EGVEPTGNGFVGGIRPVNLMLMPGEKSFEELLKEMDRGVVITEVEGMHAG ANSISGEFSLFAKGYWVENGEIAHGVEDITISGNFLDLLRKIVLVGNDVK VSQHTIAPSVLVEVLDVAGK 157 184 0 8 0.7242 158 183 0 8 0.71485 22 115 0 8 0.6783 158 184 0 8 0.6715 26 115 0 8 0.6596 146 184 0 8 0.6256 21 116 0 8 0.6256 135 167 0 8 0.612 32 159 0 8 0.5797 146 185 0 8 0.5593 119 167 0 8 0.55505 145 163 0 8 0.54995 159 179 0 8 0.5474 138 172 0 8 0.54315 155 218 0 8 0.5355 159 182 0 8 0.5338 25 115 0 8 0.5219 22 116 0 8 0.5219 159 184 0 8 0.50915 149 159 0 8 0.5066 146 158 0 8 0.5066 160 179 0 8 0.50235 159 185 0 8 0.50235 145 184 0 8 0.49725 26 116 0 8 0.4947 146 183 0 8 0.49215 30 160 0 8 0.49215 29 115 0 8 0.4896 150 159 0 8 0.48705 145 215 0 8 0.48705 144 180 0 8 0.48195 115 172 0 8 0.4794 159 183 0 8 0.4743 25 116 0 8 0.47175 20 159 0 8 0.47175 150 160 0 8 0.4692 12 141 0 8 0.4692 146 179 0 8 0.4641 31 160 0 8 0.4641 159 181 0 8 0.459 146 159 0 8 0.459 26 160 0 8 0.459 23 116 0 8 0.459 21 115 0 8 0.459 16 212 0 8 0.459 144 181 0 8 0.45135 160 181 0 8 0.4488 23 114 0 8 0.44625 158 179 0 8 0.4437 162 181 0 8 0.43945 150 182 0 8 0.43945 29 116 0 8 0.43945 31 159 0 8 0.43435 160 184 0 8 0.42925 159 215 0 8 0.4267 145 183 0 8 0.4267 141 181 0 8 0.4233 21 119 0 8 0.4233 20 144 0 8 0.4182 143 180 0 8 0.41055 30 159 0 8 0.41055 12 181 0 8 0.40885 158 185 0 8 0.4063 144 215 0 8 0.4063 155 180 0 8 0.40375 149 160 0 8 0.40375 27 116 0 8 0.40375 162 185 0 8 0.4012 157 183 0 8 0.4012 146 162 0 8 0.4012 116 135 0 8 0.39865 135 172 0 8 0.39355 26 162 0 8 0.39355 158 189 0 8 0.3859 156 217 0 8 0.3859 35 149 0 8 0.3859 150 183 0 8 0.38335 159 180 0 8 0.3808 146 182 0 8 0.3808 146 156 0 8 0.37825 25 160 0 8 0.37825 10 23 0 8 0.3757 160 185 0 8 0.37315 26 159 0 8 0.37315 10 181 0 8 0.37315 143 181 0 8 0.3604 164 181 0 8 0.35785 146 157 0 8 0.35785 145 180 0 8 0.35785 145 159 0 8 0.35785 142 181 0 8 0.35785 145 162 0 8 0.3553 158 181 0 8 0.35275 149 182 0 8 0.35275 144 185 0 8 0.35275 156 183 0 8 0.34595 198 209 0 8 0.3434 106 158 0 8 0.3434 57 218 0 8 0.3434 20 55 0 8 0.3434 26 117 0 8 0.34085 149 184 0 8 0.3383 145 179 0 8 0.3383 30 162 0 8 0.33575 17 181 0 8 0.33575 83 181 0 8 0.3332 80 218 0 8 0.3332 157 217 0 8 0.33065 141 185 0 8 0.33065 35 155 0 8 0.33065 162 180 0 8 0.3281 162 179 0 8 0.3281 161 175 0 8 0.3281 156 184 0 8 0.3281 145 161 0 8 0.3264 142 179 0 8 0.3264 156 218 0 8 0.32385 142 218 0 8 0.32385 30 111 0 8 0.32385 21 160 0 8 0.32385 30 114 0 8 0.3213 23 49 0 8 0.3213 26 161 0 8 0.31875 21 159 0 8 0.31875 163 180 0 8 0.3162 141 179 0 8 0.3162 119 185 0 8 0.3162 28 159 0 8 0.3145 21 53 0 8 0.3145 158 182 0 8 0.31195 27 160 0 8 0.31195 144 159 0 8 0.3094 25 114 0 8 0.3094 18 181 0 8 0.3094 27 161 0 8 0.30685 118 164 0 8 0.3043 146 180 0 8 0.3026 185 215 0 8 0.2975 146 155 0 8 0.2975 110 160 0 8 0.2975 110 159 0 8 0.2975 29 159 0 8 0.2975 149 164 0 8 0.29495 160 182 0 8 0.29325 157 218 0 8 0.29325 30 158 0 8 0.29325 15 101 0 8 0.29325 8 17 0 8 0.29325 162 189 0 8 0.2907 119 181 0 8 0.2907 21 55 0 8 0.2907 160 180 0 8 0.28815 119 179 0 8 0.28815 70 185 0 8 0.28815 159 218 0 8 0.28645 32 199 0 8 0.28645 19 159 0 8 0.28645 96 184 0 8 0.2839 19 181 0 8 0.2839 164 218 0 8 0.28135 145 154 0 8 0.28135 24 160 0 8 0.28135 172 184 0 8 0.27965 144 162 0 8 0.27455 77 212 0 8 0.27455 57 80 0 8 0.27455 25 49 0 8 0.27455 24 185 0 8 0.27455 21 185 0 8 0.27455 146 161 0 8 0.27285 144 179 0 8 0.27285 141 217 0 8 0.27285 110 218 0 8 0.27285 156 212 0 8 0.2703 156 182 0 8 0.2703 119 142 0 8 0.2703 17 53 0 8 0.2703 3 179 0 8 0.2703 120 166 0 8 0.2686 22 49 0 8 0.2686 21 181 0 8 0.2686 146 181 0 8 0.26605 70 159 0 8 0.26605 28 160 0 8 0.26605 162 196 0 8 0.2635 106 181 0 8 0.2635 162 184 0 8 0.2618 142 159 0 8 0.2618 96 146 0 8 0.2618 181 215 0 8 0.25925 150 184 0 8 0.25925 144 212 0 8 0.25925 96 145 0 8 0.25925 33 91 0 8 0.25925 20 181 0 8 0.25925 16 179 0 8 0.25925 161 208 0 8 0.25755 146 160 0 8 0.25755 119 215 0 8 0.25755 116 207 0 8 0.25755 108 181 0 8 0.25755 57 149 0 8 0.25755 150 215 0 8 0.255 146 165 0 8 0.255 107 179 0 8 0.255 27 159 0 8 0.255 17 116 0 8 0.255 188 212 0 8 0.2533 111 158 0 8 0.2533 31 218 0 8 0.2533 23 189 0 8 0.2533 149 183 0 8 0.25075 114 160 0 8 0.25075 23 151 0 8 0.25075 21 113 0 8 0.25075 162 195 0 8 0.24905 159 189 0 8 0.24905 157 180 0 8 0.24905 23 181 0 8 0.24905 15 218 0 8 0.24905 181 207 0 8 0.2465 150 217 0 8 0.2465 23 158 0 8 0.2465 162 218 0 8 0.2448 25 218 0 8 0.2448 164 179 0 8 0.24225 143 210 0 8 0.24225 141 160 0 8 0.24225 188 215 0 8 0.24055 145 158 0 8 0.24055 141 159 0 8 0.24055 31 161 0 8 0.24055 155 211 0 8 0.238 116 181 0 8 0.238 25 181 0 8 0.238 17 160 0 8 0.238 179 188 0 8 0.2363 149 218 0 8 0.2363 110 212 0 8 0.2363 28 158 0 8 0.2363 16 144 0 8 0.2363 12 144 0 8 0.2363 189 212 0 8 0.2346 162 205 0 8 0.2346 48 181 0 8 0.2346 3 139 0 8 0.2346 143 182 0 8 0.23205 20 103 0 8 0.23205 160 183 0 8 0.23035 160 178 0 8 0.23035 155 184 0 8 0.23035 108 212 0 8 0.23035 40 162 0 8 0.23035 23 188 0 8 0.23035 144 160 0 8 0.2278 115 160 0 8 0.2278 76 172 0 8 0.2278 29 160 0 8 0.2278 25 159 0 8 0.2278 17 215 0 8 0.2278 16 160 0 8 0.2278 13 185 0 8 0.2278 11 135 0 8 0.2278 164 215 0 8 0.2261 141 210 0 8 0.2261 117 162 0 8 0.2261 19 153 0 8 0.2261 11 167 0 8 0.2261 10 162 0 8 0.2261 182 212 0 8 0.2244 181 212 0 8 0.2244 145 207 0 8 0.2244 26 149 0 8 0.2244 172 197 0 8 0.22185 161 181 0 8 0.22185 158 215 0 8 0.22185 135 162 0 8 0.22185 114 162 0 8 0.22185 96 178 0 8 0.22185 32 150 0 8 0.22185 156 185 0 8 0.22015 150 181 0 8 0.22015 149 181 0 8 0.22015 115 149 0 8 0.22015 114 181 0 8 0.22015 39 161 0 8 0.22015 35 156 0 8 0.22015 35 146 0 8 0.22015 11 140 0 8 0.22015 182 210 0 8 0.21845 179 215 0 8 0.21845 114 207 0 8 0.21845 107 118 0 8 0.21845 28 185 0 8 0.21845 161 211 0 8 0.21675 160 215 0 8 0.21675 155 210 0 8 0.21675 149 161 0 8 0.21675 146 214 0 8 0.21675 142 215 0 8 0.21675 35 178 0 8 0.21675 25 179 0 8 0.21675 161 207 0 8 0.2142 159 214 0 8 0.2142 135 181 0 8 0.2142 21 179 0 8 0.2142 17 141 0 8 0.2142 182 215 0 8 0.2125 181 192 0 8 0.2125 159 212 0 8 0.2125 144 207 0 8 0.2125 30 179 0 8 0.2125 27 149 0 8 0.2125 24 218 0 8 0.2125 23 149 0 8 0.2125 185 210 0 8 0.2108 160 218 0 8 0.2108 156 215 0 8 0.2108 155 175 0 8 0.2108 144 188 0 8 0.2108 143 153 0 8 0.2108 32 218 0 8 0.2108 25 149 0 8 0.2108 21 149 0 8 0.2108 142 162 0 8 0.2091 30 141 0 8 0.2091 182 217 0 8 0.20655 164 212 0 8 0.20655 145 206 0 8 0.20655 145 181 0 8 0.20655 142 210 0 8 0.20655 44 100 0 8 0.20655 30 181 0 8 0.20655 26 91 0 8 0.20655 162 207 0 8 0.20485 161 179 0 8 0.20485 149 162 0 8 0.20485 135 218 0 8 0.20485 118 162 0 8 0.20485 111 149 0 8 0.20485 83 195 0 8 0.20485 26 218 0 8 0.20485 143 179 0 8 0.20315 110 149 0 8 0.20315 96 159 0 8 0.20315 25 161 0 8 0.20315 15 161 0 8 0.20315 181 210 0 8 0.20145 149 207 0 8 0.20145 143 183 0 8 0.20145 22 31 0 8 0.20145 15 145 0 8 0.20145 208 218 0 8 0.19975 174 218 0 8 0.19975 160 210 0 8 0.19975 146 211 0 8 0.19975 26 181 0 8 0.19975 23 185 0 8 0.19975 23 179 0 8 0.19975 23 160 0 8 0.19975 165 175 0 8 0.1972 145 182 0 8 0.1972 180 218 0 8 0.1955 162 215 0 8 0.1955 161 184 0 8 0.1955 146 216 0 8 0.1955 115 207 0 8 0.1955 96 160 0 8 0.1955 29 145 0 8 0.1955 3 159 0 8 0.1955 163 206 0 8 0.1938 162 182 0 8 0.1938 118 142 0 8 0.1938 116 185 0 8 0.1938 91 158 0 8 0.1938 82 107 0 8 0.1938 179 210 0 8 0.1921 160 206 0 8 0.1921 144 206 0 8 0.1921 114 164 0 8 0.1921 159 178 0 8 0.1904 149 217 0 8 0.1904 149 165 0 8 0.1904 113 181 0 8 0.1904 96 149 0 8 0.1904 61 184 0 8 0.1904 25 112 0 8 0.1904 17 151 0 8 0.1904 17 29 0 8 0.1904 182 218 0 8 0.1887 159 210 0 8 0.1887 158 188 0 8 0.1887 146 218 0 8 0.1887 143 160 0 8 0.1887 116 149 0 8 0.1887 92 179 0 8 0.1887 77 159 0 8 0.1887 60 185 0 8 0.1887 44 183 0 8 0.1887 43 157 0 8 0.1887 28 189 0 8 0.1887 26 49 0 8 0.1887 23 119 0 8 0.1887 17 119 0 8 0.1887 10 164 0 8 0.1887 177 218 0 8 0.187 158 180 0 8 0.187 143 207 0 8 0.187 114 159 0 8 0.187 111 159 0 8 0.187 77 91 0 8 0.187 60 178 0 8 0.187 43 182 0 8 0.187 29 218 0 8 0.187 18 149 0 8 0.187 164 207 0 8 0.1853 159 217 0 8 0.1853 146 212 0 8 0.1853 91 159 0 8 0.1853 59 218 0 8 0.1853 11 118 0 8 0.1853 149 180 0 8 0.1836 142 165 0 8 0.1836 142 154 0 8 0.1836 141 218 0 8 0.1836 117 181 0 8 0.1836 106 159 0 8 0.1836 29 149 0 8 0.1836 22 149 0 8 0.1836 19 40 0 8 0.1836 9 218 0 8 0.1836 5 180 0 8 0.1836 202 218 0 8 0.1819 184 210 0 8 0.1819 154 179 0 8 0.1819 151 212 0 8 0.1819 96 161 0 8 0.1819 82 92 0 8 0.1819 26 163 0 8 0.1819 164 210 0 8 0.1802 146 164 0 8 0.1802 142 164 0 8 0.1802 114 153 0 8 0.1802 113 159 0 8 0.1802 110 185 0 8 0.1802 32 153 0 8 0.1802 22 181 0 8 0.1802 188 210 0 8 0.1785 164 188 0 8 0.1785 162 188 0 8 0.1785 157 182 0 8 0.1785 153 218 0 8 0.1785 143 206 0 8 0.1785 111 144 0 8 0.1785 111 142 0 8 0.1785 91 114 0 8 0.1785 82 120 0 8 0.1785 29 185 0 8 0.1785 28 91 0 8 0.1785 17 114 0 8 0.1785 16 181 0 8 0.1785 15 205 0 8 0.1785 179 207 0 8 0.1768 162 212 0 8 0.1768 160 174 0 8 0.1768 149 179 0 8 0.1768 105 151 0 8 0.1768 101 176 0 8 0.1768 80 90 0 8 0.1768 30 188 0 8 0.1768 29 207 0 8 0.1768 155 178 0 8 0.1751 151 185 0 8 0.1751 149 215 0 8 0.1751 143 218 0 8 0.1751 143 159 0 8 0.1751 143 155 0 8 0.1751 117 149 0 8 0.1751 110 179 0 8 0.1751 96 218 0 8 0.1751 91 165 0 8 0.1751 68 217 0 8 0.1751 30 145 0 8 0.1751 27 218 0 8 0.1751 179 212 0 8 0.1734 163 181 0 8 0.1734 157 214 0 8 0.1734 156 179 0 8 0.1734 149 158 0 8 0.1734 146 217 0 8 0.1734 95 165 0 8 0.1734 88 183 0 8 0.1734 29 181 0 8 0.1734 28 150 0 8 0.1734 22 218 0 8 0.1734 19 182 0 8 0.1734 19 162 0 8 0.1734 16 185 0 8 0.1734 15 182 0 8 0.1734 207 218 0 8 0.1717 165 179 0 8 0.1717 161 206 0 8 0.1717 159 193 0 8 0.1717 143 162 0 8 0.1717 95 215 0 8 0.1717 77 218 0 8 0.1717 30 106 0 8 0.1717 26 57 0 8 0.1717 179 218 0 8 0.17 161 218 0 8 0.17 160 207 0 8 0.17 150 218 0 8 0.17 144 218 0 8 0.17 142 212 0 8 0.17 60 165 0 8 0.17 29 150 0 8 0.17 28 162 0 8 0.17 25 185 0 8 0.17 18 160 0 8 0.17 END