# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 63 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.006 0.005 0.116 0.208 0.653 2 T 0.019 0.019 0.009 0.263 0.136 0.554 3 F 0.009 0.004 0.021 0.621 0.109 0.235 4 E 0.003 0.001 0.025 0.803 0.077 0.090 5 E 0.003 0.002 0.021 0.812 0.075 0.087 6 F 0.002 0.002 0.014 0.868 0.048 0.066 7 K 0.001 0.001 0.003 0.964 0.012 0.020 8 D 0.001 0.001 0.002 0.964 0.015 0.018 9 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.008 10 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 11 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 12 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 13 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.002 14 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.002 15 K 0.001 0.001 0.007 0.978 0.010 0.004 16 K 0.001 0.001 0.012 0.944 0.028 0.016 17 N 0.001 0.001 0.013 0.796 0.064 0.124 18 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.919 19 V 0.025 0.002 0.001 0.002 0.107 0.864 20 E 0.307 0.007 0.002 0.001 0.096 0.588 21 V 0.920 0.004 0.001 0.001 0.017 0.058 22 Q 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 23 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 24 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 25 F 0.967 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 26 L 0.916 0.001 0.002 0.001 0.042 0.038 27 E 0.780 0.006 0.006 0.002 0.126 0.081 28 T 0.459 0.007 0.016 0.005 0.402 0.110 29 R 0.262 0.012 0.024 0.005 0.565 0.132 30 E 0.399 0.007 0.012 0.003 0.390 0.189 31 F 0.683 0.010 0.004 0.002 0.158 0.142 32 S 0.864 0.004 0.001 0.002 0.042 0.087 33 L 0.959 0.006 0.001 0.002 0.012 0.021 34 R 0.972 0.002 0.001 0.002 0.011 0.013 35 L 0.917 0.003 0.002 0.003 0.057 0.018 36 A 0.605 0.003 0.006 0.007 0.323 0.056 37 N 0.131 0.003 0.010 0.008 0.798 0.050 38 G 0.116 0.004 0.011 0.007 0.769 0.094 39 D 0.694 0.017 0.004 0.003 0.140 0.142 40 L 0.888 0.009 0.002 0.002 0.039 0.059 41 D 0.901 0.002 0.001 0.002 0.025 0.068 42 Q 0.948 0.008 0.002 0.002 0.018 0.022 43 Y 0.924 0.002 0.003 0.002 0.028 0.040 44 T 0.942 0.002 0.002 0.002 0.025 0.027 45 D 0.888 0.005 0.005 0.004 0.049 0.049 46 A 0.671 0.010 0.017 0.008 0.233 0.061 47 G 0.241 0.010 0.069 0.011 0.595 0.074 48 K 0.231 0.004 0.041 0.004 0.621 0.099 49 F 0.582 0.013 0.012 0.005 0.302 0.086 50 N 0.778 0.004 0.001 0.002 0.072 0.143 51 V 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 52 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 53 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 54 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 55 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 56 L 0.960 0.003 0.001 0.001 0.029 0.007 57 K 0.789 0.006 0.002 0.001 0.178 0.023 58 D 0.107 0.001 0.006 0.003 0.852 0.031 59 G 0.093 0.004 0.011 0.005 0.847 0.040 60 K 0.755 0.021 0.004 0.002 0.148 0.070 61 T 0.905 0.005 0.001 0.002 0.033 0.055 62 G 0.942 0.002 0.001 0.001 0.010 0.046 63 T 0.963 0.010 0.001 0.001 0.007 0.019 64 F 0.916 0.003 0.003 0.004 0.028 0.045 65 R 0.830 0.004 0.005 0.005 0.050 0.106 66 T 0.437 0.007 0.018 0.013 0.228 0.297 67 Q 0.136 0.014 0.030 0.025 0.375 0.421 68 V 0.049 0.015 0.039 0.044 0.403 0.449 69 L 0.012 0.004 0.155 0.229 0.435 0.165 70 E 0.006 0.002 0.139 0.454 0.286 0.113 71 N 0.005 0.006 0.107 0.589 0.183 0.110 72 P 0.002 0.001 0.020 0.921 0.027 0.028 73 E 0.002 0.001 0.006 0.964 0.014 0.014 74 K 0.001 0.001 0.007 0.965 0.013 0.014 75 C 0.001 0.001 0.005 0.987 0.003 0.004 76 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 77 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 78 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 79 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 80 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.005 81 S 0.001 0.001 0.004 0.959 0.023 0.013 82 N 0.001 0.001 0.006 0.940 0.028 0.025 83 L 0.004 0.003 0.023 0.844 0.068 0.058 84 Q 0.008 0.002 0.038 0.717 0.138 0.097 85 V 0.018 0.006 0.049 0.527 0.224 0.176 86 K 0.018 0.009 0.021 0.190 0.312 0.450 87 D 0.014 0.006 0.016 0.073 0.511 0.381 88 S 0.011 0.007 0.063 0.144 0.581 0.194 89 E 0.018 0.014 0.065 0.098 0.671 0.134 90 E 0.037 0.011 0.115 0.113 0.597 0.127 91 K 0.061 0.015 0.067 0.121 0.406 0.330 92 E 0.107 0.043 0.092 0.157 0.354 0.248 93 Y 0.104 0.027 0.052 0.128 0.277 0.413 94 F 0.091 0.022 0.074 0.151 0.249 0.413 95 F 0.065 0.022 0.085 0.154 0.273 0.400 96 E 0.049 0.011 0.113 0.199 0.297 0.331 97 G 0.036 0.008 0.167 0.226 0.318 0.244 98 G 0.037 0.009 0.125 0.206 0.333 0.291 99 K 0.038 0.011 0.116 0.226 0.318 0.290 100 E 0.031 0.010 0.047 0.165 0.298 0.450 101 Y 0.035 0.016 0.055 0.182 0.272 0.440 102 R 0.040 0.020 0.037 0.171 0.236 0.496 103 E 0.042 0.010 0.033 0.165 0.236 0.513 104 M 0.061 0.014 0.048 0.199 0.256 0.422 105 E 0.063 0.010 0.065 0.205 0.278 0.379 106 T 0.070 0.011 0.160 0.248 0.292 0.219 107 Y 0.088 0.015 0.149 0.245 0.261 0.242 108 V 0.084 0.028 0.113 0.206 0.334 0.235 109 G 0.053 0.026 0.044 0.145 0.334 0.398 110 R 0.031 0.015 0.027 0.036 0.402 0.489 111 F 0.015 0.006 0.376 0.041 0.449 0.113 112 E 0.018 0.006 0.350 0.031 0.472 0.123 113 K 0.040 0.009 0.323 0.029 0.388 0.211 114 L 0.070 0.042 0.018 0.019 0.267 0.584 115 S 0.012 0.007 0.003 0.018 0.108 0.852 116 V 0.001 0.001 0.060 0.854 0.059 0.026 117 K 0.001 0.001 0.055 0.883 0.053 0.008 118 E 0.001 0.001 0.054 0.877 0.056 0.011 119 K 0.001 0.001 0.006 0.960 0.013 0.019 120 M 0.001 0.001 0.002 0.982 0.008 0.007 121 D 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 122 M 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.007 123 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 124 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 126 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 127 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 128 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 129 S 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 130 A 0.001 0.001 0.009 0.967 0.014 0.008 131 A 0.001 0.001 0.022 0.928 0.034 0.015 132 K 0.003 0.001 0.018 0.703 0.138 0.136 133 D 0.006 0.003 0.028 0.180 0.393 0.391 134 E 0.011 0.001 0.032 0.040 0.453 0.463 135 R 0.089 0.014 0.086 0.041 0.479 0.290 136 V 0.411 0.032 0.041 0.025 0.280 0.211 137 V 0.626 0.011 0.012 0.016 0.156 0.179 138 M 0.669 0.012 0.004 0.009 0.091 0.214 139 V 0.626 0.026 0.005 0.011 0.140 0.193 140 P 0.538 0.004 0.008 0.020 0.177 0.252 141 T 0.627 0.008 0.013 0.015 0.166 0.172 142 V 0.737 0.015 0.009 0.011 0.122 0.106 143 M 0.730 0.009 0.009 0.011 0.111 0.130 144 Y 0.758 0.012 0.014 0.012 0.103 0.101 145 K 0.687 0.012 0.018 0.009 0.177 0.097 146 D 0.498 0.006 0.050 0.020 0.325 0.100 147 M 0.489 0.005 0.037 0.019 0.348 0.103 148 V 0.698 0.008 0.016 0.013 0.188 0.077 149 I 0.830 0.004 0.007 0.009 0.078 0.072 150 K 0.950 0.002 0.002 0.005 0.019 0.023 151 K 0.975 0.001 0.001 0.003 0.008 0.013 152 I 0.977 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 153 I 0.971 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 154 T 0.923 0.010 0.001 0.003 0.021 0.042 155 N 0.701 0.015 0.004 0.005 0.193 0.082 156 T 0.200 0.009 0.023 0.009 0.657 0.102 157 L 0.090 0.004 0.021 0.006 0.761 0.117 158 G 0.204 0.008 0.018 0.005 0.657 0.108 159 L 0.527 0.019 0.008 0.008 0.219 0.218 160 D 0.734 0.029 0.008 0.007 0.100 0.122 161 V 0.706 0.013 0.022 0.012 0.146 0.102 162 E 0.614 0.006 0.025 0.011 0.211 0.134 163 S 0.545 0.013 0.023 0.014 0.267 0.137 164 Q 0.448 0.016 0.021 0.028 0.303 0.183 165 M 0.444 0.007 0.014 0.025 0.334 0.176 166 D 0.500 0.013 0.015 0.034 0.281 0.157 167 G 0.732 0.007 0.007 0.016 0.113 0.125 168 G 0.932 0.004 0.002 0.008 0.021 0.033 169 F 0.978 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 170 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 171 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 172 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 173 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 174 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 175 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 176 A 0.965 0.002 0.001 0.001 0.025 0.007 177 R 0.537 0.004 0.006 0.007 0.401 0.046 178 D 0.071 0.003 0.026 0.021 0.827 0.053 179 A 0.189 0.006 0.024 0.028 0.678 0.075 180 N 0.595 0.020 0.017 0.024 0.215 0.129 181 P 0.819 0.016 0.005 0.012 0.053 0.096 182 R 0.842 0.013 0.006 0.010 0.064 0.065 183 S 0.646 0.021 0.016 0.024 0.175 0.118 184 G 0.359 0.010 0.027 0.034 0.344 0.225 185 S 0.318 0.018 0.029 0.039 0.354 0.243 186 W 0.301 0.028 0.029 0.056 0.277 0.309 187 Y 0.267 0.038 0.039 0.078 0.323 0.256 188 E 0.221 0.025 0.068 0.102 0.375 0.210 189 L 0.148 0.011 0.103 0.111 0.412 0.215 190 A 0.124 0.019 0.070 0.090 0.465 0.232 191 R 0.129 0.024 0.062 0.071 0.414 0.301 192 T 0.124 0.019 0.048 0.048 0.409 0.353 193 P 0.062 0.014 0.286 0.062 0.405 0.171 194 E 0.062 0.014 0.254 0.063 0.418 0.189 195 D 0.066 0.010 0.183 0.083 0.345 0.314 196 L 0.049 0.020 0.021 0.064 0.201 0.646 197 N 0.014 0.007 0.008 0.060 0.116 0.794 198 P 0.001 0.001 0.047 0.834 0.064 0.052 199 E 0.001 0.001 0.042 0.816 0.099 0.041 200 E 0.001 0.001 0.064 0.844 0.075 0.015 201 I 0.001 0.001 0.031 0.872 0.056 0.039 202 G 0.001 0.002 0.018 0.885 0.063 0.030 203 K 0.001 0.001 0.010 0.881 0.059 0.049 204 R 0.001 0.001 0.012 0.907 0.045 0.036 205 A 0.001 0.001 0.016 0.948 0.018 0.017 206 A 0.001 0.001 0.012 0.963 0.014 0.010 207 E 0.001 0.001 0.007 0.957 0.024 0.012 208 E 0.001 0.001 0.004 0.981 0.011 0.004 209 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.010 0.002 210 I 0.001 0.001 0.013 0.958 0.025 0.004 211 S 0.001 0.001 0.020 0.933 0.037 0.009 212 L 0.001 0.001 0.016 0.883 0.061 0.039 213 I 0.002 0.003 0.011 0.644 0.086 0.254 214 G 0.002 0.001 0.001 0.006 0.069 0.921 215 S 0.033 0.002 0.002 0.006 0.109 0.848 216 K 0.183 0.017 0.003 0.004 0.069 0.725 217 T 0.240 0.024 0.002 0.006 0.043 0.684 218 I 0.013 0.002 0.001 0.002 0.016 0.966