# TARGET T0216 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 63 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.010 0.029 0.003 0.060 0.003 0.014 0.881 3 F 0.002 0.002 0.020 0.617 0.082 0.038 0.239 4 E 0.001 0.001 0.018 0.874 0.027 0.031 0.050 5 E 0.001 0.001 0.010 0.922 0.020 0.025 0.022 6 F 0.001 0.001 0.003 0.955 0.007 0.020 0.014 7 K 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.008 0.006 8 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 9 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.004 10 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.003 11 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 14 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.003 15 K 0.001 0.001 0.002 0.964 0.002 0.027 0.003 16 K 0.001 0.001 0.005 0.852 0.008 0.128 0.006 17 N 0.001 0.001 0.005 0.235 0.029 0.716 0.013 18 G 0.001 0.001 0.002 0.005 0.040 0.860 0.091 19 V 0.011 0.003 0.001 0.001 0.082 0.006 0.897 20 E 0.238 0.007 0.001 0.001 0.146 0.010 0.599 21 V 0.854 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.124 22 Q 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 23 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 24 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 25 F 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 26 L 0.895 0.003 0.002 0.001 0.016 0.005 0.078 27 E 0.668 0.010 0.009 0.002 0.077 0.044 0.190 28 T 0.297 0.006 0.022 0.003 0.229 0.208 0.236 29 R 0.187 0.009 0.018 0.002 0.278 0.388 0.118 30 E 0.302 0.006 0.011 0.001 0.233 0.268 0.179 31 F 0.694 0.008 0.002 0.001 0.088 0.014 0.193 32 S 0.910 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.070 33 L 0.952 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 34 R 0.956 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 35 L 0.764 0.008 0.002 0.002 0.012 0.010 0.202 36 A 0.436 0.008 0.012 0.004 0.133 0.185 0.220 37 N 0.031 0.002 0.017 0.004 0.194 0.727 0.025 38 G 0.110 0.004 0.016 0.003 0.239 0.518 0.110 39 D 0.739 0.027 0.003 0.002 0.024 0.011 0.193 40 L 0.932 0.017 0.001 0.001 0.005 0.004 0.039 41 D 0.916 0.005 0.005 0.003 0.015 0.008 0.048 42 Q 0.904 0.003 0.007 0.003 0.023 0.009 0.051 43 Y 0.904 0.003 0.004 0.004 0.021 0.009 0.054 44 T 0.925 0.007 0.004 0.003 0.011 0.005 0.045 45 D 0.825 0.007 0.007 0.008 0.028 0.029 0.095 46 A 0.539 0.016 0.013 0.007 0.118 0.112 0.195 47 G 0.253 0.009 0.024 0.004 0.316 0.201 0.193 48 K 0.216 0.010 0.015 0.002 0.308 0.173 0.277 49 F 0.499 0.010 0.008 0.001 0.259 0.066 0.157 50 N 0.828 0.008 0.003 0.001 0.031 0.019 0.111 51 V 0.904 0.005 0.001 0.001 0.009 0.004 0.077 52 E 0.959 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.028 53 I 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 54 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 55 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 56 L 0.964 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 57 K 0.811 0.004 0.007 0.001 0.034 0.066 0.078 58 D 0.134 0.002 0.015 0.001 0.213 0.591 0.044 59 G 0.048 0.001 0.010 0.001 0.216 0.693 0.032 60 K 0.394 0.007 0.010 0.001 0.175 0.175 0.240 61 T 0.902 0.017 0.001 0.001 0.007 0.004 0.069 62 G 0.976 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 63 T 0.964 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.022 64 F 0.913 0.003 0.002 0.001 0.013 0.009 0.058 65 R 0.704 0.015 0.007 0.003 0.060 0.039 0.173 66 T 0.316 0.016 0.040 0.026 0.195 0.116 0.291 67 Q 0.065 0.014 0.078 0.031 0.296 0.199 0.318 68 V 0.040 0.013 0.050 0.061 0.262 0.098 0.476 69 L 0.008 0.006 0.178 0.304 0.085 0.138 0.279 70 E 0.008 0.006 0.096 0.506 0.108 0.166 0.111 71 N 0.003 0.006 0.060 0.645 0.054 0.108 0.124 72 P 0.001 0.001 0.008 0.951 0.015 0.012 0.013 73 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.006 0.004 74 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 75 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 76 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 77 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 81 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.020 0.002 83 L 0.001 0.001 0.002 0.962 0.005 0.021 0.009 84 Q 0.002 0.002 0.009 0.902 0.008 0.064 0.013 85 V 0.002 0.001 0.009 0.776 0.028 0.159 0.025 86 K 0.004 0.007 0.007 0.574 0.097 0.182 0.128 87 D 0.005 0.007 0.011 0.197 0.172 0.193 0.415 88 S 0.010 0.008 0.043 0.213 0.217 0.199 0.311 89 E 0.016 0.007 0.076 0.168 0.217 0.211 0.304 90 E 0.028 0.007 0.099 0.231 0.229 0.167 0.240 91 K 0.057 0.017 0.088 0.294 0.093 0.165 0.287 92 E 0.074 0.023 0.085 0.214 0.128 0.178 0.297 93 Y 0.097 0.018 0.057 0.195 0.121 0.198 0.314 94 F 0.096 0.026 0.050 0.164 0.132 0.085 0.446 95 F 0.093 0.030 0.063 0.194 0.097 0.076 0.447 96 E 0.060 0.015 0.079 0.187 0.117 0.117 0.426 97 G 0.043 0.009 0.137 0.224 0.120 0.225 0.243 98 G 0.051 0.010 0.129 0.214 0.124 0.186 0.286 99 K 0.054 0.015 0.104 0.168 0.158 0.134 0.367 100 E 0.069 0.011 0.057 0.124 0.132 0.127 0.480 101 Y 0.061 0.014 0.034 0.093 0.100 0.069 0.629 102 R 0.055 0.024 0.021 0.071 0.063 0.033 0.734 103 E 0.055 0.016 0.029 0.084 0.045 0.049 0.721 104 M 0.056 0.011 0.063 0.103 0.087 0.116 0.564 105 E 0.056 0.016 0.147 0.141 0.088 0.120 0.432 106 T 0.050 0.016 0.243 0.157 0.090 0.125 0.318 107 Y 0.061 0.016 0.237 0.138 0.167 0.125 0.255 108 V 0.065 0.019 0.161 0.123 0.171 0.145 0.316 109 G 0.044 0.024 0.049 0.074 0.342 0.083 0.385 110 R 0.021 0.011 0.034 0.024 0.127 0.046 0.737 111 F 0.005 0.003 0.570 0.036 0.047 0.231 0.108 112 E 0.005 0.001 0.616 0.017 0.038 0.270 0.053 113 K 0.007 0.015 0.568 0.013 0.100 0.171 0.126 114 L 0.019 0.080 0.012 0.007 0.338 0.012 0.533 115 S 0.006 0.008 0.001 0.004 0.034 0.003 0.945 116 V 0.001 0.001 0.032 0.912 0.016 0.023 0.016 117 K 0.001 0.001 0.014 0.964 0.005 0.012 0.004 118 E 0.001 0.001 0.009 0.977 0.003 0.007 0.004 119 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.003 120 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 121 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 122 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.004 123 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 0.002 124 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 126 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.009 0.005 127 H 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.011 0.002 128 E 0.001 0.001 0.003 0.965 0.004 0.023 0.005 129 S 0.001 0.001 0.006 0.933 0.005 0.046 0.008 130 A 0.002 0.003 0.012 0.865 0.022 0.068 0.028 131 A 0.003 0.002 0.036 0.688 0.029 0.197 0.045 132 K 0.004 0.002 0.026 0.487 0.092 0.293 0.096 133 D 0.006 0.007 0.020 0.124 0.140 0.135 0.568 134 E 0.009 0.003 0.072 0.116 0.208 0.366 0.227 135 R 0.057 0.007 0.172 0.110 0.254 0.248 0.151 136 V 0.238 0.047 0.138 0.110 0.120 0.087 0.260 137 V 0.533 0.017 0.033 0.076 0.053 0.054 0.235 138 M 0.647 0.018 0.014 0.039 0.061 0.057 0.163 139 V 0.486 0.014 0.009 0.020 0.082 0.026 0.363 140 P 0.352 0.008 0.017 0.025 0.176 0.131 0.291 141 T 0.520 0.016 0.020 0.025 0.126 0.133 0.159 142 V 0.741 0.017 0.009 0.014 0.041 0.028 0.152 143 M 0.835 0.014 0.004 0.007 0.022 0.017 0.100 144 Y 0.778 0.015 0.006 0.009 0.045 0.032 0.115 145 K 0.598 0.014 0.008 0.009 0.105 0.051 0.216 146 D 0.406 0.006 0.033 0.034 0.215 0.128 0.178 147 M 0.564 0.010 0.021 0.028 0.138 0.067 0.172 148 V 0.827 0.008 0.008 0.011 0.036 0.012 0.098 149 I 0.922 0.003 0.002 0.004 0.013 0.003 0.053 150 K 0.953 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.029 151 K 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.013 152 I 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 153 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 154 T 0.919 0.002 0.001 0.003 0.011 0.004 0.060 155 N 0.626 0.009 0.003 0.006 0.084 0.033 0.240 156 T 0.276 0.011 0.011 0.015 0.212 0.111 0.362 157 L 0.090 0.008 0.031 0.029 0.280 0.415 0.147 158 G 0.102 0.009 0.063 0.046 0.233 0.374 0.173 159 L 0.291 0.027 0.050 0.068 0.157 0.096 0.311 160 D 0.490 0.049 0.034 0.093 0.072 0.070 0.192 161 V 0.436 0.021 0.049 0.108 0.072 0.109 0.205 162 E 0.324 0.018 0.046 0.097 0.124 0.199 0.192 163 S 0.319 0.013 0.032 0.058 0.193 0.114 0.270 164 Q 0.359 0.014 0.035 0.052 0.155 0.141 0.245 165 M 0.415 0.014 0.026 0.026 0.191 0.088 0.239 166 D 0.495 0.009 0.022 0.010 0.164 0.052 0.249 167 G 0.643 0.011 0.014 0.007 0.107 0.029 0.190 168 G 0.848 0.010 0.006 0.002 0.037 0.005 0.092 169 F 0.929 0.003 0.004 0.001 0.011 0.003 0.049 170 L 0.960 0.003 0.003 0.001 0.006 0.002 0.026 171 F 0.969 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.020 172 A 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 173 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 174 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 175 I 0.969 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 176 A 0.811 0.008 0.001 0.001 0.007 0.004 0.169 177 R 0.262 0.005 0.007 0.002 0.179 0.413 0.132 178 D 0.029 0.001 0.008 0.002 0.252 0.681 0.027 179 A 0.132 0.007 0.008 0.004 0.411 0.224 0.213 180 N 0.423 0.047 0.010 0.015 0.075 0.039 0.391 181 P 0.753 0.065 0.011 0.013 0.027 0.020 0.110 182 R 0.694 0.015 0.021 0.029 0.041 0.040 0.160 183 S 0.602 0.014 0.032 0.040 0.097 0.069 0.146 184 G 0.428 0.008 0.033 0.065 0.123 0.154 0.191 185 S 0.431 0.019 0.044 0.069 0.108 0.155 0.174 186 W 0.442 0.024 0.043 0.104 0.119 0.091 0.176 187 Y 0.421 0.028 0.042 0.110 0.097 0.077 0.225 188 E 0.280 0.047 0.075 0.165 0.089 0.157 0.187 189 L 0.182 0.035 0.085 0.144 0.144 0.220 0.190 190 A 0.109 0.021 0.088 0.117 0.168 0.272 0.225 191 R 0.051 0.013 0.086 0.107 0.237 0.329 0.177 192 T 0.040 0.011 0.105 0.089 0.201 0.213 0.340 193 P 0.018 0.009 0.301 0.071 0.119 0.212 0.270 194 E 0.047 0.006 0.331 0.069 0.143 0.253 0.151 195 D 0.048 0.025 0.213 0.057 0.194 0.188 0.274 196 L 0.031 0.069 0.009 0.022 0.301 0.015 0.553 197 N 0.005 0.007 0.001 0.007 0.026 0.003 0.951 198 P 0.001 0.001 0.021 0.927 0.011 0.026 0.014 199 E 0.001 0.001 0.012 0.962 0.005 0.016 0.005 200 E 0.001 0.001 0.009 0.973 0.005 0.008 0.004 201 I 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.009 0.006 202 G 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.011 0.004 203 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.008 0.003 204 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.005 0.005 205 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.004 206 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 207 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 209 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.004 210 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.003 211 S 0.001 0.001 0.004 0.955 0.002 0.037 0.002 212 L 0.001 0.001 0.007 0.848 0.003 0.138 0.004 213 I 0.001 0.001 0.007 0.457 0.079 0.409 0.047 214 G 0.002 0.002 0.014 0.074 0.118 0.613 0.178 215 S 0.007 0.011 0.016 0.026 0.209 0.072 0.659 216 K 0.034 0.027 0.023 0.039 0.173 0.066 0.639 217 T 0.019 0.008 0.007 0.012 0.004 0.034 0.915 218 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999