# TARGET T0216 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0216.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.016 0.003 0.023 0.119 0.782 2 T 0.072 0.018 0.002 0.063 0.052 0.792 3 F 0.018 0.002 0.019 0.868 0.022 0.071 4 E 0.009 0.001 0.023 0.942 0.013 0.012 5 E 0.011 0.001 0.040 0.919 0.021 0.009 6 F 0.005 0.001 0.021 0.949 0.015 0.009 7 K 0.003 0.001 0.010 0.965 0.012 0.009 8 D 0.003 0.001 0.011 0.950 0.020 0.015 9 R 0.004 0.001 0.008 0.951 0.018 0.018 10 L 0.008 0.002 0.007 0.958 0.012 0.014 11 F 0.014 0.001 0.012 0.945 0.016 0.012 12 A 0.012 0.001 0.014 0.951 0.014 0.010 13 L 0.015 0.001 0.014 0.942 0.014 0.014 14 A 0.019 0.003 0.017 0.913 0.023 0.025 15 K 0.020 0.002 0.027 0.875 0.045 0.030 16 K 0.015 0.002 0.031 0.830 0.076 0.047 17 N 0.022 0.003 0.034 0.524 0.217 0.200 18 G 0.060 0.003 0.005 0.011 0.258 0.664 19 V 0.437 0.007 0.004 0.008 0.095 0.450 20 E 0.907 0.004 0.001 0.004 0.018 0.066 21 V 0.961 0.001 0.001 0.003 0.007 0.027 22 Q 0.963 0.001 0.001 0.003 0.008 0.025 23 I 0.957 0.001 0.001 0.005 0.009 0.026 24 S 0.921 0.001 0.002 0.013 0.019 0.044 25 F 0.885 0.002 0.006 0.021 0.033 0.053 26 L 0.746 0.005 0.015 0.028 0.087 0.119 27 E 0.637 0.007 0.021 0.028 0.144 0.162 28 T 0.459 0.011 0.029 0.042 0.223 0.235 29 R 0.440 0.008 0.056 0.062 0.246 0.189 30 E 0.513 0.006 0.042 0.110 0.164 0.165 31 F 0.529 0.007 0.029 0.164 0.131 0.140 32 S 0.606 0.007 0.012 0.138 0.087 0.150 33 L 0.704 0.008 0.018 0.132 0.046 0.092 34 R 0.648 0.009 0.019 0.183 0.056 0.085 35 L 0.570 0.017 0.041 0.147 0.151 0.075 36 A 0.355 0.015 0.034 0.080 0.358 0.157 37 N 0.116 0.008 0.036 0.061 0.543 0.236 38 G 0.081 0.013 0.015 0.018 0.554 0.319 39 D 0.077 0.033 0.038 0.062 0.315 0.475 40 L 0.036 0.014 0.316 0.285 0.227 0.121 41 D 0.041 0.004 0.318 0.313 0.235 0.088 42 Q 0.050 0.006 0.298 0.399 0.190 0.057 43 Y 0.138 0.023 0.098 0.405 0.192 0.143 44 T 0.168 0.025 0.080 0.346 0.240 0.141 45 D 0.163 0.018 0.068 0.202 0.390 0.159 46 A 0.098 0.009 0.075 0.220 0.409 0.189 47 G 0.113 0.007 0.046 0.047 0.451 0.336 48 K 0.276 0.013 0.036 0.031 0.340 0.304 49 F 0.546 0.024 0.016 0.044 0.147 0.224 50 N 0.601 0.006 0.007 0.032 0.115 0.240 51 V 0.882 0.002 0.002 0.008 0.030 0.077 52 E 0.957 0.001 0.001 0.007 0.007 0.027 53 I 0.969 0.001 0.001 0.011 0.005 0.014 54 K 0.965 0.001 0.001 0.011 0.007 0.017 55 V 0.956 0.001 0.001 0.010 0.011 0.021 56 L 0.909 0.004 0.001 0.017 0.060 0.009 57 K 0.774 0.006 0.003 0.018 0.171 0.027 58 D 0.259 0.005 0.007 0.021 0.608 0.101 59 G 0.190 0.013 0.009 0.005 0.690 0.093 60 K 0.262 0.017 0.011 0.005 0.348 0.358 61 T 0.316 0.021 0.015 0.009 0.392 0.247 62 G 0.374 0.008 0.012 0.009 0.310 0.286 63 T 0.596 0.024 0.009 0.018 0.089 0.264 64 F 0.717 0.016 0.013 0.031 0.078 0.145 65 R 0.632 0.011 0.014 0.092 0.076 0.175 66 T 0.607 0.008 0.020 0.136 0.077 0.152 67 Q 0.614 0.007 0.036 0.146 0.085 0.112 68 V 0.588 0.011 0.037 0.182 0.092 0.090 69 L 0.477 0.018 0.026 0.154 0.182 0.142 70 E 0.218 0.024 0.013 0.180 0.250 0.315 71 N 0.031 0.008 0.003 0.040 0.328 0.590 72 P 0.003 0.001 0.068 0.618 0.228 0.081 73 E 0.008 0.002 0.090 0.570 0.254 0.076 74 K 0.008 0.003 0.082 0.718 0.156 0.032 75 C 0.011 0.003 0.019 0.880 0.043 0.044 76 F 0.008 0.002 0.005 0.962 0.010 0.013 77 E 0.007 0.001 0.004 0.977 0.006 0.005 78 E 0.005 0.001 0.004 0.975 0.009 0.007 79 A 0.003 0.001 0.006 0.977 0.007 0.006 80 L 0.003 0.001 0.010 0.961 0.017 0.008 81 S 0.003 0.001 0.014 0.922 0.033 0.026 82 N 0.009 0.001 0.026 0.623 0.111 0.230 83 L 0.064 0.013 0.020 0.185 0.195 0.523 84 Q 0.151 0.019 0.011 0.051 0.142 0.626 85 V 0.219 0.024 0.017 0.050 0.193 0.497 86 K 0.177 0.026 0.013 0.031 0.252 0.501 87 D 0.103 0.011 0.008 0.019 0.357 0.501 88 S 0.029 0.005 0.093 0.168 0.445 0.260 89 E 0.071 0.007 0.150 0.293 0.362 0.117 90 E 0.156 0.012 0.153 0.298 0.292 0.089 91 K 0.246 0.012 0.082 0.339 0.170 0.151 92 E 0.364 0.011 0.060 0.327 0.117 0.121 93 Y 0.445 0.010 0.047 0.340 0.077 0.082 94 F 0.572 0.015 0.023 0.213 0.074 0.103 95 F 0.529 0.026 0.019 0.177 0.157 0.092 96 E 0.353 0.016 0.022 0.117 0.403 0.088 97 G 0.105 0.005 0.018 0.063 0.657 0.152 98 G 0.073 0.007 0.020 0.060 0.627 0.212 99 K 0.323 0.040 0.024 0.086 0.273 0.253 100 E 0.461 0.028 0.027 0.119 0.132 0.233 101 Y 0.372 0.011 0.076 0.280 0.125 0.136 102 R 0.440 0.006 0.063 0.249 0.115 0.127 103 E 0.492 0.010 0.057 0.245 0.092 0.104 104 M 0.315 0.006 0.051 0.414 0.095 0.119 105 E 0.274 0.004 0.048 0.478 0.089 0.107 106 T 0.312 0.008 0.052 0.450 0.087 0.090 107 Y 0.314 0.012 0.038 0.408 0.100 0.128 108 V 0.238 0.009 0.033 0.475 0.113 0.132 109 G 0.239 0.007 0.044 0.272 0.218 0.219 110 R 0.150 0.007 0.066 0.378 0.209 0.190 111 F 0.164 0.010 0.128 0.334 0.222 0.142 112 E 0.235 0.006 0.126 0.324 0.181 0.128 113 K 0.275 0.008 0.078 0.347 0.132 0.160 114 L 0.262 0.020 0.025 0.267 0.110 0.317 115 S 0.185 0.015 0.011 0.148 0.097 0.544 116 V 0.091 0.005 0.040 0.538 0.097 0.228 117 K 0.102 0.005 0.073 0.586 0.109 0.126 118 E 0.088 0.005 0.116 0.572 0.133 0.085 119 K 0.105 0.010 0.070 0.514 0.133 0.168 120 M 0.080 0.009 0.031 0.531 0.127 0.222 121 D 0.050 0.006 0.017 0.618 0.090 0.220 122 M 0.008 0.001 0.012 0.927 0.025 0.026 123 A 0.010 0.001 0.012 0.928 0.025 0.023 124 K 0.007 0.001 0.013 0.933 0.026 0.019 125 K 0.012 0.002 0.017 0.899 0.033 0.038 126 A 0.010 0.002 0.021 0.860 0.046 0.062 127 H 0.018 0.003 0.030 0.764 0.068 0.116 128 E 0.017 0.003 0.036 0.767 0.072 0.106 129 S 0.022 0.004 0.050 0.718 0.096 0.110 130 A 0.018 0.003 0.078 0.600 0.155 0.146 131 A 0.028 0.007 0.121 0.462 0.227 0.154 132 K 0.035 0.006 0.147 0.427 0.231 0.155 133 D 0.067 0.007 0.094 0.231 0.312 0.289 134 E 0.142 0.006 0.053 0.135 0.323 0.341 135 R 0.473 0.007 0.022 0.039 0.162 0.296 136 V 0.880 0.005 0.006 0.015 0.032 0.061 137 V 0.948 0.004 0.002 0.007 0.011 0.027 138 M 0.916 0.005 0.001 0.007 0.019 0.052 139 V 0.639 0.005 0.003 0.012 0.093 0.248 140 P 0.348 0.004 0.012 0.027 0.223 0.386 141 T 0.518 0.011 0.025 0.043 0.180 0.224 142 V 0.732 0.014 0.024 0.047 0.082 0.100 143 M 0.693 0.015 0.021 0.088 0.072 0.112 144 Y 0.529 0.013 0.032 0.171 0.157 0.098 145 K 0.263 0.006 0.036 0.373 0.196 0.126 146 D 0.055 0.002 0.022 0.715 0.135 0.073 147 M 0.093 0.005 0.015 0.776 0.073 0.038 148 V 0.098 0.005 0.007 0.826 0.025 0.039 149 I 0.060 0.001 0.005 0.904 0.015 0.015 150 K 0.041 0.001 0.005 0.932 0.014 0.008 151 K 0.048 0.001 0.005 0.931 0.010 0.005 152 I 0.042 0.001 0.005 0.928 0.014 0.010 153 I 0.025 0.002 0.006 0.941 0.017 0.010 154 T 0.033 0.003 0.010 0.884 0.037 0.034 155 N 0.035 0.004 0.028 0.553 0.119 0.261 156 T 0.033 0.010 0.065 0.373 0.242 0.277 157 L 0.080 0.014 0.053 0.204 0.325 0.323 158 G 0.079 0.008 0.017 0.036 0.252 0.607 159 L 0.165 0.021 0.012 0.026 0.182 0.595 160 D 0.260 0.018 0.013 0.022 0.141 0.545 161 V 0.260 0.019 0.222 0.161 0.146 0.192 162 E 0.250 0.012 0.303 0.150 0.165 0.121 163 S 0.245 0.010 0.308 0.158 0.193 0.086 164 Q 0.218 0.024 0.116 0.161 0.292 0.189 165 M 0.177 0.036 0.064 0.164 0.404 0.156 166 D 0.103 0.017 0.040 0.153 0.492 0.195 167 G 0.058 0.007 0.031 0.185 0.504 0.215 168 G 0.147 0.014 0.031 0.179 0.345 0.285 169 F 0.337 0.016 0.029 0.383 0.103 0.132 170 L 0.429 0.014 0.022 0.419 0.049 0.066 171 F 0.466 0.005 0.024 0.415 0.042 0.048 172 A 0.374 0.005 0.021 0.544 0.022 0.033 173 M 0.242 0.002 0.040 0.647 0.033 0.036 174 A 0.167 0.002 0.045 0.706 0.040 0.040 175 I 0.100 0.004 0.038 0.770 0.048 0.040 176 A 0.074 0.006 0.036 0.744 0.081 0.060 177 R 0.060 0.005 0.050 0.657 0.130 0.098 178 D 0.051 0.013 0.035 0.325 0.317 0.259 179 A 0.021 0.015 0.024 0.146 0.353 0.441 180 N 0.009 0.010 0.005 0.007 0.489 0.481 181 P 0.004 0.007 0.037 0.011 0.758 0.182 182 R 0.011 0.006 0.045 0.017 0.771 0.151 183 S 0.023 0.010 0.036 0.041 0.742 0.147 184 G 0.053 0.024 0.015 0.056 0.452 0.401 185 S 0.199 0.062 0.017 0.125 0.156 0.441 186 W 0.268 0.027 0.048 0.441 0.090 0.126 187 Y 0.236 0.008 0.079 0.468 0.093 0.117 188 E 0.244 0.009 0.151 0.438 0.088 0.070 189 L 0.258 0.015 0.124 0.340 0.142 0.121 190 A 0.144 0.012 0.047 0.287 0.206 0.304 191 R 0.099 0.023 0.022 0.121 0.206 0.529 192 T 0.028 0.017 0.009 0.031 0.272 0.643 193 P 0.002 0.002 0.580 0.089 0.269 0.059 194 E 0.007 0.002 0.630 0.040 0.284 0.037 195 D 0.008 0.005 0.576 0.051 0.318 0.041 196 L 0.024 0.048 0.032 0.088 0.330 0.479 197 N 0.012 0.014 0.003 0.034 0.110 0.826 198 P 0.001 0.001 0.064 0.903 0.021 0.011 199 E 0.004 0.001 0.105 0.851 0.031 0.008 200 E 0.005 0.001 0.124 0.829 0.034 0.005 201 I 0.017 0.005 0.026 0.872 0.045 0.035 202 G 0.016 0.003 0.017 0.870 0.042 0.052 203 K 0.008 0.001 0.018 0.919 0.024 0.029 204 R 0.014 0.002 0.015 0.886 0.031 0.052 205 A 0.008 0.002 0.014 0.902 0.026 0.048 206 A 0.008 0.001 0.010 0.929 0.017 0.035 207 E 0.012 0.001 0.012 0.937 0.019 0.018 208 E 0.024 0.001 0.014 0.911 0.029 0.021 209 A 0.036 0.002 0.013 0.894 0.028 0.027 210 I 0.048 0.002 0.015 0.882 0.024 0.029 211 S 0.044 0.001 0.020 0.877 0.026 0.031 212 L 0.075 0.003 0.020 0.786 0.052 0.064 213 I 0.077 0.008 0.012 0.719 0.073 0.111 214 G 0.085 0.007 0.017 0.262 0.260 0.369 215 S 0.067 0.008 0.029 0.135 0.321 0.441 216 K 0.113 0.020 0.037 0.075 0.263 0.490 217 T 0.127 0.031 0.027 0.061 0.206 0.549 218 I 0.058 0.012 0.008 0.025 0.123 0.772