# TARGET T0214 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.013 0.641 0.002 0.015 0.026 0.001 0.001 0.004 0.203 0.034 0.046 0.015 2 E 0.001 0.021 0.797 0.004 0.011 0.017 0.001 0.001 0.009 0.034 0.021 0.004 0.081 3 W 0.020 0.034 0.459 0.034 0.030 0.056 0.005 0.003 0.035 0.117 0.069 0.098 0.040 4 E 0.044 0.012 0.301 0.049 0.038 0.063 0.020 0.009 0.087 0.126 0.062 0.040 0.151 5 M 0.115 0.015 0.197 0.010 0.057 0.093 0.086 0.044 0.127 0.041 0.027 0.067 0.122 6 G 0.228 0.016 0.091 0.004 0.019 0.050 0.149 0.069 0.141 0.013 0.015 0.125 0.079 7 L 0.101 0.027 0.198 0.003 0.033 0.056 0.077 0.036 0.142 0.034 0.037 0.037 0.218 8 Q 0.033 0.011 0.313 0.016 0.022 0.140 0.012 0.008 0.077 0.154 0.105 0.053 0.057 9 E 0.005 0.008 0.378 0.008 0.031 0.200 0.002 0.001 0.016 0.225 0.071 0.017 0.039 10 E 0.001 0.017 0.217 0.001 0.040 0.476 0.001 0.001 0.006 0.144 0.072 0.006 0.020 11 F 0.001 0.021 0.131 0.001 0.038 0.694 0.001 0.001 0.005 0.042 0.058 0.001 0.010 12 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.030 0.904 0.001 0.001 0.001 0.014 0.031 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.040 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.051 0.907 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 15 I 0.001 0.002 0.010 0.001 0.029 0.918 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.001 0.002 16 K 0.001 0.005 0.015 0.001 0.031 0.818 0.001 0.001 0.001 0.010 0.114 0.002 0.003 17 L 0.001 0.002 0.025 0.002 0.023 0.367 0.001 0.001 0.001 0.052 0.522 0.001 0.004 18 R 0.001 0.001 0.093 0.003 0.013 0.028 0.001 0.001 0.001 0.170 0.688 0.002 0.002 19 K 0.001 0.005 0.620 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.005 0.209 0.117 0.003 0.026 20 K 0.002 0.009 0.592 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.032 0.156 0.011 0.163 0.028 21 K 0.016 0.010 0.335 0.009 0.001 0.001 0.007 0.003 0.201 0.045 0.003 0.035 0.335 22 I 0.141 0.006 0.120 0.101 0.002 0.002 0.074 0.026 0.189 0.016 0.003 0.233 0.087 23 E 0.336 0.003 0.032 0.004 0.001 0.001 0.186 0.038 0.128 0.002 0.001 0.055 0.216 24 G 0.334 0.007 0.086 0.010 0.003 0.001 0.149 0.026 0.070 0.006 0.001 0.112 0.196 25 R 0.231 0.005 0.177 0.013 0.001 0.001 0.093 0.008 0.080 0.011 0.003 0.149 0.228 26 L 0.028 0.008 0.520 0.009 0.007 0.003 0.006 0.001 0.032 0.051 0.018 0.023 0.296 27 Y 0.008 0.010 0.324 0.004 0.016 0.017 0.001 0.001 0.006 0.411 0.073 0.089 0.041 28 D 0.001 0.016 0.521 0.003 0.037 0.039 0.001 0.001 0.001 0.192 0.087 0.003 0.101 29 E 0.001 0.002 0.062 0.002 0.122 0.321 0.001 0.001 0.001 0.135 0.350 0.003 0.003 30 K 0.001 0.005 0.122 0.003 0.163 0.298 0.001 0.001 0.001 0.075 0.323 0.002 0.008 31 R 0.001 0.015 0.130 0.002 0.393 0.286 0.001 0.001 0.001 0.087 0.048 0.003 0.035 32 R 0.005 0.013 0.249 0.006 0.266 0.240 0.001 0.001 0.005 0.072 0.099 0.024 0.020 33 Q 0.011 0.087 0.138 0.018 0.186 0.104 0.004 0.002 0.028 0.090 0.185 0.014 0.135 34 I 0.020 0.076 0.425 0.021 0.024 0.019 0.003 0.001 0.022 0.123 0.076 0.112 0.076 35 K 0.003 0.024 0.676 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.124 0.029 0.035 0.080 36 P 0.004 0.012 0.154 0.008 0.021 0.008 0.001 0.001 0.002 0.127 0.597 0.021 0.045 37 G 0.011 0.003 0.111 0.016 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.172 0.626 0.014 0.024 38 D 0.043 0.010 0.588 0.005 0.008 0.009 0.004 0.001 0.013 0.142 0.031 0.068 0.079 39 V 0.191 0.014 0.133 0.007 0.002 0.009 0.044 0.005 0.054 0.019 0.004 0.033 0.483 40 I 0.225 0.015 0.069 0.010 0.001 0.004 0.038 0.007 0.032 0.007 0.002 0.494 0.095 41 S 0.280 0.010 0.048 0.004 0.001 0.002 0.032 0.004 0.011 0.007 0.003 0.073 0.524 42 F 0.124 0.012 0.264 0.016 0.015 0.010 0.010 0.001 0.006 0.039 0.042 0.176 0.285 43 E 0.026 0.009 0.126 0.034 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.193 0.431 0.066 0.087 44 G 0.002 0.001 0.056 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.688 0.017 0.016 45 G 0.029 0.003 0.249 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.295 0.219 0.083 0.096 46 K 0.163 0.009 0.105 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.008 0.019 0.006 0.053 0.608 47 L 0.381 0.003 0.024 0.013 0.001 0.001 0.044 0.001 0.006 0.004 0.001 0.432 0.090 48 K 0.385 0.002 0.013 0.046 0.001 0.001 0.050 0.001 0.007 0.004 0.001 0.045 0.445 49 V 0.471 0.001 0.026 0.023 0.001 0.001 0.048 0.003 0.007 0.004 0.001 0.303 0.112 50 R 0.476 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.063 0.002 0.017 0.003 0.001 0.174 0.240 51 V 0.238 0.003 0.040 0.009 0.001 0.001 0.028 0.001 0.024 0.002 0.001 0.051 0.600 52 K 0.069 0.001 0.028 0.694 0.001 0.001 0.015 0.001 0.023 0.008 0.001 0.118 0.039 53 A 0.057 0.003 0.115 0.086 0.002 0.002 0.020 0.001 0.042 0.046 0.004 0.378 0.244 54 I 0.046 0.004 0.240 0.037 0.015 0.007 0.027 0.005 0.038 0.053 0.019 0.030 0.480 55 R 0.074 0.018 0.130 0.003 0.007 0.006 0.038 0.006 0.048 0.026 0.014 0.566 0.066 56 V 0.062 0.030 0.191 0.003 0.007 0.028 0.030 0.009 0.041 0.039 0.016 0.014 0.530 57 Y 0.030 0.006 0.386 0.010 0.006 0.124 0.006 0.001 0.030 0.104 0.021 0.236 0.041 58 N 0.008 0.009 0.248 0.004 0.029 0.336 0.002 0.001 0.008 0.134 0.127 0.013 0.084 59 S 0.003 0.013 0.239 0.002 0.058 0.393 0.001 0.001 0.006 0.114 0.144 0.011 0.016 60 F 0.001 0.005 0.164 0.001 0.085 0.585 0.001 0.001 0.006 0.059 0.082 0.004 0.010 61 R 0.001 0.002 0.063 0.001 0.080 0.739 0.001 0.001 0.002 0.031 0.078 0.002 0.002 62 E 0.001 0.001 0.045 0.001 0.114 0.674 0.001 0.001 0.001 0.024 0.137 0.001 0.002 63 M 0.001 0.003 0.048 0.001 0.089 0.689 0.001 0.001 0.001 0.036 0.130 0.001 0.002 64 L 0.001 0.006 0.134 0.001 0.043 0.629 0.001 0.001 0.002 0.055 0.122 0.003 0.004 65 E 0.001 0.008 0.117 0.001 0.037 0.638 0.001 0.001 0.001 0.044 0.146 0.002 0.006 66 K 0.001 0.004 0.129 0.001 0.025 0.680 0.001 0.001 0.001 0.072 0.082 0.003 0.003 67 E 0.001 0.007 0.193 0.001 0.029 0.659 0.001 0.001 0.001 0.055 0.044 0.002 0.007 68 G 0.001 0.002 0.046 0.001 0.053 0.831 0.001 0.001 0.001 0.015 0.047 0.001 0.003 69 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.060 0.868 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.001 0.001 70 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.058 0.872 0.001 0.001 0.001 0.010 0.038 0.001 0.002 71 N 0.001 0.002 0.021 0.001 0.029 0.813 0.001 0.001 0.003 0.014 0.114 0.001 0.002 72 V 0.001 0.004 0.074 0.001 0.018 0.620 0.001 0.001 0.004 0.055 0.217 0.003 0.004 73 L 0.001 0.014 0.292 0.001 0.033 0.304 0.001 0.001 0.004 0.175 0.162 0.005 0.010 74 P 0.001 0.015 0.300 0.001 0.059 0.179 0.001 0.001 0.004 0.155 0.271 0.004 0.011 75 G 0.001 0.008 0.286 0.001 0.065 0.116 0.001 0.001 0.003 0.187 0.326 0.003 0.005 76 V 0.001 0.009 0.324 0.001 0.076 0.104 0.001 0.001 0.002 0.233 0.247 0.002 0.003 77 K 0.001 0.015 0.358 0.001 0.048 0.142 0.001 0.001 0.002 0.300 0.126 0.003 0.005 78 S 0.001 0.015 0.446 0.001 0.038 0.272 0.001 0.001 0.001 0.169 0.053 0.001 0.004 79 I 0.001 0.001 0.025 0.001 0.047 0.836 0.001 0.001 0.001 0.021 0.068 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 0.916 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.037 0.921 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 82 G 0.001 0.002 0.012 0.001 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 83 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 86 Y 0.002 0.001 0.006 0.001 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.002 87 R 0.002 0.001 0.016 0.001 0.021 0.912 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.004 0.002 88 R 0.002 0.001 0.036 0.001 0.027 0.809 0.001 0.001 0.001 0.017 0.093 0.002 0.011 89 F 0.002 0.007 0.083 0.002 0.030 0.648 0.001 0.001 0.001 0.055 0.155 0.005 0.012 90 Y 0.001 0.012 0.364 0.001 0.022 0.286 0.001 0.001 0.002 0.204 0.063 0.023 0.021 91 D 0.001 0.009 0.545 0.004 0.052 0.140 0.001 0.001 0.001 0.112 0.096 0.008 0.032 92 E 0.001 0.010 0.268 0.005 0.162 0.211 0.001 0.001 0.003 0.119 0.193 0.009 0.019 93 E 0.005 0.022 0.312 0.006 0.150 0.163 0.001 0.001 0.004 0.130 0.135 0.030 0.042 94 K 0.002 0.018 0.531 0.005 0.092 0.085 0.001 0.001 0.004 0.117 0.093 0.018 0.034 95 E 0.001 0.005 0.156 0.003 0.082 0.057 0.001 0.001 0.001 0.192 0.474 0.007 0.022 96 K 0.001 0.008 0.187 0.004 0.061 0.033 0.001 0.001 0.002 0.144 0.537 0.011 0.012 97 K 0.007 0.019 0.377 0.006 0.075 0.034 0.001 0.001 0.003 0.196 0.196 0.017 0.069 98 Y 0.036 0.014 0.302 0.042 0.038 0.029 0.003 0.002 0.011 0.169 0.244 0.056 0.053 99 G 0.124 0.006 0.211 0.028 0.019 0.008 0.015 0.003 0.031 0.142 0.095 0.166 0.152 100 V 0.267 0.005 0.110 0.004 0.003 0.005 0.064 0.015 0.041 0.022 0.006 0.055 0.404 101 V 0.329 0.007 0.041 0.011 0.001 0.004 0.082 0.016 0.090 0.007 0.001 0.346 0.066 102 A 0.398 0.002 0.027 0.013 0.001 0.003 0.095 0.009 0.057 0.005 0.001 0.041 0.347 103 I 0.468 0.001 0.033 0.130 0.001 0.002 0.069 0.005 0.027 0.006 0.002 0.179 0.076 104 E 0.444 0.001 0.042 0.025 0.001 0.002 0.058 0.001 0.018 0.011 0.003 0.132 0.264 105 I 0.297 0.003 0.045 0.009 0.001 0.002 0.065 0.001 0.021 0.007 0.001 0.056 0.492 106 E 0.049 0.001 0.041 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.017 0.009 0.001 0.811 0.044 107 P 0.013 0.004 0.058 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.036 0.004 0.001 0.011 0.846 108 L 0.020 0.021 0.362 0.092 0.003 0.006 0.026 0.001 0.038 0.036 0.006 0.304 0.087 109 E 0.003 0.029 0.583 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.036 0.033 0.005 0.047 0.247 110 Y 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.014