# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.6883 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.097 0.078 0.113 0.084 0.078 0.089 0.071 0.065 0.050 0.041 2 E 0.254 0.255 0.129 0.178 0.096 0.041 0.026 0.010 0.005 0.003 0.001 3 W 0.080 0.070 0.050 0.112 0.130 0.147 0.178 0.108 0.069 0.038 0.019 4 E 0.154 0.152 0.099 0.223 0.159 0.099 0.068 0.024 0.013 0.007 0.003 5 M 0.029 0.021 0.036 0.053 0.054 0.071 0.178 0.153 0.176 0.136 0.092 6 G 0.079 0.145 0.161 0.260 0.160 0.086 0.061 0.023 0.014 0.007 0.004 7 L 0.005 0.015 0.014 0.018 0.021 0.041 0.112 0.148 0.217 0.227 0.182 8 Q 0.022 0.095 0.149 0.221 0.209 0.147 0.105 0.031 0.014 0.005 0.002 9 E 0.351 0.199 0.232 0.133 0.047 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 10 E 0.249 0.122 0.224 0.232 0.095 0.047 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 11 F 0.005 0.007 0.055 0.029 0.033 0.064 0.216 0.178 0.199 0.143 0.071 12 L 0.008 0.009 0.141 0.123 0.150 0.223 0.224 0.075 0.031 0.011 0.004 13 E 0.010 0.029 0.666 0.184 0.069 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 14 L 0.005 0.014 0.063 0.052 0.090 0.184 0.314 0.145 0.079 0.039 0.015 15 I 0.007 0.009 0.107 0.032 0.021 0.024 0.088 0.110 0.197 0.237 0.169 16 K 0.015 0.040 0.383 0.154 0.162 0.115 0.094 0.025 0.008 0.003 0.001 17 L 0.020 0.065 0.563 0.223 0.080 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 18 R 0.320 0.095 0.106 0.088 0.083 0.092 0.126 0.049 0.026 0.011 0.004 19 K 0.081 0.181 0.199 0.353 0.125 0.041 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 20 K 0.005 0.004 0.007 0.006 0.011 0.026 0.134 0.201 0.275 0.208 0.122 21 K 0.010 0.078 0.122 0.538 0.196 0.044 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 22 I 0.004 0.005 0.006 0.007 0.009 0.017 0.085 0.149 0.264 0.267 0.187 23 E 0.014 0.052 0.107 0.380 0.240 0.120 0.060 0.017 0.008 0.002 0.001 24 G 0.018 0.033 0.025 0.042 0.047 0.073 0.213 0.191 0.185 0.125 0.048 25 R 0.039 0.140 0.095 0.328 0.194 0.091 0.053 0.028 0.018 0.009 0.004 26 L 0.050 0.057 0.037 0.067 0.084 0.085 0.159 0.145 0.157 0.104 0.054 27 Y 0.041 0.065 0.040 0.157 0.186 0.150 0.171 0.093 0.059 0.027 0.011 28 D 0.111 0.184 0.106 0.187 0.139 0.092 0.097 0.045 0.026 0.010 0.003 29 E 0.444 0.206 0.088 0.151 0.063 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 30 K 0.348 0.159 0.121 0.123 0.077 0.063 0.055 0.025 0.016 0.008 0.004 31 R 0.093 0.086 0.099 0.196 0.164 0.131 0.129 0.056 0.031 0.012 0.004 32 R 0.105 0.134 0.235 0.218 0.138 0.077 0.057 0.021 0.009 0.004 0.002 33 Q 0.056 0.098 0.154 0.174 0.138 0.132 0.129 0.056 0.036 0.019 0.009 34 I 0.006 0.007 0.010 0.024 0.053 0.091 0.197 0.180 0.184 0.141 0.107 35 K 0.211 0.277 0.263 0.148 0.056 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 36 P 0.283 0.133 0.080 0.218 0.133 0.079 0.053 0.014 0.006 0.002 0.001 37 G 0.275 0.139 0.062 0.153 0.109 0.079 0.067 0.045 0.033 0.021 0.015 38 D 0.005 0.046 0.033 0.142 0.178 0.226 0.207 0.086 0.046 0.021 0.010 39 V 0.017 0.063 0.069 0.261 0.234 0.168 0.109 0.045 0.020 0.009 0.004 40 I 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.057 0.121 0.267 0.303 0.230 41 S 0.008 0.078 0.070 0.423 0.262 0.089 0.047 0.014 0.006 0.002 0.001 42 F 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.015 0.051 0.104 0.231 0.281 0.301 43 E 0.073 0.130 0.104 0.301 0.195 0.111 0.059 0.016 0.007 0.002 0.001 44 G 0.455 0.258 0.055 0.126 0.051 0.025 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 45 G 0.346 0.139 0.054 0.199 0.101 0.062 0.044 0.023 0.015 0.010 0.006 46 K 0.068 0.211 0.106 0.292 0.179 0.084 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 47 L 0.005 0.007 0.006 0.029 0.042 0.080 0.206 0.216 0.200 0.131 0.076 48 K 0.023 0.100 0.076 0.419 0.253 0.095 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.053 0.134 0.288 0.279 0.227 50 R 0.009 0.077 0.083 0.501 0.255 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.026 0.077 0.222 0.299 0.368 52 K 0.031 0.071 0.063 0.375 0.280 0.114 0.052 0.010 0.003 0.001 0.001 53 A 0.157 0.306 0.080 0.188 0.108 0.068 0.061 0.018 0.010 0.004 0.001 54 I 0.012 0.020 0.025 0.078 0.072 0.091 0.142 0.137 0.165 0.143 0.113 55 R 0.177 0.258 0.117 0.186 0.134 0.063 0.040 0.013 0.006 0.003 0.002 56 V 0.066 0.170 0.070 0.167 0.129 0.100 0.123 0.078 0.053 0.032 0.014 57 Y 0.027 0.074 0.046 0.143 0.183 0.190 0.182 0.076 0.049 0.021 0.009 58 N 0.675 0.123 0.093 0.070 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 59 S 0.041 0.091 0.103 0.206 0.178 0.143 0.137 0.053 0.028 0.014 0.005 60 F 0.011 0.014 0.028 0.026 0.030 0.070 0.190 0.191 0.209 0.145 0.087 61 R 0.044 0.050 0.194 0.307 0.194 0.121 0.065 0.015 0.007 0.002 0.001 62 E 0.037 0.073 0.719 0.105 0.037 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 63 M 0.010 0.010 0.077 0.069 0.074 0.128 0.239 0.157 0.119 0.080 0.036 64 L 0.006 0.010 0.064 0.035 0.047 0.084 0.252 0.187 0.158 0.111 0.046 65 E 0.005 0.023 0.666 0.165 0.084 0.037 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 66 K 0.032 0.056 0.457 0.194 0.130 0.079 0.038 0.009 0.004 0.002 0.001 67 E 0.044 0.050 0.083 0.073 0.083 0.114 0.215 0.131 0.109 0.066 0.033 68 G 0.038 0.030 0.080 0.051 0.057 0.094 0.206 0.145 0.140 0.101 0.057 69 L 0.018 0.045 0.253 0.141 0.148 0.130 0.142 0.062 0.034 0.018 0.008 70 E 0.068 0.089 0.405 0.185 0.107 0.061 0.044 0.019 0.012 0.007 0.004 71 N 0.077 0.076 0.105 0.128 0.133 0.137 0.158 0.077 0.055 0.035 0.020 72 V 0.035 0.038 0.033 0.062 0.074 0.103 0.176 0.146 0.143 0.112 0.078 73 L 0.036 0.043 0.040 0.063 0.072 0.090 0.162 0.144 0.146 0.122 0.081 74 P 0.236 0.156 0.102 0.128 0.103 0.072 0.081 0.044 0.035 0.027 0.017 75 G 0.316 0.183 0.067 0.152 0.102 0.065 0.055 0.025 0.018 0.011 0.006 76 V 0.185 0.085 0.042 0.101 0.086 0.095 0.123 0.086 0.090 0.065 0.043 77 K 0.327 0.183 0.134 0.186 0.084 0.041 0.025 0.010 0.007 0.003 0.002 78 S 0.039 0.107 0.035 0.076 0.074 0.099 0.152 0.135 0.128 0.095 0.061 79 I 0.008 0.020 0.011 0.057 0.102 0.167 0.218 0.164 0.130 0.076 0.047 80 E 0.086 0.043 0.045 0.099 0.146 0.185 0.196 0.086 0.065 0.032 0.018 81 E 0.045 0.098 0.209 0.336 0.163 0.071 0.045 0.017 0.009 0.004 0.002 82 G 0.006 0.012 0.015 0.036 0.036 0.051 0.122 0.162 0.220 0.201 0.139 83 I 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 0.031 0.104 0.144 0.218 0.234 0.241 84 Q 0.024 0.051 0.582 0.228 0.078 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 85 V 0.003 0.013 0.059 0.120 0.169 0.244 0.269 0.073 0.031 0.013 0.006 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.087 0.160 0.259 0.261 0.213 87 R 0.004 0.007 0.015 0.084 0.142 0.203 0.271 0.139 0.082 0.039 0.014 88 R 0.030 0.070 0.660 0.139 0.058 0.026 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 89 F 0.003 0.007 0.023 0.044 0.076 0.151 0.324 0.174 0.109 0.063 0.025 90 Y 0.004 0.005 0.006 0.012 0.020 0.042 0.169 0.207 0.221 0.197 0.116 91 D 0.060 0.269 0.207 0.241 0.127 0.054 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 92 E 0.389 0.125 0.211 0.146 0.067 0.036 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 93 E 0.388 0.114 0.082 0.107 0.075 0.069 0.080 0.036 0.026 0.014 0.010 94 K 0.042 0.059 0.060 0.121 0.106 0.156 0.232 0.109 0.067 0.032 0.017 95 E 0.068 0.065 0.121 0.139 0.116 0.122 0.129 0.090 0.071 0.051 0.028 96 K 0.054 0.097 0.370 0.204 0.117 0.082 0.050 0.015 0.007 0.003 0.002 97 K 0.099 0.133 0.272 0.237 0.131 0.062 0.039 0.014 0.007 0.004 0.003 98 Y 0.008 0.016 0.017 0.062 0.097 0.142 0.261 0.179 0.128 0.069 0.022 99 G 0.108 0.150 0.110 0.261 0.196 0.113 0.045 0.010 0.004 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.009 0.044 0.111 0.246 0.304 0.274 101 V 0.001 0.008 0.011 0.071 0.125 0.189 0.289 0.158 0.087 0.040 0.022 102 A 0.002 0.010 0.010 0.024 0.024 0.035 0.112 0.163 0.234 0.200 0.185 103 I 0.002 0.001 0.002 0.009 0.016 0.035 0.104 0.157 0.232 0.247 0.194 104 E 0.023 0.106 0.052 0.260 0.221 0.115 0.107 0.056 0.037 0.015 0.008 105 I 0.007 0.010 0.007 0.030 0.037 0.049 0.124 0.163 0.229 0.204 0.141 106 E 0.169 0.194 0.104 0.264 0.144 0.068 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 107 P 0.057 0.090 0.042 0.151 0.143 0.140 0.172 0.095 0.063 0.034 0.013 108 L 0.024 0.020 0.014 0.037 0.041 0.059 0.111 0.136 0.203 0.194 0.160 109 E 0.175 0.218 0.085 0.201 0.134 0.080 0.060 0.023 0.015 0.006 0.003 110 Y 0.141 0.113 0.053 0.130 0.112 0.103 0.118 0.093 0.070 0.045 0.021