# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.6883 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.177 0.397 0.049 0.132 0.026 0.037 0.015 0.053 0.019 0.001 2 E 0.466 0.059 0.295 0.088 0.011 0.045 0.016 0.004 0.007 0.004 0.005 3 W 0.358 0.247 0.148 0.145 0.054 0.015 0.011 0.006 0.012 0.005 0.001 4 E 0.240 0.329 0.166 0.111 0.072 0.034 0.019 0.003 0.024 0.002 0.001 5 M 0.208 0.406 0.228 0.057 0.044 0.029 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 6 G 0.148 0.363 0.160 0.037 0.191 0.032 0.016 0.012 0.024 0.016 0.001 7 L 0.266 0.304 0.173 0.109 0.044 0.054 0.006 0.002 0.035 0.005 0.001 8 Q 0.341 0.187 0.274 0.056 0.037 0.052 0.016 0.003 0.026 0.007 0.001 9 E 0.790 0.029 0.079 0.018 0.015 0.022 0.026 0.007 0.006 0.005 0.001 10 E 0.917 0.010 0.043 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 F 0.961 0.003 0.004 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.970 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.976 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.713 0.004 0.019 0.253 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 18 R 0.396 0.016 0.075 0.172 0.019 0.006 0.253 0.051 0.005 0.006 0.001 19 K 0.307 0.087 0.208 0.267 0.019 0.064 0.028 0.004 0.014 0.001 0.001 20 K 0.019 0.424 0.386 0.057 0.034 0.047 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 21 K 0.013 0.794 0.092 0.017 0.053 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 22 I 0.002 0.847 0.088 0.001 0.038 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 E 0.006 0.845 0.060 0.007 0.025 0.028 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 24 G 0.006 0.655 0.103 0.003 0.200 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 25 R 0.004 0.740 0.124 0.001 0.030 0.033 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 26 L 0.040 0.245 0.573 0.011 0.003 0.101 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 27 Y 0.049 0.389 0.262 0.033 0.128 0.079 0.018 0.002 0.034 0.006 0.001 28 D 0.121 0.117 0.264 0.060 0.065 0.199 0.078 0.006 0.081 0.006 0.002 29 E 0.777 0.029 0.073 0.081 0.011 0.009 0.008 0.003 0.006 0.002 0.001 30 K 0.826 0.020 0.061 0.066 0.003 0.010 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 31 R 0.719 0.039 0.056 0.153 0.007 0.008 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 32 R 0.549 0.092 0.124 0.138 0.030 0.010 0.032 0.010 0.011 0.004 0.001 33 Q 0.468 0.081 0.147 0.194 0.008 0.046 0.039 0.002 0.013 0.001 0.001 34 I 0.117 0.268 0.485 0.049 0.021 0.035 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 35 K 0.015 0.333 0.479 0.001 0.020 0.011 0.005 0.001 0.134 0.001 0.001 36 P 0.065 0.001 0.884 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 37 G 0.022 0.002 0.016 0.012 0.018 0.001 0.012 0.855 0.001 0.062 0.001 38 D 0.016 0.088 0.714 0.037 0.018 0.095 0.011 0.001 0.017 0.001 0.002 39 V 0.007 0.703 0.245 0.006 0.016 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 I 0.008 0.842 0.088 0.008 0.025 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 41 S 0.006 0.775 0.161 0.001 0.023 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 42 F 0.052 0.515 0.262 0.031 0.058 0.056 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 43 E 0.058 0.548 0.114 0.056 0.031 0.017 0.009 0.001 0.160 0.005 0.001 44 G 0.008 0.001 0.017 0.015 0.018 0.001 0.510 0.103 0.001 0.326 0.001 45 G 0.014 0.005 0.049 0.054 0.022 0.004 0.147 0.659 0.001 0.044 0.002 46 K 0.016 0.690 0.231 0.021 0.024 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 47 L 0.003 0.585 0.305 0.002 0.021 0.034 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 48 K 0.008 0.465 0.433 0.005 0.005 0.071 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 49 V 0.001 0.771 0.130 0.001 0.075 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 50 R 0.001 0.531 0.401 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 51 V 0.001 0.226 0.710 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 K 0.437 0.162 0.017 0.361 0.009 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 53 A 0.001 0.640 0.079 0.001 0.269 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 54 I 0.031 0.663 0.207 0.014 0.020 0.033 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 55 R 0.011 0.744 0.097 0.003 0.094 0.015 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 56 V 0.044 0.558 0.295 0.016 0.010 0.047 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 57 Y 0.091 0.192 0.588 0.007 0.020 0.056 0.003 0.001 0.038 0.003 0.001 58 N 0.872 0.005 0.017 0.061 0.007 0.008 0.020 0.004 0.001 0.004 0.001 59 S 0.591 0.123 0.073 0.058 0.115 0.014 0.003 0.003 0.014 0.006 0.001 60 F 0.931 0.009 0.010 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 61 R 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.943 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.932 0.003 0.013 0.034 0.001 0.004 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 65 E 0.908 0.009 0.018 0.052 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.851 0.024 0.050 0.054 0.003 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 67 E 0.809 0.030 0.041 0.080 0.010 0.004 0.009 0.004 0.010 0.002 0.001 68 G 0.885 0.003 0.030 0.008 0.008 0.001 0.005 0.024 0.001 0.035 0.001 69 L 0.928 0.012 0.013 0.038 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.869 0.030 0.030 0.054 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 71 N 0.727 0.040 0.038 0.160 0.008 0.008 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 72 V 0.535 0.075 0.089 0.221 0.010 0.028 0.021 0.002 0.018 0.001 0.001 73 L 0.060 0.262 0.270 0.009 0.014 0.030 0.024 0.001 0.329 0.001 0.001 74 P 0.144 0.001 0.820 0.010 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 75 G 0.071 0.004 0.029 0.060 0.015 0.003 0.046 0.739 0.002 0.030 0.001 76 V 0.176 0.146 0.561 0.035 0.016 0.041 0.005 0.002 0.013 0.003 0.001 77 K 0.330 0.119 0.290 0.165 0.026 0.033 0.017 0.005 0.011 0.003 0.001 78 S 0.343 0.114 0.280 0.041 0.120 0.029 0.010 0.010 0.026 0.025 0.001 79 I 0.929 0.010 0.016 0.034 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.952 0.005 0.010 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.848 0.009 0.026 0.109 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 G 0.851 0.002 0.014 0.016 0.005 0.002 0.025 0.041 0.002 0.042 0.001 83 I 0.973 0.003 0.015 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Q 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 V 0.987 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.949 0.006 0.005 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 R 0.965 0.010 0.011 0.006 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.969 0.006 0.007 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 F 0.762 0.011 0.012 0.208 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 Y 0.435 0.105 0.161 0.138 0.021 0.028 0.021 0.004 0.084 0.003 0.001 91 D 0.358 0.045 0.411 0.046 0.027 0.058 0.022 0.004 0.011 0.016 0.001 92 E 0.954 0.003 0.012 0.024 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 93 E 0.900 0.007 0.019 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 K 0.861 0.025 0.044 0.036 0.004 0.007 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 95 E 0.862 0.008 0.094 0.017 0.002 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 96 K 0.809 0.026 0.066 0.058 0.012 0.013 0.008 0.003 0.003 0.002 0.001 97 K 0.748 0.064 0.059 0.089 0.009 0.016 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 98 Y 0.097 0.070 0.059 0.724 0.017 0.003 0.019 0.003 0.008 0.001 0.001 99 G 0.011 0.006 0.025 0.017 0.045 0.004 0.346 0.450 0.003 0.095 0.001 100 V 0.004 0.686 0.246 0.002 0.048 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 101 V 0.009 0.727 0.163 0.009 0.014 0.045 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 102 A 0.003 0.566 0.357 0.001 0.025 0.029 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 103 I 0.020 0.750 0.143 0.009 0.029 0.026 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 104 E 0.003 0.702 0.195 0.005 0.042 0.037 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 105 I 0.009 0.698 0.159 0.009 0.085 0.014 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 106 E 0.001 0.663 0.182 0.001 0.017 0.014 0.002 0.001 0.121 0.001 0.001 107 P 0.009 0.011 0.918 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 108 L 0.082 0.497 0.233 0.047 0.056 0.055 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 109 E 0.035 0.489 0.308 0.024 0.049 0.051 0.009 0.002 0.031 0.002 0.001 110 Y 0.110 0.384 0.241 0.079 0.103 0.024 0.013 0.007 0.031 0.008 0.001