# TARGET T0214 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.650 0.240 0.083 0.024 0.003 0.001 0.001 2 E 0.646 0.249 0.069 0.027 0.007 0.001 0.001 3 W 0.154 0.205 0.211 0.228 0.156 0.042 0.003 4 E 0.147 0.230 0.233 0.207 0.125 0.053 0.005 5 M 0.042 0.051 0.095 0.201 0.271 0.283 0.057 6 G 0.060 0.096 0.117 0.182 0.254 0.242 0.049 7 L 0.044 0.053 0.096 0.188 0.318 0.264 0.037 8 Q 0.089 0.214 0.260 0.240 0.142 0.050 0.005 9 E 0.381 0.367 0.152 0.073 0.022 0.005 0.001 10 E 0.193 0.334 0.275 0.148 0.041 0.008 0.001 11 F 0.115 0.119 0.156 0.268 0.261 0.078 0.003 12 L 0.221 0.312 0.239 0.154 0.061 0.013 0.001 13 E 0.371 0.367 0.165 0.072 0.021 0.005 0.001 14 L 0.132 0.187 0.224 0.259 0.153 0.043 0.002 15 I 0.059 0.100 0.150 0.260 0.271 0.148 0.012 16 K 0.290 0.285 0.219 0.136 0.054 0.014 0.002 17 L 0.416 0.332 0.151 0.072 0.023 0.005 0.001 18 R 0.278 0.271 0.197 0.162 0.072 0.018 0.001 19 K 0.135 0.303 0.290 0.191 0.065 0.015 0.001 20 K 0.074 0.196 0.206 0.242 0.206 0.070 0.005 21 K 0.018 0.106 0.264 0.342 0.201 0.063 0.006 22 I 0.011 0.015 0.032 0.114 0.297 0.452 0.079 23 E 0.025 0.084 0.152 0.246 0.264 0.196 0.033 24 G 0.022 0.030 0.045 0.095 0.209 0.447 0.151 25 R 0.032 0.070 0.122 0.203 0.278 0.254 0.040 26 L 0.072 0.113 0.134 0.222 0.254 0.184 0.021 27 Y 0.137 0.218 0.230 0.241 0.129 0.041 0.004 28 D 0.297 0.309 0.204 0.127 0.050 0.012 0.001 29 E 0.573 0.259 0.110 0.044 0.011 0.003 0.001 30 K 0.654 0.230 0.069 0.031 0.012 0.004 0.001 31 R 0.343 0.263 0.203 0.119 0.056 0.015 0.001 32 R 0.316 0.312 0.190 0.127 0.044 0.011 0.001 33 Q 0.188 0.264 0.212 0.187 0.111 0.036 0.003 34 I 0.076 0.119 0.213 0.309 0.214 0.065 0.005 35 K 0.292 0.315 0.185 0.129 0.059 0.018 0.002 36 P 0.226 0.271 0.236 0.177 0.069 0.019 0.002 37 G 0.158 0.178 0.208 0.234 0.159 0.058 0.005 38 D 0.099 0.229 0.234 0.236 0.145 0.052 0.005 39 V 0.060 0.204 0.276 0.255 0.148 0.053 0.003 40 I 0.010 0.017 0.043 0.160 0.382 0.368 0.020 41 S 0.060 0.294 0.344 0.226 0.067 0.009 0.001 42 F 0.048 0.117 0.215 0.341 0.227 0.050 0.001 43 E 0.400 0.369 0.149 0.066 0.015 0.002 0.001 44 G 0.447 0.355 0.127 0.054 0.014 0.002 0.001 45 G 0.501 0.345 0.113 0.034 0.006 0.001 0.001 46 K 0.211 0.348 0.248 0.144 0.043 0.006 0.001 47 L 0.039 0.162 0.265 0.312 0.183 0.038 0.001 48 K 0.017 0.177 0.365 0.320 0.105 0.015 0.001 49 V 0.002 0.008 0.026 0.132 0.411 0.399 0.023 50 R 0.010 0.147 0.375 0.337 0.114 0.016 0.001 51 V 0.003 0.014 0.052 0.215 0.427 0.271 0.017 52 K 0.078 0.362 0.308 0.178 0.060 0.014 0.001 53 A 0.073 0.304 0.299 0.216 0.086 0.022 0.001 54 I 0.015 0.057 0.143 0.296 0.342 0.142 0.004 55 R 0.077 0.285 0.296 0.225 0.093 0.024 0.001 56 V 0.166 0.324 0.250 0.166 0.077 0.016 0.001 57 Y 0.098 0.243 0.310 0.245 0.089 0.015 0.001 58 N 0.550 0.333 0.086 0.025 0.006 0.001 0.001 59 S 0.209 0.354 0.257 0.129 0.044 0.007 0.001 60 F 0.062 0.106 0.178 0.331 0.261 0.060 0.002 61 R 0.337 0.411 0.185 0.054 0.011 0.002 0.001 62 E 0.401 0.407 0.141 0.041 0.008 0.002 0.001 63 M 0.095 0.137 0.190 0.283 0.227 0.065 0.003 64 L 0.116 0.179 0.277 0.262 0.131 0.033 0.002 65 E 0.442 0.373 0.129 0.043 0.011 0.003 0.001 66 K 0.370 0.346 0.183 0.076 0.021 0.004 0.001 67 E 0.197 0.214 0.230 0.206 0.115 0.035 0.003 68 G 0.158 0.226 0.232 0.220 0.126 0.034 0.003 69 L 0.235 0.268 0.212 0.167 0.090 0.026 0.002 70 E 0.266 0.252 0.182 0.161 0.093 0.041 0.005 71 N 0.265 0.250 0.212 0.156 0.082 0.032 0.003 72 V 0.253 0.208 0.176 0.181 0.122 0.053 0.006 73 L 0.149 0.128 0.164 0.237 0.208 0.102 0.012 74 P 0.304 0.218 0.163 0.146 0.111 0.052 0.006 75 G 0.359 0.268 0.177 0.119 0.056 0.018 0.002 76 V 0.284 0.240 0.185 0.170 0.085 0.032 0.004 77 K 0.500 0.232 0.114 0.073 0.049 0.028 0.004 78 S 0.179 0.192 0.208 0.209 0.146 0.055 0.010 79 I 0.150 0.222 0.224 0.205 0.135 0.058 0.006 80 E 0.204 0.283 0.236 0.175 0.080 0.020 0.002 81 E 0.410 0.401 0.137 0.040 0.010 0.002 0.001 82 G 0.038 0.099 0.214 0.312 0.255 0.077 0.004 83 I 0.025 0.063 0.129 0.258 0.323 0.187 0.015 84 Q 0.155 0.364 0.281 0.142 0.047 0.011 0.001 85 V 0.088 0.288 0.348 0.203 0.059 0.014 0.001 86 Y 0.013 0.021 0.036 0.117 0.378 0.399 0.035 87 R 0.018 0.064 0.195 0.322 0.276 0.114 0.011 88 R 0.175 0.372 0.260 0.127 0.048 0.017 0.001 89 F 0.021 0.077 0.200 0.345 0.275 0.078 0.004 90 Y 0.021 0.046 0.104 0.239 0.343 0.224 0.023 91 D 0.248 0.318 0.205 0.136 0.069 0.021 0.003 92 E 0.356 0.390 0.164 0.069 0.017 0.003 0.001 93 E 0.209 0.281 0.216 0.193 0.080 0.019 0.002 94 K 0.160 0.236 0.254 0.214 0.112 0.023 0.001 95 E 0.483 0.242 0.126 0.098 0.042 0.009 0.001 96 K 0.578 0.283 0.097 0.033 0.007 0.001 0.001 97 K 0.351 0.311 0.181 0.110 0.039 0.007 0.001 98 Y 0.108 0.188 0.210 0.254 0.180 0.057 0.004 99 G 0.044 0.154 0.217 0.302 0.191 0.084 0.008 100 V 0.021 0.017 0.034 0.099 0.244 0.446 0.140 101 V 0.034 0.062 0.101 0.191 0.271 0.263 0.078 102 A 0.045 0.047 0.076 0.118 0.193 0.358 0.161 103 I 0.017 0.017 0.031 0.094 0.192 0.412 0.237 104 E 0.035 0.073 0.141 0.234 0.256 0.219 0.042 105 I 0.055 0.059 0.100 0.172 0.288 0.273 0.053 106 E 0.086 0.165 0.237 0.274 0.165 0.068 0.006 107 P 0.174 0.187 0.190 0.212 0.165 0.069 0.003 108 L 0.107 0.139 0.193 0.276 0.212 0.071 0.003 109 E 0.545 0.270 0.107 0.058 0.017 0.004 0.001 110 Y 0.583 0.218 0.109 0.056 0.028 0.007 0.001