# TARGET T0214 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0214.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.8102 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.335 0.120 0.018 0.258 0.007 0.013 0.042 0.029 0.047 0.036 2 E 0.197 0.176 0.051 0.013 0.290 0.014 0.029 0.084 0.041 0.037 0.068 3 W 0.124 0.201 0.045 0.009 0.240 0.012 0.023 0.138 0.117 0.047 0.044 4 E 0.163 0.068 0.016 0.008 0.208 0.013 0.051 0.169 0.105 0.127 0.071 5 M 0.116 0.343 0.061 0.006 0.308 0.004 0.012 0.068 0.025 0.026 0.029 6 G 0.101 0.280 0.104 0.008 0.224 0.010 0.018 0.094 0.036 0.063 0.063 7 L 0.135 0.123 0.029 0.007 0.156 0.007 0.018 0.290 0.103 0.063 0.068 8 Q 0.017 0.133 0.094 0.025 0.038 0.021 0.023 0.350 0.148 0.133 0.018 9 E 0.005 0.040 0.024 0.005 0.020 0.005 0.012 0.772 0.107 0.008 0.004 10 E 0.004 0.021 0.012 0.002 0.008 0.002 0.009 0.857 0.067 0.016 0.003 11 F 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.874 0.080 0.035 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.069 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.036 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.930 0.049 0.011 0.001 15 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.875 0.102 0.011 0.001 16 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.725 0.165 0.056 0.002 17 L 0.006 0.404 0.127 0.014 0.066 0.011 0.076 0.178 0.047 0.067 0.005 18 R 0.102 0.102 0.036 0.006 0.092 0.004 0.014 0.047 0.065 0.341 0.190 19 K 0.078 0.371 0.133 0.011 0.264 0.010 0.019 0.027 0.021 0.042 0.022 20 K 0.207 0.159 0.016 0.001 0.591 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.018 21 K 0.180 0.151 0.020 0.003 0.616 0.005 0.008 0.002 0.001 0.002 0.013 22 I 0.225 0.071 0.003 0.001 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 23 E 0.332 0.041 0.006 0.006 0.537 0.005 0.007 0.003 0.002 0.007 0.054 24 G 0.158 0.244 0.043 0.006 0.496 0.004 0.004 0.005 0.002 0.008 0.030 25 R 0.147 0.275 0.039 0.003 0.474 0.002 0.004 0.009 0.003 0.013 0.032 26 L 0.231 0.145 0.024 0.010 0.272 0.021 0.031 0.077 0.038 0.054 0.099 27 Y 0.069 0.124 0.088 0.106 0.145 0.111 0.054 0.052 0.043 0.142 0.066 28 D 0.264 0.109 0.057 0.009 0.383 0.002 0.005 0.027 0.022 0.054 0.068 29 E 0.013 0.029 0.018 0.002 0.020 0.003 0.014 0.471 0.373 0.048 0.007 30 K 0.013 0.082 0.032 0.005 0.036 0.007 0.071 0.491 0.188 0.067 0.009 31 R 0.043 0.019 0.005 0.003 0.044 0.004 0.028 0.399 0.333 0.093 0.029 32 R 0.026 0.305 0.073 0.004 0.152 0.011 0.028 0.234 0.114 0.033 0.019 33 Q 0.159 0.057 0.014 0.001 0.160 0.002 0.012 0.088 0.088 0.338 0.080 34 I 0.304 0.204 0.047 0.004 0.289 0.003 0.005 0.020 0.015 0.032 0.078 35 K 0.003 0.077 0.705 0.168 0.019 0.018 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 36 P 0.001 0.002 0.003 0.014 0.001 0.061 0.769 0.121 0.024 0.002 0.001 37 G 0.027 0.022 0.020 0.012 0.021 0.003 0.001 0.002 0.028 0.639 0.225 38 D 0.199 0.114 0.018 0.003 0.571 0.004 0.009 0.005 0.015 0.029 0.034 39 V 0.245 0.057 0.006 0.001 0.669 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 40 I 0.305 0.068 0.004 0.001 0.595 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 41 S 0.324 0.060 0.004 0.001 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.047 42 F 0.406 0.079 0.088 0.046 0.242 0.017 0.005 0.008 0.004 0.018 0.086 43 E 0.005 0.004 0.016 0.559 0.003 0.316 0.068 0.017 0.006 0.004 0.003 44 G 0.001 0.014 0.037 0.866 0.001 0.047 0.017 0.010 0.003 0.006 0.001 45 G 0.006 0.019 0.030 0.065 0.008 0.014 0.003 0.009 0.036 0.763 0.047 46 K 0.046 0.479 0.093 0.002 0.317 0.003 0.007 0.014 0.021 0.013 0.004 47 L 0.292 0.114 0.016 0.001 0.538 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 48 K 0.379 0.064 0.023 0.025 0.359 0.028 0.048 0.005 0.004 0.014 0.051 49 V 0.166 0.225 0.025 0.002 0.563 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 50 R 0.257 0.110 0.007 0.001 0.600 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 51 V 0.525 0.028 0.004 0.001 0.391 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 52 K 0.064 0.322 0.047 0.011 0.516 0.013 0.013 0.003 0.001 0.002 0.008 53 A 0.531 0.035 0.006 0.001 0.365 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 54 I 0.176 0.122 0.012 0.028 0.390 0.105 0.041 0.027 0.019 0.021 0.060 55 R 0.172 0.235 0.046 0.003 0.506 0.002 0.003 0.007 0.003 0.004 0.019 56 V 0.254 0.059 0.010 0.014 0.147 0.016 0.022 0.173 0.066 0.090 0.149 57 Y 0.023 0.232 0.115 0.177 0.097 0.054 0.031 0.196 0.045 0.022 0.008 58 N 0.054 0.051 0.016 0.015 0.074 0.031 0.056 0.537 0.072 0.042 0.052 59 S 0.032 0.110 0.057 0.010 0.053 0.006 0.020 0.610 0.054 0.034 0.013 60 F 0.020 0.019 0.009 0.003 0.015 0.004 0.004 0.815 0.068 0.033 0.010 61 R 0.003 0.007 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.913 0.057 0.002 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.961 0.022 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.952 0.031 0.007 0.001 64 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.931 0.050 0.010 0.001 65 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.911 0.060 0.004 0.001 66 K 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.006 0.050 0.893 0.027 0.009 0.001 67 E 0.007 0.051 0.038 0.010 0.018 0.010 0.041 0.736 0.056 0.029 0.005 68 G 0.012 0.004 0.004 0.007 0.004 0.008 0.011 0.819 0.072 0.044 0.013 69 L 0.010 0.015 0.003 0.004 0.017 0.007 0.014 0.717 0.172 0.035 0.006 70 E 0.008 0.014 0.006 0.012 0.015 0.033 0.096 0.617 0.181 0.013 0.004 71 N 0.016 0.027 0.014 0.015 0.037 0.016 0.213 0.513 0.105 0.037 0.008 72 V 0.048 0.033 0.012 0.010 0.055 0.043 0.176 0.175 0.114 0.285 0.049 73 L 0.161 0.236 0.093 0.013 0.305 0.005 0.005 0.029 0.024 0.044 0.085 74 P 0.008 0.037 0.025 0.024 0.017 0.100 0.256 0.298 0.181 0.046 0.008 75 G 0.034 0.059 0.053 0.020 0.048 0.007 0.016 0.063 0.107 0.518 0.077 76 V 0.154 0.095 0.021 0.004 0.194 0.008 0.021 0.147 0.156 0.115 0.085 77 K 0.018 0.140 0.105 0.048 0.073 0.069 0.069 0.226 0.121 0.100 0.031 78 S 0.121 0.316 0.091 0.005 0.218 0.002 0.006 0.124 0.031 0.049 0.038 79 I 0.010 0.014 0.006 0.002 0.010 0.002 0.003 0.616 0.248 0.084 0.005 80 E 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.007 0.886 0.083 0.008 0.001 81 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.926 0.055 0.006 0.001 82 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.058 0.026 0.001 83 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.885 0.088 0.014 0.001 84 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.909 0.071 0.006 0.001 85 V 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 0.899 0.052 0.017 0.001 86 Y 0.007 0.012 0.003 0.002 0.011 0.002 0.010 0.618 0.187 0.145 0.004 87 R 0.002 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.774 0.190 0.005 0.001 88 R 0.005 0.010 0.005 0.001 0.010 0.003 0.051 0.836 0.068 0.010 0.002 89 F 0.008 0.012 0.005 0.005 0.014 0.014 0.098 0.510 0.131 0.193 0.009 90 Y 0.060 0.231 0.069 0.015 0.116 0.007 0.024 0.293 0.091 0.066 0.028 91 D 0.008 0.296 0.239 0.023 0.051 0.017 0.023 0.214 0.092 0.032 0.005 92 E 0.009 0.028 0.011 0.002 0.018 0.005 0.046 0.577 0.244 0.053 0.007 93 E 0.069 0.091 0.041 0.012 0.063 0.011 0.045 0.173 0.150 0.264 0.082 94 K 0.007 0.424 0.365 0.041 0.051 0.010 0.008 0.051 0.024 0.015 0.003 95 E 0.044 0.240 0.081 0.026 0.103 0.052 0.104 0.251 0.070 0.015 0.015 96 K 0.044 0.040 0.036 0.014 0.030 0.015 0.070 0.144 0.279 0.251 0.078 97 K 0.069 0.091 0.024 0.011 0.095 0.045 0.238 0.195 0.124 0.083 0.025 98 Y 0.055 0.477 0.112 0.025 0.167 0.004 0.008 0.010 0.015 0.078 0.047 99 G 0.053 0.088 0.175 0.301 0.064 0.080 0.016 0.008 0.013 0.155 0.048 100 V 0.301 0.111 0.008 0.001 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 101 V 0.134 0.118 0.009 0.003 0.717 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 102 A 0.392 0.039 0.005 0.001 0.545 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 103 I 0.234 0.115 0.012 0.004 0.587 0.010 0.004 0.002 0.001 0.002 0.031 104 E 0.292 0.090 0.013 0.001 0.527 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 105 I 0.320 0.123 0.035 0.012 0.378 0.010 0.006 0.004 0.005 0.024 0.084 106 E 0.011 0.601 0.214 0.008 0.157 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 107 P 0.351 0.141 0.024 0.002 0.370 0.002 0.005 0.007 0.003 0.009 0.085 108 L 0.089 0.111 0.027 0.072 0.209 0.163 0.147 0.062 0.057 0.028 0.033 109 E 0.125 0.148 0.066 0.056 0.272 0.071 0.065 0.078 0.052 0.032 0.035 110 Y 0.165 0.162 0.046 0.022 0.254 0.014 0.024 0.083 0.050 0.106 0.074