# TARGET T0213 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0213.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.48963 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.002 0.001 0.009 0.013 0.006 0.962 2 Q 0.018 0.015 0.002 0.015 0.008 0.007 0.934 3 P 0.025 0.017 0.124 0.183 0.100 0.161 0.390 4 N 0.012 0.002 0.199 0.114 0.107 0.365 0.202 5 D 0.057 0.010 0.230 0.167 0.070 0.271 0.195 6 I 0.239 0.035 0.033 0.196 0.061 0.038 0.398 7 T 0.385 0.038 0.014 0.239 0.054 0.025 0.245 8 F 0.237 0.019 0.020 0.591 0.033 0.028 0.072 9 F 0.116 0.004 0.025 0.766 0.020 0.026 0.044 10 Q 0.055 0.002 0.058 0.774 0.034 0.026 0.050 11 R 0.049 0.005 0.098 0.680 0.059 0.046 0.062 12 F 0.051 0.008 0.055 0.714 0.038 0.061 0.072 13 Q 0.008 0.002 0.052 0.857 0.012 0.033 0.035 14 D 0.008 0.001 0.067 0.823 0.022 0.054 0.025 15 D 0.010 0.002 0.118 0.701 0.022 0.115 0.032 16 I 0.026 0.010 0.092 0.656 0.029 0.151 0.036 17 L 0.056 0.014 0.056 0.430 0.090 0.249 0.106 18 A 0.019 0.003 0.038 0.153 0.058 0.689 0.041 19 G 0.036 0.005 0.019 0.026 0.111 0.691 0.113 20 R 0.146 0.020 0.017 0.013 0.194 0.044 0.565 21 K 0.408 0.018 0.015 0.008 0.105 0.027 0.419 22 T 0.583 0.020 0.011 0.007 0.030 0.011 0.338 23 I 0.771 0.015 0.004 0.005 0.024 0.005 0.175 24 T 0.805 0.016 0.004 0.007 0.020 0.007 0.141 25 I 0.670 0.012 0.018 0.024 0.025 0.022 0.229 26 R 0.460 0.032 0.030 0.031 0.110 0.044 0.292 27 D 0.195 0.027 0.063 0.035 0.201 0.068 0.412 28 E 0.038 0.008 0.208 0.063 0.125 0.430 0.129 29 S 0.044 0.013 0.237 0.065 0.102 0.377 0.162 30 E 0.026 0.012 0.458 0.086 0.073 0.193 0.152 31 S 0.041 0.007 0.270 0.076 0.122 0.326 0.159 32 H 0.106 0.027 0.151 0.056 0.110 0.308 0.242 33 F 0.132 0.054 0.013 0.021 0.140 0.030 0.610 34 K 0.158 0.013 0.008 0.015 0.048 0.025 0.734 35 T 0.043 0.009 0.063 0.029 0.080 0.730 0.047 36 G 0.055 0.002 0.060 0.005 0.089 0.701 0.088 37 D 0.225 0.005 0.039 0.005 0.280 0.046 0.398 38 V 0.888 0.015 0.005 0.002 0.017 0.007 0.066 39 L 0.948 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.041 40 R 0.976 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 41 V 0.904 0.003 0.002 0.005 0.004 0.011 0.072 42 G 0.689 0.002 0.005 0.003 0.084 0.058 0.159 43 R 0.827 0.009 0.007 0.004 0.053 0.027 0.073 44 F 0.783 0.051 0.013 0.007 0.025 0.032 0.088 45 E 0.466 0.013 0.066 0.015 0.061 0.173 0.205 46 D 0.123 0.007 0.065 0.009 0.097 0.629 0.069 47 D 0.029 0.002 0.036 0.002 0.135 0.757 0.039 48 G 0.093 0.003 0.021 0.002 0.350 0.350 0.182 49 Y 0.571 0.042 0.010 0.001 0.120 0.046 0.208 50 F 0.909 0.022 0.002 0.001 0.011 0.003 0.053 51 C 0.920 0.002 0.001 0.001 0.015 0.003 0.058 52 T 0.956 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.026 53 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 54 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 55 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 56 T 0.894 0.002 0.001 0.001 0.013 0.008 0.083 57 A 0.851 0.002 0.001 0.001 0.028 0.017 0.102 58 T 0.670 0.013 0.002 0.001 0.079 0.021 0.215 59 S 0.713 0.004 0.002 0.001 0.134 0.012 0.133 60 T 0.593 0.009 0.009 0.002 0.053 0.013 0.322 61 V 0.596 0.030 0.004 0.003 0.069 0.008 0.291 62 T 0.427 0.038 0.009 0.008 0.060 0.008 0.450 63 L 0.019 0.003 0.502 0.350 0.007 0.063 0.055 64 D 0.005 0.001 0.493 0.291 0.022 0.172 0.016 65 T 0.007 0.002 0.548 0.289 0.016 0.114 0.024 66 L 0.053 0.069 0.121 0.445 0.067 0.057 0.189 67 T 0.034 0.011 0.062 0.470 0.042 0.061 0.319 68 E 0.003 0.001 0.049 0.866 0.021 0.047 0.012 69 K 0.002 0.001 0.034 0.883 0.014 0.050 0.015 70 H 0.003 0.002 0.037 0.864 0.015 0.046 0.032 71 A 0.002 0.002 0.033 0.890 0.008 0.030 0.036 72 E 0.001 0.001 0.025 0.916 0.005 0.045 0.008 73 Q 0.002 0.001 0.058 0.807 0.018 0.098 0.016 74 E 0.012 0.006 0.058 0.513 0.051 0.314 0.046 75 N 0.017 0.010 0.038 0.169 0.092 0.564 0.109 76 M 0.034 0.032 0.009 0.056 0.188 0.033 0.648 77 T 0.016 0.045 0.011 0.037 0.030 0.018 0.843 78 L 0.001 0.002 0.082 0.859 0.004 0.013 0.038 79 T 0.001 0.001 0.079 0.904 0.002 0.013 0.002 80 E 0.001 0.001 0.052 0.940 0.001 0.006 0.001 81 L 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.003 0.001 82 K 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.002 0.001 83 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.003 0.001 84 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 85 I 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.008 0.001 86 A 0.001 0.001 0.012 0.963 0.003 0.019 0.001 87 D 0.002 0.001 0.010 0.908 0.003 0.072 0.003 88 I 0.007 0.008 0.006 0.777 0.052 0.089 0.060 89 Y 0.010 0.008 0.002 0.017 0.129 0.029 0.804 90 P 0.005 0.002 0.011 0.007 0.130 0.731 0.114 91 G 0.015 0.003 0.019 0.001 0.198 0.692 0.071 92 Q 0.184 0.010 0.040 0.001 0.197 0.068 0.500 93 T 0.243 0.003 0.013 0.001 0.372 0.055 0.312 94 Q 0.847 0.004 0.007 0.001 0.042 0.008 0.091 95 F 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 96 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 97 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 99 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 100 F 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.041 101 K 0.909 0.003 0.001 0.001 0.023 0.005 0.060 102 C 0.623 0.008 0.001 0.002 0.021 0.009 0.338 103 L 0.145 0.004 0.001 0.001 0.030 0.008 0.812