# TARGET T0213 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0213.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.48963 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.136 0.221 0.115 0.023 0.236 0.017 0.029 0.043 0.040 0.083 0.057 2 Q 0.032 0.393 0.413 0.017 0.106 0.003 0.005 0.013 0.006 0.005 0.008 3 P 0.059 0.159 0.067 0.028 0.115 0.027 0.057 0.207 0.191 0.053 0.038 4 N 0.017 0.081 0.036 0.023 0.043 0.052 0.101 0.237 0.275 0.109 0.025 5 D 0.128 0.040 0.012 0.005 0.147 0.007 0.024 0.107 0.125 0.302 0.103 6 I 0.239 0.131 0.011 0.001 0.488 0.001 0.004 0.029 0.020 0.028 0.046 7 T 0.193 0.151 0.035 0.007 0.388 0.007 0.024 0.066 0.035 0.036 0.059 8 F 0.199 0.159 0.040 0.011 0.267 0.007 0.012 0.149 0.046 0.037 0.074 9 F 0.138 0.161 0.027 0.015 0.260 0.015 0.016 0.159 0.070 0.059 0.079 10 Q 0.057 0.081 0.031 0.024 0.095 0.084 0.126 0.350 0.087 0.029 0.035 11 R 0.057 0.108 0.084 0.029 0.095 0.018 0.066 0.338 0.082 0.089 0.035 12 F 0.039 0.057 0.032 0.020 0.026 0.011 0.026 0.474 0.155 0.132 0.028 13 Q 0.012 0.023 0.006 0.007 0.022 0.008 0.013 0.688 0.201 0.011 0.010 14 D 0.004 0.019 0.004 0.003 0.010 0.009 0.027 0.786 0.132 0.004 0.002 15 D 0.010 0.008 0.006 0.004 0.017 0.006 0.045 0.557 0.188 0.152 0.006 16 I 0.052 0.027 0.008 0.002 0.039 0.006 0.040 0.629 0.131 0.052 0.014 17 L 0.049 0.037 0.018 0.019 0.039 0.041 0.116 0.274 0.133 0.224 0.051 18 A 0.019 0.239 0.132 0.141 0.083 0.069 0.106 0.088 0.038 0.067 0.017 19 G 0.045 0.049 0.057 0.067 0.040 0.020 0.014 0.036 0.075 0.494 0.103 20 R 0.080 0.238 0.133 0.026 0.235 0.019 0.035 0.056 0.056 0.093 0.030 21 K 0.175 0.213 0.037 0.006 0.443 0.007 0.016 0.028 0.016 0.020 0.039 22 T 0.228 0.144 0.032 0.006 0.499 0.007 0.014 0.011 0.009 0.013 0.038 23 I 0.222 0.157 0.018 0.002 0.554 0.003 0.003 0.006 0.004 0.005 0.025 24 T 0.175 0.209 0.028 0.002 0.542 0.001 0.003 0.008 0.003 0.005 0.024 25 I 0.290 0.140 0.031 0.007 0.341 0.008 0.013 0.036 0.016 0.037 0.081 26 R 0.074 0.277 0.120 0.057 0.204 0.034 0.042 0.057 0.032 0.060 0.042 27 D 0.086 0.255 0.160 0.026 0.189 0.011 0.020 0.114 0.056 0.040 0.043 28 E 0.040 0.074 0.040 0.010 0.053 0.017 0.034 0.333 0.250 0.120 0.029 29 S 0.032 0.256 0.086 0.013 0.099 0.008 0.027 0.219 0.150 0.094 0.016 30 E 0.042 0.027 0.009 0.005 0.044 0.007 0.023 0.355 0.366 0.092 0.032 31 S 0.019 0.171 0.068 0.012 0.088 0.019 0.075 0.355 0.146 0.035 0.012 32 H 0.097 0.042 0.013 0.004 0.099 0.008 0.032 0.157 0.116 0.364 0.068 33 F 0.226 0.241 0.075 0.008 0.242 0.005 0.011 0.056 0.029 0.047 0.061 34 K 0.012 0.135 0.620 0.116 0.039 0.031 0.008 0.017 0.009 0.010 0.005 35 T 0.006 0.032 0.027 0.061 0.014 0.091 0.593 0.131 0.032 0.008 0.004 36 G 0.018 0.023 0.015 0.019 0.014 0.008 0.004 0.011 0.056 0.696 0.134 37 D 0.078 0.308 0.054 0.007 0.422 0.007 0.015 0.022 0.027 0.045 0.014 38 V 0.293 0.068 0.006 0.001 0.605 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.016 39 L 0.175 0.170 0.017 0.006 0.601 0.006 0.004 0.002 0.001 0.002 0.015 40 R 0.409 0.059 0.010 0.001 0.441 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.070 41 V 0.320 0.102 0.023 0.016 0.289 0.016 0.013 0.015 0.012 0.048 0.144 42 G 0.109 0.189 0.129 0.080 0.214 0.076 0.063 0.027 0.032 0.045 0.035 43 R 0.169 0.218 0.093 0.016 0.338 0.013 0.021 0.028 0.018 0.033 0.052 44 F 0.200 0.182 0.091 0.035 0.263 0.018 0.016 0.036 0.031 0.066 0.062 45 E 0.126 0.060 0.051 0.158 0.087 0.208 0.090 0.068 0.055 0.039 0.058 46 D 0.018 0.061 0.061 0.356 0.030 0.167 0.109 0.090 0.049 0.044 0.016 47 D 0.027 0.083 0.061 0.125 0.041 0.032 0.033 0.058 0.097 0.390 0.054 48 G 0.052 0.138 0.099 0.074 0.089 0.049 0.027 0.047 0.099 0.280 0.046 49 Y 0.209 0.181 0.038 0.007 0.444 0.007 0.017 0.020 0.016 0.022 0.037 50 F 0.375 0.090 0.035 0.010 0.344 0.009 0.011 0.007 0.007 0.024 0.088 51 C 0.102 0.328 0.053 0.014 0.447 0.011 0.009 0.007 0.003 0.006 0.018 52 T 0.489 0.053 0.009 0.002 0.334 0.001 0.002 0.002 0.002 0.020 0.087 53 I 0.238 0.141 0.012 0.002 0.585 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 54 E 0.101 0.166 0.009 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 V 0.613 0.014 0.003 0.001 0.267 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.095 56 T 0.029 0.083 0.029 0.088 0.140 0.282 0.251 0.054 0.020 0.013 0.011 57 A 0.390 0.077 0.021 0.001 0.365 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.117 58 T 0.246 0.140 0.035 0.027 0.310 0.017 0.009 0.014 0.029 0.061 0.113 59 S 0.035 0.289 0.205 0.082 0.240 0.031 0.033 0.038 0.025 0.014 0.009 60 T 0.301 0.100 0.026 0.005 0.224 0.007 0.018 0.031 0.045 0.087 0.158 61 V 0.066 0.385 0.085 0.019 0.337 0.013 0.019 0.022 0.016 0.020 0.018 62 T 0.134 0.444 0.078 0.001 0.290 0.001 0.001 0.012 0.004 0.007 0.027 63 L 0.043 0.021 0.005 0.005 0.047 0.004 0.004 0.314 0.470 0.054 0.033 64 D 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.017 0.051 0.787 0.126 0.006 0.001 65 T 0.011 0.012 0.005 0.001 0.008 0.001 0.006 0.483 0.157 0.305 0.012 66 L 0.061 0.061 0.017 0.008 0.100 0.009 0.017 0.504 0.087 0.100 0.036 67 T 0.007 0.287 0.209 0.018 0.021 0.010 0.008 0.269 0.056 0.108 0.007 68 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.898 0.076 0.006 0.002 69 K 0.003 0.014 0.004 0.001 0.008 0.002 0.005 0.920 0.036 0.007 0.002 70 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.900 0.051 0.039 0.001 71 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.928 0.054 0.007 0.001 72 E 0.002 0.008 0.003 0.001 0.004 0.002 0.017 0.813 0.119 0.027 0.002 73 Q 0.002 0.005 0.004 0.001 0.005 0.002 0.031 0.822 0.102 0.025 0.001 74 E 0.011 0.282 0.073 0.009 0.074 0.016 0.062 0.405 0.050 0.013 0.004 75 N 0.078 0.014 0.004 0.003 0.032 0.003 0.012 0.091 0.053 0.527 0.183 76 M 0.037 0.557 0.132 0.002 0.193 0.001 0.003 0.040 0.013 0.014 0.008 77 T 0.019 0.640 0.150 0.001 0.071 0.001 0.002 0.074 0.014 0.021 0.006 78 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.819 0.166 0.004 0.001 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.943 0.048 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.051 0.011 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.087 0.008 0.001 82 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 83 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 84 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.013 0.001 0.001 85 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.083 0.006 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.855 0.124 0.001 0.001 87 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.870 0.052 0.013 0.001 88 I 0.007 0.012 0.008 0.009 0.012 0.041 0.254 0.388 0.131 0.130 0.009 89 Y 0.203 0.094 0.043 0.014 0.157 0.010 0.019 0.149 0.091 0.100 0.121 90 P 0.007 0.095 0.049 0.031 0.028 0.098 0.133 0.360 0.174 0.021 0.003 91 G 0.026 0.027 0.029 0.018 0.020 0.008 0.026 0.041 0.087 0.649 0.069 92 Q 0.153 0.161 0.051 0.017 0.231 0.021 0.052 0.063 0.085 0.083 0.083 93 T 0.028 0.060 0.009 0.012 0.088 0.058 0.138 0.230 0.194 0.147 0.036 94 Q 0.265 0.093 0.023 0.009 0.382 0.008 0.020 0.021 0.034 0.095 0.051 95 F 0.237 0.062 0.004 0.001 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 96 Y 0.104 0.099 0.004 0.001 0.783 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 97 V 0.476 0.021 0.002 0.001 0.451 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 98 I 0.215 0.114 0.015 0.017 0.521 0.035 0.034 0.006 0.001 0.007 0.037 99 E 0.349 0.075 0.007 0.002 0.499 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.056 100 F 0.289 0.107 0.015 0.005 0.490 0.005 0.002 0.006 0.007 0.015 0.058 101 K 0.175 0.182 0.022 0.006 0.516 0.007 0.014 0.017 0.012 0.021 0.028 102 C 0.364 0.119 0.026 0.005 0.335 0.005 0.010 0.018 0.010 0.023 0.085 103 L 0.087 0.174 0.055 0.070 0.186 0.076 0.082 0.092 0.060 0.072 0.045