# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.613 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.418 0.130 0.148 0.138 0.055 0.021 0.044 0.019 0.020 0.007 0.001 2 A 0.508 0.128 0.239 0.052 0.033 0.014 0.007 0.003 0.009 0.006 0.001 3 D 0.544 0.036 0.091 0.278 0.014 0.015 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 4 S 0.212 0.142 0.312 0.194 0.060 0.022 0.021 0.013 0.013 0.011 0.001 5 E 0.058 0.265 0.385 0.003 0.023 0.012 0.013 0.001 0.236 0.003 0.001 6 P 0.396 0.001 0.510 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 7 N 0.285 0.035 0.137 0.273 0.028 0.096 0.062 0.046 0.034 0.003 0.001 8 A 0.450 0.115 0.237 0.104 0.028 0.037 0.008 0.005 0.013 0.003 0.001 9 Q 0.663 0.080 0.075 0.140 0.013 0.012 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 10 S 0.575 0.070 0.099 0.141 0.069 0.008 0.018 0.010 0.005 0.005 0.001 11 S 0.517 0.099 0.105 0.078 0.124 0.012 0.016 0.029 0.007 0.013 0.001 12 F 0.733 0.085 0.051 0.079 0.021 0.012 0.004 0.002 0.012 0.002 0.001 13 A 0.718 0.079 0.107 0.059 0.012 0.014 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 14 Q 0.712 0.057 0.053 0.121 0.014 0.016 0.013 0.002 0.010 0.001 0.001 15 E 0.480 0.148 0.210 0.085 0.033 0.016 0.015 0.002 0.009 0.002 0.001 16 K 0.324 0.138 0.237 0.203 0.012 0.031 0.017 0.002 0.032 0.001 0.002 17 L 0.031 0.237 0.553 0.005 0.028 0.022 0.014 0.001 0.107 0.002 0.001 18 P 0.132 0.018 0.749 0.019 0.001 0.048 0.002 0.001 0.003 0.001 0.027 19 V 0.082 0.370 0.392 0.034 0.066 0.025 0.007 0.003 0.017 0.003 0.001 20 K 0.078 0.322 0.443 0.041 0.013 0.062 0.006 0.001 0.033 0.001 0.002 21 L 0.011 0.376 0.445 0.015 0.060 0.036 0.009 0.001 0.046 0.001 0.001 22 T 0.018 0.253 0.640 0.010 0.014 0.051 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 23 V 0.007 0.749 0.140 0.004 0.024 0.038 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 24 E 0.009 0.505 0.402 0.008 0.017 0.039 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 25 F 0.017 0.404 0.306 0.027 0.126 0.072 0.013 0.003 0.027 0.005 0.001 26 T 0.028 0.181 0.527 0.003 0.195 0.032 0.001 0.001 0.025 0.008 0.001 27 E 0.983 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.935 0.001 0.005 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 29 A 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.980 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 K 0.980 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 K 0.921 0.004 0.007 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 R 0.805 0.012 0.032 0.127 0.002 0.006 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 37 E 0.821 0.019 0.039 0.063 0.006 0.011 0.027 0.005 0.006 0.002 0.001 38 E 0.648 0.026 0.055 0.208 0.013 0.013 0.026 0.006 0.005 0.002 0.001 39 K 0.391 0.043 0.120 0.369 0.007 0.039 0.015 0.002 0.013 0.001 0.001 40 R 0.190 0.132 0.447 0.011 0.027 0.020 0.011 0.002 0.147 0.014 0.001 41 P 0.864 0.001 0.096 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 42 H 0.708 0.012 0.060 0.125 0.004 0.051 0.010 0.006 0.020 0.003 0.001 43 L 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 V 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.974 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.928 0.004 0.007 0.057 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 Q 0.167 0.021 0.025 0.766 0.002 0.008 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 54 D 0.011 0.092 0.236 0.002 0.013 0.064 0.069 0.001 0.511 0.002 0.001 55 P 0.627 0.002 0.226 0.082 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 56 R 0.232 0.109 0.488 0.008 0.057 0.015 0.012 0.005 0.056 0.017 0.001 57 P 0.457 0.007 0.427 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 58 A 0.745 0.022 0.140 0.046 0.016 0.005 0.007 0.010 0.003 0.006 0.001 59 Y 0.617 0.046 0.097 0.160 0.036 0.014 0.012 0.008 0.005 0.003 0.001 60 Q 0.428 0.207 0.155 0.114 0.012 0.046 0.008 0.001 0.027 0.001 0.001 61 Q 0.167 0.135 0.220 0.357 0.022 0.022 0.038 0.003 0.035 0.003 0.001 62 G 0.044 0.009 0.072 0.032 0.046 0.007 0.136 0.540 0.002 0.111 0.002 63 K 0.042 0.408 0.409 0.005 0.030 0.016 0.004 0.001 0.085 0.001 0.001 64 P 0.102 0.007 0.817 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 65 S 0.453 0.045 0.311 0.079 0.050 0.014 0.012 0.014 0.003 0.017 0.001 66 D 0.214 0.103 0.128 0.321 0.098 0.021 0.049 0.039 0.019 0.007 0.001 67 R 0.045 0.470 0.342 0.030 0.043 0.035 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 68 I 0.050 0.461 0.400 0.013 0.009 0.051 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 69 Y 0.040 0.653 0.074 0.064 0.133 0.011 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 70 G 0.015 0.360 0.166 0.012 0.383 0.016 0.013 0.007 0.013 0.014 0.001 71 M 0.009 0.768 0.110 0.003 0.084 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 72 S 0.015 0.464 0.307 0.004 0.012 0.131 0.003 0.001 0.063 0.001 0.001 73 L 0.050 0.477 0.302 0.014 0.018 0.088 0.002 0.001 0.046 0.001 0.002 74 Y 0.063 0.609 0.106 0.030 0.138 0.023 0.010 0.001 0.018 0.003 0.001 75 E 0.071 0.316 0.253 0.051 0.143 0.071 0.058 0.006 0.023 0.004 0.003 76 F 0.025 0.548 0.144 0.056 0.192 0.010 0.009 0.002 0.011 0.002 0.001 77 N 0.020 0.277 0.164 0.056 0.066 0.120 0.205 0.005 0.085 0.002 0.001 78 V 0.004 0.743 0.190 0.003 0.035 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 79 K 0.010 0.823 0.101 0.010 0.015 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 80 W 0.003 0.702 0.208 0.002 0.052 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 81 R 0.004 0.709 0.189 0.001 0.014 0.049 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 82 I 0.012 0.535 0.355 0.003 0.013 0.048 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 83 K 0.118 0.222 0.514 0.034 0.006 0.077 0.002 0.001 0.023 0.001 0.002 84 A 0.147 0.180 0.258 0.120 0.142 0.015 0.094 0.010 0.021 0.011 0.001 85 G 0.051 0.018 0.039 0.027 0.130 0.002 0.108 0.396 0.002 0.229 0.001 86 T 0.097 0.313 0.294 0.144 0.054 0.061 0.011 0.003 0.019 0.002 0.003 87 V 0.032 0.590 0.223 0.037 0.083 0.014 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 88 N 0.017 0.546 0.244 0.018 0.105 0.043 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 89 C 0.028 0.718 0.171 0.004 0.051 0.021 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 V 0.172 0.614 0.043 0.099 0.052 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 91 E 0.005 0.683 0.244 0.001 0.047 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 92 V 0.017 0.784 0.141 0.002 0.007 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 93 I 0.052 0.808 0.052 0.015 0.036 0.008 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 94 E 0.019 0.401 0.482 0.004 0.032 0.045 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 95 I 0.101 0.547 0.222 0.046 0.017 0.037 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 96 E 0.114 0.369 0.333 0.028 0.056 0.040 0.012 0.001 0.039 0.007 0.001 97 K 0.273 0.134 0.379 0.113 0.032 0.029 0.014 0.004 0.014 0.007 0.001 98 D 0.128 0.076 0.203 0.247 0.047 0.068 0.149 0.035 0.038 0.008 0.001 99 K 0.290 0.152 0.225 0.134 0.049 0.024 0.067 0.027 0.016 0.017 0.001