# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.117 0.138 0.094 0.064 0.159 0.051 0.041 0.086 0.099 0.091 0.060 2 A 0.149 0.130 0.032 0.012 0.239 0.010 0.019 0.104 0.125 0.116 0.064 3 D 0.075 0.040 0.018 0.016 0.084 0.018 0.052 0.150 0.184 0.292 0.070 4 S 0.043 0.248 0.211 0.080 0.119 0.012 0.016 0.098 0.068 0.081 0.022 5 E 0.082 0.310 0.180 0.022 0.184 0.005 0.009 0.109 0.041 0.034 0.024 6 P 0.021 0.057 0.027 0.017 0.040 0.051 0.122 0.485 0.152 0.019 0.010 7 N 0.053 0.071 0.052 0.019 0.075 0.010 0.018 0.309 0.163 0.166 0.064 8 A 0.136 0.062 0.030 0.016 0.106 0.014 0.026 0.348 0.110 0.093 0.060 9 Q 0.024 0.066 0.059 0.037 0.052 0.051 0.087 0.426 0.114 0.073 0.010 10 S 0.042 0.106 0.038 0.047 0.070 0.021 0.037 0.389 0.129 0.096 0.024 11 S 0.031 0.065 0.102 0.138 0.056 0.048 0.032 0.249 0.067 0.169 0.043 12 F 0.102 0.074 0.034 0.017 0.111 0.018 0.039 0.389 0.092 0.070 0.055 13 A 0.121 0.083 0.036 0.012 0.138 0.008 0.015 0.309 0.111 0.112 0.054 14 Q 0.027 0.191 0.072 0.053 0.078 0.049 0.105 0.295 0.077 0.044 0.009 15 E 0.058 0.198 0.233 0.043 0.097 0.008 0.017 0.101 0.058 0.151 0.036 16 K 0.032 0.310 0.383 0.034 0.088 0.014 0.032 0.068 0.018 0.012 0.010 17 L 0.054 0.448 0.143 0.009 0.181 0.007 0.017 0.069 0.028 0.022 0.022 18 P 0.083 0.249 0.105 0.019 0.192 0.024 0.029 0.096 0.114 0.058 0.031 19 V 0.069 0.195 0.112 0.017 0.183 0.018 0.045 0.182 0.109 0.050 0.020 20 K 0.234 0.046 0.015 0.006 0.158 0.012 0.057 0.092 0.083 0.184 0.114 21 L 0.029 0.554 0.091 0.020 0.231 0.010 0.007 0.018 0.016 0.017 0.007 22 T 0.244 0.079 0.007 0.001 0.604 0.002 0.004 0.013 0.010 0.008 0.029 23 V 0.303 0.087 0.009 0.003 0.503 0.007 0.006 0.010 0.011 0.012 0.048 24 E 0.190 0.206 0.031 0.003 0.472 0.003 0.011 0.010 0.006 0.013 0.056 25 F 0.126 0.303 0.138 0.016 0.212 0.004 0.002 0.004 0.008 0.082 0.104 26 T 0.007 0.550 0.317 0.023 0.082 0.002 0.001 0.008 0.004 0.002 0.003 27 E 0.004 0.004 0.003 0.004 0.006 0.006 0.009 0.726 0.217 0.017 0.004 28 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.889 0.093 0.007 0.001 29 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.908 0.059 0.025 0.001 30 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.920 0.062 0.007 0.001 31 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.916 0.047 0.010 0.004 32 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.807 0.107 0.060 0.004 33 V 0.003 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.804 0.140 0.024 0.004 34 K 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.035 0.814 0.119 0.013 0.003 35 K 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.006 0.038 0.639 0.152 0.145 0.005 36 R 0.030 0.058 0.016 0.004 0.050 0.004 0.026 0.479 0.173 0.127 0.032 37 E 0.006 0.037 0.011 0.007 0.017 0.018 0.103 0.537 0.205 0.051 0.007 38 E 0.017 0.036 0.021 0.011 0.032 0.011 0.073 0.371 0.153 0.250 0.026 39 K 0.038 0.140 0.105 0.028 0.087 0.025 0.075 0.278 0.097 0.103 0.024 40 R 0.061 0.166 0.101 0.025 0.111 0.019 0.034 0.309 0.087 0.061 0.027 41 P 0.008 0.083 0.054 0.017 0.029 0.043 0.070 0.533 0.126 0.029 0.009 42 H 0.045 0.072 0.028 0.002 0.076 0.002 0.009 0.519 0.120 0.096 0.032 43 L 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.741 0.208 0.029 0.002 44 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.905 0.081 0.002 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.052 0.003 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.047 0.003 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.079 0.002 0.001 48 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.926 0.061 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.918 0.055 0.008 0.001 50 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 0.830 0.136 0.011 0.001 51 L 0.002 0.007 0.002 0.002 0.005 0.004 0.038 0.715 0.199 0.025 0.001 52 E 0.003 0.022 0.008 0.006 0.010 0.023 0.225 0.568 0.089 0.042 0.002 53 Q 0.035 0.074 0.041 0.027 0.056 0.061 0.107 0.183 0.112 0.250 0.054 54 D 0.192 0.166 0.055 0.011 0.275 0.006 0.023 0.104 0.062 0.039 0.065 55 P 0.031 0.107 0.071 0.021 0.080 0.013 0.019 0.257 0.217 0.161 0.022 56 R 0.058 0.250 0.066 0.013 0.183 0.017 0.043 0.244 0.073 0.035 0.018 57 P 0.093 0.163 0.082 0.018 0.162 0.010 0.013 0.184 0.127 0.098 0.049 58 A 0.035 0.066 0.048 0.022 0.078 0.045 0.136 0.334 0.138 0.080 0.019 59 Y 0.167 0.105 0.043 0.011 0.202 0.009 0.017 0.163 0.082 0.133 0.068 60 Q 0.090 0.179 0.081 0.034 0.182 0.035 0.043 0.167 0.068 0.080 0.040 61 Q 0.070 0.253 0.118 0.042 0.191 0.031 0.041 0.126 0.052 0.047 0.027 62 G 0.096 0.161 0.100 0.036 0.169 0.014 0.028 0.114 0.077 0.145 0.059 63 K 0.060 0.256 0.192 0.043 0.128 0.023 0.051 0.117 0.056 0.050 0.023 64 P 0.078 0.225 0.206 0.053 0.159 0.029 0.039 0.076 0.044 0.051 0.040 65 S 0.039 0.187 0.071 0.045 0.093 0.055 0.111 0.200 0.143 0.038 0.018 66 D 0.051 0.059 0.034 0.021 0.067 0.033 0.063 0.108 0.164 0.341 0.059 67 R 0.127 0.260 0.094 0.013 0.329 0.008 0.017 0.040 0.034 0.049 0.030 68 I 0.408 0.060 0.012 0.006 0.353 0.009 0.012 0.020 0.015 0.022 0.082 69 Y 0.119 0.234 0.087 0.060 0.366 0.035 0.014 0.017 0.011 0.027 0.029 70 G 0.395 0.061 0.011 0.003 0.419 0.002 0.003 0.006 0.004 0.019 0.077 71 M 0.256 0.184 0.014 0.005 0.495 0.005 0.003 0.004 0.002 0.005 0.026 72 S 0.217 0.189 0.024 0.003 0.524 0.003 0.003 0.004 0.001 0.003 0.029 73 L 0.421 0.043 0.013 0.016 0.267 0.018 0.011 0.037 0.028 0.029 0.117 74 Y 0.021 0.085 0.074 0.252 0.055 0.178 0.146 0.107 0.060 0.018 0.006 75 E 0.126 0.060 0.031 0.026 0.114 0.024 0.055 0.081 0.096 0.237 0.149 76 F 0.180 0.261 0.034 0.009 0.381 0.006 0.005 0.008 0.018 0.041 0.059 77 N 0.213 0.078 0.022 0.033 0.381 0.046 0.049 0.017 0.020 0.058 0.082 78 V 0.467 0.041 0.003 0.001 0.420 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.050 79 K 0.249 0.079 0.014 0.020 0.560 0.015 0.010 0.005 0.003 0.009 0.035 80 W 0.322 0.074 0.007 0.001 0.559 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 81 R 0.233 0.142 0.016 0.001 0.546 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 82 I 0.228 0.268 0.078 0.012 0.346 0.007 0.005 0.011 0.003 0.007 0.035 83 K 0.068 0.042 0.036 0.082 0.065 0.156 0.152 0.175 0.093 0.081 0.050 84 A 0.015 0.126 0.185 0.316 0.054 0.125 0.051 0.062 0.038 0.022 0.005 85 G 0.015 0.034 0.027 0.062 0.023 0.061 0.137 0.211 0.201 0.205 0.025 86 T 0.121 0.190 0.065 0.011 0.258 0.008 0.026 0.044 0.068 0.140 0.069 87 V 0.255 0.125 0.008 0.001 0.571 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.028 88 N 0.220 0.110 0.011 0.003 0.627 0.005 0.005 0.003 0.001 0.003 0.014 89 C 0.584 0.020 0.002 0.001 0.332 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 90 V 0.205 0.214 0.028 0.029 0.453 0.031 0.008 0.004 0.001 0.003 0.026 91 E 0.143 0.237 0.031 0.002 0.557 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.019 92 V 0.609 0.015 0.001 0.001 0.281 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.079 93 I 0.082 0.217 0.044 0.077 0.395 0.091 0.036 0.020 0.009 0.013 0.017 94 E 0.312 0.107 0.031 0.001 0.464 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.069 95 I 0.204 0.170 0.058 0.019 0.216 0.012 0.015 0.045 0.051 0.107 0.103 96 E 0.021 0.308 0.323 0.123 0.086 0.040 0.038 0.031 0.014 0.010 0.007 97 K 0.048 0.111 0.075 0.102 0.069 0.096 0.127 0.156 0.113 0.072 0.032 98 D 0.042 0.080 0.110 0.084 0.074 0.038 0.038 0.090 0.096 0.270 0.078 99 K 0.054 0.159 0.109 0.050 0.109 0.039 0.048 0.134 0.119 0.138 0.041