# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.373 0.264 0.191 0.115 0.044 0.012 0.001 2 A 0.393 0.155 0.132 0.154 0.113 0.046 0.006 3 D 0.517 0.264 0.118 0.066 0.027 0.008 0.001 4 S 0.523 0.191 0.120 0.092 0.052 0.018 0.003 5 E 0.410 0.277 0.154 0.099 0.043 0.014 0.003 6 P 0.544 0.245 0.129 0.061 0.016 0.003 0.001 7 N 0.566 0.258 0.108 0.046 0.017 0.004 0.001 8 A 0.306 0.196 0.156 0.159 0.127 0.050 0.005 9 Q 0.325 0.298 0.213 0.118 0.036 0.008 0.001 10 S 0.590 0.248 0.098 0.043 0.015 0.005 0.001 11 S 0.451 0.267 0.147 0.092 0.034 0.008 0.001 12 F 0.372 0.196 0.155 0.147 0.092 0.033 0.004 13 A 0.420 0.207 0.145 0.136 0.071 0.019 0.002 14 Q 0.444 0.312 0.143 0.071 0.024 0.005 0.001 15 E 0.344 0.290 0.181 0.122 0.050 0.012 0.001 16 K 0.331 0.292 0.182 0.127 0.054 0.014 0.001 17 L 0.423 0.244 0.174 0.120 0.034 0.005 0.001 18 P 0.659 0.260 0.060 0.017 0.004 0.001 0.001 19 V 0.456 0.289 0.159 0.077 0.017 0.002 0.001 20 K 0.467 0.363 0.123 0.038 0.008 0.001 0.001 21 L 0.032 0.072 0.149 0.311 0.335 0.098 0.003 22 T 0.061 0.270 0.362 0.239 0.059 0.009 0.001 23 V 0.017 0.048 0.088 0.240 0.379 0.218 0.010 24 E 0.021 0.175 0.350 0.299 0.126 0.028 0.001 25 F 0.007 0.038 0.098 0.327 0.400 0.125 0.004 26 T 0.096 0.390 0.316 0.146 0.044 0.008 0.001 27 E 0.420 0.429 0.118 0.027 0.005 0.001 0.001 28 Q 0.097 0.377 0.351 0.140 0.030 0.005 0.001 29 A 0.006 0.024 0.072 0.243 0.479 0.171 0.005 30 K 0.042 0.261 0.388 0.243 0.059 0.007 0.001 31 S 0.183 0.614 0.168 0.030 0.004 0.001 0.001 32 A 0.019 0.096 0.281 0.382 0.193 0.029 0.001 33 V 0.010 0.031 0.098 0.352 0.430 0.077 0.001 34 K 0.192 0.439 0.262 0.089 0.016 0.002 0.001 35 K 0.454 0.413 0.111 0.020 0.002 0.001 0.001 36 R 0.098 0.236 0.298 0.271 0.087 0.009 0.001 37 E 0.419 0.318 0.172 0.072 0.017 0.002 0.001 38 E 0.787 0.165 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 39 K 0.410 0.286 0.184 0.094 0.023 0.003 0.001 40 R 0.310 0.311 0.223 0.121 0.032 0.004 0.001 41 P 0.513 0.335 0.102 0.037 0.011 0.002 0.001 42 H 0.182 0.284 0.255 0.196 0.070 0.012 0.001 43 L 0.026 0.069 0.134 0.283 0.352 0.130 0.006 44 S 0.027 0.172 0.301 0.317 0.154 0.027 0.001 45 R 0.078 0.250 0.298 0.256 0.098 0.020 0.001 46 F 0.015 0.036 0.062 0.167 0.358 0.326 0.036 47 I 0.005 0.008 0.015 0.065 0.243 0.533 0.131 48 R 0.033 0.142 0.267 0.327 0.174 0.053 0.004 49 Q 0.047 0.136 0.241 0.298 0.198 0.074 0.007 50 V 0.013 0.017 0.026 0.078 0.223 0.479 0.164 51 L 0.023 0.036 0.075 0.175 0.280 0.321 0.090 52 E 0.116 0.234 0.220 0.207 0.124 0.070 0.029 53 Q 0.155 0.180 0.176 0.192 0.167 0.096 0.034 54 D 0.091 0.111 0.156 0.187 0.184 0.203 0.068 55 P 0.149 0.135 0.147 0.208 0.199 0.136 0.026 56 R 0.171 0.157 0.158 0.210 0.205 0.086 0.014 57 P 0.235 0.190 0.189 0.185 0.126 0.065 0.010 58 A 0.142 0.162 0.185 0.243 0.184 0.079 0.006 59 Y 0.108 0.138 0.206 0.275 0.212 0.058 0.003 60 Q 0.290 0.284 0.199 0.147 0.069 0.011 0.001 61 Q 0.604 0.254 0.098 0.036 0.007 0.001 0.001 62 G 0.726 0.184 0.060 0.024 0.006 0.001 0.001 63 K 0.824 0.138 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 64 P 0.817 0.127 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 65 S 0.807 0.137 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 66 D 0.692 0.219 0.062 0.020 0.005 0.001 0.001 67 R 0.226 0.326 0.227 0.160 0.054 0.007 0.001 68 I 0.062 0.198 0.265 0.297 0.142 0.034 0.002 69 Y 0.017 0.044 0.085 0.217 0.348 0.261 0.028 70 G 0.019 0.066 0.113 0.236 0.309 0.227 0.030 71 M 0.030 0.036 0.053 0.134 0.251 0.400 0.097 72 S 0.029 0.088 0.161 0.273 0.252 0.168 0.029 73 L 0.016 0.029 0.045 0.098 0.207 0.454 0.152 74 Y 0.015 0.045 0.085 0.197 0.312 0.274 0.073 75 E 0.041 0.184 0.244 0.250 0.162 0.099 0.019 76 F 0.011 0.047 0.126 0.262 0.315 0.204 0.034 77 N 0.040 0.179 0.260 0.256 0.175 0.080 0.011 78 V 0.004 0.019 0.052 0.150 0.338 0.392 0.045 79 K 0.006 0.055 0.220 0.381 0.249 0.083 0.005 80 W 0.003 0.006 0.016 0.067 0.263 0.566 0.078 81 R 0.014 0.131 0.282 0.344 0.180 0.046 0.002 82 I 0.011 0.037 0.101 0.274 0.396 0.175 0.007 83 K 0.169 0.402 0.254 0.138 0.032 0.005 0.001 84 A 0.486 0.348 0.117 0.041 0.008 0.001 0.001 85 G 0.557 0.322 0.089 0.026 0.006 0.001 0.001 86 T 0.311 0.311 0.199 0.127 0.045 0.008 0.001 87 V 0.158 0.200 0.254 0.229 0.127 0.030 0.001 88 N 0.171 0.289 0.247 0.187 0.082 0.023 0.001 89 C 0.054 0.108 0.181 0.290 0.263 0.097 0.006 90 V 0.081 0.130 0.189 0.245 0.237 0.107 0.011 91 E 0.075 0.186 0.274 0.276 0.138 0.047 0.004 92 V 0.043 0.042 0.108 0.255 0.354 0.186 0.011 93 I 0.107 0.164 0.210 0.262 0.186 0.064 0.006 94 E 0.345 0.340 0.206 0.075 0.027 0.006 0.001 95 I 0.121 0.128 0.196 0.318 0.203 0.033 0.001 96 E 0.549 0.306 0.105 0.032 0.006 0.001 0.001 97 K 0.756 0.158 0.060 0.022 0.004 0.001 0.001 98 D 0.900 0.080 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 99 K 0.894 0.084 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001