# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8175 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.035 0.015 0.020 0.038 0.241 0.650 2 A 0.068 0.021 0.058 0.067 0.306 0.479 3 D 0.059 0.032 0.059 0.068 0.333 0.449 4 S 0.054 0.045 0.052 0.139 0.290 0.419 5 E 0.037 0.021 0.030 0.099 0.373 0.441 6 P 0.016 0.004 0.120 0.319 0.365 0.176 7 N 0.023 0.011 0.116 0.267 0.415 0.168 8 A 0.030 0.026 0.162 0.451 0.238 0.093 9 Q 0.037 0.017 0.114 0.547 0.159 0.127 10 S 0.030 0.006 0.125 0.547 0.164 0.128 11 S 0.049 0.008 0.143 0.452 0.179 0.170 12 F 0.064 0.018 0.132 0.486 0.160 0.140 13 A 0.046 0.009 0.188 0.392 0.212 0.153 14 Q 0.037 0.007 0.196 0.348 0.232 0.179 15 E 0.045 0.008 0.129 0.331 0.252 0.235 16 K 0.035 0.010 0.058 0.070 0.363 0.464 17 L 0.015 0.004 0.017 0.008 0.301 0.656 18 P 0.031 0.005 0.018 0.001 0.286 0.659 19 V 0.196 0.011 0.011 0.001 0.250 0.531 20 K 0.554 0.005 0.003 0.001 0.086 0.352 21 L 0.896 0.003 0.001 0.001 0.016 0.084 22 T 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 23 V 0.982 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 24 E 0.964 0.001 0.001 0.006 0.004 0.025 25 F 0.669 0.003 0.001 0.021 0.023 0.284 26 T 0.139 0.003 0.002 0.061 0.069 0.726 27 E 0.009 0.001 0.052 0.721 0.116 0.101 28 Q 0.002 0.001 0.053 0.863 0.062 0.018 29 A 0.001 0.001 0.027 0.935 0.029 0.008 30 K 0.002 0.001 0.012 0.965 0.014 0.007 31 S 0.001 0.001 0.005 0.976 0.010 0.007 32 A 0.001 0.001 0.006 0.969 0.012 0.011 33 V 0.001 0.001 0.007 0.968 0.012 0.011 34 K 0.002 0.001 0.011 0.958 0.015 0.014 35 K 0.001 0.001 0.013 0.942 0.019 0.024 36 R 0.001 0.001 0.025 0.888 0.040 0.045 37 E 0.001 0.001 0.051 0.793 0.089 0.064 38 E 0.002 0.002 0.061 0.656 0.147 0.132 39 K 0.002 0.005 0.029 0.465 0.170 0.328 40 R 0.002 0.005 0.008 0.085 0.271 0.629 41 P 0.001 0.002 0.042 0.621 0.158 0.177 42 H 0.002 0.002 0.038 0.763 0.080 0.115 43 L 0.001 0.001 0.010 0.979 0.006 0.005 44 S 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.006 45 R 0.002 0.001 0.002 0.988 0.005 0.003 46 F 0.005 0.001 0.003 0.985 0.005 0.002 47 I 0.003 0.001 0.003 0.991 0.002 0.001 48 R 0.002 0.001 0.003 0.991 0.002 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.002 50 V 0.002 0.001 0.006 0.973 0.005 0.013 51 L 0.003 0.001 0.013 0.943 0.011 0.028 52 E 0.007 0.002 0.023 0.848 0.035 0.084 53 Q 0.008 0.004 0.013 0.832 0.036 0.107 54 D 0.005 0.008 0.004 0.612 0.070 0.300 55 P 0.002 0.005 0.018 0.643 0.081 0.252 56 R 0.008 0.004 0.032 0.167 0.202 0.587 57 P 0.015 0.005 0.221 0.374 0.216 0.168 58 A 0.024 0.010 0.256 0.376 0.174 0.160 59 Y 0.075 0.047 0.157 0.363 0.175 0.183 60 Q 0.090 0.037 0.046 0.253 0.501 0.074 61 Q 0.045 0.009 0.018 0.112 0.615 0.200 62 G 0.008 0.004 0.009 0.022 0.603 0.354 63 K 0.023 0.028 0.007 0.006 0.646 0.290 64 P 0.026 0.020 0.016 0.012 0.477 0.449 65 S 0.041 0.017 0.038 0.022 0.606 0.276 66 D 0.112 0.007 0.033 0.013 0.495 0.340 67 R 0.528 0.020 0.023 0.014 0.181 0.234 68 I 0.812 0.007 0.007 0.006 0.066 0.101 69 Y 0.903 0.004 0.004 0.005 0.033 0.051 70 G 0.920 0.002 0.002 0.003 0.023 0.050 71 M 0.939 0.002 0.001 0.001 0.015 0.043 72 S 0.916 0.003 0.003 0.002 0.017 0.059 73 L 0.852 0.003 0.032 0.005 0.043 0.065 74 Y 0.781 0.002 0.063 0.007 0.062 0.085 75 E 0.813 0.003 0.046 0.007 0.058 0.073 76 F 0.759 0.006 0.009 0.006 0.073 0.147 77 N 0.689 0.001 0.001 0.001 0.048 0.259 78 V 0.942 0.002 0.001 0.001 0.009 0.047 79 K 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 80 W 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 81 R 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 82 I 0.949 0.003 0.001 0.001 0.016 0.031 83 K 0.759 0.004 0.001 0.002 0.144 0.090 84 A 0.203 0.006 0.008 0.007 0.631 0.145 85 G 0.067 0.005 0.014 0.004 0.741 0.168 86 T 0.148 0.019 0.015 0.003 0.524 0.290 87 V 0.376 0.017 0.010 0.002 0.319 0.275 88 N 0.581 0.003 0.008 0.001 0.121 0.287 89 C 0.958 0.006 0.002 0.001 0.011 0.023 90 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 91 E 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 92 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 93 I 0.959 0.001 0.002 0.002 0.009 0.028 94 E 0.955 0.001 0.002 0.003 0.012 0.028 95 I 0.875 0.005 0.003 0.005 0.028 0.083 96 E 0.710 0.009 0.003 0.008 0.081 0.188 97 K 0.237 0.012 0.006 0.012 0.161 0.572 98 D 0.034 0.008 0.003 0.005 0.116 0.834 99 K 0.032 0.006 0.003 0.005 0.093 0.862