# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8175 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.012 0.007 0.026 0.041 0.036 0.045 0.833 2 A 0.026 0.028 0.092 0.082 0.041 0.116 0.616 3 D 0.026 0.023 0.114 0.086 0.149 0.188 0.415 4 S 0.024 0.019 0.123 0.109 0.251 0.129 0.345 5 E 0.013 0.010 0.019 0.017 0.513 0.014 0.413 6 P 0.006 0.006 0.106 0.086 0.098 0.552 0.145 7 N 0.008 0.016 0.089 0.092 0.081 0.565 0.149 8 A 0.019 0.030 0.112 0.225 0.089 0.126 0.400 9 Q 0.037 0.014 0.073 0.301 0.105 0.162 0.308 10 S 0.056 0.011 0.081 0.351 0.162 0.158 0.181 11 S 0.068 0.017 0.074 0.384 0.135 0.122 0.201 12 F 0.090 0.032 0.064 0.498 0.074 0.108 0.134 13 A 0.092 0.015 0.113 0.485 0.055 0.109 0.131 14 Q 0.081 0.010 0.146 0.453 0.063 0.117 0.129 15 E 0.076 0.011 0.129 0.268 0.181 0.131 0.205 16 K 0.101 0.011 0.043 0.081 0.246 0.119 0.398 17 L 0.043 0.010 0.004 0.006 0.043 0.011 0.884 18 P 0.075 0.005 0.007 0.001 0.023 0.010 0.879 19 V 0.221 0.005 0.011 0.002 0.251 0.035 0.476 20 K 0.783 0.004 0.007 0.001 0.036 0.017 0.153 21 L 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.078 22 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 23 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 24 E 0.912 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.075 25 F 0.420 0.005 0.001 0.010 0.078 0.007 0.480 26 T 0.047 0.004 0.002 0.051 0.123 0.009 0.765 27 E 0.001 0.001 0.009 0.966 0.007 0.010 0.006 28 Q 0.001 0.001 0.011 0.972 0.002 0.009 0.005 29 A 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.005 0.004 30 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 31 S 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.010 0.001 32 A 0.001 0.001 0.004 0.972 0.001 0.017 0.006 33 V 0.001 0.001 0.004 0.966 0.003 0.022 0.005 34 K 0.001 0.001 0.009 0.919 0.003 0.058 0.009 35 K 0.001 0.001 0.018 0.855 0.009 0.097 0.021 36 R 0.001 0.001 0.022 0.780 0.020 0.115 0.061 37 E 0.001 0.002 0.076 0.602 0.040 0.193 0.086 38 E 0.002 0.003 0.098 0.510 0.052 0.259 0.077 39 K 0.002 0.003 0.052 0.385 0.146 0.273 0.139 40 R 0.003 0.003 0.005 0.062 0.199 0.027 0.702 41 P 0.003 0.006 0.027 0.354 0.088 0.142 0.379 42 H 0.008 0.025 0.033 0.559 0.062 0.090 0.222 43 L 0.001 0.001 0.014 0.952 0.002 0.010 0.021 44 S 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.003 0.005 45 R 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 48 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 50 V 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.011 0.001 51 L 0.001 0.001 0.008 0.955 0.004 0.029 0.002 52 E 0.003 0.002 0.020 0.726 0.008 0.232 0.010 53 Q 0.002 0.002 0.026 0.569 0.035 0.328 0.037 54 D 0.006 0.016 0.012 0.074 0.185 0.106 0.600 55 P 0.006 0.009 0.036 0.044 0.119 0.221 0.566 56 R 0.013 0.014 0.030 0.037 0.374 0.079 0.452 57 P 0.023 0.013 0.146 0.164 0.149 0.084 0.421 58 A 0.021 0.011 0.289 0.312 0.064 0.123 0.181 59 Y 0.058 0.031 0.248 0.236 0.077 0.190 0.160 60 Q 0.104 0.032 0.118 0.149 0.194 0.127 0.277 61 Q 0.066 0.014 0.030 0.088 0.169 0.401 0.231 62 G 0.030 0.012 0.015 0.018 0.286 0.279 0.360 63 K 0.029 0.018 0.004 0.003 0.176 0.022 0.749 64 P 0.030 0.017 0.048 0.007 0.089 0.147 0.663 65 S 0.017 0.008 0.113 0.016 0.162 0.518 0.165 66 D 0.047 0.006 0.126 0.028 0.214 0.286 0.294 67 R 0.375 0.023 0.010 0.010 0.202 0.028 0.351 68 I 0.794 0.024 0.001 0.003 0.012 0.005 0.160 69 Y 0.929 0.003 0.001 0.003 0.016 0.003 0.046 70 G 0.949 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.036 71 M 0.949 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.040 72 S 0.972 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.018 73 L 0.894 0.003 0.007 0.001 0.015 0.012 0.068 74 Y 0.767 0.002 0.015 0.001 0.070 0.032 0.113 75 E 0.706 0.002 0.021 0.002 0.122 0.035 0.112 76 F 0.872 0.013 0.004 0.001 0.022 0.014 0.075 77 N 0.852 0.003 0.001 0.001 0.015 0.014 0.114 78 V 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.052 79 K 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 80 W 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 81 R 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 82 I 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 83 K 0.808 0.006 0.003 0.001 0.027 0.032 0.122 84 A 0.286 0.006 0.026 0.002 0.210 0.283 0.187 85 G 0.067 0.001 0.028 0.001 0.336 0.436 0.132 86 T 0.172 0.020 0.037 0.001 0.281 0.286 0.203 87 V 0.558 0.013 0.010 0.001 0.074 0.025 0.319 88 N 0.581 0.003 0.006 0.001 0.187 0.018 0.206 89 C 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 90 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 91 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 93 I 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 94 E 0.941 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.044 95 I 0.763 0.004 0.003 0.002 0.039 0.009 0.180 96 E 0.642 0.006 0.005 0.003 0.087 0.009 0.248 97 K 0.242 0.015 0.025 0.007 0.215 0.051 0.444 98 D 0.096 0.016 0.016 0.010 0.157 0.072 0.634 99 K 0.023 0.002 0.008 0.005 0.078 0.025 0.857