# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8175 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Y 0.145 0.088 0.030 0.018 0.146 0.015 0.025 0.232 0.109 0.108 0.084 2 A 0.069 0.180 0.038 0.014 0.153 0.025 0.041 0.216 0.160 0.070 0.033 3 D 0.157 0.069 0.026 0.007 0.170 0.010 0.052 0.222 0.120 0.112 0.055 4 S 0.072 0.257 0.127 0.012 0.137 0.008 0.022 0.146 0.095 0.095 0.029 5 E 0.085 0.251 0.108 0.016 0.202 0.006 0.011 0.194 0.074 0.026 0.027 6 P 0.017 0.067 0.017 0.007 0.041 0.035 0.079 0.538 0.172 0.018 0.010 7 N 0.071 0.029 0.012 0.004 0.058 0.006 0.019 0.118 0.083 0.462 0.138 8 A 0.173 0.120 0.024 0.002 0.216 0.002 0.006 0.185 0.101 0.123 0.049 9 Q 0.022 0.095 0.033 0.009 0.054 0.017 0.038 0.517 0.137 0.069 0.010 10 S 0.018 0.040 0.022 0.013 0.051 0.011 0.036 0.589 0.159 0.049 0.012 11 S 0.022 0.030 0.022 0.010 0.040 0.012 0.029 0.714 0.085 0.023 0.013 12 F 0.019 0.014 0.007 0.005 0.023 0.006 0.015 0.687 0.112 0.097 0.015 13 A 0.026 0.035 0.008 0.004 0.045 0.004 0.011 0.616 0.176 0.062 0.013 14 Q 0.019 0.046 0.019 0.011 0.036 0.024 0.067 0.528 0.180 0.061 0.009 15 E 0.030 0.083 0.046 0.013 0.101 0.015 0.147 0.384 0.104 0.067 0.011 16 K 0.190 0.149 0.060 0.009 0.220 0.014 0.049 0.102 0.054 0.092 0.061 17 L 0.046 0.499 0.194 0.011 0.192 0.004 0.008 0.026 0.007 0.005 0.008 18 P 0.157 0.198 0.062 0.014 0.263 0.027 0.048 0.067 0.042 0.066 0.055 19 V 0.076 0.404 0.065 0.005 0.402 0.005 0.008 0.010 0.007 0.007 0.010 20 K 0.317 0.064 0.009 0.006 0.386 0.014 0.030 0.018 0.014 0.034 0.107 21 L 0.073 0.311 0.041 0.003 0.555 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.008 22 T 0.211 0.102 0.005 0.001 0.635 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.030 23 V 0.210 0.181 0.029 0.002 0.488 0.003 0.006 0.007 0.005 0.011 0.059 24 E 0.181 0.284 0.064 0.002 0.364 0.002 0.007 0.008 0.004 0.020 0.064 25 F 0.080 0.414 0.116 0.022 0.182 0.007 0.009 0.028 0.027 0.068 0.047 26 T 0.007 0.521 0.319 0.008 0.051 0.001 0.001 0.061 0.018 0.010 0.002 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.779 0.215 0.002 0.001 28 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.036 0.012 0.001 29 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.072 0.035 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.041 0.001 0.001 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.033 0.004 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.948 0.033 0.010 0.001 33 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.061 0.007 0.001 34 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.895 0.081 0.005 0.001 35 K 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.003 0.034 0.835 0.082 0.033 0.001 36 R 0.006 0.015 0.006 0.002 0.012 0.002 0.013 0.742 0.155 0.044 0.004 37 E 0.008 0.034 0.010 0.005 0.018 0.013 0.048 0.593 0.238 0.029 0.004 38 E 0.013 0.012 0.005 0.004 0.015 0.005 0.079 0.518 0.178 0.156 0.014 39 K 0.026 0.158 0.120 0.017 0.075 0.036 0.118 0.160 0.090 0.171 0.030 40 R 0.150 0.279 0.093 0.011 0.273 0.004 0.009 0.082 0.023 0.024 0.051 41 P 0.011 0.139 0.064 0.009 0.054 0.021 0.034 0.471 0.160 0.030 0.006 42 H 0.013 0.088 0.037 0.002 0.027 0.003 0.015 0.650 0.084 0.072 0.008 43 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.841 0.132 0.017 0.002 44 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.937 0.053 0.002 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.021 0.001 0.001 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 48 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.036 0.003 0.001 51 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.021 0.799 0.154 0.010 0.001 52 E 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.002 0.058 0.799 0.088 0.029 0.004 53 Q 0.013 0.043 0.040 0.012 0.052 0.059 0.294 0.249 0.079 0.150 0.008 54 D 0.349 0.074 0.021 0.001 0.518 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.027 55 P 0.028 0.108 0.076 0.009 0.082 0.011 0.017 0.207 0.332 0.115 0.015 56 R 0.038 0.222 0.119 0.009 0.153 0.008 0.110 0.243 0.056 0.026 0.016 57 P 0.030 0.164 0.056 0.007 0.086 0.006 0.022 0.280 0.246 0.083 0.019 58 A 0.025 0.060 0.024 0.007 0.065 0.034 0.093 0.342 0.244 0.088 0.017 59 Y 0.067 0.147 0.064 0.014 0.145 0.017 0.052 0.219 0.118 0.117 0.041 60 Q 0.103 0.174 0.107 0.021 0.183 0.023 0.040 0.113 0.071 0.119 0.047 61 Q 0.025 0.272 0.160 0.077 0.115 0.083 0.140 0.062 0.028 0.027 0.012 62 G 0.044 0.040 0.077 0.099 0.040 0.049 0.030 0.032 0.057 0.394 0.138 63 K 0.037 0.353 0.365 0.032 0.141 0.008 0.018 0.019 0.008 0.009 0.011 64 P 0.037 0.404 0.213 0.029 0.156 0.015 0.021 0.060 0.030 0.017 0.017 65 S 0.069 0.150 0.039 0.017 0.139 0.027 0.092 0.157 0.194 0.078 0.037 66 D 0.093 0.071 0.029 0.014 0.110 0.026 0.047 0.096 0.148 0.293 0.073 67 R 0.094 0.309 0.088 0.008 0.387 0.004 0.010 0.026 0.018 0.041 0.016 68 I 0.492 0.055 0.008 0.003 0.329 0.006 0.014 0.010 0.005 0.012 0.065 69 Y 0.109 0.161 0.070 0.105 0.316 0.075 0.051 0.028 0.015 0.029 0.040 70 G 0.328 0.088 0.029 0.016 0.386 0.011 0.008 0.012 0.009 0.035 0.078 71 M 0.217 0.213 0.020 0.005 0.481 0.006 0.004 0.009 0.004 0.009 0.032 72 S 0.211 0.186 0.028 0.002 0.518 0.001 0.003 0.007 0.003 0.007 0.034 73 L 0.349 0.064 0.010 0.012 0.240 0.027 0.026 0.044 0.064 0.060 0.103 74 Y 0.046 0.209 0.079 0.089 0.165 0.066 0.082 0.150 0.081 0.024 0.010 75 E 0.329 0.053 0.013 0.007 0.228 0.007 0.026 0.069 0.046 0.117 0.105 76 F 0.085 0.381 0.049 0.008 0.441 0.005 0.006 0.005 0.004 0.006 0.010 77 N 0.453 0.034 0.005 0.002 0.364 0.003 0.005 0.003 0.002 0.013 0.116 78 V 0.293 0.130 0.014 0.001 0.536 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 79 K 0.293 0.074 0.008 0.003 0.552 0.006 0.015 0.003 0.002 0.010 0.033 80 W 0.291 0.094 0.009 0.001 0.581 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 81 R 0.221 0.108 0.011 0.001 0.602 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.045 82 I 0.307 0.178 0.039 0.008 0.408 0.005 0.005 0.004 0.002 0.006 0.037 83 K 0.109 0.145 0.160 0.166 0.147 0.078 0.036 0.025 0.022 0.057 0.055 84 A 0.016 0.102 0.086 0.443 0.036 0.133 0.070 0.046 0.035 0.021 0.011 85 G 0.011 0.031 0.056 0.180 0.011 0.084 0.042 0.069 0.145 0.321 0.051 86 T 0.061 0.168 0.068 0.031 0.141 0.020 0.049 0.062 0.108 0.250 0.042 87 V 0.342 0.093 0.021 0.003 0.266 0.003 0.007 0.020 0.058 0.076 0.110 88 N 0.044 0.173 0.091 0.064 0.146 0.105 0.115 0.085 0.079 0.074 0.025 89 C 0.553 0.038 0.007 0.003 0.232 0.002 0.005 0.004 0.006 0.038 0.113 90 V 0.153 0.238 0.028 0.003 0.557 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 91 E 0.127 0.208 0.010 0.001 0.642 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 92 V 0.697 0.006 0.001 0.001 0.166 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.122 93 I 0.026 0.067 0.020 0.105 0.107 0.395 0.207 0.041 0.018 0.008 0.007 94 E 0.326 0.110 0.014 0.001 0.483 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.051 95 I 0.310 0.106 0.019 0.013 0.305 0.013 0.008 0.033 0.030 0.058 0.106 96 E 0.084 0.231 0.133 0.079 0.244 0.052 0.048 0.059 0.030 0.019 0.022 97 K 0.135 0.125 0.044 0.022 0.159 0.019 0.042 0.109 0.089 0.141 0.116 98 D 0.081 0.205 0.091 0.036 0.196 0.023 0.043 0.084 0.073 0.122 0.046 99 K 0.096 0.138 0.089 0.032 0.137 0.038 0.064 0.161 0.111 0.084 0.050