# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.2656 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.073 0.056 0.105 0.086 0.094 0.115 0.103 0.104 0.086 0.060 2 N 0.148 0.157 0.091 0.211 0.146 0.097 0.070 0.036 0.023 0.013 0.008 3 D 0.146 0.152 0.093 0.216 0.149 0.100 0.073 0.036 0.020 0.010 0.006 4 L 0.013 0.012 0.008 0.029 0.046 0.076 0.160 0.172 0.196 0.168 0.120 5 T 0.070 0.167 0.126 0.294 0.181 0.084 0.049 0.014 0.008 0.003 0.002 6 L 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.040 0.095 0.202 0.260 0.375 7 S 0.034 0.127 0.104 0.330 0.218 0.110 0.051 0.015 0.006 0.002 0.001 8 P 0.017 0.052 0.024 0.113 0.135 0.163 0.228 0.123 0.083 0.043 0.017 9 I 0.005 0.005 0.005 0.019 0.022 0.034 0.085 0.125 0.197 0.232 0.272 10 A 0.005 0.009 0.010 0.035 0.054 0.092 0.215 0.179 0.190 0.135 0.076 11 I 0.010 0.060 0.035 0.176 0.166 0.120 0.157 0.117 0.081 0.049 0.027 12 I 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.017 0.059 0.108 0.210 0.271 0.314 13 H 0.023 0.060 0.044 0.232 0.250 0.163 0.125 0.055 0.029 0.012 0.006 14 T 0.068 0.134 0.033 0.151 0.141 0.115 0.145 0.093 0.068 0.038 0.014 15 P 0.312 0.184 0.071 0.170 0.104 0.063 0.045 0.023 0.016 0.009 0.005 16 Y 0.083 0.068 0.028 0.094 0.097 0.099 0.185 0.117 0.101 0.077 0.053 17 K 0.259 0.228 0.077 0.175 0.102 0.057 0.046 0.025 0.018 0.009 0.004 18 E 0.332 0.175 0.068 0.171 0.106 0.067 0.043 0.019 0.011 0.005 0.002 19 K 0.124 0.105 0.058 0.139 0.117 0.115 0.136 0.084 0.061 0.039 0.022 20 F 0.082 0.057 0.030 0.086 0.099 0.117 0.178 0.142 0.116 0.068 0.026 21 S 0.199 0.173 0.081 0.180 0.123 0.082 0.075 0.038 0.027 0.014 0.007 22 V 0.016 0.024 0.017 0.043 0.048 0.065 0.144 0.173 0.192 0.170 0.110 23 P 0.144 0.082 0.036 0.115 0.113 0.100 0.125 0.100 0.088 0.062 0.036 24 R 0.062 0.088 0.038 0.128 0.149 0.147 0.162 0.098 0.070 0.037 0.021 25 Q 0.019 0.046 0.025 0.077 0.092 0.113 0.179 0.164 0.136 0.094 0.055 26 P 0.416 0.143 0.070 0.137 0.097 0.055 0.039 0.019 0.013 0.007 0.004 27 N 0.444 0.192 0.075 0.133 0.071 0.037 0.028 0.010 0.006 0.003 0.002 28 L 0.037 0.050 0.031 0.091 0.090 0.113 0.184 0.141 0.119 0.086 0.057 29 V 0.030 0.044 0.028 0.079 0.089 0.128 0.199 0.134 0.119 0.081 0.068 30 E 0.291 0.221 0.195 0.150 0.067 0.036 0.022 0.008 0.005 0.003 0.002 31 D 0.354 0.185 0.107 0.158 0.086 0.055 0.034 0.011 0.006 0.003 0.001 32 G 0.113 0.059 0.023 0.101 0.107 0.114 0.164 0.111 0.097 0.069 0.042 33 V 0.029 0.100 0.062 0.243 0.221 0.162 0.105 0.039 0.022 0.011 0.006 34 G 0.005 0.013 0.016 0.045 0.065 0.111 0.227 0.187 0.158 0.109 0.064 35 I 0.008 0.028 0.033 0.195 0.217 0.207 0.170 0.077 0.037 0.020 0.010 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.051 0.119 0.260 0.323 0.230 37 E 0.005 0.032 0.038 0.312 0.312 0.143 0.086 0.038 0.020 0.008 0.004 38 L 0.002 0.006 0.005 0.012 0.017 0.031 0.116 0.162 0.245 0.244 0.160 39 L 0.007 0.022 0.027 0.163 0.208 0.173 0.186 0.101 0.065 0.030 0.018 40 P 0.133 0.157 0.054 0.152 0.141 0.111 0.140 0.057 0.033 0.017 0.006 41 P 0.332 0.134 0.064 0.194 0.115 0.064 0.054 0.023 0.013 0.007 0.002 42 Y 0.131 0.063 0.021 0.074 0.086 0.091 0.182 0.127 0.111 0.073 0.039 43 N 0.164 0.423 0.061 0.132 0.074 0.053 0.039 0.022 0.016 0.011 0.005 44 S 0.098 0.209 0.053 0.174 0.149 0.125 0.089 0.049 0.030 0.016 0.007 45 P 0.533 0.128 0.037 0.110 0.084 0.054 0.032 0.011 0.006 0.002 0.001 46 E 0.416 0.228 0.097 0.153 0.067 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 47 A 0.015 0.033 0.033 0.133 0.139 0.142 0.196 0.131 0.093 0.055 0.030 48 V 0.012 0.006 0.011 0.018 0.032 0.067 0.167 0.180 0.190 0.165 0.151 49 R 0.013 0.055 0.304 0.324 0.178 0.074 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 50 G 0.039 0.101 0.103 0.237 0.188 0.158 0.115 0.032 0.015 0.008 0.004 51 L 0.004 0.005 0.007 0.013 0.016 0.028 0.100 0.135 0.213 0.234 0.246 52 E 0.132 0.089 0.073 0.154 0.154 0.140 0.162 0.050 0.026 0.012 0.007 53 Q 0.083 0.130 0.230 0.275 0.128 0.074 0.051 0.015 0.008 0.004 0.002 54 F 0.021 0.027 0.036 0.065 0.098 0.153 0.249 0.118 0.106 0.076 0.051 55 S 0.076 0.043 0.033 0.098 0.088 0.101 0.245 0.146 0.096 0.051 0.022 56 H 0.009 0.026 0.043 0.135 0.189 0.237 0.197 0.077 0.050 0.026 0.009 57 L 0.002 0.003 0.012 0.010 0.008 0.014 0.091 0.163 0.241 0.283 0.171 58 W 0.001 0.004 0.019 0.078 0.114 0.157 0.213 0.176 0.124 0.076 0.037 59 L 0.001 0.003 0.023 0.006 0.004 0.007 0.056 0.134 0.257 0.321 0.187 60 I 0.001 0.003 0.019 0.053 0.058 0.066 0.139 0.217 0.220 0.153 0.070 61 F 0.001 0.003 0.015 0.008 0.010 0.022 0.123 0.161 0.282 0.249 0.127 62 Q 0.002 0.009 0.039 0.108 0.107 0.096 0.184 0.169 0.170 0.087 0.029 63 F 0.002 0.007 0.011 0.022 0.027 0.052 0.175 0.208 0.256 0.166 0.075 64 D 0.010 0.019 0.039 0.110 0.152 0.170 0.213 0.142 0.093 0.041 0.012 65 Q 0.026 0.081 0.055 0.187 0.184 0.150 0.161 0.088 0.045 0.017 0.005 66 I 0.015 0.020 0.019 0.055 0.067 0.084 0.159 0.184 0.195 0.141 0.061 67 Q 0.121 0.170 0.076 0.203 0.137 0.105 0.092 0.047 0.030 0.013 0.005 68 Q 0.255 0.218 0.084 0.174 0.098 0.062 0.053 0.028 0.017 0.009 0.003 69 G 0.490 0.131 0.052 0.091 0.057 0.047 0.049 0.032 0.025 0.017 0.009 70 K 0.369 0.218 0.071 0.145 0.076 0.043 0.039 0.017 0.012 0.006 0.003 71 W 0.064 0.045 0.026 0.061 0.072 0.101 0.163 0.156 0.147 0.105 0.059 72 Q 0.081 0.200 0.082 0.221 0.155 0.095 0.078 0.041 0.027 0.013 0.006 73 P 0.096 0.046 0.048 0.080 0.088 0.106 0.155 0.130 0.126 0.084 0.041 74 T 0.134 0.104 0.049 0.178 0.160 0.110 0.118 0.067 0.045 0.023 0.011 75 V 0.028 0.030 0.016 0.055 0.070 0.095 0.167 0.182 0.176 0.120 0.062 76 R 0.045 0.080 0.041 0.127 0.136 0.137 0.155 0.115 0.084 0.052 0.028 77 P 0.073 0.062 0.031 0.087 0.095 0.099 0.161 0.149 0.117 0.084 0.041 78 P 0.145 0.085 0.033 0.119 0.122 0.101 0.134 0.103 0.077 0.054 0.026 79 R 0.129 0.123 0.056 0.183 0.134 0.101 0.108 0.064 0.049 0.032 0.021 80 L 0.057 0.041 0.023 0.067 0.065 0.094 0.149 0.138 0.143 0.124 0.098 81 G 0.265 0.168 0.064 0.115 0.075 0.069 0.080 0.055 0.049 0.035 0.026 82 G 0.510 0.201 0.060 0.089 0.041 0.031 0.030 0.014 0.011 0.008 0.005 83 N 0.310 0.148 0.054 0.104 0.072 0.066 0.077 0.048 0.047 0.041 0.033 84 Q 0.159 0.188 0.119 0.256 0.137 0.067 0.040 0.015 0.009 0.005 0.003 85 R 0.017 0.057 0.067 0.187 0.209 0.167 0.145 0.073 0.044 0.022 0.012 86 V 0.001 0.007 0.010 0.045 0.104 0.145 0.244 0.213 0.133 0.069 0.029 87 G 0.001 0.002 0.002 0.013 0.040 0.090 0.202 0.232 0.189 0.139 0.092 88 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.092 0.176 0.238 0.251 0.209 89 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.065 0.158 0.245 0.283 0.231 90 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.042 0.097 0.211 0.286 0.349 91 S 0.002 0.003 0.002 0.013 0.017 0.030 0.089 0.146 0.226 0.252 0.221 92 R 0.007 0.026 0.010 0.077 0.112 0.135 0.201 0.177 0.130 0.080 0.046 93 A 0.017 0.026 0.014 0.050 0.072 0.082 0.152 0.173 0.178 0.136 0.099 94 T 0.329 0.156 0.051 0.177 0.124 0.071 0.048 0.021 0.012 0.006 0.005 95 H 0.079 0.077 0.026 0.124 0.137 0.139 0.154 0.097 0.081 0.053 0.034 96 R 0.043 0.063 0.020 0.097 0.111 0.119 0.147 0.127 0.118 0.090 0.066 97 P 0.260 0.124 0.044 0.116 0.094 0.089 0.091 0.062 0.053 0.037 0.029 98 N 0.056 0.043 0.019 0.074 0.092 0.113 0.185 0.148 0.128 0.088 0.053 99 P 0.089 0.080 0.030 0.134 0.132 0.138 0.153 0.096 0.067 0.046 0.033 100 L 0.012 0.014 0.010 0.037 0.040 0.050 0.099 0.133 0.206 0.220 0.179 101 G 0.048 0.058 0.041 0.156 0.132 0.121 0.157 0.107 0.087 0.056 0.036 102 L 0.008 0.011 0.011 0.040 0.045 0.062 0.126 0.170 0.202 0.184 0.141 103 S 0.018 0.038 0.024 0.114 0.124 0.136 0.206 0.147 0.100 0.059 0.034 104 K 0.051 0.158 0.079 0.345 0.210 0.099 0.039 0.011 0.005 0.002 0.001 105 V 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.008 0.037 0.087 0.240 0.305 0.309 106 E 0.028 0.124 0.087 0.429 0.231 0.068 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 107 L 0.001 0.003 0.002 0.006 0.008 0.014 0.068 0.131 0.248 0.276 0.242 108 R 0.020 0.047 0.054 0.294 0.284 0.183 0.080 0.022 0.010 0.003 0.002 109 Q 0.107 0.208 0.088 0.230 0.136 0.094 0.081 0.029 0.016 0.007 0.003 110 V 0.008 0.016 0.016 0.060 0.075 0.092 0.169 0.156 0.171 0.149 0.087 111 E 0.257 0.307 0.080 0.177 0.093 0.041 0.027 0.009 0.005 0.003 0.002 112 C 0.040 0.046 0.025 0.087 0.087 0.098 0.173 0.141 0.136 0.097 0.069 113 I 0.081 0.095 0.046 0.137 0.137 0.146 0.146 0.075 0.061 0.039 0.036 114 N 0.346 0.289 0.075 0.137 0.068 0.037 0.026 0.010 0.007 0.003 0.002 115 G 0.516 0.140 0.052 0.144 0.073 0.042 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 116 N 0.441 0.230 0.085 0.144 0.061 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 117 I 0.001 0.011 0.009 0.069 0.120 0.200 0.279 0.157 0.092 0.042 0.018 118 F 0.007 0.034 0.025 0.157 0.227 0.223 0.164 0.081 0.044 0.023 0.016 119 L 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.050 0.124 0.248 0.291 0.265 120 H 0.006 0.026 0.028 0.203 0.239 0.177 0.174 0.076 0.042 0.018 0.011 121 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.018 0.059 0.169 0.287 0.458 122 G 0.030 0.035 0.023 0.152 0.190 0.188 0.203 0.095 0.054 0.021 0.010 123 A 0.070 0.078 0.040 0.134 0.097 0.099 0.168 0.113 0.095 0.066 0.038 124 V 0.004 0.004 0.003 0.014 0.016 0.023 0.061 0.108 0.203 0.257 0.308 125 D 0.012 0.051 0.031 0.107 0.120 0.149 0.176 0.119 0.108 0.062 0.064 126 L 0.009 0.008 0.006 0.019 0.020 0.029 0.070 0.127 0.181 0.240 0.293 127 V 0.021 0.025 0.014 0.055 0.085 0.115 0.197 0.148 0.154 0.090 0.098 128 D 0.053 0.074 0.051 0.141 0.111 0.107 0.166 0.110 0.096 0.059 0.032 129 G 0.434 0.162 0.060 0.169 0.090 0.042 0.020 0.008 0.006 0.004 0.005 130 T 0.003 0.016 0.015 0.057 0.078 0.106 0.176 0.187 0.171 0.120 0.070 131 P 0.003 0.007 0.005 0.036 0.084 0.155 0.285 0.189 0.120 0.069 0.047 132 I 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.015 0.066 0.119 0.201 0.240 0.341 133 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.019 0.091 0.153 0.228 0.267 0.224 134 D 0.002 0.010 0.008 0.053 0.065 0.085 0.150 0.151 0.189 0.147 0.141 135 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.026 0.083 0.209 0.343 0.328 136 K 0.009 0.022 0.012 0.102 0.174 0.160 0.217 0.157 0.092 0.036 0.017 137 P 0.007 0.017 0.011 0.047 0.053 0.088 0.175 0.187 0.193 0.147 0.075 138 Y 0.006 0.013 0.013 0.071 0.112 0.138 0.207 0.173 0.145 0.080 0.042 139 I 0.010 0.017 0.011 0.034 0.032 0.044 0.103 0.152 0.222 0.206 0.171 140 A 0.027 0.024 0.016 0.064 0.078 0.091 0.152 0.169 0.187 0.127 0.067