# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.134 0.040 0.021 0.239 0.021 0.025 0.054 0.088 0.120 0.078 2 N 0.114 0.231 0.071 0.020 0.364 0.012 0.016 0.037 0.044 0.057 0.034 3 D 0.372 0.053 0.013 0.006 0.318 0.006 0.014 0.025 0.033 0.060 0.099 4 L 0.151 0.270 0.033 0.007 0.477 0.005 0.003 0.007 0.007 0.016 0.024 5 T 0.260 0.116 0.017 0.002 0.519 0.003 0.007 0.006 0.005 0.017 0.049 6 L 0.349 0.120 0.018 0.005 0.417 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.067 7 S 0.051 0.407 0.132 0.019 0.348 0.013 0.011 0.007 0.003 0.003 0.006 8 P 0.379 0.082 0.021 0.003 0.427 0.002 0.003 0.012 0.005 0.007 0.058 9 I 0.178 0.068 0.027 0.093 0.229 0.077 0.066 0.043 0.025 0.084 0.111 10 A 0.064 0.318 0.132 0.050 0.340 0.014 0.013 0.018 0.008 0.025 0.019 11 I 0.291 0.120 0.025 0.002 0.495 0.002 0.003 0.011 0.006 0.011 0.036 12 I 0.190 0.186 0.036 0.012 0.455 0.015 0.016 0.036 0.010 0.010 0.033 13 H 0.196 0.093 0.030 0.027 0.222 0.042 0.043 0.052 0.035 0.124 0.137 14 T 0.065 0.272 0.254 0.065 0.217 0.011 0.013 0.037 0.022 0.023 0.022 15 P 0.066 0.134 0.066 0.029 0.105 0.024 0.048 0.178 0.161 0.141 0.047 16 Y 0.105 0.189 0.086 0.017 0.230 0.013 0.032 0.148 0.091 0.059 0.031 17 K 0.060 0.124 0.057 0.032 0.093 0.036 0.084 0.226 0.163 0.087 0.038 18 E 0.099 0.172 0.113 0.031 0.168 0.019 0.045 0.131 0.098 0.078 0.045 19 K 0.082 0.100 0.061 0.040 0.100 0.051 0.084 0.194 0.132 0.111 0.044 20 F 0.056 0.206 0.104 0.042 0.136 0.027 0.043 0.110 0.095 0.141 0.042 21 S 0.093 0.093 0.104 0.100 0.096 0.027 0.023 0.060 0.074 0.244 0.088 22 V 0.054 0.373 0.223 0.030 0.179 0.010 0.019 0.040 0.030 0.025 0.016 23 P 0.102 0.247 0.144 0.022 0.217 0.012 0.027 0.089 0.057 0.042 0.041 24 R 0.098 0.174 0.094 0.028 0.168 0.051 0.104 0.112 0.065 0.060 0.046 25 Q 0.099 0.219 0.189 0.058 0.202 0.025 0.019 0.051 0.038 0.050 0.049 26 P 0.073 0.135 0.064 0.038 0.123 0.038 0.062 0.171 0.164 0.092 0.039 27 N 0.068 0.119 0.070 0.024 0.147 0.012 0.032 0.161 0.172 0.155 0.039 28 L 0.124 0.092 0.031 0.019 0.141 0.026 0.061 0.166 0.117 0.157 0.066 29 V 0.123 0.182 0.085 0.037 0.234 0.025 0.029 0.081 0.056 0.091 0.056 30 E 0.043 0.110 0.076 0.104 0.069 0.097 0.122 0.164 0.124 0.066 0.026 31 D 0.088 0.127 0.118 0.046 0.123 0.018 0.023 0.069 0.090 0.232 0.065 32 G 0.148 0.158 0.042 0.018 0.223 0.017 0.040 0.084 0.072 0.126 0.072 33 V 0.244 0.084 0.028 0.020 0.242 0.025 0.050 0.053 0.034 0.107 0.113 34 G 0.110 0.308 0.070 0.042 0.379 0.015 0.006 0.014 0.007 0.027 0.021 35 I 0.317 0.072 0.007 0.002 0.567 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.020 36 V 0.292 0.076 0.005 0.002 0.587 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 37 E 0.179 0.137 0.013 0.001 0.636 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.026 38 L 0.359 0.089 0.019 0.004 0.404 0.006 0.006 0.012 0.005 0.017 0.080 39 L 0.114 0.266 0.163 0.060 0.272 0.014 0.013 0.025 0.016 0.017 0.040 40 P 0.039 0.161 0.154 0.074 0.087 0.045 0.070 0.175 0.128 0.050 0.019 41 P 0.078 0.184 0.106 0.015 0.173 0.014 0.055 0.179 0.099 0.067 0.029 42 Y 0.062 0.152 0.050 0.022 0.130 0.061 0.085 0.158 0.100 0.133 0.046 43 N 0.130 0.168 0.116 0.052 0.210 0.017 0.036 0.087 0.037 0.074 0.073 44 S 0.033 0.193 0.094 0.018 0.072 0.010 0.014 0.303 0.164 0.082 0.017 45 P 0.013 0.037 0.018 0.006 0.026 0.011 0.022 0.618 0.211 0.030 0.007 46 E 0.017 0.016 0.008 0.006 0.018 0.005 0.024 0.653 0.193 0.043 0.017 47 A 0.008 0.019 0.019 0.010 0.012 0.007 0.018 0.674 0.168 0.057 0.009 48 V 0.017 0.011 0.004 0.003 0.022 0.005 0.013 0.569 0.251 0.097 0.008 49 R 0.005 0.037 0.012 0.010 0.014 0.018 0.075 0.650 0.169 0.009 0.002 50 G 0.037 0.025 0.012 0.008 0.032 0.006 0.015 0.287 0.136 0.395 0.048 51 L 0.119 0.036 0.007 0.003 0.112 0.007 0.016 0.323 0.241 0.085 0.050 52 E 0.017 0.020 0.016 0.016 0.028 0.029 0.049 0.518 0.264 0.033 0.009 53 Q 0.033 0.033 0.012 0.007 0.043 0.008 0.048 0.240 0.227 0.319 0.031 54 F 0.159 0.105 0.020 0.008 0.222 0.011 0.012 0.077 0.085 0.210 0.091 55 S 0.019 0.050 0.021 0.020 0.059 0.063 0.226 0.389 0.098 0.048 0.007 56 H 0.270 0.039 0.008 0.003 0.273 0.002 0.009 0.100 0.045 0.151 0.101 57 L 0.170 0.138 0.006 0.004 0.632 0.003 0.003 0.019 0.003 0.005 0.016 58 W 0.138 0.057 0.004 0.001 0.766 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.008 59 L 0.332 0.024 0.001 0.001 0.608 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.022 60 I 0.346 0.034 0.002 0.010 0.450 0.037 0.029 0.039 0.005 0.003 0.044 61 F 0.275 0.098 0.016 0.004 0.502 0.006 0.009 0.037 0.006 0.005 0.042 62 Q 0.312 0.083 0.017 0.004 0.336 0.009 0.019 0.084 0.019 0.016 0.102 63 F 0.155 0.092 0.027 0.030 0.188 0.067 0.058 0.163 0.074 0.071 0.077 64 D 0.113 0.124 0.054 0.034 0.212 0.030 0.072 0.196 0.072 0.057 0.035 65 Q 0.041 0.048 0.017 0.023 0.060 0.043 0.112 0.262 0.190 0.179 0.026 66 I 0.132 0.176 0.082 0.039 0.184 0.026 0.054 0.129 0.057 0.066 0.056 67 Q 0.034 0.130 0.073 0.050 0.072 0.045 0.062 0.225 0.181 0.104 0.024 68 Q 0.056 0.135 0.078 0.055 0.092 0.043 0.093 0.200 0.111 0.098 0.039 69 G 0.047 0.106 0.056 0.037 0.078 0.045 0.065 0.128 0.128 0.248 0.061 70 K 0.085 0.188 0.097 0.042 0.185 0.023 0.037 0.076 0.066 0.148 0.052 71 W 0.256 0.165 0.044 0.009 0.351 0.007 0.011 0.033 0.026 0.044 0.053 72 Q 0.088 0.315 0.157 0.019 0.339 0.007 0.009 0.018 0.012 0.017 0.019 73 P 0.263 0.195 0.060 0.006 0.393 0.004 0.005 0.016 0.009 0.010 0.039 74 T 0.086 0.346 0.117 0.009 0.367 0.004 0.006 0.014 0.009 0.020 0.021 75 V 0.229 0.229 0.070 0.005 0.392 0.002 0.005 0.013 0.007 0.013 0.037 76 R 0.053 0.392 0.224 0.016 0.259 0.008 0.010 0.013 0.006 0.009 0.011 77 P 0.086 0.394 0.211 0.017 0.233 0.005 0.006 0.014 0.006 0.007 0.022 78 P 0.068 0.271 0.150 0.029 0.160 0.027 0.059 0.119 0.054 0.038 0.025 79 R 0.046 0.199 0.180 0.073 0.099 0.057 0.082 0.107 0.064 0.062 0.030 80 L 0.092 0.116 0.079 0.082 0.118 0.077 0.099 0.129 0.065 0.094 0.049 81 G 0.025 0.074 0.103 0.165 0.047 0.067 0.066 0.118 0.075 0.210 0.051 82 G 0.031 0.106 0.101 0.176 0.054 0.090 0.059 0.069 0.062 0.205 0.046 83 N 0.087 0.156 0.139 0.049 0.166 0.016 0.020 0.081 0.108 0.111 0.067 84 Q 0.093 0.259 0.150 0.013 0.175 0.010 0.025 0.074 0.102 0.063 0.036 85 R 0.217 0.125 0.042 0.011 0.234 0.018 0.072 0.097 0.062 0.063 0.059 86 V 0.138 0.241 0.063 0.027 0.222 0.026 0.047 0.052 0.044 0.076 0.066 87 G 0.076 0.131 0.111 0.221 0.149 0.082 0.028 0.042 0.033 0.083 0.044 88 V 0.348 0.083 0.016 0.005 0.423 0.005 0.010 0.034 0.018 0.017 0.043 89 F 0.213 0.162 0.040 0.025 0.394 0.021 0.018 0.032 0.020 0.022 0.053 90 A 0.238 0.103 0.033 0.018 0.375 0.012 0.013 0.029 0.024 0.059 0.096 91 S 0.160 0.156 0.072 0.018 0.348 0.016 0.030 0.045 0.037 0.070 0.049 92 R 0.124 0.212 0.084 0.045 0.176 0.030 0.024 0.033 0.046 0.136 0.089 93 A 0.104 0.242 0.103 0.012 0.425 0.004 0.006 0.025 0.033 0.019 0.026 94 T 0.054 0.070 0.031 0.021 0.080 0.020 0.072 0.206 0.326 0.092 0.028 95 H 0.086 0.139 0.061 0.017 0.156 0.015 0.083 0.077 0.075 0.232 0.060 96 R 0.052 0.304 0.232 0.064 0.143 0.041 0.065 0.042 0.020 0.021 0.016 97 P 0.048 0.261 0.152 0.060 0.114 0.059 0.067 0.065 0.061 0.072 0.042 98 N 0.086 0.216 0.136 0.024 0.262 0.015 0.032 0.075 0.080 0.044 0.028 99 P 0.060 0.057 0.031 0.010 0.090 0.018 0.055 0.211 0.228 0.196 0.043 100 L 0.080 0.211 0.066 0.012 0.257 0.012 0.041 0.148 0.070 0.076 0.027 101 G 0.121 0.106 0.062 0.029 0.201 0.015 0.030 0.095 0.053 0.191 0.097 102 L 0.269 0.123 0.018 0.006 0.420 0.004 0.006 0.037 0.019 0.029 0.068 103 S 0.046 0.398 0.091 0.021 0.341 0.021 0.023 0.037 0.007 0.011 0.004 104 K 0.393 0.039 0.004 0.001 0.501 0.001 0.003 0.014 0.003 0.006 0.036 105 V 0.187 0.213 0.025 0.017 0.489 0.018 0.008 0.016 0.002 0.003 0.022 106 E 0.085 0.309 0.047 0.001 0.523 0.001 0.003 0.007 0.001 0.004 0.017 107 L 0.623 0.018 0.002 0.001 0.259 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.084 108 R 0.014 0.105 0.027 0.128 0.060 0.466 0.153 0.029 0.008 0.007 0.003 109 Q 0.447 0.048 0.009 0.001 0.369 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.099 110 V 0.329 0.127 0.015 0.005 0.454 0.005 0.002 0.006 0.004 0.008 0.044 111 E 0.168 0.202 0.042 0.004 0.493 0.005 0.011 0.019 0.004 0.011 0.041 112 C 0.187 0.257 0.061 0.014 0.320 0.011 0.012 0.044 0.015 0.028 0.052 113 I 0.068 0.133 0.229 0.198 0.071 0.080 0.048 0.088 0.035 0.027 0.023 114 N 0.011 0.062 0.117 0.252 0.026 0.139 0.097 0.195 0.068 0.025 0.007 115 G 0.010 0.119 0.116 0.285 0.027 0.057 0.107 0.092 0.056 0.113 0.020 116 N 0.037 0.095 0.063 0.079 0.059 0.057 0.036 0.046 0.063 0.334 0.131 117 I 0.120 0.279 0.043 0.013 0.393 0.008 0.009 0.020 0.020 0.042 0.053 118 F 0.226 0.104 0.012 0.001 0.633 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.015 119 L 0.194 0.126 0.007 0.001 0.660 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 120 H 0.291 0.079 0.012 0.001 0.578 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 121 L 0.392 0.071 0.028 0.027 0.256 0.020 0.007 0.012 0.009 0.024 0.154 122 G 0.006 0.022 0.015 0.201 0.013 0.259 0.349 0.071 0.028 0.031 0.004 123 A 0.137 0.069 0.041 0.042 0.157 0.011 0.009 0.028 0.040 0.288 0.179 124 V 0.231 0.198 0.031 0.014 0.392 0.008 0.006 0.018 0.018 0.029 0.054 125 D 0.199 0.120 0.045 0.010 0.463 0.007 0.023 0.016 0.011 0.038 0.067 126 L 0.197 0.176 0.065 0.020 0.223 0.008 0.016 0.107 0.080 0.055 0.053 127 V 0.035 0.035 0.054 0.115 0.043 0.211 0.164 0.154 0.059 0.106 0.023 128 D 0.018 0.175 0.071 0.206 0.057 0.125 0.119 0.082 0.054 0.078 0.015 129 G 0.041 0.017 0.025 0.051 0.021 0.008 0.014 0.024 0.066 0.545 0.188 130 T 0.013 0.506 0.320 0.012 0.090 0.011 0.019 0.012 0.010 0.005 0.003 131 P 0.173 0.209 0.034 0.001 0.528 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.037 132 I 0.165 0.137 0.043 0.022 0.394 0.055 0.100 0.041 0.017 0.008 0.019 133 F 0.111 0.228 0.040 0.011 0.470 0.020 0.016 0.022 0.014 0.030 0.038 134 D 0.426 0.028 0.007 0.002 0.242 0.003 0.006 0.006 0.009 0.051 0.219 135 I 0.117 0.244 0.097 0.028 0.195 0.003 0.003 0.018 0.043 0.172 0.080 136 K 0.017 0.502 0.162 0.031 0.135 0.020 0.036 0.056 0.028 0.007 0.004 137 P 0.296 0.049 0.013 0.008 0.255 0.010 0.037 0.172 0.071 0.024 0.065 138 Y 0.042 0.057 0.025 0.054 0.109 0.122 0.195 0.205 0.073 0.081 0.037 139 I 0.224 0.099 0.029 0.010 0.303 0.007 0.012 0.091 0.051 0.084 0.089 140 A 0.106 0.148 0.087 0.037 0.191 0.032 0.047 0.146 0.065 0.084 0.057