# TARGET T0209 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.712 0.194 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 2 N 0.598 0.236 0.093 0.052 0.018 0.003 0.001 3 D 0.317 0.361 0.165 0.098 0.043 0.013 0.001 4 L 0.142 0.144 0.158 0.240 0.212 0.093 0.011 5 T 0.147 0.286 0.241 0.198 0.088 0.034 0.005 6 L 0.051 0.053 0.081 0.161 0.304 0.287 0.063 7 S 0.055 0.156 0.264 0.317 0.152 0.050 0.006 8 P 0.040 0.076 0.127 0.203 0.260 0.254 0.039 9 I 0.014 0.053 0.161 0.305 0.277 0.163 0.026 10 A 0.018 0.048 0.110 0.163 0.240 0.359 0.062 11 I 0.020 0.059 0.150 0.315 0.291 0.146 0.018 12 I 0.018 0.022 0.037 0.083 0.260 0.494 0.085 13 H 0.017 0.084 0.191 0.388 0.253 0.064 0.003 14 T 0.048 0.223 0.257 0.235 0.176 0.057 0.004 15 P 0.065 0.190 0.254 0.308 0.142 0.039 0.002 16 Y 0.088 0.125 0.159 0.293 0.267 0.066 0.002 17 K 0.299 0.338 0.210 0.102 0.039 0.012 0.001 18 E 0.578 0.241 0.106 0.051 0.018 0.006 0.001 19 K 0.500 0.247 0.145 0.069 0.029 0.009 0.001 20 F 0.440 0.241 0.150 0.104 0.050 0.014 0.002 21 S 0.441 0.276 0.148 0.083 0.036 0.014 0.003 22 V 0.230 0.188 0.191 0.202 0.120 0.057 0.013 23 P 0.409 0.258 0.151 0.104 0.053 0.021 0.004 24 R 0.302 0.222 0.180 0.160 0.097 0.034 0.005 25 Q 0.252 0.206 0.163 0.165 0.135 0.069 0.011 26 P 0.307 0.311 0.182 0.123 0.053 0.020 0.004 27 N 0.289 0.319 0.187 0.119 0.056 0.024 0.006 28 L 0.229 0.219 0.191 0.190 0.116 0.046 0.008 29 V 0.181 0.209 0.197 0.205 0.136 0.062 0.009 30 E 0.378 0.288 0.169 0.107 0.043 0.012 0.002 31 D 0.309 0.305 0.182 0.119 0.056 0.025 0.005 32 G 0.062 0.168 0.219 0.269 0.193 0.078 0.012 33 V 0.044 0.219 0.305 0.244 0.132 0.050 0.006 34 G 0.003 0.021 0.059 0.191 0.396 0.296 0.032 35 I 0.003 0.041 0.193 0.353 0.273 0.126 0.011 36 V 0.001 0.001 0.004 0.028 0.162 0.631 0.174 37 E 0.003 0.042 0.192 0.360 0.287 0.107 0.009 38 L 0.001 0.007 0.024 0.107 0.353 0.463 0.044 39 L 0.011 0.092 0.229 0.311 0.255 0.097 0.006 40 P 0.126 0.295 0.251 0.216 0.088 0.023 0.001 41 P 0.311 0.426 0.170 0.063 0.022 0.007 0.001 42 Y 0.161 0.176 0.227 0.251 0.143 0.039 0.002 43 N 0.442 0.335 0.154 0.053 0.014 0.002 0.001 44 S 0.213 0.265 0.232 0.188 0.083 0.018 0.001 45 P 0.264 0.313 0.208 0.144 0.059 0.012 0.001 46 E 0.330 0.444 0.169 0.046 0.009 0.001 0.001 47 A 0.056 0.129 0.225 0.320 0.208 0.058 0.003 48 V 0.064 0.105 0.139 0.220 0.280 0.178 0.015 49 R 0.134 0.273 0.271 0.211 0.088 0.022 0.002 50 G 0.137 0.327 0.303 0.172 0.049 0.011 0.001 51 L 0.057 0.057 0.093 0.228 0.360 0.192 0.013 52 E 0.116 0.187 0.220 0.231 0.175 0.065 0.006 53 Q 0.336 0.372 0.186 0.077 0.023 0.006 0.001 54 F 0.028 0.108 0.159 0.323 0.251 0.115 0.015 55 S 0.029 0.101 0.121 0.214 0.285 0.201 0.049 56 H 0.007 0.044 0.088 0.197 0.318 0.275 0.072 57 L 0.001 0.005 0.020 0.065 0.163 0.433 0.312 58 W 0.001 0.004 0.020 0.067 0.188 0.339 0.381 59 L 0.001 0.001 0.004 0.009 0.044 0.324 0.618 60 I 0.001 0.002 0.009 0.044 0.105 0.335 0.504 61 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.030 0.256 0.700 62 Q 0.002 0.007 0.016 0.066 0.167 0.448 0.294 63 F 0.005 0.011 0.023 0.064 0.243 0.508 0.146 64 D 0.010 0.051 0.124 0.266 0.330 0.202 0.018 65 Q 0.054 0.188 0.309 0.288 0.135 0.026 0.001 66 I 0.136 0.235 0.234 0.234 0.133 0.027 0.001 67 Q 0.522 0.279 0.126 0.057 0.013 0.002 0.001 68 Q 0.677 0.215 0.076 0.026 0.006 0.001 0.001 69 G 0.623 0.226 0.093 0.043 0.012 0.002 0.001 70 K 0.614 0.252 0.091 0.032 0.009 0.002 0.001 71 W 0.165 0.193 0.220 0.246 0.140 0.034 0.003 72 Q 0.163 0.275 0.269 0.188 0.081 0.022 0.002 73 P 0.086 0.148 0.190 0.273 0.220 0.077 0.006 74 T 0.096 0.208 0.264 0.249 0.134 0.046 0.004 75 V 0.050 0.073 0.111 0.222 0.299 0.220 0.024 76 R 0.070 0.143 0.192 0.249 0.221 0.112 0.013 77 P 0.093 0.119 0.158 0.235 0.217 0.151 0.026 78 P 0.082 0.125 0.151 0.218 0.233 0.159 0.031 79 R 0.132 0.205 0.214 0.219 0.151 0.068 0.011 80 L 0.193 0.220 0.200 0.205 0.124 0.050 0.008 81 G 0.416 0.243 0.145 0.115 0.058 0.020 0.003 82 G 0.591 0.244 0.083 0.047 0.024 0.009 0.001 83 N 0.372 0.282 0.188 0.114 0.036 0.008 0.001 84 Q 0.213 0.374 0.248 0.124 0.035 0.006 0.001 85 R 0.046 0.172 0.230 0.289 0.200 0.059 0.003 86 V 0.002 0.022 0.086 0.276 0.398 0.200 0.015 87 G 0.001 0.002 0.007 0.035 0.141 0.491 0.323 88 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.242 0.718 89 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.186 0.788 90 A 0.001 0.001 0.004 0.016 0.054 0.254 0.671 91 S 0.001 0.006 0.013 0.035 0.103 0.288 0.553 92 R 0.004 0.016 0.031 0.073 0.165 0.303 0.408 93 A 0.014 0.039 0.080 0.152 0.214 0.276 0.227 94 T 0.057 0.109 0.125 0.167 0.188 0.205 0.150 95 H 0.070 0.082 0.096 0.150 0.197 0.231 0.173 96 R 0.064 0.072 0.079 0.117 0.180 0.265 0.223 97 P 0.046 0.061 0.075 0.114 0.143 0.227 0.333 98 N 0.049 0.070 0.075 0.103 0.134 0.250 0.320 99 P 0.013 0.023 0.038 0.084 0.144 0.275 0.423 100 L 0.008 0.014 0.023 0.050 0.107 0.275 0.523 101 G 0.015 0.024 0.034 0.056 0.126 0.275 0.471 102 L 0.007 0.014 0.031 0.069 0.124 0.328 0.427 103 S 0.003 0.014 0.032 0.087 0.146 0.388 0.330 104 K 0.003 0.017 0.049 0.138 0.241 0.385 0.167 105 V 0.002 0.006 0.015 0.057 0.220 0.551 0.150 106 E 0.001 0.026 0.174 0.402 0.303 0.087 0.007 107 L 0.001 0.006 0.028 0.146 0.403 0.378 0.037 108 R 0.036 0.240 0.291 0.263 0.143 0.026 0.001 109 Q 0.085 0.361 0.295 0.191 0.059 0.010 0.001 110 V 0.041 0.169 0.321 0.311 0.132 0.026 0.001 111 E 0.219 0.414 0.228 0.107 0.029 0.004 0.001 112 C 0.207 0.305 0.242 0.174 0.063 0.009 0.001 113 I 0.523 0.278 0.132 0.055 0.011 0.001 0.001 114 N 0.690 0.223 0.061 0.021 0.004 0.001 0.001 115 G 0.805 0.171 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 116 N 0.444 0.379 0.131 0.039 0.006 0.001 0.001 117 I 0.069 0.252 0.276 0.283 0.107 0.013 0.001 118 F 0.014 0.159 0.332 0.320 0.146 0.028 0.001 119 L 0.002 0.007 0.018 0.099 0.335 0.487 0.052 120 H 0.002 0.035 0.164 0.382 0.320 0.091 0.005 121 L 0.002 0.005 0.015 0.060 0.254 0.524 0.142 122 G 0.013 0.105 0.212 0.314 0.237 0.105 0.015 123 A 0.010 0.079 0.153 0.272 0.244 0.189 0.053 124 V 0.004 0.021 0.050 0.120 0.272 0.412 0.121 125 D 0.010 0.041 0.080 0.178 0.279 0.323 0.089 126 L 0.036 0.037 0.050 0.086 0.165 0.371 0.254 127 V 0.100 0.090 0.085 0.133 0.183 0.253 0.155 128 D 0.153 0.129 0.145 0.147 0.159 0.187 0.080 129 G 0.061 0.082 0.094 0.161 0.180 0.226 0.196 130 T 0.062 0.111 0.120 0.168 0.176 0.182 0.181 131 P 0.079 0.090 0.083 0.144 0.189 0.235 0.181 132 I 0.087 0.067 0.110 0.145 0.216 0.223 0.151 133 F 0.065 0.039 0.064 0.098 0.130 0.306 0.297 134 D 0.074 0.035 0.059 0.106 0.174 0.335 0.218 135 I 0.073 0.040 0.062 0.098 0.157 0.290 0.281 136 K 0.145 0.095 0.096 0.155 0.202 0.229 0.079 137 P 0.294 0.162 0.124 0.134 0.144 0.117 0.024 138 Y 0.302 0.173 0.152 0.148 0.093 0.108 0.023 139 I 0.409 0.144 0.092 0.138 0.139 0.072 0.006 140 A 0.482 0.159 0.110 0.094 0.104 0.047 0.005