# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.6728 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.008 0.006 0.007 0.189 0.752 2 N 0.097 0.009 0.013 0.012 0.244 0.625 3 D 0.166 0.015 0.059 0.019 0.294 0.447 4 L 0.428 0.022 0.049 0.011 0.211 0.278 5 T 0.610 0.014 0.017 0.005 0.127 0.227 6 L 0.525 0.014 0.007 0.003 0.085 0.367 7 S 0.370 0.008 0.004 0.002 0.170 0.446 8 P 0.443 0.005 0.005 0.003 0.193 0.351 9 I 0.691 0.005 0.005 0.004 0.098 0.197 10 A 0.939 0.002 0.002 0.002 0.023 0.031 11 I 0.978 0.002 0.001 0.002 0.006 0.012 12 I 0.958 0.002 0.001 0.002 0.013 0.024 13 H 0.812 0.006 0.001 0.004 0.063 0.114 14 T 0.302 0.006 0.002 0.006 0.267 0.417 15 P 0.138 0.010 0.019 0.031 0.502 0.300 16 Y 0.146 0.035 0.056 0.071 0.458 0.234 17 K 0.252 0.027 0.102 0.082 0.354 0.183 18 E 0.344 0.015 0.128 0.101 0.216 0.196 19 K 0.302 0.024 0.127 0.130 0.188 0.229 20 F 0.269 0.027 0.069 0.086 0.198 0.350 21 S 0.150 0.021 0.025 0.027 0.233 0.543 22 V 0.116 0.023 0.015 0.011 0.298 0.537 23 P 0.103 0.018 0.020 0.007 0.339 0.513 24 R 0.113 0.045 0.026 0.010 0.317 0.490 25 Q 0.078 0.028 0.023 0.009 0.503 0.360 26 P 0.070 0.011 0.062 0.027 0.529 0.301 27 N 0.157 0.026 0.077 0.031 0.466 0.243 28 L 0.327 0.084 0.060 0.030 0.365 0.134 29 V 0.326 0.043 0.043 0.028 0.442 0.117 30 E 0.236 0.016 0.036 0.017 0.570 0.125 31 D 0.124 0.004 0.027 0.012 0.672 0.160 32 G 0.384 0.013 0.010 0.005 0.401 0.187 33 V 0.725 0.009 0.003 0.003 0.086 0.174 34 G 0.930 0.003 0.001 0.001 0.019 0.046 35 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 36 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 E 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 38 L 0.840 0.008 0.001 0.003 0.026 0.121 39 L 0.289 0.011 0.007 0.005 0.171 0.517 40 P 0.061 0.006 0.020 0.002 0.364 0.547 41 P 0.040 0.023 0.105 0.008 0.580 0.244 42 Y 0.030 0.055 0.119 0.017 0.515 0.264 43 N 0.017 0.029 0.043 0.020 0.533 0.358 44 S 0.010 0.010 0.037 0.066 0.479 0.399 45 P 0.003 0.004 0.255 0.360 0.290 0.087 46 E 0.007 0.009 0.286 0.297 0.341 0.060 47 A 0.008 0.005 0.460 0.279 0.214 0.034 48 V 0.033 0.021 0.202 0.317 0.290 0.137 49 R 0.048 0.016 0.153 0.264 0.326 0.194 50 G 0.071 0.014 0.116 0.167 0.376 0.256 51 L 0.040 0.012 0.210 0.263 0.424 0.052 52 E 0.047 0.006 0.239 0.250 0.392 0.065 53 Q 0.045 0.007 0.260 0.175 0.414 0.099 54 F 0.104 0.022 0.104 0.050 0.560 0.160 55 S 0.194 0.006 0.049 0.017 0.353 0.381 56 H 0.706 0.009 0.015 0.009 0.123 0.139 57 L 0.963 0.002 0.001 0.001 0.013 0.020 58 W 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 59 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 60 I 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 61 F 0.985 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 62 Q 0.949 0.001 0.001 0.004 0.012 0.034 63 F 0.759 0.005 0.005 0.020 0.060 0.151 64 D 0.467 0.014 0.027 0.052 0.184 0.255 65 Q 0.163 0.017 0.143 0.091 0.381 0.206 66 I 0.076 0.017 0.188 0.056 0.487 0.176 67 Q 0.048 0.015 0.155 0.045 0.602 0.135 68 Q 0.025 0.010 0.110 0.047 0.633 0.175 69 G 0.024 0.007 0.054 0.029 0.606 0.281 70 K 0.052 0.013 0.019 0.010 0.418 0.488 71 W 0.137 0.044 0.009 0.006 0.225 0.578 72 Q 0.225 0.033 0.007 0.004 0.183 0.548 73 P 0.423 0.012 0.016 0.004 0.157 0.387 74 T 0.644 0.014 0.011 0.003 0.097 0.231 75 V 0.741 0.025 0.007 0.003 0.068 0.156 76 R 0.612 0.019 0.004 0.002 0.103 0.259 77 P 0.467 0.013 0.007 0.003 0.170 0.341 78 P 0.391 0.040 0.019 0.004 0.203 0.343 79 R 0.275 0.058 0.029 0.005 0.416 0.218 80 L 0.126 0.036 0.055 0.008 0.598 0.177 81 G 0.038 0.013 0.030 0.004 0.806 0.109 82 G 0.035 0.007 0.020 0.003 0.807 0.129 83 N 0.087 0.008 0.015 0.002 0.579 0.308 84 Q 0.395 0.031 0.012 0.002 0.341 0.219 85 R 0.675 0.012 0.004 0.001 0.105 0.203 86 V 0.929 0.006 0.001 0.001 0.018 0.045 87 G 0.954 0.002 0.001 0.001 0.011 0.032 88 V 0.954 0.003 0.001 0.001 0.009 0.032 89 F 0.936 0.004 0.002 0.001 0.016 0.041 90 A 0.768 0.011 0.005 0.002 0.068 0.146 91 S 0.517 0.017 0.011 0.003 0.169 0.283 92 R 0.257 0.021 0.024 0.004 0.337 0.358 93 A 0.125 0.029 0.022 0.006 0.469 0.349 94 T 0.093 0.036 0.027 0.005 0.468 0.371 95 H 0.111 0.081 0.028 0.010 0.383 0.387 96 R 0.056 0.046 0.010 0.007 0.574 0.307 97 P 0.035 0.024 0.006 0.011 0.530 0.395 98 N 0.030 0.014 0.008 0.013 0.584 0.351 99 P 0.111 0.035 0.046 0.046 0.596 0.166 100 L 0.222 0.024 0.084 0.031 0.390 0.249 101 G 0.492 0.038 0.084 0.022 0.182 0.182 102 L 0.604 0.017 0.053 0.014 0.146 0.165 103 S 0.647 0.003 0.037 0.010 0.130 0.173 104 K 0.829 0.004 0.017 0.006 0.070 0.074 105 V 0.928 0.005 0.004 0.003 0.024 0.037 106 E 0.950 0.003 0.002 0.003 0.012 0.031 107 L 0.905 0.002 0.007 0.010 0.023 0.053 108 R 0.859 0.001 0.011 0.016 0.040 0.073 109 Q 0.921 0.002 0.006 0.012 0.025 0.034 110 V 0.913 0.003 0.003 0.010 0.023 0.049 111 E 0.942 0.003 0.002 0.005 0.016 0.032 112 C 0.917 0.008 0.003 0.003 0.047 0.022 113 I 0.596 0.019 0.012 0.005 0.340 0.027 114 N 0.121 0.004 0.013 0.002 0.827 0.033 115 G 0.059 0.003 0.008 0.001 0.890 0.040 116 N 0.290 0.006 0.003 0.001 0.547 0.154 117 I 0.812 0.006 0.001 0.001 0.060 0.121 118 F 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 119 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 120 H 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 121 L 0.888 0.002 0.001 0.001 0.032 0.077 122 G 0.602 0.002 0.004 0.001 0.161 0.230 123 A 0.553 0.009 0.032 0.004 0.230 0.172 124 V 0.467 0.020 0.080 0.010 0.223 0.200 125 D 0.492 0.033 0.078 0.013 0.228 0.157 126 L 0.331 0.063 0.075 0.020 0.353 0.157 127 V 0.230 0.031 0.060 0.013 0.533 0.132 128 D 0.143 0.007 0.067 0.013 0.605 0.165 129 G 0.179 0.018 0.022 0.007 0.454 0.320 130 T 0.324 0.023 0.007 0.001 0.262 0.383 131 P 0.543 0.011 0.005 0.001 0.130 0.311 132 I 0.861 0.032 0.004 0.001 0.032 0.070 133 F 0.907 0.006 0.002 0.001 0.026 0.058 134 D 0.894 0.008 0.002 0.001 0.026 0.069 135 I 0.620 0.026 0.006 0.003 0.081 0.265 136 K 0.245 0.010 0.010 0.002 0.201 0.532 137 P 0.177 0.005 0.012 0.002 0.230 0.573 138 Y 0.111 0.024 0.018 0.005 0.182 0.661 139 I 0.094 0.051 0.004 0.005 0.127 0.718 140 A 0.033 0.010 0.002 0.006 0.108 0.842