# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.6728 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.020 0.692 0.007 0.022 0.017 0.001 0.001 0.004 0.107 0.049 0.018 0.057 2 N 0.007 0.017 0.609 0.017 0.034 0.013 0.001 0.001 0.004 0.159 0.044 0.058 0.037 3 D 0.016 0.011 0.319 0.040 0.125 0.028 0.003 0.001 0.010 0.188 0.087 0.034 0.139 4 L 0.063 0.013 0.244 0.026 0.090 0.024 0.017 0.004 0.030 0.076 0.066 0.173 0.174 5 T 0.118 0.026 0.174 0.020 0.021 0.007 0.044 0.012 0.075 0.039 0.040 0.189 0.236 6 L 0.120 0.024 0.179 0.019 0.005 0.002 0.042 0.008 0.095 0.038 0.007 0.105 0.356 7 S 0.029 0.005 0.353 0.121 0.005 0.001 0.008 0.003 0.076 0.098 0.014 0.222 0.066 8 P 0.036 0.003 0.226 0.077 0.014 0.002 0.016 0.007 0.136 0.175 0.049 0.026 0.232 9 I 0.238 0.006 0.080 0.073 0.008 0.001 0.082 0.035 0.096 0.043 0.012 0.215 0.111 10 A 0.428 0.003 0.026 0.004 0.002 0.001 0.139 0.084 0.075 0.007 0.002 0.099 0.130 11 I 0.442 0.002 0.019 0.006 0.001 0.001 0.195 0.097 0.081 0.002 0.002 0.073 0.079 12 I 0.419 0.005 0.052 0.008 0.001 0.001 0.144 0.029 0.042 0.005 0.003 0.101 0.192 13 H 0.184 0.014 0.207 0.035 0.002 0.001 0.046 0.013 0.070 0.071 0.015 0.133 0.209 14 T 0.011 0.008 0.485 0.011 0.003 0.002 0.002 0.001 0.018 0.254 0.021 0.090 0.094 15 P 0.003 0.008 0.210 0.008 0.041 0.031 0.001 0.001 0.003 0.194 0.452 0.007 0.042 16 Y 0.007 0.017 0.163 0.006 0.068 0.051 0.002 0.001 0.003 0.117 0.517 0.029 0.019 17 K 0.015 0.028 0.278 0.004 0.080 0.052 0.002 0.001 0.003 0.317 0.138 0.034 0.048 18 E 0.023 0.024 0.482 0.006 0.058 0.044 0.003 0.001 0.005 0.124 0.089 0.045 0.096 19 K 0.044 0.071 0.250 0.022 0.087 0.053 0.008 0.001 0.005 0.107 0.117 0.045 0.190 20 F 0.032 0.039 0.333 0.011 0.054 0.040 0.005 0.001 0.004 0.114 0.144 0.126 0.096 21 S 0.020 0.037 0.409 0.016 0.049 0.040 0.003 0.001 0.004 0.151 0.133 0.028 0.110 22 V 0.002 0.019 0.588 0.004 0.011 0.011 0.001 0.001 0.004 0.244 0.035 0.064 0.017 23 P 0.001 0.013 0.478 0.003 0.022 0.013 0.001 0.001 0.003 0.125 0.292 0.009 0.040 24 R 0.007 0.047 0.387 0.003 0.025 0.016 0.002 0.001 0.005 0.184 0.266 0.019 0.038 25 Q 0.005 0.029 0.549 0.003 0.032 0.014 0.001 0.001 0.003 0.229 0.036 0.071 0.029 26 P 0.005 0.009 0.334 0.016 0.108 0.033 0.001 0.001 0.002 0.111 0.280 0.012 0.088 27 N 0.022 0.018 0.225 0.012 0.149 0.040 0.003 0.001 0.004 0.097 0.271 0.108 0.051 28 L 0.036 0.064 0.249 0.009 0.100 0.031 0.005 0.001 0.007 0.117 0.099 0.036 0.246 29 V 0.020 0.034 0.396 0.021 0.061 0.038 0.004 0.001 0.007 0.092 0.110 0.099 0.117 30 E 0.013 0.016 0.200 0.020 0.064 0.024 0.002 0.001 0.002 0.175 0.314 0.072 0.099 31 D 0.004 0.005 0.165 0.036 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 0.227 0.466 0.015 0.040 32 G 0.031 0.006 0.253 0.039 0.018 0.003 0.004 0.001 0.007 0.252 0.198 0.118 0.070 33 V 0.277 0.005 0.174 0.011 0.003 0.001 0.043 0.004 0.023 0.052 0.013 0.092 0.303 34 G 0.561 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.094 0.009 0.016 0.007 0.001 0.183 0.097 35 I 0.670 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.155 0.015 0.009 0.001 0.001 0.053 0.084 36 V 0.695 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.173 0.011 0.009 0.001 0.001 0.060 0.042 37 E 0.632 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.159 0.012 0.027 0.001 0.001 0.088 0.067 38 L 0.303 0.004 0.119 0.013 0.001 0.001 0.101 0.009 0.047 0.011 0.002 0.070 0.320 39 L 0.025 0.015 0.584 0.025 0.008 0.002 0.009 0.002 0.043 0.086 0.013 0.082 0.105 40 P 0.001 0.008 0.417 0.010 0.067 0.011 0.001 0.001 0.013 0.306 0.125 0.012 0.029 41 P 0.001 0.008 0.152 0.001 0.190 0.021 0.001 0.001 0.002 0.173 0.442 0.003 0.007 42 Y 0.001 0.027 0.258 0.001 0.132 0.021 0.001 0.001 0.002 0.212 0.340 0.003 0.004 43 N 0.001 0.029 0.393 0.001 0.027 0.015 0.001 0.001 0.001 0.378 0.148 0.003 0.005 44 S 0.001 0.006 0.687 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.270 0.012 0.001 0.002 45 P 0.001 0.001 0.016 0.001 0.143 0.646 0.001 0.001 0.001 0.013 0.180 0.001 0.001 46 E 0.001 0.003 0.013 0.001 0.185 0.629 0.001 0.001 0.001 0.009 0.159 0.001 0.001 47 A 0.001 0.005 0.031 0.001 0.176 0.726 0.001 0.001 0.001 0.006 0.052 0.001 0.002 48 V 0.002 0.010 0.034 0.001 0.157 0.734 0.001 0.001 0.002 0.010 0.044 0.001 0.003 49 R 0.001 0.002 0.024 0.001 0.130 0.642 0.001 0.001 0.002 0.018 0.174 0.003 0.002 50 G 0.002 0.003 0.063 0.001 0.162 0.479 0.001 0.001 0.003 0.028 0.244 0.004 0.012 51 L 0.002 0.008 0.188 0.002 0.187 0.454 0.001 0.001 0.003 0.065 0.063 0.005 0.021 52 E 0.001 0.007 0.070 0.005 0.224 0.407 0.001 0.002 0.006 0.041 0.217 0.011 0.008 53 Q 0.005 0.008 0.047 0.011 0.221 0.203 0.002 0.003 0.007 0.050 0.428 0.005 0.011 54 F 0.005 0.010 0.444 0.004 0.092 0.102 0.002 0.004 0.020 0.121 0.151 0.020 0.025 55 S 0.002 0.005 0.366 0.045 0.054 0.034 0.001 0.003 0.014 0.245 0.211 0.008 0.014 56 H 0.018 0.003 0.097 0.051 0.091 0.045 0.009 0.013 0.067 0.268 0.264 0.028 0.046 57 L 0.096 0.003 0.094 0.007 0.007 0.016 0.106 0.194 0.294 0.020 0.007 0.054 0.103 58 W 0.194 0.002 0.010 0.006 0.001 0.007 0.203 0.265 0.184 0.005 0.001 0.082 0.039 59 L 0.264 0.001 0.016 0.005 0.001 0.004 0.192 0.289 0.138 0.001 0.001 0.021 0.070 60 I 0.343 0.001 0.015 0.056 0.001 0.005 0.158 0.252 0.111 0.002 0.001 0.032 0.025 61 F 0.439 0.001 0.048 0.013 0.001 0.008 0.128 0.078 0.078 0.010 0.003 0.076 0.117 62 Q 0.392 0.004 0.076 0.009 0.003 0.021 0.066 0.034 0.091 0.017 0.010 0.112 0.167 63 F 0.253 0.018 0.170 0.020 0.014 0.047 0.031 0.023 0.060 0.033 0.030 0.123 0.178 64 D 0.139 0.010 0.217 0.047 0.026 0.056 0.010 0.005 0.018 0.098 0.110 0.115 0.151 65 Q 0.065 0.014 0.189 0.015 0.051 0.059 0.005 0.002 0.014 0.121 0.256 0.053 0.157 66 I 0.045 0.037 0.267 0.011 0.071 0.078 0.005 0.001 0.006 0.122 0.190 0.065 0.102 67 Q 0.009 0.020 0.281 0.003 0.093 0.078 0.002 0.001 0.002 0.135 0.301 0.041 0.036 68 Q 0.002 0.005 0.078 0.003 0.043 0.035 0.001 0.001 0.001 0.101 0.713 0.007 0.013 69 G 0.001 0.004 0.103 0.008 0.017 0.009 0.001 0.001 0.001 0.202 0.639 0.009 0.007 70 K 0.004 0.015 0.471 0.003 0.014 0.009 0.001 0.001 0.004 0.243 0.152 0.036 0.048 71 W 0.012 0.061 0.535 0.006 0.007 0.005 0.004 0.001 0.007 0.132 0.021 0.024 0.185 72 Q 0.011 0.038 0.433 0.014 0.006 0.006 0.004 0.001 0.016 0.140 0.010 0.280 0.042 73 P 0.017 0.019 0.485 0.033 0.014 0.011 0.010 0.001 0.031 0.046 0.028 0.023 0.282 74 T 0.050 0.028 0.319 0.030 0.020 0.013 0.033 0.006 0.077 0.056 0.041 0.238 0.088 75 V 0.050 0.040 0.333 0.008 0.008 0.006 0.023 0.005 0.064 0.065 0.014 0.068 0.315 76 R 0.011 0.033 0.557 0.008 0.004 0.003 0.004 0.001 0.029 0.108 0.008 0.162 0.074 77 P 0.001 0.014 0.787 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.066 0.016 0.011 0.078 78 P 0.001 0.039 0.587 0.011 0.035 0.009 0.001 0.001 0.007 0.111 0.152 0.021 0.025 79 R 0.003 0.032 0.435 0.003 0.065 0.012 0.001 0.001 0.005 0.184 0.212 0.017 0.030 80 L 0.003 0.025 0.333 0.003 0.072 0.012 0.001 0.001 0.003 0.278 0.225 0.017 0.029 81 G 0.001 0.011 0.298 0.005 0.046 0.010 0.001 0.001 0.001 0.182 0.414 0.015 0.016 82 G 0.001 0.014 0.189 0.009 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.363 0.380 0.007 0.012 83 N 0.003 0.013 0.513 0.008 0.013 0.004 0.001 0.001 0.003 0.253 0.125 0.030 0.034 84 Q 0.022 0.028 0.461 0.016 0.020 0.005 0.005 0.001 0.014 0.215 0.049 0.056 0.107 85 R 0.103 0.030 0.257 0.019 0.011 0.003 0.035 0.009 0.058 0.046 0.014 0.212 0.204 86 V 0.188 0.017 0.116 0.074 0.006 0.003 0.102 0.040 0.079 0.022 0.009 0.094 0.251 87 G 0.271 0.005 0.059 0.037 0.003 0.005 0.110 0.070 0.121 0.018 0.005 0.202 0.093 88 V 0.257 0.006 0.059 0.018 0.003 0.005 0.191 0.131 0.126 0.013 0.004 0.047 0.139 89 F 0.263 0.006 0.045 0.013 0.003 0.005 0.182 0.177 0.110 0.008 0.005 0.100 0.083 90 A 0.243 0.008 0.112 0.024 0.009 0.007 0.120 0.113 0.104 0.019 0.025 0.068 0.149 91 S 0.116 0.013 0.230 0.021 0.013 0.007 0.054 0.064 0.138 0.095 0.052 0.103 0.095 92 R 0.019 0.038 0.328 0.018 0.023 0.012 0.006 0.008 0.047 0.337 0.060 0.031 0.074 93 A 0.001 0.025 0.554 0.005 0.030 0.012 0.001 0.001 0.011 0.246 0.077 0.018 0.018 94 T 0.001 0.020 0.273 0.006 0.076 0.013 0.001 0.001 0.002 0.164 0.434 0.002 0.010 95 H 0.002 0.027 0.199 0.005 0.068 0.016 0.001 0.001 0.002 0.253 0.412 0.006 0.009 96 R 0.001 0.019 0.363 0.001 0.027 0.006 0.001 0.001 0.002 0.490 0.064 0.018 0.008 97 P 0.002 0.022 0.353 0.004 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.277 0.248 0.003 0.037 98 N 0.002 0.022 0.502 0.004 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.337 0.054 0.028 0.016 99 P 0.006 0.013 0.305 0.018 0.207 0.050 0.001 0.001 0.001 0.131 0.192 0.007 0.068 100 L 0.091 0.013 0.130 0.076 0.116 0.033 0.009 0.001 0.003 0.124 0.285 0.057 0.063 101 G 0.384 0.021 0.046 0.004 0.039 0.015 0.032 0.002 0.014 0.026 0.063 0.190 0.165 102 L 0.423 0.008 0.060 0.005 0.012 0.012 0.024 0.002 0.010 0.015 0.038 0.065 0.328 103 S 0.386 0.002 0.063 0.177 0.004 0.004 0.019 0.002 0.007 0.038 0.030 0.201 0.068 104 K 0.450 0.002 0.020 0.011 0.003 0.002 0.025 0.001 0.007 0.015 0.010 0.093 0.362 105 V 0.572 0.001 0.038 0.004 0.001 0.001 0.028 0.001 0.002 0.004 0.003 0.119 0.224 106 E 0.610 0.002 0.016 0.002 0.001 0.001 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.248 0.078 107 L 0.280 0.002 0.021 0.004 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.049 0.620 108 R 0.067 0.001 0.020 0.822 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.055 0.023 109 Q 0.305 0.001 0.022 0.007 0.006 0.001 0.007 0.001 0.004 0.023 0.010 0.297 0.316 110 V 0.236 0.003 0.011 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.007 0.001 0.080 0.643 111 E 0.237 0.006 0.028 0.046 0.001 0.002 0.017 0.001 0.011 0.005 0.002 0.569 0.075 112 C 0.116 0.007 0.046 0.006 0.003 0.002 0.015 0.001 0.008 0.010 0.013 0.040 0.734 113 I 0.098 0.007 0.144 0.035 0.008 0.003 0.011 0.001 0.004 0.066 0.184 0.245 0.195 114 N 0.013 0.005 0.077 0.019 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.138 0.651 0.051 0.028 115 G 0.001 0.001 0.073 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.556 0.007 0.005 116 N 0.025 0.003 0.438 0.022 0.003 0.001 0.006 0.001 0.005 0.208 0.140 0.041 0.107 117 I 0.236 0.011 0.127 0.003 0.001 0.001 0.075 0.007 0.026 0.030 0.001 0.270 0.213 118 F 0.318 0.007 0.030 0.033 0.001 0.001 0.203 0.071 0.063 0.005 0.001 0.055 0.215 119 L 0.278 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.256 0.225 0.034 0.001 0.001 0.156 0.024 120 H 0.313 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.248 0.220 0.080 0.001 0.001 0.027 0.086 121 L 0.214 0.002 0.129 0.023 0.002 0.001 0.165 0.078 0.134 0.004 0.002 0.151 0.096 122 G 0.045 0.003 0.216 0.152 0.009 0.001 0.028 0.035 0.102 0.157 0.126 0.050 0.076 123 A 0.016 0.003 0.231 0.121 0.011 0.001 0.006 0.007 0.053 0.235 0.225 0.037 0.054 124 V 0.015 0.028 0.538 0.021 0.005 0.002 0.011 0.022 0.077 0.095 0.004 0.048 0.133 125 D 0.014 0.109 0.181 0.019 0.007 0.006 0.020 0.116 0.239 0.089 0.010 0.091 0.098 126 L 0.018 0.011 0.127 0.016 0.064 0.073 0.019 0.376 0.088 0.019 0.118 0.012 0.057 127 V 0.038 0.030 0.114 0.012 0.074 0.105 0.031 0.139 0.051 0.061 0.259 0.058 0.029 128 D 0.002 0.005 0.045 0.016 0.035 0.050 0.002 0.010 0.007 0.083 0.724 0.008 0.012 129 G 0.001 0.004 0.122 0.022 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.194 0.632 0.005 0.009 130 T 0.003 0.019 0.692 0.009 0.004 0.009 0.001 0.001 0.010 0.158 0.023 0.037 0.033 131 P 0.050 0.076 0.321 0.043 0.008 0.006 0.025 0.005 0.030 0.074 0.021 0.039 0.301 132 I 0.233 0.023 0.092 0.086 0.021 0.015 0.117 0.049 0.054 0.019 0.018 0.166 0.106 133 F 0.224 0.029 0.084 0.014 0.020 0.019 0.154 0.051 0.085 0.016 0.012 0.080 0.212 134 D 0.136 0.011 0.188 0.087 0.019 0.017 0.070 0.019 0.085 0.050 0.014 0.161 0.143 135 I 0.089 0.022 0.244 0.036 0.026 0.018 0.025 0.004 0.042 0.050 0.018 0.064 0.363 136 K 0.032 0.016 0.366 0.035 0.077 0.029 0.006 0.002 0.024 0.098 0.055 0.165 0.095 137 P 0.006 0.012 0.442 0.048 0.117 0.019 0.002 0.001 0.012 0.116 0.121 0.010 0.094 138 Y 0.005 0.023 0.492 0.012 0.107 0.018 0.003 0.001 0.011 0.122 0.143 0.025 0.038 139 I 0.001 0.035 0.665 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.006 0.204 0.019 0.029 0.018 140 A 0.001 0.009 0.942 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 0.010