# TARGET T0209 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0209.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.6728 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.159 0.057 0.029 0.225 0.023 0.025 0.063 0.063 0.091 0.090 2 N 0.031 0.097 0.071 0.074 0.070 0.093 0.130 0.170 0.140 0.096 0.028 3 D 0.178 0.117 0.040 0.009 0.236 0.006 0.019 0.067 0.096 0.144 0.089 4 L 0.188 0.162 0.024 0.003 0.322 0.003 0.006 0.043 0.095 0.087 0.066 5 T 0.171 0.179 0.042 0.005 0.406 0.006 0.022 0.045 0.032 0.048 0.044 6 L 0.357 0.122 0.034 0.005 0.300 0.003 0.007 0.013 0.016 0.056 0.087 7 S 0.042 0.322 0.316 0.045 0.175 0.021 0.023 0.026 0.012 0.010 0.007 8 P 0.262 0.183 0.053 0.009 0.356 0.009 0.017 0.030 0.012 0.015 0.054 9 I 0.231 0.114 0.024 0.029 0.329 0.033 0.036 0.025 0.032 0.060 0.087 10 A 0.138 0.225 0.045 0.009 0.539 0.006 0.004 0.007 0.004 0.007 0.017 11 I 0.154 0.210 0.017 0.001 0.576 0.001 0.003 0.008 0.004 0.009 0.018 12 I 0.332 0.093 0.022 0.003 0.451 0.004 0.009 0.008 0.004 0.011 0.062 13 H 0.098 0.068 0.045 0.086 0.131 0.119 0.150 0.069 0.054 0.093 0.088 14 T 0.049 0.363 0.310 0.019 0.203 0.003 0.004 0.019 0.011 0.008 0.012 15 P 0.056 0.113 0.037 0.014 0.095 0.029 0.046 0.273 0.221 0.085 0.032 16 Y 0.072 0.174 0.067 0.028 0.154 0.019 0.060 0.158 0.121 0.104 0.042 17 K 0.133 0.101 0.026 0.015 0.150 0.032 0.045 0.177 0.120 0.119 0.083 18 E 0.070 0.229 0.077 0.018 0.219 0.013 0.033 0.156 0.098 0.066 0.022 19 K 0.137 0.095 0.038 0.016 0.154 0.037 0.086 0.188 0.115 0.082 0.053 20 F 0.091 0.211 0.110 0.037 0.219 0.020 0.047 0.091 0.057 0.075 0.043 21 S 0.153 0.144 0.059 0.017 0.190 0.019 0.045 0.075 0.053 0.131 0.113 22 V 0.028 0.486 0.251 0.011 0.170 0.003 0.005 0.020 0.010 0.007 0.008 23 P 0.085 0.318 0.109 0.009 0.236 0.016 0.050 0.095 0.043 0.020 0.018 24 R 0.096 0.163 0.124 0.024 0.155 0.023 0.061 0.060 0.066 0.157 0.071 25 Q 0.105 0.308 0.151 0.017 0.280 0.007 0.012 0.040 0.021 0.020 0.037 26 P 0.044 0.150 0.055 0.017 0.104 0.030 0.055 0.201 0.237 0.080 0.025 27 N 0.063 0.157 0.074 0.017 0.154 0.014 0.045 0.185 0.134 0.126 0.030 28 L 0.217 0.070 0.017 0.008 0.159 0.015 0.039 0.170 0.104 0.124 0.077 29 V 0.068 0.172 0.135 0.103 0.131 0.060 0.041 0.098 0.067 0.084 0.042 30 E 0.028 0.074 0.051 0.089 0.051 0.108 0.183 0.254 0.101 0.046 0.015 31 D 0.081 0.106 0.099 0.049 0.095 0.025 0.039 0.083 0.099 0.245 0.079 32 G 0.111 0.157 0.056 0.030 0.188 0.025 0.029 0.074 0.082 0.195 0.053 33 V 0.272 0.117 0.025 0.014 0.328 0.017 0.043 0.029 0.027 0.057 0.070 34 G 0.121 0.277 0.082 0.035 0.402 0.023 0.012 0.010 0.005 0.013 0.021 35 I 0.227 0.090 0.007 0.002 0.634 0.002 0.004 0.007 0.003 0.005 0.017 36 V 0.292 0.086 0.007 0.002 0.575 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.027 37 E 0.174 0.138 0.009 0.001 0.620 0.001 0.003 0.004 0.002 0.009 0.040 38 L 0.251 0.187 0.043 0.004 0.420 0.003 0.008 0.009 0.004 0.016 0.056 39 L 0.089 0.336 0.222 0.034 0.215 0.007 0.015 0.014 0.012 0.018 0.037 40 P 0.012 0.294 0.336 0.054 0.063 0.027 0.032 0.079 0.084 0.012 0.005 41 P 0.037 0.096 0.044 0.011 0.073 0.036 0.110 0.208 0.236 0.115 0.033 42 Y 0.068 0.131 0.035 0.011 0.136 0.020 0.056 0.072 0.093 0.308 0.070 43 N 0.086 0.117 0.104 0.044 0.146 0.080 0.114 0.026 0.026 0.170 0.088 44 S 0.157 0.230 0.109 0.003 0.449 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.030 45 P 0.002 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.002 0.498 0.464 0.013 0.001 46 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.767 0.205 0.014 0.001 47 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.847 0.097 0.038 0.001 48 V 0.009 0.007 0.002 0.001 0.017 0.002 0.005 0.740 0.135 0.075 0.007 49 R 0.002 0.008 0.007 0.006 0.004 0.023 0.052 0.769 0.113 0.014 0.002 50 G 0.010 0.017 0.018 0.009 0.015 0.006 0.022 0.502 0.133 0.248 0.017 51 L 0.059 0.018 0.003 0.004 0.033 0.008 0.029 0.407 0.264 0.134 0.041 52 E 0.028 0.034 0.013 0.027 0.039 0.041 0.073 0.359 0.301 0.067 0.017 53 Q 0.040 0.042 0.012 0.015 0.064 0.023 0.154 0.353 0.202 0.081 0.015 54 F 0.227 0.041 0.013 0.008 0.134 0.009 0.016 0.049 0.091 0.226 0.187 55 S 0.013 0.046 0.016 0.023 0.038 0.088 0.176 0.376 0.166 0.049 0.008 56 H 0.307 0.062 0.012 0.004 0.292 0.003 0.010 0.047 0.054 0.121 0.088 57 L 0.196 0.154 0.016 0.003 0.594 0.003 0.003 0.007 0.003 0.004 0.017 58 W 0.192 0.090 0.004 0.001 0.683 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.016 59 L 0.375 0.043 0.002 0.002 0.538 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.027 60 I 0.359 0.041 0.003 0.005 0.472 0.011 0.025 0.026 0.005 0.007 0.045 61 F 0.232 0.139 0.014 0.007 0.479 0.013 0.015 0.053 0.009 0.007 0.034 62 Q 0.307 0.113 0.014 0.003 0.340 0.003 0.010 0.073 0.016 0.047 0.075 63 F 0.125 0.146 0.026 0.024 0.174 0.045 0.042 0.126 0.077 0.147 0.068 64 D 0.101 0.199 0.099 0.029 0.224 0.024 0.047 0.131 0.064 0.038 0.044 65 Q 0.050 0.060 0.028 0.007 0.072 0.011 0.045 0.360 0.200 0.130 0.037 66 I 0.037 0.234 0.101 0.022 0.089 0.027 0.102 0.235 0.088 0.048 0.017 67 Q 0.067 0.085 0.100 0.065 0.057 0.067 0.097 0.148 0.110 0.127 0.078 68 Q 0.024 0.231 0.110 0.127 0.071 0.071 0.096 0.105 0.068 0.069 0.029 69 G 0.026 0.072 0.059 0.060 0.037 0.019 0.016 0.034 0.089 0.493 0.095 70 K 0.053 0.168 0.116 0.035 0.112 0.031 0.065 0.096 0.101 0.188 0.035 71 W 0.212 0.204 0.078 0.006 0.305 0.004 0.012 0.024 0.024 0.050 0.082 72 Q 0.036 0.429 0.280 0.013 0.194 0.004 0.008 0.015 0.007 0.005 0.008 73 P 0.170 0.302 0.063 0.002 0.355 0.002 0.005 0.027 0.023 0.018 0.033 74 T 0.090 0.307 0.098 0.004 0.389 0.004 0.015 0.029 0.021 0.025 0.019 75 V 0.218 0.227 0.086 0.002 0.402 0.002 0.007 0.009 0.005 0.009 0.033 76 R 0.021 0.390 0.381 0.032 0.117 0.008 0.024 0.013 0.004 0.004 0.006 77 P 0.032 0.478 0.282 0.008 0.169 0.002 0.004 0.007 0.005 0.004 0.010 78 P 0.051 0.392 0.096 0.007 0.196 0.027 0.036 0.069 0.083 0.024 0.019 79 R 0.127 0.173 0.151 0.021 0.214 0.021 0.057 0.053 0.035 0.085 0.064 80 L 0.092 0.055 0.042 0.138 0.065 0.145 0.188 0.073 0.050 0.096 0.055 81 G 0.005 0.042 0.084 0.563 0.011 0.142 0.035 0.021 0.021 0.066 0.009 82 G 0.019 0.078 0.093 0.187 0.037 0.055 0.032 0.042 0.068 0.328 0.061 83 N 0.172 0.097 0.049 0.020 0.229 0.012 0.018 0.042 0.067 0.177 0.117 84 Q 0.118 0.190 0.047 0.007 0.276 0.013 0.030 0.083 0.105 0.085 0.047 85 R 0.252 0.106 0.044 0.017 0.267 0.019 0.051 0.054 0.034 0.080 0.075 86 V 0.087 0.123 0.086 0.133 0.120 0.079 0.123 0.057 0.054 0.099 0.039 87 G 0.059 0.173 0.207 0.217 0.158 0.054 0.008 0.020 0.016 0.056 0.032 88 V 0.280 0.109 0.015 0.005 0.458 0.006 0.013 0.037 0.017 0.013 0.047 89 F 0.229 0.136 0.038 0.015 0.354 0.014 0.018 0.037 0.022 0.044 0.094 90 A 0.226 0.142 0.040 0.015 0.339 0.010 0.016 0.036 0.028 0.072 0.076 91 S 0.180 0.175 0.082 0.017 0.267 0.020 0.034 0.080 0.050 0.059 0.037 92 R 0.066 0.160 0.109 0.080 0.112 0.053 0.063 0.075 0.069 0.150 0.062 93 A 0.098 0.216 0.200 0.053 0.244 0.018 0.022 0.060 0.040 0.022 0.026 94 T 0.041 0.097 0.044 0.011 0.091 0.027 0.061 0.297 0.248 0.064 0.020 95 H 0.053 0.099 0.064 0.035 0.093 0.023 0.057 0.115 0.128 0.282 0.050 96 R 0.101 0.294 0.177 0.015 0.260 0.010 0.025 0.057 0.021 0.018 0.023 97 P 0.048 0.304 0.156 0.027 0.176 0.030 0.063 0.065 0.056 0.050 0.025 98 N 0.229 0.156 0.071 0.004 0.450 0.002 0.013 0.014 0.009 0.008 0.042 99 P 0.084 0.112 0.022 0.005 0.144 0.011 0.027 0.188 0.294 0.088 0.028 100 L 0.074 0.070 0.030 0.043 0.095 0.054 0.131 0.120 0.151 0.193 0.040 101 G 0.089 0.207 0.097 0.067 0.245 0.041 0.035 0.055 0.041 0.094 0.028 102 L 0.316 0.093 0.021 0.009 0.313 0.008 0.012 0.033 0.037 0.050 0.107 103 S 0.091 0.178 0.082 0.047 0.266 0.070 0.064 0.079 0.043 0.034 0.046 104 K 0.357 0.055 0.013 0.003 0.205 0.005 0.022 0.033 0.043 0.097 0.167 105 V 0.198 0.242 0.028 0.002 0.482 0.002 0.002 0.005 0.006 0.008 0.028 106 E 0.107 0.360 0.029 0.001 0.471 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.011 107 L 0.680 0.008 0.002 0.003 0.152 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 0.138 108 R 0.005 0.018 0.010 0.125 0.026 0.436 0.322 0.037 0.017 0.003 0.002 109 Q 0.386 0.067 0.010 0.001 0.442 0.001 0.001 0.004 0.003 0.018 0.069 110 V 0.435 0.044 0.004 0.001 0.441 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.062 111 E 0.144 0.130 0.018 0.004 0.649 0.005 0.004 0.004 0.002 0.009 0.030 112 C 0.438 0.125 0.044 0.005 0.280 0.002 0.004 0.012 0.006 0.011 0.072 113 I 0.046 0.022 0.028 0.300 0.029 0.281 0.103 0.086 0.037 0.043 0.026 114 N 0.003 0.062 0.097 0.663 0.009 0.089 0.045 0.016 0.006 0.007 0.002 115 G 0.007 0.056 0.119 0.302 0.010 0.044 0.019 0.021 0.029 0.340 0.052 116 N 0.092 0.163 0.063 0.042 0.177 0.031 0.025 0.023 0.047 0.254 0.082 117 I 0.212 0.112 0.009 0.001 0.631 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.024 118 F 0.247 0.098 0.009 0.002 0.611 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.019 119 L 0.252 0.101 0.008 0.001 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 120 H 0.319 0.079 0.009 0.001 0.529 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 121 L 0.443 0.036 0.018 0.025 0.248 0.017 0.006 0.003 0.003 0.019 0.182 122 G 0.004 0.011 0.020 0.265 0.009 0.229 0.317 0.067 0.042 0.031 0.005 123 A 0.178 0.171 0.138 0.028 0.281 0.007 0.003 0.018 0.021 0.079 0.077 124 V 0.240 0.115 0.012 0.003 0.476 0.005 0.004 0.014 0.027 0.032 0.072 125 D 0.206 0.062 0.015 0.003 0.615 0.006 0.006 0.010 0.006 0.019 0.053 126 L 0.368 0.111 0.030 0.002 0.210 0.001 0.007 0.073 0.048 0.058 0.091 127 V 0.050 0.046 0.039 0.094 0.048 0.144 0.113 0.122 0.084 0.220 0.040 128 D 0.008 0.433 0.245 0.164 0.076 0.020 0.022 0.014 0.007 0.007 0.005 129 G 0.033 0.008 0.015 0.009 0.011 0.004 0.004 0.016 0.053 0.640 0.208 130 T 0.008 0.604 0.255 0.006 0.104 0.002 0.005 0.007 0.004 0.005 0.001 131 P 0.273 0.143 0.023 0.002 0.504 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.040 132 I 0.267 0.131 0.030 0.006 0.425 0.009 0.021 0.018 0.025 0.020 0.048 133 F 0.108 0.317 0.097 0.009 0.402 0.009 0.007 0.013 0.006 0.010 0.022 134 D 0.296 0.141 0.024 0.001 0.473 0.001 0.003 0.006 0.002 0.009 0.044 135 I 0.200 0.236 0.070 0.010 0.274 0.007 0.009 0.019 0.027 0.072 0.077 136 K 0.011 0.452 0.362 0.016 0.116 0.005 0.008 0.019 0.007 0.002 0.002 137 P 0.151 0.225 0.067 0.008 0.258 0.013 0.048 0.103 0.052 0.028 0.048 138 Y 0.084 0.130 0.053 0.033 0.151 0.039 0.088 0.107 0.105 0.145 0.066 139 I 0.075 0.276 0.168 0.038 0.176 0.024 0.028 0.088 0.055 0.041 0.032 140 A 0.047 0.259 0.121 0.042 0.134 0.040 0.057 0.147 0.079 0.051 0.023