(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0206 BclA, Bacilus anthracis
              10        20        30        40        50        60     
              |         |         |         |         |         |     
   1 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   2 LGLPAGLYAFNSAGISLDLGLNAPVPFNTVGSQFGTAISQLDPDTFVISETGFYKITVIVYTAAL
   3 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   4 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   5 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   6 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   7 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   8 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
   9 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
  10 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
  11 -------YAFNSAGISLDLGLNAPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVIAETGFYKITVIVYTAAI
  12 LGLPAGLYAFNSGGISLDLGINDPVPFNTVGSQFGTAISQLDADTFVISETGFYKITVIANTATA
  13 LGLPAGLYAFNSAGISLDLGLNAPVPFNTVGSQFGTAISQLDPDTFVISETGFYKITVIVYTAAV


         70        80        90       100       110       120       130
         |         |         |         |         |         |         |
   1 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   2 SVLGGLTIQVNGVSVPGTGATLISVGAPIVVQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTNASIII
   3 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   4 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   5 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   6 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   7 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   8 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
   9 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
  10 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
  11 SVLGGLTIQVNGVSVPGTGATLISVGAPIVVQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTNASIII
  12 SVLGGLTIQVNGVPVPGTGSSLISLGAPIVIQAITQITTTSSLVEVIVTGLGLSLALGTSASIII
  13 SVLGGLTIQVNGLPVPGTGATLISVGAPIVVQAITQITTTPSLVEVIVTGLGLSLALGTNASIII


             140
              |
   1 EKVAHHHHHH
   2 EKI-------
   3 EKV-------
   4 EKV-------
   5 EKV-------
   6 EKV-------
   7 EKV-------
   8 EKV-------
   9 EKV-------
  10 EKV-------
  11 EKI-------
  12 EKV-------
  13 EKI-------