# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.91129 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.025 0.013 0.076 0.175 0.298 0.415 2 G 0.015 0.012 0.010 0.015 0.184 0.765 3 L 0.025 0.013 0.004 0.006 0.185 0.768 4 P 0.052 0.011 0.006 0.007 0.195 0.729 5 A 0.383 0.027 0.017 0.026 0.213 0.334 6 G 0.644 0.020 0.019 0.025 0.123 0.169 7 L 0.842 0.010 0.028 0.030 0.039 0.052 8 Y 0.801 0.009 0.043 0.056 0.036 0.056 9 A 0.680 0.010 0.090 0.078 0.089 0.054 10 F 0.505 0.022 0.080 0.104 0.187 0.102 11 N 0.221 0.015 0.099 0.098 0.391 0.176 12 S 0.118 0.021 0.052 0.096 0.559 0.153 13 G 0.125 0.009 0.049 0.066 0.542 0.209 14 G 0.192 0.015 0.049 0.030 0.418 0.295 15 I 0.423 0.036 0.023 0.023 0.209 0.286 16 S 0.547 0.042 0.020 0.022 0.104 0.266 17 L 0.544 0.036 0.054 0.031 0.091 0.243 18 D 0.398 0.041 0.086 0.044 0.145 0.287 19 L 0.267 0.026 0.124 0.073 0.205 0.305 20 G 0.121 0.015 0.028 0.014 0.296 0.527 21 I 0.141 0.017 0.017 0.011 0.333 0.482 22 N 0.098 0.029 0.010 0.006 0.343 0.514 23 D 0.054 0.026 0.006 0.003 0.392 0.519 24 P 0.045 0.025 0.009 0.003 0.334 0.584 25 V 0.054 0.062 0.011 0.005 0.229 0.638 26 P 0.078 0.038 0.016 0.012 0.346 0.511 27 F 0.081 0.024 0.048 0.072 0.353 0.421 28 N 0.097 0.026 0.044 0.101 0.394 0.338 29 T 0.143 0.046 0.063 0.188 0.363 0.197 30 V 0.136 0.031 0.067 0.266 0.289 0.212 31 G 0.074 0.026 0.067 0.303 0.332 0.198 32 S 0.066 0.025 0.085 0.247 0.349 0.228 33 Q 0.065 0.015 0.073 0.303 0.345 0.199 34 F 0.051 0.010 0.045 0.453 0.294 0.147 35 G 0.059 0.009 0.053 0.327 0.368 0.184 36 T 0.151 0.019 0.056 0.270 0.306 0.198 37 A 0.155 0.024 0.116 0.359 0.189 0.157 38 I 0.117 0.014 0.205 0.408 0.161 0.096 39 S 0.146 0.010 0.212 0.387 0.132 0.113 40 Q 0.126 0.011 0.243 0.291 0.176 0.152 41 L 0.169 0.050 0.072 0.143 0.218 0.348 42 D 0.077 0.026 0.013 0.004 0.812 0.069 43 A 0.004 0.001 0.042 0.004 0.927 0.021 44 D 0.004 0.001 0.029 0.002 0.941 0.024 45 T 0.246 0.013 0.028 0.004 0.688 0.021 46 F 0.884 0.009 0.001 0.005 0.041 0.061 47 V 0.981 0.009 0.001 0.001 0.003 0.006 48 I 0.963 0.005 0.001 0.002 0.008 0.022 49 S 0.803 0.004 0.002 0.002 0.136 0.052 50 E 0.283 0.003 0.015 0.003 0.589 0.108 51 T 0.058 0.003 0.025 0.002 0.808 0.103 52 G 0.294 0.010 0.010 0.001 0.566 0.120 53 F 0.769 0.014 0.003 0.002 0.050 0.162 54 Y 0.945 0.006 0.001 0.001 0.013 0.034 55 K 0.961 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 56 I 0.978 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 57 T 0.987 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 58 V 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 59 I 0.970 0.001 0.001 0.019 0.003 0.007 60 A 0.803 0.002 0.002 0.105 0.033 0.056 61 N 0.428 0.004 0.011 0.179 0.161 0.217 62 T 0.148 0.007 0.045 0.302 0.253 0.245 63 A 0.176 0.009 0.080 0.403 0.232 0.099 64 T 0.279 0.007 0.090 0.377 0.184 0.064 65 A 0.386 0.007 0.091 0.342 0.134 0.039 66 S 0.452 0.006 0.060 0.310 0.131 0.041 67 V 0.488 0.011 0.048 0.206 0.178 0.069 68 L 0.356 0.015 0.038 0.195 0.256 0.141 69 G 0.199 0.007 0.020 0.061 0.308 0.404 70 G 0.189 0.005 0.016 0.013 0.266 0.510 71 L 0.570 0.010 0.013 0.006 0.132 0.268 72 T 0.879 0.006 0.004 0.002 0.033 0.076 73 I 0.930 0.005 0.002 0.002 0.014 0.047 74 Q 0.930 0.005 0.001 0.001 0.028 0.035 75 V 0.855 0.009 0.002 0.001 0.069 0.063 76 N 0.482 0.010 0.005 0.002 0.326 0.174 77 G 0.432 0.015 0.005 0.001 0.328 0.219 78 V 0.461 0.038 0.007 0.001 0.202 0.291 79 P 0.398 0.084 0.007 0.002 0.144 0.366 80 V 0.180 0.049 0.006 0.002 0.324 0.439 81 P 0.074 0.019 0.008 0.003 0.537 0.359 82 G 0.043 0.014 0.014 0.005 0.670 0.253 83 T 0.041 0.025 0.014 0.014 0.697 0.210 84 G 0.060 0.018 0.021 0.023 0.593 0.285 85 S 0.104 0.018 0.030 0.078 0.460 0.310 86 S 0.234 0.028 0.040 0.080 0.325 0.294 87 L 0.585 0.016 0.044 0.083 0.104 0.168 88 I 0.796 0.018 0.015 0.078 0.023 0.070 89 S 0.701 0.019 0.014 0.122 0.092 0.052 90 L 0.319 0.014 0.014 0.265 0.249 0.140 91 G 0.110 0.006 0.013 0.057 0.459 0.355 92 A 0.244 0.011 0.020 0.078 0.410 0.236 93 P 0.291 0.007 0.030 0.146 0.146 0.380 94 I 0.809 0.014 0.021 0.064 0.042 0.051 95 V 0.905 0.004 0.007 0.048 0.018 0.018 96 I 0.898 0.001 0.005 0.070 0.015 0.011 97 Q 0.833 0.001 0.006 0.110 0.032 0.018 98 A 0.719 0.002 0.011 0.190 0.045 0.033 99 I 0.448 0.004 0.015 0.323 0.076 0.134 100 T 0.309 0.012 0.030 0.409 0.087 0.153 101 Q 0.396 0.011 0.026 0.280 0.133 0.154 102 I 0.337 0.007 0.022 0.231 0.183 0.219 103 T 0.145 0.016 0.022 0.267 0.284 0.265 104 T 0.106 0.030 0.013 0.226 0.278 0.347 105 T 0.041 0.016 0.006 0.093 0.217 0.626 106 P 0.013 0.003 0.032 0.664 0.159 0.130 107 S 0.055 0.004 0.055 0.542 0.196 0.148 108 L 0.130 0.005 0.045 0.723 0.068 0.028 109 V 0.251 0.002 0.010 0.677 0.037 0.023 110 E 0.418 0.001 0.007 0.541 0.022 0.010 111 V 0.534 0.001 0.004 0.443 0.012 0.006 112 I 0.457 0.003 0.004 0.497 0.027 0.013 113 V 0.273 0.008 0.007 0.565 0.092 0.055 114 T 0.129 0.007 0.010 0.501 0.205 0.147 115 G 0.056 0.008 0.020 0.237 0.278 0.401 116 L 0.062 0.014 0.044 0.362 0.245 0.272 117 G 0.136 0.023 0.084 0.282 0.248 0.228 118 L 0.221 0.019 0.129 0.328 0.169 0.135 119 S 0.219 0.017 0.145 0.335 0.145 0.139 120 L 0.204 0.010 0.260 0.329 0.114 0.082 121 A 0.188 0.031 0.118 0.349 0.208 0.105 122 L 0.106 0.011 0.103 0.300 0.292 0.189 123 G 0.041 0.007 0.018 0.055 0.382 0.497 124 T 0.042 0.013 0.034 0.161 0.396 0.354 125 S 0.046 0.012 0.035 0.180 0.259 0.468 126 A 0.067 0.009 0.057 0.603 0.111 0.153 127 S 0.088 0.004 0.028 0.746 0.055 0.079 128 I 0.194 0.004 0.021 0.733 0.024 0.025 129 I 0.208 0.003 0.011 0.748 0.015 0.016 130 I 0.149 0.001 0.010 0.818 0.012 0.010 131 E 0.116 0.001 0.014 0.838 0.020 0.011 132 K 0.072 0.001 0.021 0.868 0.024 0.014 133 V 0.037 0.002 0.026 0.842 0.045 0.048 134 A 0.025 0.004 0.049 0.778 0.075 0.069 135 H 0.024 0.005 0.043 0.756 0.090 0.082 136 H 0.027 0.006 0.048 0.491 0.192 0.236 137 H 0.025 0.008 0.035 0.277 0.261 0.395 138 H 0.023 0.010 0.023 0.132 0.266 0.546 139 H 0.022 0.014 0.008 0.065 0.177 0.714 140 H 0.010 0.004 0.001 0.008 0.062 0.915