# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.91129 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.057 0.055 0.032 0.089 0.098 0.114 0.167 0.133 0.116 0.082 0.055 2 G 0.379 0.214 0.059 0.135 0.083 0.049 0.035 0.017 0.013 0.009 0.008 3 L 0.010 0.018 0.009 0.036 0.054 0.075 0.140 0.163 0.188 0.165 0.144 4 P 0.151 0.148 0.042 0.148 0.150 0.127 0.108 0.053 0.036 0.022 0.016 5 A 0.052 0.024 0.012 0.045 0.059 0.074 0.157 0.143 0.162 0.144 0.128 6 G 0.066 0.061 0.035 0.112 0.105 0.110 0.145 0.101 0.097 0.084 0.084 7 L 0.008 0.013 0.014 0.036 0.038 0.055 0.108 0.139 0.191 0.199 0.198 8 Y 0.011 0.013 0.018 0.038 0.049 0.081 0.163 0.164 0.172 0.154 0.136 9 A 0.013 0.015 0.025 0.040 0.041 0.052 0.125 0.134 0.169 0.181 0.205 10 F 0.015 0.014 0.017 0.040 0.043 0.050 0.106 0.138 0.197 0.192 0.188 11 N 0.031 0.043 0.035 0.095 0.099 0.119 0.155 0.121 0.128 0.093 0.081 12 S 0.090 0.071 0.071 0.090 0.078 0.087 0.125 0.105 0.111 0.097 0.074 13 G 0.105 0.071 0.039 0.103 0.103 0.106 0.142 0.107 0.093 0.074 0.057 14 G 0.110 0.090 0.045 0.095 0.088 0.090 0.113 0.092 0.099 0.089 0.090 15 I 0.030 0.028 0.019 0.046 0.050 0.063 0.113 0.125 0.168 0.171 0.188 16 S 0.087 0.084 0.047 0.112 0.102 0.100 0.128 0.098 0.092 0.073 0.076 17 L 0.043 0.026 0.020 0.047 0.053 0.066 0.118 0.133 0.168 0.161 0.166 18 D 0.110 0.108 0.074 0.153 0.137 0.121 0.113 0.064 0.053 0.035 0.032 19 L 0.030 0.027 0.023 0.048 0.047 0.059 0.110 0.115 0.165 0.184 0.191 20 G 0.137 0.108 0.050 0.104 0.098 0.088 0.112 0.081 0.085 0.069 0.068 21 I 0.039 0.033 0.018 0.046 0.047 0.056 0.114 0.122 0.160 0.162 0.203 22 N 0.184 0.149 0.064 0.145 0.126 0.100 0.090 0.050 0.038 0.028 0.027 23 D 0.176 0.139 0.048 0.141 0.128 0.102 0.103 0.061 0.046 0.033 0.024 24 P 0.353 0.153 0.045 0.122 0.096 0.069 0.059 0.035 0.028 0.022 0.018 25 V 0.054 0.042 0.019 0.051 0.063 0.076 0.130 0.120 0.158 0.146 0.141 26 P 0.197 0.192 0.070 0.167 0.115 0.081 0.080 0.038 0.028 0.018 0.014 27 F 0.103 0.041 0.018 0.056 0.060 0.074 0.130 0.125 0.135 0.130 0.129 28 N 0.141 0.146 0.079 0.182 0.147 0.107 0.082 0.044 0.033 0.021 0.018 29 T 0.128 0.129 0.060 0.131 0.118 0.110 0.115 0.070 0.058 0.045 0.037 30 V 0.103 0.108 0.042 0.119 0.108 0.095 0.120 0.093 0.084 0.074 0.053 31 G 0.264 0.156 0.065 0.117 0.108 0.084 0.090 0.045 0.036 0.021 0.015 32 S 0.314 0.177 0.114 0.168 0.086 0.048 0.039 0.019 0.015 0.010 0.011 33 Q 0.125 0.144 0.104 0.167 0.140 0.121 0.105 0.044 0.026 0.015 0.010 34 F 0.071 0.065 0.069 0.098 0.082 0.084 0.134 0.108 0.112 0.098 0.079 35 G 0.157 0.098 0.092 0.112 0.107 0.121 0.129 0.069 0.053 0.036 0.026 36 T 0.099 0.124 0.161 0.244 0.148 0.094 0.064 0.028 0.019 0.012 0.008 37 A 0.048 0.049 0.059 0.068 0.075 0.092 0.178 0.132 0.120 0.102 0.076 38 I 0.032 0.030 0.078 0.096 0.082 0.083 0.134 0.098 0.122 0.122 0.123 39 S 0.049 0.064 0.170 0.135 0.135 0.123 0.147 0.073 0.053 0.032 0.020 40 Q 0.049 0.088 0.159 0.220 0.145 0.121 0.101 0.051 0.033 0.021 0.013 41 L 0.024 0.021 0.036 0.030 0.039 0.056 0.139 0.133 0.173 0.184 0.166 42 D 0.091 0.150 0.109 0.216 0.151 0.099 0.093 0.040 0.025 0.014 0.011 43 A 0.248 0.145 0.138 0.149 0.107 0.073 0.067 0.031 0.021 0.013 0.008 44 D 0.253 0.168 0.101 0.184 0.111 0.071 0.058 0.024 0.015 0.009 0.006 45 T 0.044 0.084 0.058 0.162 0.153 0.148 0.159 0.083 0.056 0.034 0.019 46 F 0.019 0.021 0.017 0.039 0.055 0.083 0.165 0.170 0.188 0.141 0.101 47 V 0.021 0.028 0.027 0.074 0.076 0.096 0.180 0.148 0.149 0.117 0.084 48 I 0.009 0.018 0.018 0.051 0.058 0.071 0.134 0.149 0.185 0.167 0.139 49 S 0.047 0.060 0.039 0.130 0.124 0.114 0.147 0.119 0.110 0.066 0.044 50 E 0.106 0.064 0.035 0.120 0.112 0.128 0.162 0.108 0.081 0.053 0.032 51 T 0.071 0.100 0.050 0.153 0.141 0.121 0.135 0.085 0.070 0.048 0.026 52 G 0.134 0.100 0.037 0.145 0.125 0.111 0.141 0.086 0.063 0.038 0.019 53 F 0.045 0.049 0.035 0.108 0.121 0.134 0.160 0.108 0.104 0.080 0.057 54 Y 0.023 0.028 0.038 0.076 0.079 0.098 0.200 0.161 0.141 0.099 0.055 55 K 0.029 0.060 0.056 0.211 0.205 0.168 0.138 0.065 0.038 0.019 0.010 56 I 0.010 0.010 0.015 0.017 0.016 0.022 0.084 0.147 0.242 0.264 0.173 57 T 0.018 0.050 0.074 0.226 0.220 0.172 0.122 0.057 0.036 0.016 0.009 58 V 0.008 0.015 0.030 0.024 0.022 0.032 0.112 0.148 0.214 0.226 0.169 59 I 0.011 0.018 0.040 0.102 0.106 0.096 0.157 0.148 0.145 0.105 0.072 60 A 0.027 0.035 0.065 0.057 0.054 0.071 0.176 0.136 0.165 0.125 0.091 61 N 0.045 0.041 0.089 0.163 0.150 0.135 0.148 0.088 0.075 0.043 0.023 62 T 0.038 0.065 0.071 0.103 0.093 0.109 0.161 0.117 0.112 0.078 0.053 63 A 0.078 0.043 0.075 0.077 0.071 0.076 0.122 0.112 0.129 0.118 0.099 64 T 0.116 0.097 0.110 0.130 0.112 0.111 0.142 0.070 0.057 0.033 0.022 65 A 0.064 0.063 0.112 0.107 0.079 0.080 0.108 0.091 0.108 0.100 0.089 66 S 0.127 0.104 0.099 0.117 0.107 0.104 0.111 0.071 0.066 0.051 0.042 67 V 0.051 0.040 0.058 0.068 0.055 0.063 0.119 0.111 0.145 0.141 0.149 68 L 0.025 0.030 0.045 0.059 0.069 0.085 0.134 0.127 0.159 0.143 0.124 69 G 0.074 0.064 0.056 0.107 0.100 0.105 0.150 0.098 0.097 0.077 0.073 70 G 0.103 0.068 0.065 0.113 0.104 0.108 0.128 0.088 0.084 0.073 0.065 71 L 0.020 0.021 0.026 0.043 0.040 0.050 0.114 0.125 0.182 0.190 0.189 72 T 0.043 0.105 0.091 0.205 0.160 0.123 0.112 0.057 0.043 0.031 0.029 73 I 0.005 0.004 0.006 0.008 0.010 0.017 0.049 0.090 0.203 0.272 0.335 74 Q 0.026 0.075 0.058 0.221 0.229 0.157 0.127 0.052 0.029 0.014 0.012 75 V 0.011 0.014 0.014 0.027 0.032 0.042 0.109 0.135 0.205 0.199 0.211 76 N 0.076 0.072 0.044 0.193 0.194 0.159 0.146 0.056 0.032 0.016 0.013 77 G 0.453 0.219 0.065 0.131 0.059 0.031 0.021 0.008 0.006 0.004 0.003 78 V 0.018 0.031 0.013 0.046 0.059 0.071 0.128 0.137 0.163 0.164 0.169 79 P 0.312 0.252 0.055 0.149 0.086 0.051 0.041 0.018 0.015 0.010 0.011 80 V 0.052 0.034 0.008 0.035 0.055 0.081 0.149 0.136 0.161 0.145 0.143 81 P 0.127 0.172 0.058 0.182 0.125 0.089 0.086 0.053 0.043 0.031 0.034 82 G 0.154 0.068 0.030 0.096 0.106 0.123 0.123 0.078 0.078 0.069 0.074 83 T 0.144 0.199 0.084 0.181 0.125 0.088 0.076 0.040 0.028 0.021 0.015 84 G 0.076 0.071 0.036 0.137 0.146 0.147 0.160 0.088 0.062 0.044 0.034 85 S 0.072 0.070 0.043 0.108 0.109 0.104 0.122 0.093 0.097 0.084 0.099 86 S 0.075 0.125 0.074 0.216 0.169 0.118 0.115 0.048 0.030 0.017 0.013 87 L 0.016 0.010 0.007 0.022 0.028 0.043 0.095 0.123 0.187 0.212 0.257 88 I 0.010 0.017 0.012 0.054 0.076 0.093 0.157 0.141 0.154 0.134 0.152 89 S 0.054 0.082 0.080 0.143 0.127 0.123 0.135 0.080 0.079 0.051 0.046 90 L 0.048 0.031 0.028 0.071 0.074 0.097 0.171 0.129 0.127 0.120 0.105 91 G 0.250 0.192 0.067 0.159 0.112 0.073 0.064 0.032 0.023 0.016 0.012 92 A 0.036 0.055 0.032 0.075 0.077 0.084 0.154 0.138 0.142 0.119 0.089 93 P 0.174 0.156 0.086 0.175 0.155 0.121 0.075 0.024 0.016 0.009 0.007 94 I 0.056 0.036 0.035 0.056 0.059 0.087 0.208 0.147 0.133 0.100 0.084 95 V 0.028 0.041 0.076 0.111 0.088 0.082 0.139 0.111 0.117 0.111 0.095 96 I 0.032 0.030 0.080 0.048 0.036 0.050 0.128 0.124 0.168 0.158 0.148 97 Q 0.041 0.055 0.200 0.276 0.187 0.111 0.070 0.030 0.016 0.009 0.005 98 A 0.035 0.047 0.148 0.075 0.075 0.092 0.194 0.119 0.098 0.072 0.046 99 I 0.017 0.021 0.150 0.110 0.075 0.060 0.116 0.098 0.130 0.124 0.098 100 T 0.033 0.060 0.172 0.123 0.136 0.141 0.189 0.069 0.042 0.023 0.012 101 Q 0.050 0.095 0.273 0.231 0.150 0.091 0.059 0.025 0.014 0.008 0.004 102 I 0.032 0.034 0.065 0.051 0.063 0.079 0.175 0.130 0.145 0.129 0.096 103 T 0.103 0.136 0.163 0.201 0.139 0.093 0.085 0.034 0.023 0.013 0.010 104 T 0.189 0.144 0.109 0.132 0.119 0.085 0.093 0.049 0.037 0.027 0.016 105 T 0.164 0.243 0.103 0.211 0.116 0.065 0.052 0.022 0.013 0.007 0.004 106 P 0.232 0.152 0.077 0.121 0.112 0.099 0.104 0.040 0.032 0.018 0.012 107 S 0.362 0.177 0.077 0.154 0.088 0.055 0.050 0.017 0.009 0.005 0.004 108 L 0.024 0.038 0.035 0.121 0.128 0.141 0.189 0.117 0.099 0.070 0.037 109 V 0.014 0.016 0.029 0.041 0.046 0.071 0.174 0.169 0.203 0.144 0.093 110 E 0.017 0.046 0.085 0.300 0.219 0.156 0.094 0.045 0.022 0.010 0.005 111 V 0.007 0.012 0.027 0.028 0.035 0.054 0.141 0.191 0.208 0.184 0.111 112 I 0.009 0.014 0.034 0.082 0.080 0.072 0.133 0.148 0.172 0.140 0.117 113 V 0.005 0.011 0.026 0.029 0.037 0.054 0.144 0.148 0.203 0.186 0.155 114 T 0.020 0.046 0.086 0.181 0.164 0.128 0.149 0.095 0.069 0.039 0.022 115 G 0.130 0.109 0.080 0.121 0.097 0.100 0.129 0.090 0.071 0.046 0.027 116 L 0.039 0.041 0.036 0.078 0.084 0.088 0.151 0.135 0.139 0.115 0.094 117 G 0.149 0.144 0.092 0.149 0.113 0.094 0.095 0.054 0.048 0.032 0.030 118 L 0.031 0.024 0.019 0.040 0.043 0.053 0.114 0.131 0.183 0.176 0.186 119 S 0.097 0.107 0.060 0.123 0.115 0.115 0.131 0.084 0.073 0.049 0.047 120 L 0.046 0.036 0.025 0.055 0.054 0.068 0.107 0.110 0.149 0.160 0.190 121 A 0.061 0.053 0.038 0.074 0.087 0.099 0.136 0.105 0.119 0.106 0.123 122 L 0.064 0.055 0.038 0.072 0.060 0.063 0.112 0.106 0.133 0.140 0.156 123 G 0.199 0.109 0.057 0.105 0.103 0.093 0.102 0.063 0.061 0.050 0.057 124 T 0.120 0.114 0.077 0.133 0.106 0.096 0.111 0.070 0.064 0.054 0.055 125 S 0.253 0.219 0.101 0.139 0.106 0.074 0.055 0.021 0.015 0.010 0.007 126 A 0.045 0.026 0.018 0.040 0.042 0.059 0.143 0.131 0.169 0.170 0.158 127 S 0.127 0.124 0.098 0.173 0.144 0.129 0.107 0.039 0.027 0.017 0.014 128 I 0.035 0.038 0.068 0.083 0.074 0.098 0.182 0.125 0.120 0.094 0.081 129 I 0.012 0.017 0.032 0.064 0.064 0.076 0.137 0.135 0.150 0.166 0.147 130 I 0.009 0.016 0.057 0.042 0.040 0.051 0.137 0.140 0.186 0.177 0.144 131 E 0.034 0.043 0.229 0.229 0.169 0.108 0.094 0.045 0.030 0.014 0.007 132 K 0.038 0.061 0.181 0.148 0.132 0.145 0.166 0.065 0.037 0.020 0.008 133 V 0.016 0.027 0.111 0.081 0.060 0.061 0.124 0.124 0.163 0.147 0.087 134 A 0.034 0.035 0.086 0.071 0.083 0.116 0.216 0.134 0.117 0.071 0.036 135 H 0.100 0.121 0.249 0.196 0.123 0.080 0.069 0.032 0.018 0.009 0.003 136 H 0.105 0.137 0.126 0.145 0.128 0.106 0.111 0.064 0.042 0.026 0.010 137 H 0.201 0.138 0.096 0.128 0.097 0.077 0.093 0.060 0.051 0.036 0.021 138 H 0.254 0.130 0.090 0.116 0.096 0.077 0.095 0.056 0.043 0.028 0.013 139 H 0.257 0.176 0.090 0.134 0.097 0.070 0.072 0.044 0.033 0.019 0.008 140 H 0.337 0.169 0.066 0.116 0.085 0.061 0.063 0.041 0.032 0.020 0.010