# TARGET T0206 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0206.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1.91129 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.281 0.180 0.159 0.161 0.122 0.075 0.021 2 G 0.230 0.215 0.159 0.137 0.115 0.104 0.040 3 L 0.077 0.085 0.116 0.204 0.241 0.203 0.074 4 P 0.095 0.155 0.171 0.192 0.163 0.145 0.080 5 A 0.055 0.063 0.087 0.137 0.207 0.279 0.171 6 G 0.040 0.054 0.092 0.151 0.200 0.259 0.203 7 L 0.029 0.028 0.040 0.066 0.135 0.328 0.375 8 Y 0.025 0.032 0.043 0.084 0.154 0.299 0.362 9 A 0.036 0.042 0.051 0.085 0.145 0.313 0.328 10 F 0.029 0.034 0.041 0.082 0.169 0.307 0.338 11 N 0.043 0.070 0.115 0.197 0.210 0.223 0.142 12 S 0.073 0.113 0.129 0.154 0.185 0.217 0.129 13 G 0.065 0.091 0.113 0.162 0.190 0.222 0.157 14 G 0.059 0.090 0.114 0.166 0.203 0.224 0.144 15 I 0.033 0.044 0.057 0.114 0.183 0.343 0.226 16 S 0.044 0.078 0.113 0.176 0.200 0.216 0.172 17 L 0.026 0.036 0.054 0.094 0.169 0.343 0.279 18 D 0.031 0.070 0.120 0.210 0.233 0.216 0.121 19 L 0.030 0.042 0.055 0.095 0.187 0.348 0.243 20 G 0.087 0.137 0.153 0.201 0.206 0.159 0.057 21 I 0.065 0.085 0.127 0.205 0.254 0.209 0.055 22 N 0.172 0.213 0.219 0.206 0.123 0.051 0.015 23 D 0.249 0.304 0.205 0.136 0.069 0.029 0.006 24 P 0.219 0.236 0.206 0.170 0.106 0.048 0.015 25 V 0.121 0.132 0.161 0.209 0.210 0.134 0.033 26 P 0.210 0.260 0.219 0.155 0.086 0.050 0.020 27 F 0.110 0.091 0.105 0.199 0.240 0.195 0.060 28 N 0.213 0.234 0.210 0.169 0.102 0.055 0.017 29 T 0.220 0.232 0.184 0.154 0.106 0.074 0.030 30 V 0.153 0.137 0.157 0.190 0.164 0.133 0.066 31 G 0.166 0.194 0.185 0.172 0.133 0.099 0.051 32 S 0.217 0.192 0.168 0.157 0.120 0.096 0.050 33 Q 0.196 0.230 0.185 0.156 0.113 0.082 0.039 34 F 0.102 0.079 0.103 0.167 0.219 0.228 0.103 35 G 0.129 0.173 0.202 0.208 0.145 0.108 0.034 36 T 0.170 0.192 0.193 0.187 0.143 0.090 0.025 37 A 0.100 0.093 0.126 0.197 0.236 0.204 0.044 38 I 0.083 0.066 0.090 0.165 0.248 0.271 0.077 39 S 0.110 0.187 0.195 0.213 0.155 0.114 0.026 40 Q 0.104 0.185 0.196 0.214 0.178 0.104 0.019 41 L 0.057 0.083 0.140 0.219 0.275 0.186 0.042 42 D 0.267 0.262 0.208 0.145 0.076 0.035 0.008 43 A 0.400 0.273 0.161 0.099 0.047 0.017 0.004 44 D 0.225 0.232 0.212 0.174 0.104 0.046 0.007 45 T 0.110 0.163 0.200 0.223 0.182 0.103 0.019 46 F 0.058 0.057 0.081 0.166 0.274 0.297 0.068 47 V 0.046 0.094 0.145 0.220 0.235 0.202 0.058 48 I 0.057 0.057 0.077 0.161 0.250 0.304 0.094 49 S 0.119 0.176 0.210 0.218 0.162 0.093 0.022 50 E 0.142 0.183 0.208 0.200 0.149 0.092 0.025 51 T 0.217 0.252 0.196 0.155 0.101 0.057 0.021 52 G 0.082 0.127 0.158 0.211 0.221 0.161 0.040 53 F 0.050 0.115 0.180 0.241 0.207 0.157 0.051 54 Y 0.032 0.059 0.103 0.185 0.252 0.283 0.087 55 K 0.039 0.115 0.199 0.245 0.211 0.139 0.052 56 I 0.015 0.017 0.035 0.107 0.233 0.412 0.181 57 T 0.042 0.097 0.160 0.258 0.219 0.158 0.066 58 V 0.054 0.066 0.085 0.132 0.183 0.287 0.193 59 I 0.033 0.058 0.092 0.158 0.170 0.268 0.221 60 A 0.059 0.086 0.116 0.179 0.181 0.216 0.162 61 N 0.089 0.124 0.121 0.161 0.171 0.204 0.129 62 T 0.111 0.133 0.149 0.188 0.178 0.159 0.081 63 A 0.121 0.129 0.130 0.157 0.156 0.203 0.104 64 T 0.153 0.138 0.152 0.189 0.168 0.136 0.063 65 A 0.133 0.137 0.143 0.159 0.155 0.183 0.091 66 S 0.127 0.104 0.107 0.174 0.194 0.188 0.106 67 V 0.134 0.123 0.107 0.123 0.140 0.209 0.164 68 L 0.119 0.117 0.110 0.144 0.170 0.186 0.154 69 G 0.081 0.137 0.169 0.184 0.145 0.154 0.130 70 G 0.081 0.142 0.152 0.182 0.176 0.158 0.110 71 L 0.026 0.051 0.079 0.144 0.217 0.309 0.175 72 T 0.017 0.084 0.166 0.266 0.242 0.158 0.067 73 I 0.005 0.011 0.023 0.082 0.230 0.454 0.194 74 Q 0.017 0.102 0.218 0.321 0.218 0.102 0.020 75 V 0.020 0.048 0.090 0.170 0.283 0.304 0.085 76 N 0.087 0.238 0.258 0.221 0.117 0.060 0.019 77 G 0.121 0.202 0.235 0.228 0.139 0.060 0.014 78 V 0.103 0.135 0.155 0.214 0.222 0.143 0.028 79 P 0.123 0.263 0.273 0.201 0.099 0.035 0.006 80 V 0.100 0.115 0.146 0.230 0.238 0.141 0.030 81 P 0.282 0.295 0.200 0.133 0.061 0.023 0.006 82 G 0.236 0.216 0.179 0.161 0.119 0.067 0.021 83 T 0.210 0.207 0.206 0.189 0.111 0.057 0.020 84 G 0.173 0.216 0.211 0.183 0.124 0.068 0.026 85 S 0.131 0.149 0.166 0.192 0.173 0.134 0.055 86 S 0.127 0.158 0.174 0.183 0.166 0.138 0.054 87 L 0.055 0.068 0.091 0.131 0.196 0.290 0.170 88 I 0.044 0.058 0.080 0.148 0.207 0.295 0.168 89 S 0.064 0.109 0.150 0.192 0.194 0.197 0.094 90 L 0.066 0.075 0.102 0.159 0.208 0.254 0.135 91 G 0.111 0.137 0.170 0.190 0.167 0.153 0.073 92 A 0.073 0.070 0.090 0.145 0.218 0.273 0.132 93 P 0.123 0.148 0.184 0.216 0.163 0.113 0.052 94 I 0.104 0.079 0.110 0.152 0.181 0.255 0.119 95 V 0.101 0.075 0.081 0.128 0.159 0.263 0.193 96 I 0.118 0.072 0.077 0.116 0.163 0.280 0.175 97 Q 0.165 0.183 0.180 0.200 0.119 0.097 0.058 98 A 0.184 0.125 0.122 0.176 0.154 0.162 0.076 99 I 0.172 0.149 0.121 0.141 0.149 0.192 0.075 100 T 0.250 0.221 0.186 0.175 0.094 0.058 0.015 101 Q 0.261 0.270 0.205 0.151 0.070 0.037 0.006 102 I 0.233 0.142 0.145 0.186 0.181 0.099 0.014 103 T 0.340 0.245 0.172 0.135 0.072 0.033 0.005 104 T 0.370 0.264 0.161 0.119 0.057 0.024 0.004 105 T 0.403 0.260 0.162 0.102 0.051 0.018 0.003 106 P 0.291 0.255 0.210 0.157 0.066 0.019 0.003 107 S 0.300 0.280 0.184 0.128 0.067 0.032 0.009 108 L 0.102 0.141 0.173 0.203 0.210 0.127 0.043 109 V 0.045 0.067 0.099 0.202 0.254 0.254 0.079 110 E 0.083 0.166 0.254 0.260 0.145 0.069 0.023 111 V 0.077 0.077 0.092 0.137 0.195 0.284 0.139 112 I 0.064 0.067 0.083 0.139 0.197 0.284 0.165 113 V 0.082 0.082 0.100 0.148 0.164 0.235 0.190 114 T 0.118 0.126 0.141 0.194 0.164 0.156 0.101 115 G 0.122 0.115 0.116 0.145 0.178 0.213 0.111 116 L 0.083 0.089 0.102 0.156 0.184 0.229 0.158 117 G 0.109 0.130 0.154 0.190 0.169 0.147 0.102 118 L 0.076 0.064 0.069 0.111 0.157 0.281 0.241 119 S 0.099 0.092 0.104 0.164 0.190 0.194 0.157 120 L 0.121 0.127 0.131 0.135 0.120 0.186 0.178 121 A 0.105 0.083 0.091 0.151 0.168 0.213 0.190 122 L 0.107 0.113 0.115 0.129 0.137 0.218 0.181 123 G 0.135 0.137 0.125 0.176 0.182 0.165 0.081 124 T 0.137 0.155 0.164 0.188 0.163 0.135 0.059 125 S 0.148 0.206 0.179 0.167 0.129 0.113 0.058 126 A 0.055 0.057 0.089 0.154 0.230 0.289 0.127 127 S 0.077 0.119 0.169 0.214 0.200 0.155 0.067 128 I 0.057 0.065 0.094 0.143 0.183 0.275 0.183 129 I 0.051 0.044 0.059 0.112 0.183 0.309 0.241 130 I 0.070 0.066 0.071 0.120 0.180 0.315 0.178 131 E 0.123 0.147 0.174 0.228 0.179 0.116 0.035 132 K 0.123 0.186 0.196 0.213 0.153 0.110 0.019 133 V 0.155 0.113 0.113 0.178 0.220 0.192 0.028 134 A 0.269 0.184 0.156 0.168 0.138 0.078 0.006 135 H 0.446 0.252 0.150 0.098 0.041 0.012 0.001 136 H 0.493 0.231 0.145 0.086 0.034 0.009 0.001 137 H 0.561 0.219 0.123 0.066 0.025 0.005 0.001 138 H 0.693 0.191 0.071 0.031 0.011 0.003 0.001 139 H 0.743 0.158 0.064 0.026 0.008 0.001 0.001 140 H 0.802 0.131 0.045 0.017 0.005 0.001 0.001