# TARGET T0199 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0199.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.002 0.003 0.005 0.273 0.136 0.581 2 P 0.002 0.005 0.010 0.666 0.055 0.261 3 E 0.001 0.002 0.018 0.646 0.067 0.266 4 K 0.001 0.001 0.057 0.840 0.035 0.066 5 V 0.001 0.001 0.058 0.896 0.022 0.023 6 L 0.001 0.001 0.024 0.940 0.019 0.016 7 F 0.001 0.001 0.005 0.968 0.013 0.014 8 L 0.001 0.001 0.002 0.961 0.013 0.025 9 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 10 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 15 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.004 16 L 0.001 0.001 0.002 0.961 0.020 0.017 17 T 0.001 0.001 0.003 0.908 0.021 0.066 18 E 0.003 0.002 0.004 0.280 0.073 0.638 19 G 0.017 0.003 0.012 0.372 0.149 0.447 20 Y 0.092 0.005 0.022 0.417 0.128 0.335 21 V 0.397 0.011 0.045 0.306 0.097 0.144 22 L 0.663 0.005 0.026 0.180 0.053 0.073 23 I 0.622 0.004 0.017 0.195 0.075 0.087 24 E 0.534 0.012 0.008 0.109 0.096 0.241 25 R 0.253 0.012 0.010 0.045 0.219 0.461 26 P 0.167 0.012 0.049 0.033 0.402 0.337 27 N 0.134 0.017 0.066 0.014 0.550 0.220 28 T 0.133 0.019 0.092 0.011 0.624 0.121 29 R 0.091 0.008 0.051 0.005 0.692 0.153 30 D 0.110 0.006 0.078 0.005 0.676 0.125 31 L 0.314 0.008 0.047 0.005 0.456 0.169 32 K 0.697 0.012 0.012 0.002 0.127 0.149 33 I 0.887 0.003 0.003 0.001 0.040 0.066 34 L 0.920 0.001 0.001 0.001 0.031 0.046 35 R 0.976 0.002 0.001 0.001 0.010 0.012 36 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 37 M 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 38 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 39 I 0.976 0.003 0.001 0.001 0.006 0.015 40 P 0.897 0.003 0.001 0.001 0.031 0.068 41 V 0.567 0.017 0.007 0.001 0.216 0.192 42 S 0.102 0.016 0.019 0.002 0.788 0.073 43 E 0.012 0.001 0.101 0.005 0.863 0.018 44 D 0.048 0.002 0.055 0.004 0.845 0.046 45 Y 0.751 0.018 0.005 0.001 0.179 0.047 46 L 0.957 0.003 0.001 0.001 0.006 0.034 47 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 48 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 S 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 50 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 51 L 0.970 0.003 0.001 0.001 0.007 0.021 52 T 0.780 0.011 0.001 0.001 0.161 0.046 53 E 0.108 0.003 0.008 0.002 0.819 0.060 54 F 0.045 0.002 0.006 0.001 0.904 0.042 55 G 0.112 0.007 0.012 0.004 0.823 0.042 56 V 0.568 0.014 0.002 0.003 0.219 0.193 57 S 0.894 0.009 0.001 0.001 0.047 0.048 58 K 0.924 0.003 0.001 0.001 0.034 0.039 59 V 0.907 0.003 0.001 0.001 0.047 0.040 60 T 0.895 0.002 0.003 0.002 0.053 0.046 61 P 0.934 0.003 0.001 0.001 0.021 0.040 62 I 0.938 0.004 0.001 0.002 0.019 0.037 63 K 0.857 0.010 0.001 0.002 0.027 0.103 64 T 0.471 0.022 0.005 0.005 0.121 0.376 65 Q 0.172 0.021 0.061 0.011 0.518 0.218 66 E 0.043 0.004 0.098 0.013 0.704 0.138 67 R 0.029 0.011 0.123 0.017 0.663 0.157 68 L 0.037 0.059 0.029 0.018 0.523 0.336 69 N 0.014 0.010 0.005 0.019 0.216 0.736 70 W 0.001 0.001 0.090 0.760 0.113 0.036 71 E 0.001 0.001 0.066 0.830 0.086 0.018 72 E 0.001 0.001 0.090 0.866 0.039 0.004 73 I 0.001 0.001 0.037 0.926 0.028 0.008 74 E 0.001 0.001 0.035 0.917 0.037 0.009 75 R 0.002 0.001 0.047 0.889 0.049 0.013 76 Q 0.004 0.001 0.048 0.767 0.127 0.053 77 L 0.004 0.015 0.059 0.691 0.145 0.086 78 N 0.011 0.017 0.120 0.507 0.235 0.110 79 F 0.007 0.002 0.340 0.328 0.225 0.098 80 L 0.016 0.009 0.291 0.327 0.239 0.118 81 L 0.018 0.021 0.224 0.239 0.444 0.054 82 R 0.013 0.002 0.044 0.111 0.712 0.118 83 G 0.017 0.002 0.024 0.049 0.679 0.229 84 R 0.094 0.074 0.003 0.006 0.462 0.361 85 T 0.052 0.047 0.002 0.019 0.155 0.725 86 V 0.006 0.001 0.106 0.688 0.134 0.065 87 G 0.003 0.001 0.115 0.764 0.091 0.027 88 E 0.002 0.001 0.121 0.818 0.048 0.010 89 V 0.006 0.002 0.043 0.865 0.047 0.037 90 L 0.008 0.002 0.020 0.901 0.039 0.029 91 M 0.009 0.001 0.019 0.878 0.056 0.036 92 G 0.007 0.001 0.015 0.851 0.065 0.062 93 K 0.006 0.005 0.022 0.818 0.072 0.078 94 I 0.008 0.004 0.063 0.777 0.084 0.066 95 E 0.008 0.002 0.082 0.728 0.109 0.072 96 S 0.008 0.002 0.066 0.697 0.115 0.112 97 L 0.011 0.007 0.035 0.483 0.157 0.307 98 K 0.008 0.003 0.028 0.609 0.122 0.230 99 G 0.003 0.001 0.019 0.840 0.053 0.084 100 S 0.005 0.001 0.020 0.880 0.040 0.053 101 G 0.005 0.001 0.018 0.952 0.013 0.011 102 F 0.004 0.001 0.013 0.969 0.007 0.007 103 L 0.003 0.001 0.014 0.971 0.006 0.005 104 R 0.004 0.001 0.015 0.968 0.007 0.006 105 L 0.004 0.001 0.008 0.969 0.009 0.009 106 I 0.008 0.001 0.020 0.944 0.015 0.012 107 E 0.011 0.001 0.025 0.901 0.033 0.029 108 S 0.015 0.001 0.035 0.816 0.064 0.068 109 L 0.034 0.011 0.037 0.537 0.170 0.212 110 I 0.038 0.008 0.072 0.386 0.306 0.191 111 G 0.029 0.004 0.083 0.317 0.365 0.201 112 E 0.026 0.005 0.053 0.163 0.450 0.302 113 T 0.053 0.008 0.053 0.121 0.401 0.364 114 V 0.134 0.011 0.040 0.136 0.292 0.387 115 E 0.388 0.008 0.033 0.127 0.165 0.278 116 R 0.785 0.010 0.010 0.067 0.047 0.081 117 Y 0.855 0.012 0.003 0.052 0.025 0.052 118 L 0.726 0.009 0.005 0.140 0.053 0.067 119 D 0.355 0.004 0.017 0.333 0.155 0.136 120 A 0.183 0.007 0.032 0.358 0.246 0.174 121 G 0.166 0.012 0.061 0.400 0.255 0.106 122 L 0.188 0.020 0.097 0.320 0.234 0.140 123 E 0.131 0.016 0.133 0.334 0.249 0.137 124 N 0.101 0.014 0.165 0.263 0.324 0.131 125 L 0.049 0.010 0.110 0.273 0.375 0.181 126 L 0.027 0.011 0.029 0.074 0.451 0.409 127 K 0.013 0.009 0.116 0.122 0.492 0.248 128 D 0.009 0.009 0.322 0.111 0.424 0.126 129 E 0.006 0.002 0.432 0.133 0.358 0.067 130 T 0.008 0.007 0.293 0.198 0.357 0.137 131 L 0.009 0.015 0.058 0.154 0.378 0.387 132 T 0.005 0.009 0.016 0.155 0.150 0.666 133 L 0.001 0.001 0.016 0.953 0.016 0.015 134 E 0.001 0.001 0.012 0.965 0.015 0.008 135 D 0.001 0.001 0.013 0.980 0.005 0.002 136 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 139 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 140 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 141 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 142 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 143 V 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.002 144 K 0.001 0.001 0.005 0.975 0.014 0.005 145 D 0.001 0.001 0.003 0.869 0.049 0.079 146 Q 0.001 0.001 0.003 0.700 0.075 0.221 147 K 0.009 0.007 0.010 0.662 0.107 0.205 148 F 0.022 0.011 0.034 0.751 0.107 0.074 149 L 0.030 0.002 0.076 0.792 0.067 0.033 150 E 0.021 0.002 0.126 0.775 0.052 0.024 151 S 0.029 0.003 0.087 0.779 0.058 0.045 152 L 0.036 0.009 0.062 0.681 0.122 0.090 153 V 0.051 0.021 0.032 0.400 0.249 0.247 154 G 0.034 0.010 0.020 0.112 0.674 0.151 155 E 0.016 0.004 0.032 0.063 0.749 0.136 156 G 0.049 0.002 0.011 0.010 0.670 0.259 157 I 0.589 0.009 0.006 0.008 0.232 0.158 158 T 0.923 0.004 0.001 0.002 0.016 0.055 159 V 0.975 0.005 0.001 0.002 0.005 0.013 160 R 0.945 0.002 0.001 0.003 0.017 0.032 161 I 0.813 0.009 0.002 0.008 0.048 0.120 162 G 0.322 0.005 0.016 0.023 0.289 0.345 163 R 0.158 0.008 0.039 0.032 0.460 0.304 164 E 0.090 0.023 0.084 0.055 0.452 0.297 165 I 0.046 0.021 0.082 0.072 0.515 0.265 166 G 0.035 0.009 0.061 0.067 0.489 0.339 167 R 0.021 0.007 0.142 0.090 0.497 0.243 168 K 0.029 0.010 0.168 0.072 0.501 0.220 169 K 0.049 0.019 0.217 0.080 0.435 0.200 170 L 0.101 0.022 0.129 0.047 0.535 0.166 171 E 0.115 0.007 0.112 0.030 0.550 0.187 172 K 0.311 0.012 0.082 0.017 0.404 0.174 173 F 0.587 0.006 0.015 0.007 0.221 0.164 174 A 0.851 0.004 0.003 0.003 0.042 0.097 175 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.007 0.020 176 F 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 177 S 0.942 0.003 0.001 0.002 0.013 0.038 178 G 0.839 0.003 0.003 0.003 0.056 0.096 179 K 0.747 0.006 0.009 0.004 0.136 0.099 180 Y 0.700 0.012 0.018 0.006 0.175 0.090 181 F 0.600 0.028 0.023 0.009 0.298 0.043 182 K 0.256 0.015 0.035 0.015 0.621 0.057 183 G 0.048 0.001 0.011 0.004 0.883 0.053 184 E 0.114 0.008 0.014 0.003 0.773 0.088 185 S 0.584 0.033 0.003 0.002 0.188 0.190 186 P 0.816 0.014 0.001 0.001 0.050 0.117 187 I 0.856 0.003 0.001 0.001 0.025 0.115 188 G 0.956 0.004 0.001 0.001 0.012 0.027 189 S 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 190 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 191 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 192 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 193 F 0.955 0.003 0.001 0.001 0.012 0.029 194 T 0.775 0.004 0.002 0.001 0.063 0.156 195 S 0.391 0.004 0.057 0.002 0.260 0.287 196 K 0.225 0.011 0.105 0.003 0.350 0.306 197 V 0.158 0.014 0.127 0.004 0.331 0.365 198 T 0.046 0.011 0.012 0.002 0.358 0.572 199 K 0.019 0.007 0.009 0.006 0.361 0.599 200 Y 0.011 0.004 0.096 0.404 0.366 0.119 201 D 0.008 0.002 0.076 0.681 0.187 0.046 202 R 0.008 0.004 0.083 0.805 0.070 0.030 203 N 0.007 0.001 0.012 0.948 0.008 0.023 204 H 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 205 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 206 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 207 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 209 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 210 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 211 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 212 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.005 213 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 214 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.004 215 S 0.001 0.001 0.003 0.983 0.008 0.006 216 E 0.001 0.001 0.003 0.970 0.015 0.012 217 Y 0.001 0.001 0.005 0.970 0.015 0.010 218 F 0.001 0.001 0.006 0.967 0.017 0.009 219 T 0.001 0.001 0.020 0.913 0.047 0.019 220 S 0.001 0.001 0.021 0.884 0.065 0.031 221 T 0.001 0.001 0.027 0.818 0.081 0.073 222 S 0.002 0.010 0.021 0.640 0.092 0.234 223 R 0.003 0.007 0.016 0.363 0.087 0.524 224 R 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.979