# TARGET T0199 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0199.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.003 0.014 0.009 0.125 0.038 0.014 0.797 2 P 0.001 0.001 0.007 0.935 0.004 0.011 0.041 3 E 0.001 0.001 0.002 0.980 0.005 0.005 0.007 4 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.002 5 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.002 9 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 10 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.007 0.002 11 N 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.012 0.002 12 L 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.029 0.002 13 L 0.001 0.001 0.006 0.955 0.004 0.026 0.008 14 A 0.001 0.001 0.053 0.867 0.007 0.070 0.004 15 R 0.001 0.001 0.084 0.629 0.011 0.266 0.008 16 L 0.001 0.003 0.110 0.497 0.034 0.300 0.054 17 T 0.011 0.016 0.066 0.204 0.142 0.312 0.249 18 E 0.044 0.003 0.046 0.047 0.270 0.342 0.249 19 G 0.251 0.008 0.032 0.047 0.197 0.099 0.367 20 Y 0.616 0.006 0.005 0.025 0.112 0.014 0.222 21 V 0.928 0.002 0.001 0.014 0.008 0.005 0.043 22 L 0.970 0.002 0.001 0.008 0.002 0.002 0.016 23 I 0.926 0.002 0.001 0.008 0.009 0.004 0.050 24 E 0.679 0.006 0.002 0.008 0.065 0.008 0.233 25 R 0.295 0.007 0.002 0.003 0.115 0.009 0.569 26 P 0.159 0.007 0.013 0.007 0.164 0.067 0.584 27 N 0.146 0.021 0.022 0.006 0.174 0.107 0.526 28 T 0.081 0.013 0.094 0.020 0.268 0.142 0.382 29 R 0.091 0.014 0.103 0.017 0.247 0.146 0.383 30 D 0.099 0.006 0.201 0.012 0.217 0.227 0.237 31 L 0.308 0.009 0.058 0.008 0.192 0.111 0.314 32 K 0.659 0.037 0.017 0.004 0.079 0.022 0.181 33 I 0.838 0.011 0.006 0.001 0.018 0.010 0.117 34 L 0.829 0.006 0.009 0.001 0.043 0.019 0.092 35 R 0.888 0.002 0.004 0.001 0.026 0.011 0.068 36 V 0.947 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.045 37 M 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 38 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 39 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 40 P 0.947 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 41 V 0.619 0.008 0.004 0.001 0.046 0.027 0.294 42 S 0.137 0.008 0.027 0.001 0.396 0.186 0.246 43 E 0.006 0.001 0.052 0.001 0.121 0.808 0.012 44 D 0.043 0.001 0.025 0.001 0.226 0.544 0.160 45 Y 0.837 0.004 0.001 0.001 0.049 0.002 0.107 46 L 0.990 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 47 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 50 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 51 L 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 52 T 0.775 0.007 0.001 0.001 0.015 0.004 0.197 53 E 0.401 0.005 0.009 0.001 0.141 0.290 0.152 54 F 0.035 0.002 0.011 0.001 0.246 0.673 0.033 55 G 0.142 0.004 0.008 0.001 0.556 0.141 0.149 56 V 0.531 0.040 0.005 0.001 0.058 0.018 0.348 57 S 0.864 0.018 0.002 0.001 0.017 0.013 0.085 58 K 0.869 0.009 0.005 0.001 0.025 0.019 0.072 59 V 0.785 0.004 0.008 0.001 0.038 0.015 0.148 60 T 0.834 0.004 0.007 0.002 0.047 0.020 0.087 61 P 0.924 0.010 0.003 0.001 0.012 0.004 0.045 62 I 0.890 0.009 0.001 0.001 0.010 0.002 0.087 63 K 0.833 0.014 0.002 0.002 0.018 0.006 0.126 64 T 0.552 0.038 0.008 0.006 0.065 0.018 0.314 65 Q 0.109 0.013 0.027 0.005 0.137 0.062 0.646 66 E 0.045 0.005 0.076 0.009 0.280 0.302 0.284 67 R 0.039 0.021 0.070 0.010 0.162 0.298 0.401 68 L 0.027 0.054 0.007 0.003 0.267 0.019 0.623 69 N 0.020 0.029 0.002 0.005 0.086 0.006 0.853 70 W 0.001 0.001 0.088 0.825 0.026 0.035 0.023 71 E 0.001 0.001 0.110 0.835 0.011 0.033 0.009 72 E 0.001 0.001 0.105 0.848 0.006 0.030 0.009 73 I 0.002 0.002 0.027 0.922 0.007 0.029 0.011 74 E 0.002 0.001 0.034 0.883 0.007 0.062 0.011 75 R 0.004 0.001 0.030 0.849 0.008 0.093 0.014 76 Q 0.003 0.002 0.029 0.860 0.018 0.054 0.034 77 L 0.021 0.011 0.023 0.742 0.074 0.040 0.090 78 N 0.022 0.003 0.033 0.660 0.051 0.068 0.163 79 F 0.014 0.003 0.044 0.801 0.036 0.066 0.037 80 L 0.009 0.001 0.035 0.834 0.020 0.074 0.027 81 L 0.009 0.004 0.027 0.740 0.038 0.152 0.030 82 R 0.007 0.002 0.013 0.278 0.091 0.559 0.050 83 G 0.006 0.002 0.004 0.022 0.149 0.652 0.166 84 R 0.032 0.018 0.001 0.009 0.286 0.012 0.643 85 T 0.038 0.066 0.001 0.007 0.037 0.002 0.850 86 V 0.001 0.001 0.053 0.905 0.011 0.018 0.012 87 G 0.002 0.001 0.069 0.876 0.012 0.034 0.007 88 E 0.001 0.001 0.101 0.853 0.008 0.028 0.008 89 V 0.003 0.002 0.024 0.923 0.008 0.025 0.014 90 L 0.006 0.002 0.014 0.870 0.012 0.067 0.029 91 M 0.010 0.003 0.017 0.776 0.020 0.139 0.035 92 G 0.009 0.004 0.017 0.768 0.046 0.070 0.085 93 K 0.012 0.008 0.044 0.746 0.043 0.046 0.100 94 I 0.008 0.004 0.078 0.750 0.025 0.075 0.061 95 E 0.005 0.001 0.060 0.752 0.029 0.110 0.043 96 S 0.005 0.002 0.050 0.722 0.025 0.157 0.039 97 L 0.008 0.004 0.029 0.646 0.065 0.124 0.123 98 K 0.008 0.002 0.021 0.685 0.026 0.051 0.206 99 G 0.003 0.001 0.019 0.869 0.019 0.040 0.049 100 S 0.003 0.002 0.014 0.910 0.012 0.039 0.020 101 G 0.002 0.001 0.008 0.953 0.007 0.019 0.009 102 F 0.004 0.001 0.003 0.972 0.005 0.009 0.007 103 L 0.005 0.001 0.004 0.970 0.004 0.010 0.006 104 R 0.004 0.001 0.004 0.968 0.004 0.015 0.004 105 L 0.005 0.001 0.007 0.955 0.005 0.020 0.007 106 I 0.006 0.001 0.020 0.911 0.008 0.045 0.009 107 E 0.010 0.001 0.035 0.816 0.015 0.104 0.019 108 S 0.009 0.003 0.065 0.639 0.034 0.194 0.056 109 L 0.027 0.023 0.064 0.389 0.107 0.218 0.173 110 I 0.035 0.012 0.073 0.175 0.139 0.172 0.393 111 G 0.031 0.006 0.073 0.082 0.195 0.192 0.421 112 E 0.040 0.007 0.064 0.052 0.216 0.297 0.323 113 T 0.077 0.008 0.059 0.034 0.268 0.240 0.314 114 V 0.237 0.008 0.033 0.031 0.227 0.068 0.396 115 E 0.493 0.015 0.015 0.024 0.116 0.022 0.315 116 R 0.796 0.022 0.007 0.023 0.025 0.010 0.118 117 Y 0.886 0.008 0.006 0.026 0.008 0.018 0.048 118 L 0.825 0.010 0.006 0.032 0.014 0.035 0.078 119 D 0.502 0.007 0.014 0.063 0.082 0.199 0.133 120 A 0.252 0.009 0.011 0.050 0.233 0.219 0.228 121 G 0.212 0.017 0.032 0.166 0.179 0.105 0.287 122 L 0.204 0.033 0.088 0.229 0.122 0.105 0.218 123 E 0.133 0.019 0.150 0.263 0.105 0.165 0.165 124 N 0.065 0.022 0.216 0.241 0.081 0.209 0.166 125 L 0.041 0.015 0.109 0.162 0.193 0.288 0.193 126 L 0.022 0.013 0.066 0.119 0.227 0.237 0.316 127 K 0.008 0.011 0.067 0.159 0.353 0.086 0.317 128 D 0.008 0.013 0.168 0.140 0.127 0.166 0.378 129 E 0.009 0.007 0.229 0.144 0.078 0.241 0.292 130 T 0.008 0.010 0.263 0.215 0.089 0.192 0.223 131 L 0.010 0.026 0.132 0.171 0.247 0.162 0.253 132 T 0.010 0.015 0.036 0.219 0.232 0.070 0.418 133 L 0.001 0.001 0.056 0.865 0.017 0.036 0.024 134 E 0.001 0.001 0.052 0.900 0.006 0.036 0.006 135 D 0.001 0.001 0.066 0.866 0.004 0.055 0.007 136 I 0.001 0.001 0.010 0.969 0.004 0.012 0.005 137 R 0.001 0.001 0.005 0.985 0.002 0.005 0.003 138 N 0.001 0.001 0.004 0.979 0.002 0.012 0.002 139 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.015 0.002 140 L 0.001 0.001 0.006 0.970 0.003 0.017 0.003 141 E 0.001 0.001 0.014 0.907 0.006 0.068 0.004 142 E 0.001 0.001 0.022 0.873 0.009 0.085 0.010 143 V 0.001 0.004 0.033 0.810 0.036 0.080 0.037 144 K 0.001 0.005 0.030 0.722 0.031 0.163 0.048 145 D 0.002 0.002 0.020 0.621 0.040 0.189 0.127 146 Q 0.004 0.004 0.014 0.730 0.030 0.098 0.120 147 K 0.017 0.005 0.015 0.760 0.034 0.072 0.097 148 F 0.022 0.004 0.022 0.788 0.044 0.037 0.083 149 L 0.023 0.006 0.032 0.857 0.021 0.023 0.038 150 E 0.041 0.002 0.042 0.834 0.012 0.047 0.023 151 S 0.038 0.001 0.051 0.750 0.011 0.129 0.021 152 L 0.035 0.005 0.055 0.633 0.040 0.187 0.044 153 V 0.046 0.005 0.052 0.379 0.122 0.158 0.238 154 G 0.037 0.005 0.099 0.151 0.166 0.195 0.347 155 E 0.013 0.002 0.051 0.053 0.271 0.546 0.063 156 G 0.051 0.002 0.021 0.010 0.166 0.567 0.183 157 I 0.447 0.011 0.003 0.003 0.079 0.010 0.447 158 T 0.861 0.015 0.001 0.001 0.012 0.002 0.108 159 V 0.934 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.054 160 R 0.914 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.070 161 I 0.604 0.009 0.003 0.005 0.038 0.010 0.331 162 G 0.247 0.016 0.014 0.012 0.160 0.041 0.511 163 R 0.083 0.016 0.041 0.027 0.266 0.131 0.435 164 E 0.048 0.020 0.055 0.040 0.275 0.221 0.341 165 I 0.030 0.021 0.059 0.045 0.262 0.201 0.382 166 G 0.020 0.015 0.050 0.032 0.256 0.132 0.496 167 R 0.016 0.014 0.157 0.058 0.168 0.129 0.458 168 K 0.021 0.009 0.270 0.077 0.151 0.277 0.196 169 K 0.027 0.014 0.234 0.070 0.112 0.339 0.204 170 L 0.030 0.011 0.213 0.033 0.126 0.083 0.504 171 E 0.046 0.014 0.279 0.042 0.148 0.291 0.180 172 K 0.073 0.006 0.147 0.019 0.132 0.450 0.173 173 F 0.276 0.010 0.014 0.007 0.119 0.035 0.540 174 A 0.763 0.007 0.001 0.001 0.071 0.005 0.151 175 V 0.963 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 176 F 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 177 S 0.915 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.072 178 G 0.878 0.002 0.002 0.001 0.023 0.005 0.089 179 K 0.761 0.004 0.004 0.001 0.046 0.009 0.175 180 Y 0.791 0.013 0.005 0.001 0.038 0.012 0.139 181 F 0.686 0.028 0.005 0.002 0.025 0.027 0.227 182 K 0.401 0.013 0.023 0.002 0.098 0.301 0.163 183 G 0.020 0.002 0.011 0.001 0.129 0.815 0.022 184 E 0.042 0.003 0.010 0.001 0.334 0.544 0.066 185 S 0.540 0.022 0.003 0.001 0.078 0.029 0.328 186 P 0.787 0.032 0.001 0.001 0.013 0.003 0.165 187 I 0.904 0.002 0.001 0.001 0.025 0.003 0.065 188 G 0.966 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.020 189 S 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 190 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 191 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 192 L 0.949 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.038 193 F 0.819 0.010 0.001 0.001 0.037 0.004 0.128 194 T 0.395 0.030 0.006 0.005 0.097 0.014 0.453 195 S 0.146 0.016 0.036 0.009 0.181 0.105 0.507 196 K 0.107 0.016 0.084 0.017 0.238 0.308 0.230 197 V 0.062 0.031 0.069 0.036 0.238 0.195 0.368 198 T 0.033 0.034 0.041 0.039 0.203 0.078 0.573 199 K 0.019 0.027 0.025 0.048 0.207 0.101 0.572 200 Y 0.004 0.005 0.107 0.549 0.098 0.086 0.152 201 D 0.001 0.001 0.114 0.773 0.018 0.078 0.015 202 R 0.001 0.001 0.096 0.808 0.008 0.075 0.012 203 N 0.001 0.001 0.017 0.960 0.003 0.013 0.005 204 H 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.004 0.003 205 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 206 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 207 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 209 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 210 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 211 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 212 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 213 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 214 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.002 215 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.010 0.001 216 E 0.001 0.001 0.003 0.972 0.004 0.018 0.003 217 Y 0.001 0.001 0.005 0.959 0.002 0.029 0.004 218 F 0.001 0.002 0.006 0.916 0.012 0.049 0.015 219 T 0.002 0.001 0.023 0.809 0.023 0.112 0.029 220 S 0.006 0.001 0.029 0.764 0.035 0.108 0.056 221 T 0.008 0.005 0.051 0.660 0.058 0.123 0.095 222 S 0.019 0.009 0.030 0.456 0.114 0.220 0.150 223 R 0.013 0.009 0.021 0.183 0.007 0.255 0.512 224 R 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.996