# TARGET T0199 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0199.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.616 0.256 0.092 0.030 0.006 0.001 0.001 2 P 0.310 0.218 0.199 0.199 0.065 0.008 0.001 3 E 0.485 0.341 0.134 0.034 0.006 0.001 0.001 4 K 0.660 0.285 0.047 0.007 0.001 0.001 0.001 5 V 0.185 0.233 0.241 0.240 0.086 0.014 0.001 6 L 0.166 0.166 0.188 0.254 0.180 0.044 0.002 7 F 0.158 0.468 0.286 0.077 0.010 0.001 0.001 8 L 0.116 0.372 0.331 0.153 0.026 0.002 0.001 9 A 0.042 0.056 0.064 0.176 0.358 0.287 0.017 10 G 0.034 0.090 0.175 0.332 0.279 0.083 0.006 11 N 0.130 0.451 0.298 0.104 0.015 0.001 0.001 12 L 0.044 0.073 0.175 0.369 0.276 0.061 0.002 13 L 0.020 0.030 0.031 0.094 0.277 0.486 0.062 14 A 0.071 0.161 0.231 0.299 0.189 0.046 0.004 15 R 0.109 0.302 0.313 0.206 0.058 0.011 0.001 16 L 0.023 0.047 0.079 0.214 0.367 0.245 0.025 17 T 0.045 0.110 0.178 0.272 0.230 0.137 0.028 18 E 0.113 0.271 0.249 0.194 0.104 0.058 0.011 19 G 0.029 0.074 0.130 0.235 0.278 0.202 0.053 20 Y 0.016 0.029 0.055 0.149 0.286 0.347 0.119 21 V 0.014 0.015 0.034 0.065 0.158 0.412 0.303 22 L 0.007 0.008 0.019 0.051 0.112 0.384 0.420 23 I 0.008 0.012 0.026 0.070 0.197 0.475 0.211 24 E 0.021 0.049 0.102 0.207 0.313 0.268 0.040 25 R 0.054 0.146 0.251 0.295 0.193 0.056 0.005 26 P 0.145 0.254 0.235 0.238 0.098 0.028 0.002 27 N 0.467 0.333 0.129 0.053 0.016 0.003 0.001 28 T 0.330 0.269 0.193 0.145 0.055 0.009 0.001 29 R 0.525 0.298 0.123 0.045 0.008 0.001 0.001 30 D 0.524 0.329 0.104 0.035 0.008 0.001 0.001 31 L 0.285 0.337 0.206 0.117 0.045 0.008 0.001 32 K 0.076 0.284 0.320 0.236 0.072 0.012 0.001 33 I 0.008 0.019 0.059 0.210 0.409 0.271 0.024 34 L 0.044 0.219 0.283 0.269 0.139 0.042 0.003 35 R 0.016 0.086 0.196 0.295 0.255 0.137 0.015 36 V 0.002 0.004 0.014 0.065 0.223 0.520 0.172 37 M 0.004 0.035 0.091 0.209 0.304 0.290 0.066 38 L 0.001 0.005 0.019 0.063 0.188 0.517 0.207 39 I 0.002 0.011 0.026 0.085 0.238 0.496 0.142 40 P 0.013 0.085 0.196 0.329 0.245 0.116 0.016 41 V 0.011 0.036 0.072 0.200 0.429 0.230 0.022 42 S 0.180 0.403 0.265 0.121 0.026 0.005 0.001 43 E 0.215 0.425 0.212 0.110 0.032 0.006 0.001 44 D 0.021 0.137 0.244 0.332 0.219 0.045 0.001 45 Y 0.003 0.051 0.172 0.371 0.312 0.089 0.002 46 L 0.001 0.001 0.008 0.041 0.176 0.590 0.184 47 I 0.001 0.001 0.005 0.025 0.120 0.468 0.381 48 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.236 0.738 49 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.125 0.868 50 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.215 0.761 51 L 0.001 0.002 0.008 0.034 0.128 0.469 0.359 52 T 0.002 0.012 0.044 0.147 0.366 0.348 0.080 53 E 0.033 0.150 0.266 0.293 0.172 0.072 0.015 54 F 0.171 0.394 0.231 0.129 0.058 0.015 0.002 55 G 0.061 0.191 0.276 0.281 0.144 0.044 0.003 56 V 0.062 0.237 0.292 0.256 0.120 0.031 0.002 57 S 0.008 0.021 0.063 0.196 0.414 0.279 0.020 58 K 0.054 0.225 0.325 0.275 0.098 0.022 0.002 59 V 0.103 0.213 0.221 0.211 0.168 0.075 0.008 60 T 0.036 0.150 0.243 0.291 0.195 0.079 0.006 61 P 0.024 0.087 0.166 0.288 0.280 0.147 0.008 62 I 0.009 0.021 0.059 0.169 0.348 0.362 0.032 63 K 0.057 0.233 0.350 0.258 0.086 0.015 0.001 64 T 0.034 0.073 0.167 0.321 0.316 0.084 0.005 65 Q 0.338 0.374 0.193 0.075 0.017 0.002 0.001 66 E 0.561 0.289 0.100 0.039 0.009 0.001 0.001 67 R 0.537 0.294 0.118 0.040 0.011 0.002 0.001 68 L 0.232 0.203 0.241 0.223 0.090 0.011 0.001 69 N 0.705 0.217 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 70 W 0.594 0.273 0.095 0.032 0.006 0.001 0.001 71 E 0.716 0.208 0.052 0.019 0.004 0.001 0.001 72 E 0.430 0.323 0.155 0.065 0.022 0.004 0.001 73 I 0.100 0.145 0.206 0.290 0.207 0.049 0.003 74 E 0.112 0.302 0.304 0.196 0.068 0.016 0.001 75 R 0.281 0.417 0.191 0.077 0.027 0.007 0.001 76 Q 0.036 0.168 0.297 0.304 0.151 0.040 0.003 77 L 0.010 0.017 0.039 0.151 0.386 0.367 0.029 78 N 0.034 0.126 0.236 0.323 0.211 0.065 0.005 79 F 0.219 0.380 0.203 0.110 0.059 0.027 0.003 80 L 0.032 0.120 0.257 0.342 0.182 0.063 0.005 81 L 0.017 0.026 0.072 0.246 0.409 0.217 0.013 82 R 0.271 0.399 0.206 0.092 0.025 0.005 0.001 83 G 0.461 0.368 0.119 0.040 0.010 0.002 0.001 84 R 0.143 0.249 0.302 0.214 0.074 0.016 0.001 85 T 0.356 0.368 0.159 0.076 0.031 0.008 0.001 86 V 0.058 0.087 0.159 0.314 0.286 0.091 0.006 87 G 0.374 0.328 0.175 0.087 0.028 0.006 0.001 88 E 0.218 0.320 0.251 0.138 0.056 0.016 0.001 89 V 0.053 0.066 0.119 0.248 0.323 0.178 0.013 90 L 0.099 0.177 0.225 0.266 0.174 0.056 0.004 91 M 0.312 0.369 0.181 0.089 0.035 0.012 0.002 92 G 0.173 0.266 0.279 0.189 0.073 0.018 0.001 93 K 0.098 0.138 0.193 0.288 0.214 0.065 0.004 94 I 0.242 0.247 0.218 0.170 0.092 0.029 0.002 95 E 0.584 0.256 0.094 0.044 0.016 0.005 0.001 96 S 0.506 0.279 0.128 0.057 0.022 0.007 0.001 97 L 0.143 0.142 0.193 0.257 0.201 0.060 0.004 98 K 0.262 0.228 0.204 0.184 0.094 0.026 0.002 99 G 0.476 0.288 0.134 0.069 0.025 0.007 0.001 100 S 0.368 0.295 0.190 0.098 0.039 0.010 0.001 101 G 0.142 0.167 0.159 0.213 0.194 0.112 0.013 102 F 0.097 0.121 0.171 0.244 0.229 0.119 0.019 103 L 0.294 0.316 0.215 0.115 0.043 0.014 0.002 104 R 0.180 0.228 0.224 0.211 0.116 0.037 0.004 105 L 0.110 0.070 0.085 0.171 0.263 0.256 0.045 106 I 0.126 0.162 0.210 0.264 0.174 0.059 0.006 107 E 0.285 0.374 0.200 0.093 0.035 0.012 0.002 108 S 0.115 0.197 0.228 0.222 0.159 0.071 0.008 109 L 0.077 0.121 0.182 0.279 0.231 0.103 0.008 110 I 0.263 0.298 0.224 0.144 0.057 0.012 0.001 111 G 0.555 0.272 0.111 0.048 0.012 0.002 0.001 112 E 0.621 0.239 0.089 0.039 0.010 0.002 0.001 113 T 0.610 0.245 0.095 0.038 0.010 0.002 0.001 114 V 0.450 0.284 0.143 0.086 0.030 0.006 0.001 115 E 0.377 0.354 0.172 0.073 0.020 0.004 0.001 116 R 0.113 0.168 0.203 0.255 0.189 0.068 0.005 117 Y 0.065 0.098 0.159 0.259 0.262 0.142 0.015 118 L 0.078 0.132 0.170 0.247 0.237 0.121 0.015 119 D 0.133 0.220 0.233 0.224 0.131 0.052 0.007 120 A 0.136 0.156 0.171 0.217 0.204 0.101 0.016 121 G 0.164 0.223 0.180 0.184 0.141 0.089 0.018 122 L 0.139 0.163 0.191 0.234 0.181 0.083 0.009 123 E 0.184 0.252 0.219 0.181 0.108 0.050 0.006 124 N 0.128 0.144 0.149 0.193 0.209 0.158 0.020 125 L 0.055 0.066 0.133 0.272 0.311 0.151 0.013 126 L 0.225 0.325 0.248 0.146 0.047 0.009 0.001 127 K 0.314 0.302 0.212 0.122 0.041 0.008 0.001 128 D 0.505 0.281 0.123 0.061 0.022 0.006 0.001 129 E 0.249 0.300 0.215 0.154 0.067 0.015 0.001 130 T 0.226 0.237 0.235 0.195 0.090 0.017 0.001 131 L 0.484 0.334 0.126 0.044 0.010 0.002 0.001 132 T 0.409 0.338 0.160 0.074 0.017 0.002 0.001 133 L 0.145 0.230 0.291 0.231 0.091 0.012 0.001 134 E 0.633 0.290 0.061 0.013 0.002 0.001 0.001 135 D 0.202 0.413 0.272 0.094 0.017 0.002 0.001 136 I 0.035 0.057 0.120 0.310 0.369 0.105 0.003 137 R 0.166 0.383 0.317 0.110 0.021 0.002 0.001 138 N 0.438 0.402 0.124 0.030 0.005 0.001 0.001 139 L 0.117 0.112 0.152 0.269 0.258 0.088 0.003 140 L 0.113 0.094 0.168 0.305 0.253 0.064 0.003 141 E 0.311 0.447 0.178 0.052 0.010 0.001 0.001 142 E 0.203 0.279 0.294 0.176 0.043 0.005 0.001 143 V 0.172 0.161 0.156 0.247 0.200 0.062 0.002 144 K 0.379 0.355 0.184 0.067 0.013 0.002 0.001 145 D 0.734 0.206 0.045 0.012 0.003 0.001 0.001 146 Q 0.423 0.296 0.179 0.079 0.020 0.003 0.001 147 K 0.701 0.231 0.056 0.010 0.001 0.001 0.001 148 F 0.419 0.308 0.172 0.075 0.023 0.002 0.001 149 L 0.158 0.166 0.194 0.289 0.168 0.026 0.001 150 E 0.318 0.364 0.215 0.084 0.017 0.002 0.001 151 S 0.561 0.331 0.085 0.020 0.003 0.001 0.001 152 L 0.290 0.254 0.206 0.180 0.062 0.008 0.001 153 V 0.160 0.158 0.247 0.297 0.123 0.015 0.001 154 G 0.635 0.273 0.068 0.020 0.004 0.001 0.001 155 E 0.572 0.318 0.090 0.019 0.002 0.001 0.001 156 G 0.343 0.437 0.155 0.052 0.012 0.002 0.001 157 I 0.007 0.044 0.123 0.336 0.399 0.088 0.003 158 T 0.011 0.113 0.237 0.325 0.220 0.087 0.007 159 V 0.001 0.002 0.007 0.034 0.146 0.570 0.239 160 R 0.003 0.027 0.105 0.277 0.300 0.224 0.064 161 I 0.004 0.009 0.022 0.067 0.198 0.478 0.221 162 G 0.015 0.058 0.107 0.220 0.276 0.257 0.066 163 R 0.026 0.095 0.124 0.214 0.253 0.244 0.044 164 E 0.024 0.103 0.180 0.252 0.273 0.150 0.017 165 I 0.074 0.183 0.213 0.250 0.187 0.084 0.009 166 G 0.228 0.323 0.213 0.151 0.063 0.019 0.002 167 R 0.147 0.251 0.245 0.235 0.097 0.023 0.002 168 K 0.460 0.374 0.118 0.035 0.010 0.002 0.001 169 K 0.217 0.327 0.238 0.154 0.053 0.010 0.001 170 L 0.027 0.067 0.156 0.311 0.337 0.098 0.004 171 E 0.154 0.403 0.262 0.134 0.039 0.008 0.001 172 K 0.063 0.282 0.286 0.226 0.103 0.035 0.004 173 F 0.002 0.010 0.041 0.155 0.332 0.391 0.069 174 A 0.001 0.012 0.041 0.136 0.324 0.372 0.114 175 V 0.001 0.002 0.008 0.027 0.083 0.410 0.467 176 F 0.001 0.003 0.007 0.027 0.099 0.419 0.445 177 S 0.003 0.014 0.050 0.112 0.200 0.379 0.241 178 G 0.002 0.008 0.021 0.070 0.211 0.447 0.242 179 K 0.008 0.058 0.170 0.280 0.271 0.176 0.037 180 Y 0.004 0.018 0.058 0.213 0.384 0.296 0.027 181 F 0.070 0.315 0.298 0.206 0.096 0.014 0.001 182 K 0.192 0.258 0.271 0.212 0.057 0.010 0.001 183 G 0.617 0.270 0.071 0.030 0.009 0.002 0.001 184 E 0.636 0.262 0.074 0.022 0.005 0.001 0.001 185 S 0.347 0.368 0.192 0.074 0.016 0.003 0.001 186 P 0.090 0.205 0.234 0.269 0.163 0.038 0.002 187 I 0.014 0.108 0.233 0.347 0.226 0.066 0.006 188 G 0.005 0.014 0.037 0.126 0.301 0.409 0.107 189 S 0.004 0.019 0.055 0.152 0.287 0.335 0.149 190 V 0.002 0.004 0.011 0.029 0.088 0.388 0.478 191 Y 0.004 0.011 0.026 0.072 0.151 0.336 0.400 192 L 0.005 0.009 0.021 0.044 0.103 0.335 0.482 193 F 0.012 0.018 0.028 0.078 0.184 0.379 0.301 194 T 0.032 0.076 0.118 0.159 0.222 0.258 0.135 195 S 0.074 0.100 0.123 0.205 0.184 0.198 0.116 196 K 0.177 0.187 0.155 0.177 0.162 0.104 0.037 197 V 0.158 0.191 0.203 0.187 0.149 0.090 0.022 198 T 0.167 0.175 0.158 0.208 0.165 0.104 0.023 199 K 0.175 0.210 0.199 0.194 0.131 0.074 0.016 200 Y 0.053 0.081 0.131 0.226 0.297 0.181 0.031 201 D 0.191 0.337 0.245 0.143 0.063 0.019 0.003 202 R 0.106 0.200 0.246 0.245 0.139 0.055 0.008 203 N 0.031 0.039 0.049 0.132 0.279 0.407 0.062 204 H 0.019 0.073 0.174 0.322 0.288 0.112 0.011 205 R 0.074 0.235 0.305 0.253 0.104 0.027 0.002 206 V 0.019 0.039 0.064 0.177 0.349 0.327 0.026 207 F 0.005 0.012 0.022 0.082 0.260 0.540 0.080 208 E 0.011 0.122 0.328 0.368 0.143 0.026 0.002 209 Y 0.012 0.089 0.246 0.382 0.225 0.043 0.002 210 I 0.002 0.004 0.005 0.031 0.199 0.668 0.091 211 L 0.001 0.015 0.073 0.307 0.433 0.165 0.006 212 N 0.017 0.350 0.440 0.162 0.028 0.003 0.001 213 R 0.003 0.024 0.159 0.505 0.274 0.034 0.001 214 L 0.001 0.004 0.005 0.030 0.252 0.656 0.052 215 S 0.032 0.205 0.349 0.305 0.098 0.011 0.001 216 E 0.153 0.595 0.209 0.039 0.004 0.001 0.001 217 Y 0.007 0.033 0.202 0.498 0.232 0.027 0.001 218 F 0.054 0.098 0.114 0.260 0.388 0.085 0.002 219 T 0.310 0.419 0.192 0.065 0.013 0.001 0.001 220 S 0.427 0.392 0.143 0.034 0.004 0.001 0.001 221 T 0.145 0.243 0.245 0.236 0.113 0.018 0.001 222 S 0.167 0.277 0.322 0.185 0.046 0.004 0.001 223 R 0.727 0.203 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 224 R 0.762 0.185 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001