# TARGET T0199 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0199.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.279 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.001 0.002 0.001 0.015 0.025 0.956 2 P 0.001 0.001 0.004 0.978 0.004 0.013 3 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.003 0.006 4 K 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 10 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 14 A 0.001 0.001 0.016 0.970 0.010 0.003 15 R 0.001 0.001 0.037 0.888 0.044 0.028 16 L 0.010 0.015 0.065 0.574 0.196 0.140 17 T 0.018 0.005 0.046 0.174 0.382 0.375 18 E 0.023 0.003 0.023 0.043 0.362 0.544 19 G 0.194 0.009 0.011 0.017 0.333 0.436 20 Y 0.728 0.003 0.002 0.005 0.075 0.187 21 V 0.965 0.001 0.001 0.002 0.008 0.023 22 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 23 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 24 E 0.921 0.002 0.001 0.001 0.016 0.060 25 R 0.454 0.008 0.002 0.002 0.294 0.240 26 P 0.102 0.013 0.010 0.003 0.588 0.283 27 N 0.032 0.013 0.023 0.006 0.684 0.241 28 T 0.059 0.018 0.063 0.011 0.771 0.078 29 R 0.123 0.011 0.083 0.076 0.541 0.165 30 D 0.125 0.009 0.072 0.084 0.572 0.138 31 L 0.306 0.009 0.032 0.053 0.381 0.219 32 K 0.682 0.017 0.016 0.030 0.078 0.177 33 I 0.849 0.011 0.016 0.014 0.059 0.051 34 L 0.861 0.002 0.013 0.012 0.047 0.066 35 R 0.957 0.002 0.002 0.003 0.013 0.024 36 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 37 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 38 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 39 I 0.951 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 40 P 0.909 0.002 0.001 0.001 0.025 0.062 41 V 0.535 0.023 0.003 0.001 0.102 0.335 42 S 0.120 0.014 0.011 0.001 0.784 0.069 43 E 0.015 0.003 0.065 0.003 0.886 0.029 44 D 0.007 0.001 0.057 0.002 0.911 0.024 45 Y 0.290 0.015 0.016 0.001 0.646 0.033 46 L 0.916 0.004 0.001 0.001 0.020 0.059 47 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 51 L 0.952 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 52 T 0.700 0.005 0.001 0.001 0.238 0.055 53 E 0.124 0.003 0.003 0.001 0.808 0.060 54 F 0.017 0.001 0.006 0.002 0.939 0.035 55 G 0.164 0.018 0.005 0.001 0.756 0.056 56 V 0.630 0.020 0.002 0.001 0.079 0.268 57 S 0.871 0.015 0.002 0.001 0.034 0.078 58 K 0.827 0.004 0.002 0.001 0.055 0.110 59 V 0.838 0.003 0.002 0.003 0.047 0.107 60 T 0.856 0.002 0.002 0.003 0.045 0.092 61 P 0.917 0.002 0.001 0.004 0.019 0.057 62 I 0.916 0.008 0.001 0.004 0.012 0.058 63 K 0.755 0.010 0.003 0.006 0.049 0.178 64 T 0.166 0.010 0.006 0.010 0.163 0.645 65 Q 0.055 0.006 0.035 0.009 0.665 0.230 66 E 0.013 0.002 0.090 0.007 0.759 0.129 67 R 0.019 0.006 0.090 0.009 0.665 0.212 68 L 0.065 0.101 0.015 0.006 0.410 0.403 69 N 0.028 0.022 0.002 0.006 0.046 0.895 70 W 0.001 0.001 0.096 0.879 0.012 0.012 71 E 0.001 0.001 0.079 0.914 0.005 0.001 72 E 0.001 0.001 0.055 0.940 0.003 0.001 73 I 0.002 0.001 0.008 0.982 0.003 0.005 74 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 75 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 76 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 78 N 0.001 0.001 0.006 0.981 0.010 0.003 79 F 0.002 0.001 0.019 0.952 0.021 0.005 80 L 0.003 0.001 0.012 0.941 0.025 0.018 81 L 0.004 0.005 0.028 0.705 0.255 0.003 82 R 0.005 0.001 0.014 0.420 0.541 0.018 83 G 0.001 0.001 0.008 0.075 0.756 0.160 84 R 0.038 0.110 0.005 0.015 0.629 0.203 85 T 0.094 0.043 0.004 0.025 0.100 0.733 86 V 0.024 0.004 0.460 0.385 0.088 0.039 87 G 0.043 0.001 0.544 0.293 0.087 0.032 88 E 0.050 0.002 0.508 0.357 0.063 0.021 89 V 0.084 0.019 0.054 0.525 0.105 0.213 90 L 0.055 0.016 0.022 0.423 0.100 0.385 91 M 0.015 0.002 0.050 0.820 0.052 0.061 92 G 0.029 0.003 0.112 0.623 0.132 0.102 93 K 0.019 0.006 0.192 0.634 0.096 0.053 94 I 0.023 0.005 0.092 0.764 0.064 0.053 95 E 0.015 0.003 0.076 0.808 0.056 0.042 96 S 0.004 0.001 0.072 0.842 0.053 0.028 97 L 0.003 0.002 0.053 0.840 0.062 0.039 98 K 0.001 0.001 0.019 0.939 0.022 0.018 99 G 0.001 0.001 0.014 0.936 0.025 0.023 100 S 0.001 0.001 0.008 0.961 0.015 0.015 101 G 0.003 0.001 0.010 0.960 0.012 0.014 102 F 0.002 0.001 0.004 0.986 0.004 0.003 103 L 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 104 R 0.002 0.001 0.003 0.990 0.003 0.002 105 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 106 I 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 107 E 0.001 0.001 0.009 0.982 0.005 0.003 108 S 0.002 0.001 0.010 0.964 0.011 0.012 109 L 0.004 0.002 0.011 0.899 0.034 0.050 110 I 0.006 0.004 0.012 0.825 0.072 0.082 111 G 0.006 0.002 0.015 0.502 0.254 0.220 112 E 0.004 0.002 0.033 0.458 0.318 0.185 113 T 0.009 0.006 0.064 0.522 0.205 0.194 114 V 0.009 0.002 0.088 0.740 0.109 0.052 115 E 0.015 0.001 0.063 0.802 0.071 0.048 116 R 0.044 0.002 0.049 0.824 0.053 0.027 117 Y 0.138 0.007 0.022 0.749 0.047 0.037 118 L 0.111 0.006 0.013 0.802 0.031 0.038 119 D 0.069 0.003 0.014 0.794 0.070 0.050 120 A 0.018 0.002 0.009 0.831 0.069 0.070 121 G 0.016 0.005 0.022 0.601 0.115 0.242 122 L 0.008 0.003 0.021 0.922 0.024 0.023 123 E 0.009 0.001 0.031 0.929 0.018 0.012 124 N 0.007 0.002 0.034 0.916 0.026 0.016 125 L 0.012 0.003 0.071 0.802 0.078 0.034 126 L 0.015 0.005 0.084 0.573 0.226 0.097 127 K 0.012 0.006 0.076 0.407 0.293 0.205 128 D 0.009 0.008 0.049 0.048 0.620 0.265 129 E 0.006 0.002 0.101 0.024 0.615 0.251 130 T 0.025 0.015 0.136 0.023 0.548 0.253 131 L 0.037 0.042 0.023 0.021 0.445 0.432 132 T 0.013 0.008 0.003 0.016 0.081 0.879 133 L 0.001 0.001 0.020 0.969 0.005 0.005 134 E 0.001 0.001 0.019 0.978 0.002 0.001 135 D 0.001 0.001 0.036 0.958 0.004 0.001 136 I 0.001 0.001 0.008 0.986 0.002 0.003 137 R 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 138 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 139 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 140 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 141 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 142 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 143 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.003 144 K 0.001 0.001 0.010 0.962 0.018 0.009 145 D 0.001 0.001 0.008 0.899 0.039 0.054 146 Q 0.001 0.001 0.006 0.815 0.052 0.125 147 K 0.002 0.001 0.011 0.820 0.063 0.102 148 F 0.011 0.003 0.029 0.818 0.081 0.058 149 L 0.016 0.002 0.036 0.883 0.041 0.022 150 E 0.014 0.001 0.043 0.901 0.026 0.015 151 S 0.011 0.001 0.030 0.915 0.025 0.019 152 L 0.011 0.003 0.028 0.882 0.049 0.027 153 V 0.015 0.007 0.021 0.735 0.141 0.081 154 G 0.012 0.004 0.022 0.133 0.689 0.139 155 E 0.012 0.002 0.017 0.039 0.792 0.138 156 G 0.060 0.003 0.007 0.008 0.648 0.275 157 I 0.643 0.016 0.002 0.002 0.164 0.173 158 T 0.928 0.003 0.001 0.001 0.012 0.055 159 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.004 0.020 160 R 0.956 0.001 0.001 0.002 0.013 0.028 161 I 0.887 0.004 0.001 0.011 0.034 0.064 162 G 0.632 0.005 0.007 0.028 0.172 0.157 163 R 0.541 0.011 0.030 0.048 0.204 0.167 164 E 0.372 0.014 0.096 0.068 0.267 0.184 165 I 0.180 0.016 0.111 0.068 0.395 0.229 166 G 0.072 0.006 0.083 0.044 0.404 0.390 167 R 0.119 0.013 0.098 0.089 0.358 0.322 168 K 0.129 0.016 0.167 0.113 0.307 0.269 169 K 0.080 0.014 0.325 0.151 0.250 0.180 170 L 0.056 0.016 0.430 0.102 0.339 0.057 171 E 0.048 0.003 0.365 0.056 0.476 0.052 172 K 0.082 0.002 0.142 0.028 0.617 0.129 173 F 0.635 0.014 0.012 0.003 0.228 0.108 174 A 0.923 0.002 0.001 0.001 0.020 0.054 175 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 176 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 177 S 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 178 G 0.895 0.001 0.001 0.001 0.016 0.088 179 K 0.861 0.001 0.001 0.001 0.029 0.108 180 Y 0.853 0.011 0.001 0.001 0.029 0.105 181 F 0.541 0.022 0.003 0.002 0.385 0.047 182 K 0.181 0.009 0.004 0.003 0.760 0.043 183 G 0.023 0.001 0.005 0.002 0.923 0.045 184 E 0.106 0.023 0.006 0.002 0.782 0.081 185 S 0.283 0.045 0.006 0.002 0.259 0.405 186 P 0.475 0.025 0.011 0.003 0.179 0.307 187 I 0.657 0.014 0.006 0.002 0.125 0.197 188 G 0.738 0.003 0.002 0.001 0.085 0.172 189 S 0.925 0.001 0.001 0.001 0.020 0.053 190 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 191 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 192 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 193 F 0.944 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 194 T 0.542 0.002 0.002 0.002 0.115 0.337 195 S 0.303 0.005 0.017 0.009 0.346 0.321 196 K 0.282 0.020 0.044 0.016 0.351 0.288 197 V 0.505 0.019 0.041 0.035 0.236 0.164 198 T 0.379 0.042 0.021 0.050 0.192 0.316 199 K 0.217 0.023 0.021 0.057 0.269 0.415 200 Y 0.026 0.005 0.160 0.558 0.197 0.054 201 D 0.004 0.001 0.145 0.755 0.080 0.016 202 R 0.002 0.001 0.127 0.841 0.023 0.006 203 N 0.003 0.001 0.028 0.936 0.011 0.022 204 H 0.001 0.001 0.005 0.986 0.003 0.005 205 R 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 206 V 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 207 F 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 208 E 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 209 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 210 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 211 L 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 212 N 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 213 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 214 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 215 S 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.004 216 E 0.001 0.001 0.007 0.982 0.007 0.004 217 Y 0.001 0.001 0.007 0.962 0.013 0.017 218 F 0.001 0.002 0.015 0.882 0.045 0.055 219 T 0.004 0.004 0.035 0.751 0.110 0.097 220 S 0.004 0.001 0.082 0.636 0.166 0.111 221 T 0.008 0.004 0.096 0.547 0.190 0.156 222 S 0.008 0.007 0.045 0.536 0.149 0.255 223 R 0.010 0.007 0.010 0.150 0.132 0.691 224 R 0.007 0.002 0.001 0.020 0.054 0.916