# TARGET T0199 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0199.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.279 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.003 0.005 0.001 0.025 0.007 0.002 0.956 2 P 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.004 0.007 3 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 7 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 8 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 9 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 10 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.013 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.971 0.001 0.024 0.001 14 A 0.001 0.001 0.035 0.892 0.002 0.069 0.001 15 R 0.001 0.001 0.053 0.616 0.003 0.327 0.001 16 L 0.001 0.001 0.107 0.508 0.036 0.315 0.033 17 T 0.003 0.006 0.183 0.281 0.105 0.277 0.145 18 E 0.008 0.007 0.167 0.111 0.218 0.394 0.096 19 G 0.076 0.008 0.141 0.073 0.306 0.160 0.236 20 Y 0.325 0.008 0.086 0.104 0.083 0.062 0.332 21 V 0.786 0.011 0.033 0.063 0.014 0.041 0.053 22 L 0.907 0.006 0.010 0.035 0.004 0.011 0.028 23 I 0.904 0.005 0.004 0.017 0.010 0.007 0.052 24 E 0.753 0.021 0.005 0.014 0.042 0.015 0.149 25 R 0.181 0.011 0.002 0.001 0.139 0.005 0.661 26 P 0.056 0.007 0.032 0.007 0.163 0.331 0.404 27 N 0.022 0.017 0.047 0.009 0.200 0.340 0.364 28 T 0.026 0.006 0.101 0.020 0.308 0.107 0.432 29 R 0.039 0.009 0.099 0.037 0.235 0.359 0.223 30 D 0.115 0.013 0.109 0.015 0.255 0.315 0.178 31 L 0.363 0.011 0.039 0.011 0.146 0.050 0.379 32 K 0.733 0.027 0.012 0.003 0.052 0.021 0.150 33 I 0.874 0.007 0.004 0.001 0.007 0.002 0.105 34 L 0.829 0.001 0.003 0.001 0.065 0.008 0.093 35 R 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 36 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 37 M 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 38 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 39 I 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 40 P 0.867 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.123 41 V 0.232 0.014 0.004 0.001 0.214 0.074 0.462 42 S 0.103 0.004 0.008 0.001 0.231 0.062 0.590 43 E 0.012 0.001 0.091 0.006 0.281 0.541 0.069 44 D 0.041 0.001 0.041 0.003 0.169 0.678 0.066 45 Y 0.619 0.010 0.013 0.001 0.071 0.023 0.264 46 L 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 47 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 48 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 S 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 50 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 51 L 0.974 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 52 T 0.647 0.002 0.001 0.001 0.020 0.004 0.326 53 E 0.189 0.006 0.014 0.002 0.266 0.419 0.105 54 F 0.021 0.002 0.016 0.001 0.148 0.780 0.033 55 G 0.048 0.002 0.021 0.001 0.517 0.288 0.124 56 V 0.301 0.019 0.007 0.001 0.139 0.027 0.506 57 S 0.879 0.014 0.002 0.001 0.024 0.004 0.076 58 K 0.957 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.033 59 V 0.945 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 60 T 0.929 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.046 61 P 0.913 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.070 62 I 0.801 0.004 0.001 0.001 0.013 0.003 0.177 63 K 0.787 0.020 0.001 0.002 0.017 0.003 0.170 64 T 0.434 0.018 0.007 0.004 0.044 0.018 0.476 65 Q 0.133 0.011 0.057 0.008 0.198 0.167 0.426 66 E 0.067 0.005 0.080 0.010 0.349 0.314 0.175 67 R 0.063 0.022 0.044 0.008 0.189 0.195 0.480 68 L 0.048 0.061 0.003 0.007 0.212 0.012 0.656 69 N 0.020 0.033 0.001 0.007 0.033 0.004 0.902 70 W 0.001 0.001 0.022 0.965 0.001 0.009 0.004 71 E 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.003 0.001 72 E 0.001 0.001 0.015 0.983 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.002 0.001 74 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 75 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.012 0.001 76 Q 0.001 0.001 0.002 0.974 0.001 0.020 0.002 77 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.011 0.003 78 N 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 79 F 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.005 0.001 80 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.013 0.001 81 L 0.001 0.002 0.013 0.917 0.011 0.048 0.008 82 R 0.001 0.001 0.011 0.364 0.012 0.609 0.003 83 G 0.001 0.001 0.003 0.020 0.020 0.944 0.012 84 R 0.014 0.027 0.001 0.005 0.128 0.006 0.821 85 T 0.019 0.019 0.001 0.003 0.016 0.002 0.941 86 V 0.009 0.005 0.232 0.651 0.008 0.068 0.028 87 G 0.009 0.001 0.382 0.488 0.015 0.089 0.016 88 E 0.015 0.006 0.467 0.394 0.012 0.036 0.070 89 V 0.064 0.041 0.109 0.454 0.053 0.053 0.225 90 L 0.051 0.019 0.059 0.271 0.037 0.107 0.457 91 M 0.012 0.004 0.118 0.572 0.031 0.159 0.103 92 G 0.009 0.002 0.091 0.523 0.049 0.259 0.067 93 K 0.020 0.014 0.150 0.435 0.068 0.151 0.162 94 I 0.007 0.003 0.097 0.722 0.028 0.047 0.097 95 E 0.007 0.002 0.085 0.752 0.032 0.059 0.062 96 S 0.004 0.002 0.051 0.848 0.018 0.047 0.030 97 L 0.007 0.005 0.033 0.847 0.018 0.034 0.056 98 K 0.006 0.003 0.020 0.853 0.016 0.060 0.043 99 G 0.003 0.001 0.010 0.846 0.023 0.101 0.017 100 S 0.002 0.001 0.005 0.917 0.016 0.045 0.015 101 G 0.004 0.003 0.003 0.947 0.008 0.019 0.015 102 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.004 0.003 103 L 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.002 0.002 104 R 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 105 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.002 106 I 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.001 107 E 0.002 0.001 0.005 0.984 0.001 0.007 0.001 108 S 0.002 0.001 0.005 0.971 0.001 0.019 0.002 109 L 0.003 0.003 0.008 0.897 0.010 0.061 0.018 110 I 0.005 0.005 0.019 0.664 0.032 0.218 0.056 111 G 0.009 0.004 0.028 0.361 0.135 0.336 0.127 112 E 0.010 0.003 0.038 0.303 0.167 0.200 0.280 113 T 0.021 0.009 0.071 0.280 0.129 0.196 0.294 114 V 0.030 0.007 0.113 0.541 0.053 0.135 0.121 115 E 0.066 0.005 0.085 0.588 0.066 0.079 0.111 116 R 0.135 0.005 0.038 0.670 0.035 0.029 0.089 117 Y 0.226 0.024 0.014 0.666 0.017 0.014 0.039 118 L 0.199 0.004 0.008 0.708 0.015 0.023 0.042 119 D 0.103 0.003 0.005 0.808 0.018 0.043 0.020 120 A 0.033 0.001 0.006 0.645 0.026 0.270 0.020 121 G 0.036 0.004 0.010 0.369 0.106 0.349 0.126 122 L 0.030 0.012 0.021 0.640 0.040 0.053 0.204 123 E 0.047 0.014 0.070 0.719 0.032 0.045 0.072 124 N 0.038 0.003 0.152 0.643 0.022 0.086 0.056 125 L 0.044 0.010 0.189 0.534 0.036 0.107 0.080 126 L 0.047 0.018 0.130 0.391 0.090 0.239 0.087 127 K 0.036 0.020 0.067 0.234 0.100 0.380 0.162 128 D 0.014 0.008 0.053 0.025 0.289 0.053 0.557 129 E 0.009 0.006 0.123 0.043 0.159 0.509 0.150 130 T 0.008 0.020 0.095 0.022 0.126 0.572 0.158 131 L 0.023 0.073 0.011 0.015 0.353 0.034 0.491 132 T 0.008 0.018 0.005 0.007 0.031 0.008 0.923 133 L 0.001 0.002 0.207 0.744 0.003 0.031 0.013 134 E 0.001 0.001 0.151 0.821 0.003 0.022 0.003 135 D 0.001 0.001 0.155 0.819 0.002 0.014 0.008 136 I 0.001 0.001 0.020 0.969 0.001 0.007 0.004 137 R 0.001 0.001 0.007 0.988 0.001 0.004 0.001 138 N 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.011 0.001 139 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.007 0.002 140 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 141 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 142 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 143 V 0.001 0.001 0.004 0.968 0.002 0.025 0.001 144 K 0.001 0.001 0.011 0.827 0.005 0.152 0.005 145 D 0.001 0.001 0.009 0.578 0.013 0.382 0.017 146 Q 0.001 0.001 0.010 0.714 0.032 0.173 0.070 147 K 0.002 0.002 0.013 0.757 0.044 0.086 0.096 148 F 0.008 0.007 0.023 0.831 0.020 0.040 0.072 149 L 0.008 0.002 0.040 0.913 0.007 0.012 0.017 150 E 0.013 0.002 0.071 0.888 0.008 0.008 0.010 151 S 0.012 0.001 0.082 0.862 0.006 0.028 0.009 152 L 0.020 0.003 0.065 0.804 0.015 0.075 0.018 153 V 0.026 0.006 0.036 0.560 0.090 0.176 0.107 154 G 0.046 0.003 0.035 0.114 0.231 0.262 0.309 155 E 0.010 0.002 0.013 0.016 0.176 0.727 0.056 156 G 0.068 0.001 0.008 0.001 0.119 0.684 0.117 157 I 0.473 0.010 0.001 0.001 0.018 0.002 0.494 158 T 0.935 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 159 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 160 R 0.961 0.004 0.001 0.003 0.003 0.001 0.028 161 I 0.801 0.007 0.004 0.011 0.014 0.006 0.156 162 G 0.230 0.004 0.025 0.016 0.158 0.044 0.523 163 R 0.169 0.004 0.108 0.059 0.200 0.215 0.246 164 E 0.123 0.036 0.157 0.086 0.152 0.204 0.242 165 I 0.057 0.046 0.148 0.070 0.120 0.294 0.267 166 G 0.028 0.007 0.059 0.026 0.108 0.412 0.360 167 R 0.029 0.012 0.170 0.127 0.110 0.101 0.451 168 K 0.013 0.004 0.351 0.279 0.091 0.156 0.105 169 K 0.022 0.011 0.358 0.228 0.060 0.204 0.117 170 L 0.039 0.015 0.332 0.263 0.050 0.090 0.212 171 E 0.031 0.006 0.258 0.357 0.070 0.188 0.089 172 K 0.081 0.005 0.158 0.313 0.075 0.302 0.066 173 F 0.299 0.016 0.058 0.160 0.143 0.136 0.188 174 A 0.740 0.017 0.010 0.037 0.047 0.030 0.119 175 V 0.923 0.005 0.004 0.012 0.010 0.015 0.031 176 F 0.943 0.004 0.003 0.007 0.005 0.010 0.028 177 S 0.848 0.008 0.004 0.011 0.017 0.009 0.102 178 G 0.693 0.003 0.011 0.012 0.078 0.011 0.193 179 K 0.763 0.008 0.014 0.009 0.050 0.016 0.139 180 Y 0.526 0.060 0.032 0.017 0.048 0.026 0.292 181 F 0.285 0.021 0.029 0.018 0.087 0.149 0.412 182 K 0.079 0.018 0.035 0.006 0.182 0.511 0.170 183 G 0.015 0.002 0.011 0.001 0.134 0.793 0.044 184 E 0.025 0.002 0.014 0.001 0.422 0.353 0.183 185 S 0.171 0.032 0.006 0.001 0.306 0.019 0.466 186 P 0.535 0.025 0.005 0.001 0.055 0.014 0.364 187 I 0.739 0.009 0.003 0.001 0.053 0.017 0.179 188 G 0.912 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.073 189 S 0.942 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.036 190 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 191 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 192 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 193 F 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.046 194 T 0.742 0.001 0.001 0.001 0.059 0.007 0.191 195 S 0.578 0.006 0.011 0.003 0.116 0.050 0.235 196 K 0.653 0.025 0.026 0.013 0.109 0.028 0.146 197 V 0.608 0.023 0.021 0.015 0.048 0.031 0.254 198 T 0.144 0.019 0.036 0.015 0.181 0.061 0.543 199 K 0.120 0.028 0.047 0.047 0.244 0.119 0.394 200 Y 0.012 0.005 0.227 0.247 0.068 0.167 0.273 201 D 0.002 0.003 0.314 0.413 0.038 0.181 0.049 202 R 0.002 0.002 0.241 0.467 0.026 0.243 0.020 203 N 0.003 0.002 0.067 0.773 0.013 0.111 0.032 204 H 0.002 0.001 0.011 0.940 0.015 0.017 0.014 205 R 0.001 0.001 0.005 0.971 0.006 0.006 0.009 206 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 207 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 208 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 209 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 210 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 211 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 212 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 213 R 0.001 0.001 0.001 0.967 0.001 0.032 0.001 214 L 0.001 0.001 0.004 0.960 0.001 0.029 0.005 215 S 0.001 0.001 0.019 0.949 0.002 0.024 0.005 216 E 0.001 0.001 0.029 0.902 0.001 0.065 0.002 217 Y 0.001 0.001 0.026 0.875 0.004 0.080 0.014 218 F 0.002 0.004 0.043 0.722 0.040 0.089 0.100 219 T 0.005 0.003 0.063 0.563 0.042 0.193 0.131 220 S 0.005 0.001 0.067 0.490 0.058 0.308 0.071 221 T 0.009 0.004 0.072 0.369 0.110 0.261 0.175 222 S 0.017 0.017 0.060 0.200 0.171 0.307 0.228 223 R 0.019 0.016 0.014 0.073 0.113 0.125 0.641 224 R 0.006 0.002 0.004 0.013 0.025 0.015 0.936