# TARGET T0199 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0199.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.279 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.693 0.200 0.062 0.031 0.010 0.003 0.001 2 P 0.327 0.211 0.196 0.171 0.081 0.015 0.001 3 E 0.285 0.373 0.230 0.088 0.020 0.003 0.001 4 K 0.309 0.363 0.203 0.087 0.030 0.006 0.001 5 V 0.023 0.066 0.155 0.234 0.308 0.194 0.019 6 L 0.009 0.026 0.053 0.249 0.438 0.210 0.015 7 F 0.054 0.337 0.373 0.188 0.040 0.008 0.001 8 L 0.025 0.076 0.259 0.396 0.208 0.036 0.001 9 A 0.013 0.010 0.011 0.029 0.159 0.629 0.149 10 G 0.008 0.017 0.051 0.233 0.412 0.255 0.023 11 N 0.013 0.172 0.331 0.308 0.135 0.037 0.005 12 L 0.009 0.020 0.071 0.258 0.377 0.234 0.031 13 L 0.003 0.007 0.010 0.026 0.098 0.435 0.421 14 A 0.025 0.078 0.144 0.205 0.244 0.233 0.071 15 R 0.043 0.193 0.272 0.265 0.154 0.054 0.019 16 L 0.018 0.029 0.049 0.148 0.297 0.314 0.145 17 T 0.022 0.060 0.087 0.184 0.256 0.277 0.113 18 E 0.043 0.151 0.191 0.244 0.192 0.126 0.052 19 G 0.014 0.035 0.087 0.178 0.261 0.273 0.153 20 Y 0.004 0.010 0.031 0.084 0.200 0.412 0.258 21 V 0.006 0.010 0.018 0.042 0.134 0.439 0.350 22 L 0.002 0.005 0.010 0.036 0.150 0.461 0.336 23 I 0.001 0.003 0.006 0.025 0.146 0.520 0.298 24 E 0.004 0.026 0.085 0.238 0.348 0.264 0.033 25 R 0.015 0.128 0.262 0.317 0.204 0.069 0.007 26 P 0.060 0.192 0.255 0.275 0.165 0.049 0.004 27 N 0.307 0.351 0.195 0.098 0.039 0.009 0.001 28 T 0.277 0.234 0.248 0.169 0.062 0.010 0.001 29 R 0.536 0.310 0.109 0.036 0.008 0.001 0.001 30 D 0.388 0.330 0.183 0.077 0.019 0.003 0.001 31 L 0.054 0.131 0.242 0.322 0.203 0.046 0.001 32 K 0.138 0.344 0.297 0.161 0.050 0.009 0.001 33 I 0.013 0.027 0.069 0.222 0.381 0.263 0.026 34 L 0.031 0.120 0.226 0.292 0.213 0.105 0.013 35 R 0.018 0.084 0.177 0.258 0.241 0.188 0.034 36 V 0.008 0.015 0.027 0.077 0.234 0.496 0.142 37 M 0.008 0.047 0.102 0.210 0.293 0.281 0.060 38 L 0.004 0.010 0.025 0.075 0.212 0.487 0.186 39 I 0.008 0.047 0.108 0.220 0.300 0.281 0.037 40 P 0.035 0.173 0.270 0.285 0.163 0.066 0.008 41 V 0.041 0.083 0.161 0.281 0.302 0.121 0.010 42 S 0.412 0.270 0.178 0.093 0.038 0.008 0.001 43 E 0.464 0.363 0.128 0.037 0.007 0.001 0.001 44 D 0.098 0.241 0.294 0.236 0.109 0.021 0.001 45 Y 0.016 0.057 0.156 0.317 0.321 0.122 0.010 46 L 0.002 0.004 0.011 0.051 0.221 0.564 0.147 47 I 0.001 0.002 0.006 0.024 0.096 0.413 0.457 48 F 0.001 0.002 0.005 0.014 0.046 0.265 0.667 49 S 0.001 0.002 0.004 0.014 0.051 0.252 0.677 50 I 0.001 0.004 0.008 0.028 0.097 0.382 0.481 51 L 0.003 0.012 0.028 0.096 0.222 0.455 0.184 52 T 0.026 0.058 0.115 0.251 0.302 0.212 0.037 53 E 0.120 0.249 0.262 0.198 0.113 0.052 0.007 54 F 0.334 0.322 0.193 0.103 0.036 0.010 0.001 55 G 0.292 0.265 0.189 0.150 0.076 0.025 0.003 56 V 0.282 0.329 0.210 0.110 0.051 0.016 0.002 57 S 0.113 0.112 0.180 0.264 0.231 0.090 0.009 58 K 0.225 0.354 0.242 0.126 0.041 0.011 0.001 59 V 0.211 0.245 0.228 0.184 0.101 0.027 0.003 60 T 0.224 0.283 0.247 0.162 0.065 0.017 0.001 61 P 0.142 0.289 0.284 0.189 0.076 0.019 0.002 62 I 0.076 0.094 0.158 0.291 0.279 0.095 0.006 63 K 0.256 0.396 0.229 0.090 0.024 0.005 0.001 64 T 0.064 0.136 0.238 0.338 0.186 0.038 0.001 65 Q 0.342 0.357 0.204 0.075 0.019 0.003 0.001 66 E 0.531 0.313 0.108 0.037 0.009 0.001 0.001 67 R 0.491 0.274 0.146 0.067 0.018 0.003 0.001 68 L 0.082 0.143 0.248 0.315 0.176 0.034 0.001 69 N 0.400 0.414 0.137 0.039 0.009 0.002 0.001 70 W 0.074 0.210 0.330 0.281 0.093 0.012 0.001 71 E 0.697 0.227 0.054 0.016 0.005 0.001 0.001 72 E 0.310 0.399 0.208 0.067 0.014 0.002 0.001 73 I 0.027 0.040 0.104 0.328 0.373 0.124 0.004 74 E 0.063 0.257 0.344 0.236 0.081 0.018 0.001 75 R 0.198 0.380 0.242 0.127 0.043 0.009 0.001 76 Q 0.049 0.150 0.277 0.284 0.179 0.056 0.004 77 L 0.008 0.012 0.030 0.119 0.362 0.424 0.045 78 N 0.017 0.097 0.234 0.331 0.213 0.096 0.011 79 F 0.125 0.407 0.241 0.136 0.063 0.025 0.002 80 L 0.012 0.076 0.235 0.385 0.234 0.055 0.003 81 L 0.015 0.018 0.052 0.209 0.437 0.255 0.013 82 R 0.143 0.320 0.314 0.171 0.045 0.006 0.001 83 G 0.535 0.333 0.093 0.030 0.007 0.001 0.001 84 R 0.203 0.283 0.306 0.163 0.039 0.005 0.001 85 T 0.369 0.319 0.180 0.095 0.030 0.005 0.001 86 V 0.138 0.127 0.190 0.273 0.215 0.054 0.002 87 G 0.378 0.315 0.178 0.088 0.032 0.007 0.001 88 E 0.243 0.302 0.232 0.146 0.059 0.016 0.001 89 V 0.082 0.125 0.196 0.309 0.216 0.068 0.004 90 L 0.222 0.326 0.239 0.133 0.056 0.021 0.003 91 M 0.398 0.297 0.160 0.094 0.038 0.012 0.001 92 G 0.545 0.234 0.106 0.063 0.036 0.014 0.002 93 K 0.407 0.306 0.160 0.082 0.033 0.011 0.001 94 I 0.076 0.121 0.214 0.302 0.211 0.073 0.004 95 E 0.305 0.363 0.216 0.087 0.024 0.004 0.001 96 S 0.384 0.384 0.156 0.057 0.015 0.003 0.001 97 L 0.065 0.085 0.156 0.304 0.277 0.106 0.007 98 K 0.113 0.155 0.205 0.244 0.186 0.088 0.009 99 G 0.217 0.307 0.246 0.154 0.059 0.016 0.001 100 S 0.167 0.306 0.268 0.162 0.073 0.022 0.002 101 G 0.026 0.046 0.082 0.174 0.302 0.325 0.045 102 F 0.015 0.025 0.041 0.115 0.261 0.430 0.114 103 L 0.031 0.124 0.260 0.321 0.186 0.070 0.008 104 R 0.026 0.062 0.166 0.301 0.282 0.144 0.017 105 L 0.020 0.015 0.020 0.045 0.167 0.551 0.183 106 I 0.030 0.041 0.088 0.205 0.319 0.276 0.041 107 E 0.076 0.203 0.259 0.242 0.154 0.057 0.008 108 S 0.036 0.084 0.156 0.275 0.289 0.142 0.017 109 L 0.019 0.044 0.091 0.208 0.334 0.277 0.027 110 I 0.100 0.222 0.258 0.242 0.134 0.040 0.003 111 G 0.499 0.338 0.118 0.036 0.008 0.001 0.001 112 E 0.665 0.230 0.071 0.026 0.007 0.001 0.001 113 T 0.661 0.222 0.075 0.032 0.008 0.001 0.001 114 V 0.403 0.287 0.186 0.093 0.026 0.004 0.001 115 E 0.397 0.318 0.180 0.080 0.022 0.003 0.001 116 R 0.201 0.346 0.253 0.136 0.050 0.012 0.001 117 Y 0.026 0.056 0.122 0.272 0.323 0.183 0.019 118 L 0.027 0.076 0.170 0.280 0.262 0.162 0.023 119 D 0.101 0.209 0.243 0.219 0.143 0.073 0.012 120 A 0.130 0.227 0.235 0.202 0.129 0.065 0.012 121 G 0.033 0.049 0.106 0.231 0.344 0.217 0.021 122 L 0.049 0.113 0.196 0.256 0.234 0.138 0.015 123 E 0.153 0.305 0.266 0.174 0.080 0.022 0.001 124 N 0.075 0.186 0.310 0.282 0.121 0.024 0.001 125 L 0.028 0.037 0.071 0.210 0.378 0.262 0.014 126 L 0.031 0.083 0.199 0.355 0.269 0.061 0.002 127 K 0.384 0.425 0.146 0.035 0.008 0.002 0.001 128 D 0.190 0.347 0.294 0.139 0.028 0.003 0.001 129 E 0.640 0.230 0.073 0.036 0.016 0.004 0.001 130 T 0.525 0.244 0.133 0.067 0.026 0.004 0.001 131 L 0.245 0.278 0.242 0.158 0.063 0.014 0.001 132 T 0.365 0.406 0.155 0.058 0.014 0.002 0.001 133 L 0.155 0.258 0.278 0.235 0.068 0.007 0.001 134 E 0.444 0.353 0.143 0.047 0.011 0.002 0.001 135 D 0.120 0.326 0.347 0.171 0.032 0.003 0.001 136 I 0.019 0.018 0.050 0.239 0.466 0.202 0.005 137 R 0.147 0.384 0.330 0.119 0.020 0.001 0.001 138 N 0.361 0.447 0.147 0.038 0.006 0.001 0.001 139 L 0.093 0.077 0.153 0.341 0.269 0.065 0.001 140 L 0.118 0.122 0.227 0.293 0.194 0.044 0.001 141 E 0.512 0.368 0.093 0.023 0.004 0.001 0.001 142 E 0.289 0.323 0.253 0.108 0.024 0.003 0.001 143 V 0.285 0.133 0.152 0.195 0.186 0.049 0.001 144 K 0.684 0.221 0.065 0.023 0.006 0.001 0.001 145 D 0.756 0.184 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001 146 Q 0.753 0.168 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 147 K 0.855 0.128 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 148 F 0.476 0.232 0.163 0.097 0.028 0.004 0.001 149 L 0.306 0.140 0.148 0.234 0.142 0.029 0.001 150 E 0.384 0.352 0.182 0.069 0.012 0.001 0.001 151 S 0.360 0.414 0.157 0.054 0.012 0.002 0.001 152 L 0.136 0.118 0.191 0.295 0.214 0.045 0.002 153 V 0.139 0.180 0.266 0.271 0.124 0.019 0.001 154 G 0.647 0.281 0.060 0.011 0.002 0.001 0.001 155 E 0.456 0.363 0.137 0.038 0.006 0.001 0.001 156 G 0.353 0.410 0.166 0.060 0.010 0.001 0.001 157 I 0.022 0.087 0.195 0.352 0.264 0.076 0.003 158 T 0.008 0.110 0.328 0.356 0.161 0.034 0.003 159 V 0.002 0.005 0.014 0.085 0.322 0.486 0.085 160 R 0.010 0.061 0.170 0.366 0.278 0.104 0.010 161 I 0.014 0.037 0.064 0.142 0.267 0.396 0.079 162 G 0.027 0.099 0.206 0.302 0.232 0.118 0.017 163 R 0.063 0.248 0.284 0.222 0.119 0.053 0.010 164 E 0.073 0.160 0.221 0.252 0.197 0.089 0.008 165 I 0.086 0.151 0.205 0.255 0.217 0.081 0.005 166 G 0.271 0.334 0.220 0.117 0.045 0.012 0.001 167 R 0.276 0.306 0.234 0.134 0.043 0.007 0.001 168 K 0.573 0.318 0.084 0.021 0.004 0.001 0.001 169 K 0.196 0.381 0.253 0.133 0.033 0.004 0.001 170 L 0.006 0.025 0.109 0.378 0.399 0.081 0.001 171 E 0.070 0.354 0.341 0.176 0.051 0.007 0.001 172 K 0.064 0.237 0.307 0.268 0.100 0.023 0.002 173 F 0.001 0.004 0.021 0.095 0.327 0.498 0.054 174 A 0.001 0.001 0.004 0.015 0.096 0.560 0.323 175 V 0.001 0.001 0.005 0.022 0.080 0.306 0.586 176 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.289 0.668 177 S 0.001 0.001 0.009 0.046 0.161 0.426 0.356 178 G 0.001 0.001 0.003 0.024 0.175 0.564 0.234 179 K 0.001 0.050 0.202 0.358 0.272 0.104 0.012 180 Y 0.006 0.033 0.087 0.240 0.400 0.220 0.013 181 F 0.036 0.212 0.374 0.266 0.093 0.019 0.001 182 K 0.352 0.359 0.195 0.078 0.016 0.002 0.001 183 G 0.805 0.144 0.036 0.012 0.003 0.001 0.001 184 E 0.759 0.176 0.049 0.013 0.002 0.001 0.001 185 S 0.414 0.309 0.174 0.079 0.020 0.003 0.001 186 P 0.202 0.262 0.227 0.192 0.095 0.020 0.001 187 I 0.056 0.180 0.284 0.262 0.165 0.046 0.006 188 G 0.016 0.045 0.111 0.261 0.328 0.212 0.028 189 S 0.018 0.047 0.109 0.218 0.310 0.241 0.058 190 V 0.009 0.011 0.017 0.046 0.135 0.477 0.306 191 Y 0.042 0.058 0.077 0.155 0.210 0.299 0.160 192 L 0.043 0.064 0.069 0.089 0.127 0.329 0.279 193 F 0.035 0.041 0.051 0.110 0.182 0.312 0.269 194 T 0.057 0.104 0.139 0.188 0.187 0.226 0.099 195 S 0.134 0.190 0.166 0.196 0.172 0.104 0.040 196 K 0.155 0.270 0.237 0.179 0.098 0.050 0.011 197 V 0.073 0.206 0.277 0.226 0.149 0.061 0.009 198 T 0.068 0.085 0.121 0.203 0.284 0.203 0.036 199 K 0.102 0.364 0.307 0.155 0.054 0.017 0.003 200 Y 0.057 0.074 0.129 0.318 0.310 0.103 0.009 201 D 0.256 0.388 0.227 0.097 0.025 0.006 0.001 202 R 0.146 0.346 0.269 0.171 0.053 0.014 0.001 203 N 0.031 0.047 0.099 0.241 0.358 0.204 0.020 204 H 0.048 0.151 0.293 0.300 0.165 0.040 0.003 205 R 0.146 0.363 0.274 0.149 0.052 0.014 0.001 206 V 0.019 0.050 0.105 0.188 0.304 0.296 0.038 207 F 0.007 0.014 0.024 0.112 0.342 0.428 0.075 208 E 0.019 0.170 0.372 0.323 0.095 0.019 0.001 209 Y 0.011 0.046 0.156 0.337 0.343 0.103 0.005 210 I 0.001 0.003 0.004 0.013 0.106 0.653 0.219 211 L 0.001 0.011 0.056 0.275 0.422 0.222 0.013 212 N 0.028 0.318 0.386 0.198 0.057 0.011 0.002 213 R 0.003 0.050 0.209 0.434 0.250 0.052 0.002 214 L 0.001 0.001 0.005 0.051 0.342 0.553 0.046 215 S 0.014 0.140 0.370 0.338 0.121 0.015 0.001 216 E 0.210 0.566 0.175 0.041 0.007 0.001 0.001 217 Y 0.028 0.125 0.297 0.405 0.129 0.017 0.001 218 F 0.035 0.064 0.159 0.377 0.309 0.056 0.001 219 T 0.443 0.385 0.130 0.035 0.006 0.001 0.001 220 S 0.634 0.268 0.072 0.021 0.004 0.001 0.001 221 T 0.414 0.294 0.180 0.088 0.021 0.003 0.001 222 S 0.585 0.234 0.111 0.054 0.014 0.002 0.001 223 R 0.685 0.192 0.076 0.035 0.010 0.002 0.001 224 R 0.734 0.176 0.059 0.023 0.007 0.001 0.001